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一款基于转录组差异基因表达分析的软件包——findDEG

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南京林业大学学报（自然科学版） 2019年第2期43卷 93-99页

作者：吴吉妍姚丹吴海楠童春发南京林业大学林学院江苏南京210037

【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了... 详细信息

【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了不少困难。为了简化基因差异表达分析的过程,利用现有的软件开发一个集成的软件包。【方法】针对Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie 3种比较成熟的基因差异表达分析流程,考虑研究对象有无参考基因组序列、样本数据是否有重复、单端还是双端测序、不同基因表达量的计算方法以及不同的基因差异表达显著性检验方法等因素,将多种转录组测序数据分析软件整合起来形成一个集成的软件包。【结果】使用Perl语言开发了一个名为findDEG软件包用于转录组测序数据的基因差异表达分析。软件包共分为3个模块,即Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie模块。Trinity模块提供3种计算转录本表达量方法和4种差异表达基因显著性检验方法,TopHat+Cufflinks模块可供用户选择新版或旧版的Cufflinks分析方案,HISAT2+StringTie模块则只有一种分析方案。该软件包可以自由下载使用,其网址为http://***/findDEG/***。采用新版和旧版的Cufflinks分析方案以及一种Trinity组合方法,分别对小叶杨在正常和干旱胁迫条件下的转录组数据进行了分析。结果两种Cufflinks方法分别识别出了53和33个差异表达基因,其中25个是相同的;Trinity方法识别了高达1 641个差异表达基因,其中与Cufflinks两种方法相同的分别有14和3个。【结论】新开发的软件包findDEG有十多种基因差异表达分析方案可供选择,采用一键的方式进行数据计算分析,避免了中间环节参数输入和结果利用等操作步骤,使用方便。

关键词：基因差异表达分析 Perl语言杨树转录本转录组测序 findDEG

林木多元性状数据QTL区间作图统计分析及其在杨树上的应用

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南京林业大学学报（自然科学版） 2018年第3期42卷 67-72页

作者：刘粉香陶申童吴吉妍姚丹童春发南京林业大学林学院江苏南京210037 三江学院计算机科学与工程江苏南京210012

【目的】传统的数量性状基因座(QTL)定位统计分析方法是针对自交系产生实验群体而建立的,不能直接应用到林木这种杂合度较高生长周期较长的异交物种中。针对林木多元性状数据,将传统的QTL区间作图方法应用到林木杂交F1代作图群体中。【... 详细信息

【目的】传统的数量性状基因座(QTL)定位统计分析方法是针对自交系产生实验群体而建立的,不能直接应用到林木这种杂合度较高生长周期较长的异交物种中。针对林木多元性状数据,将传统的QTL区间作图方法应用到林木杂交F1代作图群体中。【方法】考虑分子标记各种可能的分离比以及连锁相信息,建立林木多元性状数据QTL定位统计分析模型,并用R语言编写了相应的计算软件包mvqtlmap。在美洲黑杨和小叶杨杂交F1代群体中,对2014年5月29日至9月24日期间调查的6个时间点树高数据进行了QTL定位分析。【结果】有4个QTL定位在母本美洲黑杨的遗传连锁图谱上,有6个QTL分布在父本小叶杨的遗传连锁图谱上,这些QTL分别位于第1、5、7、9、11和19号染色体上,平均解释0.8%~6.7%的表型方差。【结论】研究结果可为在林木上利用多个性状或多个时间点性状数据进行QTL定位提供统计分析方法及计算工具。所建立的程序包可在网站http://***/mvqtlmap/***上自由下载。

关键词：多元性状数据 QTL定位杨树 R语言

美洲黑杨与小叶杨杂交F1代扦插无性系苗生长性状动态分析

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南京林业大学学报（自然科学版） 2021年第1期45卷 45-52页

作者：陈玉华姚丹吴海楠陶申童吴吉妍杨文国童春发南京林业大学林学院林木遗传与生物技术教育部重点实验室南方现代林业协同创新中心江苏南京210037 金陵科技学院动物科学与技术学院江苏南京210038

【目的】探讨美洲黑杨(Populus deltoides)×小叶杨(***)F1代无性系苗期生长变异,发现F1代无性系生长性状变异规律,为后期在统计分析方面开展杨树数量性状基因定位研究提供重要的参考依据。【方法】以南京林业大学下蜀林场美洲黑杨×小... 详细信息

