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基于SSR标记的钱塘江中下游三角鲂4个放流苗种群体遗传多样性和遗传结构检测

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中国农学通报 2024年第13期40卷 157-164页

作者：张敏莹方弟安周彦锋匡箴任泷郑宇辰徐东坡中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室江苏无锡214081

为检测钱塘江中下游三角鲂放流苗种群体遗传多样性和遗传结构,采用毛细管电泳基因分型技术,基于9对荧光标记SSR引物对来自4个放流苗种群体的192尾样本进行扩增和基因分型测序。结果表明,各群体单个位点检测到的等位基因数Na均值为(20±2... 详细信息

为检测钱塘江中下游三角鲂放流苗种群体遗传多样性和遗传结构,采用毛细管电泳基因分型技术,基于9对荧光标记SSR引物对来自4个放流苗种群体的192尾样本进行扩增和基因分型测序。结果表明,各群体单个位点检测到的等位基因数Na均值为(20±2)~(24±2),有效等位基因数Ne均值为(10.76±1.51)~(13.66±1.33),其中余杭群体等位基因数Na和有效等位基因数Ne最大,建德和桐庐群体的这2项指标大体相当;4个群体Shannon’s信息指数I均值为(2.55±0.13)~(2.83±0.09);4个群体观测杂合度Ho均值为(0.83±0.08)~(0.94±0.03),期望杂合度He均值为(0.88±0.02)~(0.92±0.01),绝大多数位点表现出杂合子过剩;余杭、建德、桐庐、富阳各群体的私有等位基因数依次为54、9、15、17个;4个放流三角鲂苗种群体遗传多样性处于较高水平,部分群体出现了杂合子过剩和等位基因丢失现象。分子方差分析显示,98.7%的遗传变异来自群体内的个体间,1.3%遗传变异来自群体间,4个放流群体间遗传分化指数为0.013~0.017,遗传分化很小(0

关键词：三角鲂放流苗种群体微卫星遗传多样性遗传结构

基于离散SNP标记解析青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)对水温和盐度的适应性

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基因组学与应用生物学 2022年

作者：罗慧匡箴罗颖祁洪芳方弟安中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室青海湖裸鲤救护中心青海省青海湖裸鲤繁育与保护重点实验室上海海洋大学水产与生命学院

青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)在长期的进化过程中逐渐适应了青海湖特殊的高原地理环境，为揭示青海湖裸鲤的适应性进化机制，采用基因分型测序(genotyping by sequencing， GBS)技术对6个群体72尾青海湖裸鲤开展离散SNP(single ... 详细信息

青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)在长期的进化过程中逐渐适应了青海湖特殊的高原地理环境，为揭示青海湖裸鲤的适应性进化机制，采用基因分型测序(genotyping by sequencing， GBS)技术对6个群体72尾青海湖裸鲤开展离散SNP(single nucleotide polymorphism， SNP)标记筛选，探讨其可能受到自然选择作用的相关SNP标记，并对离散SNP标记所在序列进行序列比对及功能注释。研究共得到1 566个高度变异的适应性离散位点，分别有391条、26条和96条序列的功能在NR、GO和KEGG数据库得到注释。NR注释显示，相似比例序列所占比例最高的前2种物种分别是鱇浪白鱼(Anabarilius graham )和鲤(Cyprinus carpio )。GO注释分析发现，注释到细胞过程(Cellular process)、代谢过程(Metabolic process)和结合(Binding)的contigs较多。KEGG注释分析显示，注释到代谢通路(metabolic pathways)和神经活性配体-受体相互作用信号通路(Neuroactive ligand-receptor interaction)的contigs最多，其中，注释到代谢通路的基因包括ctu1、cps1、gba2、acyl-CoA、fasn、plcg1、adgre1等，我们推测这些基因与青海湖裸鲤的本地适应性相关。研究结果证明青海湖裸鲤可能形成了与温度、盐度等环境因子相关的本地适应性现象，研究结果为进一步深入探讨青海湖裸鲤的本地适应性机制提供了技术方法和数据支撑。

关键词：青海湖裸鲤简化基因组测序离散SNP标记功能注释本地适应性

基于离散SNP位点解析青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)对水温和盐度的适应性

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基因组学与应用生物学 2023年第1期42卷 25-33页

作者：罗慧匡箴罗颖祁洪芳方弟安中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室无锡214081 上海海洋大学水产与生命学院上海201306 青海湖裸鲤救护中心青海省青海湖裸鲤繁育与保护重点实验室西宁810016

青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)在长期的进化过程中逐渐适应了青海湖特殊的高原地理环境。为揭示青海湖裸鲤的适应性进化机制,采用基因分型测序(genotyping by sequencing, GBS)技术对6个群体72尾青海湖裸鲤开展离散单核苷酸多态... 详细信息

青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)在长期的进化过程中逐渐适应了青海湖特殊的高原地理环境。为揭示青海湖裸鲤的适应性进化机制,采用基因分型测序(genotyping by sequencing, GBS)技术对6个群体72尾青海湖裸鲤开展离散单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点筛选,探讨其可能受到自然选择作用的相关SNP位点,并对离散SNP位点所在contigs进行序列比对及功能注释。研究共得到1 566个高度变异的适应性离散SNP位点。NR(non-redundant protein sequences)注释显示,相似比例序列所占比例最高的前两个物种分别是鱇浪白鱼(Anabarilius grahami)和鲤(Cyprinus carpio)。GO注释分析发现,注释到细胞过程、代谢过程和结合的contigs较多。KEGG注释分析显示,注释到代谢通路和神经活性配体-受体相互作用通路的contigs最多,其中,注释到代谢通路的基因包括ctu1、cps1、gba2、fasn和plcg1等,推测这些基因与青海湖裸鲤的本地适应性相关。研究结果证明青海湖裸鲤可能形成了与温度、盐度等环境因子相关的本地适应性机制,研究结果为进一步深入探讨青海湖裸鲤的本地适应性机制提供了技术方法和数据支撑。

关键词：青海湖裸鲤基因分型测序离散SNP位点功能注释本地适应性

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固城湖鱼类群落结构现状及其与环境因子关系

大连海洋大学学报 2022年

作者：刘鹏飞景丽任泷匡箴詹政军胡长岁徐东坡农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测站中国水产科学研究院淡水渔业研究中心南京农业大学无锡渔业学院

为了解固城湖鱼类群落现状，于2017—2018年对长江下游陆封型湖泊固城湖进行季节性鱼类调查，定量分析了鱼类群落结构及其与环境因子的关系。结果表明：本次调查共采集到鱼类30种，