【目的】探讨美洲黑杨(Populus deltoides)×小叶杨(***)F1代无性系苗期生长变异,发现F1代无性系生长性状变异规律,为后期在统计分析方面开展杨树数量性状基因定位研究提供重要的参考依据。【方法】以南京林业大学下蜀林场美洲黑杨×小叶杨F1代无性系为研究材料,采用完全随机区组设计,对苗高和地径生长性状在扦插后2年的不同时期进行测量,利用R语言和SPSS统计软件进行遗传变异分析和评价。【结果】苗高和地径在区组间、无性系间、区组与无性系交互作用间均达极显著差异水平。苗高的变异系数2017年由31.96%变为22.04%,2018年稳定在20%左右,地径的变异系数在2017、2018年两个年末分别为26.66%和26.20%。苗高和地径在两年中多个时间点的重复力具有一定波动性,苗高的重复力2017年由0.69逐渐降低到0.41,2018年又回升到近0.60;地径的重复力在2017年末较低,2018年末变为较高的水平(0.59)。根据无性系效应估计值,每年的无性系大致可分为8类,每类的均值效应具有独特的变化趋势,2017年有CL2、CL6、CL7和CL8共4类的均值效应随时间递增,而CL1、CL3、CL4、CL5类则减少;2018年除CL8类的均值效应增加外,其他7类基本是平稳的,但是类间的效应差异较大。【结论】所调查的随机区组无性系试验林的苗高和地径生长变异较大,遗传水平上差异性在不同生长期有其独特性,所建立的杨树无性系随机区组试验林为杨树数量性状基因(QTL)定位研究提供很好的遗传作图材料。

关键词：杨树无性系随机区组试验重复力聚类分析苗期动态生长

气候变化背景下的沿海城市台风灾害韧性研究进展

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灾害学 2025年

作者：费伟王莹吴吉东刘旭应急管理部国家减灾中心北京师范大学国家安全与应急管理学院国家海洋环境预报中心

在气候变化背景下，我国沿海城市频繁遭受台风灾害，给城市健康发展带来了重大挑战。该研究梳理了灾害韧性理论框架、定量评估方法和提升路径的研究进展。首先，基于系统复杂性，比较了传统防灾和韧性防灾的差异，并提出了灾害韧性的定... 详细信息

在气候变化背景下，我国沿海城市频繁遭受台风灾害，给城市健康发展带来了重大挑战。该研究梳理了灾害韧性理论框架、定量评估方法和提升路径的研究进展。首先，基于系统复杂性，比较了传统防灾和韧性防灾的差异，并提出了灾害韧性的定义。进一步对比指标体系法、情景分析法和函数构建法在实际评估中的优缺点，分析工程和非工程措施对韧性提升的适应性，并构建了沿海城市台风灾害韧性防灾减灾框架。针对当前研究中韧性理论框架不一致、台风复合灾害韧性评估机制不清晰、多灾种评估方法不足等问题，提出未来研究应在灾害数据共享机制下，利用大数据和人工智能技术，结合遥感影像和社交媒体等新型数据源，解决数据空白问题，探索多元途径提升韧性水平。

关键词：灾害韧性韧性评估海岸洪水台风灾害

草木枯荣与万物悲和——曹文轩少年成长主题小说论

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当代文坛 2025年第1期 64-70页

作者：赵悦妍辽宁师范大学文学院辽宁师范大学中国文学批评研究中心

曹文轩的小说创作,是关乎天与地,社会与自然,人心与现实真切的体悟与反思。草木枯荣与万物悲和,是自然循环和悲欢离合的隐喻,也是在变化中寻求常态,在矛盾中寻觅平衡,在消长间体察以中和、和谐与回转为核心的美学观的表征,赋予了少年成... 详细信息

曹文轩的小说创作,是关乎天与地,社会与自然,人心与现实真切的体悟与反思。草木枯荣与万物悲和,是自然循环和悲欢离合的隐喻,也是在变化中寻求常态,在矛盾中寻觅平衡,在消长间体察以中和、和谐与回转为核心的美学观的表征,赋予了少年成长叙事一种超脱世俗的禅意之美。在他构筑的少年成长史诗中,水乡之地幻化为灵魂的温床,以“文学地理学”之笔,轻绘出一方滋养心田的诗性疆域,引领少年穿越时光的长廊,觅得成长的奥义。曹文轩关注逆境、命运与苦难对少年成长的精神磨砺,探索少年如何在亲情、友情和爱情的滋养下,实现悲与和的辩证统一。他抛弃了简单化的人物设计,不断放大凡人真与伪的精神向度,抵达人性与思想的纵深以及灵魂深处的诗意与哲思,成为带有“作家型学者/学者型作家”标签的作家,也让他行至个体生命体验与文本美学实践的双重境界。

关键词：曹文轩自然循环悲和美学少年成长

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改革视域下齐鲁乡土叙事研究

东岳论丛 2025年第1期 126-136页

作者：鲁美妍山东省海洋经济文化研究院

改革开放带来乡土社会价值观和道德观念的转变以及乡村政治生态的复杂化，在此背景下，改革、道德、以及城乡对照成为齐鲁乡土文学最突出的三大主题。改革视域下齐鲁乡土文学塑造了极富时代意义的人物形象，折射出山东作家对乡土改革中... 详细信息

改革开放带来乡土社会价值观和道德观念的转变以及乡村政治生态的复杂化，在此背景下，改革、道德、以及城乡对照成为齐鲁乡土文学最突出的三大主题。改革视域下齐鲁乡土文学塑造了极富时代意义的人物形象，折射出山东作家对乡土改革中的人性、道德、文化的敏锐洞察和深层思考。通过启蒙、民间、社会三种不同视角的风景叙事，表达了作家对农民命运的深切关注和对乡土世界的复杂情感，同时也映照出山东乡土文学审美精神的嬗变。齐鲁作家扎根乡土，始终关注农民命运，大胆揭示农村社会问题，积极参与齐鲁文化精神的重塑，并在艺术上形成了地域文化根基深厚、人文道德情怀强烈和民间色彩浓郁等特色。与此同时，当代山东乡土文学创作也存在创作视角单一、乡土社会的真实困境与文学相疏离、创作手法保守等问题。作家需要深入乡村，追踪新时代农村变迁轨迹，深刻地反映乡村社会的多元面貌和农民的真实困境。

关键词：改革新时期山东乡土小说叙事

关税削减与消费者福利分配——基于进口份额的新视角

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经济学(季刊) 2025年第1期 68-85页

作者：戴觅陈君妍北京师范大学经济与工商管理学院

本文在福利分析中引入进口份额概念,考察了中国加入WTO后的关税削减对城镇居民消费者福利的影响,以及对不同收入群体产生的分配效应。结果显示,2000—2006年间的关税削减使居民消费者福利平均提升0.76%,其中最终品和中间品关税削减分别... 详细信息

本文在福利分析中引入进口份额概念,考察了中国加入WTO后的关税削减对城镇居民消费者福利的影响,以及对不同收入群体产生的分配效应。结果显示,2000—2006年间的关税削减使居民消费者福利平均提升0.76%,其中最终品和中间品关税削减分别使福利提升0.31%和0.45%。收入越高的家户获得的福利改进越大,关税削减体现出“益富”的特征。高收入家户对最终品更高的进口份额以及对进口中间品更高的依赖程度,是导致关税削减呈现益富性的主要原因。

关键词：关税削减进口份额消费者福利

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纳米酶在肉品新鲜度检测中的研究进展

食品科学 2025年第4期46卷 315-323页

作者：王怡妍雒雪丽刘源宁夏大学食品科学与工程学院宁夏银川750021 上海交通大学农业与生物学院上海200235

肉品新鲜度下降不仅会造成资源浪费,甚至危害人体健康。因此,开发高效的新鲜度检测技术对于保障食品安全具有重要意义。纳米酶作为新一代人工酶,具有制备简便、成本低廉、稳定性高、催化性能良好等诸多优点,已被广泛用于构建传感器实现... 详细信息

肉品新鲜度下降不仅会造成资源浪费,甚至危害人体健康。因此,开发高效的新鲜度检测技术对于保障食品安全具有重要意义。纳米酶作为新一代人工酶,具有制备简便、成本低廉、稳定性高、催化性能良好等诸多优点,已被广泛用于构建传感器实现肉品新鲜度检测。基于此,本文首先概括5种典型纳米酶,并从纳米酶新鲜度传感的信号传导机制角度分析比色、荧光、电化学和表面增强拉曼光谱不同类型传感器的信号产生原理。其次,重点介绍基于不同类型纳米酶的传感器在肉品新鲜度检测中的应用。最后,讨论纳米酶在肉品新鲜度检测方面面临的挑战,为进一步促进基于纳米酶的传感技术在肉品新鲜度分析检测领域的发展提供新思路。

关键词：新鲜度纳米酶肉品传感检测食品安全

应用RAtte-UNet的三维断层识别方法

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石油地球物理勘探 2025年第01期 12-20页

作者：高新成梁云虎王莉利吴吉忠东北石油大学现代教育技术中心东北石油大学计算机与信息技术学院黑龙江省油气地球物理勘探重点实验室海洋油气勘探国家工程研究中心东北石油大学环渤海能源研究院

地震数据中的断层结构可以揭示地下构造和岩层变化，为资源勘探和地质灾害防治提供重要依据。然而实际采集的三维地震数据中包含大量噪声且断层体所占比例极小，利用蚂蚁体识别方法得到的结果误差较大，连续性和准确性不够。为此，提出... 详细信息

地震数据中的断层结构可以揭示地下构造和岩层变化，为资源勘探和地质灾害防治提供重要依据。然而实际采集的三维地震数据中包含大量噪声且断层体所占比例极小，利用蚂蚁体识别方法得到的结果误差较大，连续性和准确性不够。为此，提出一种基于深度学习的三维残差注意力RAtte-UNet断层识别方法，即融合残差跳跃连接与注意力机制并进行模型训练，采用混合损失函数降低断层与非断层的极度不平衡对网络训练的影响，使网络对于小断层具有很好的识别能力。通过对模拟数据和真实数据进行断层识别，准确率、召回率和精确率等评价指标均有所提升。相比于蚂蚁体等断层识别方法，该方法的识别结果中断层连续性更好，并能识别小断层，模型泛化能力强。该方法可推广应用到实际地震数据勘探中。

关键词：断层识别残差跳跃连接注意力机制混合损失函数 RAtte-UNet

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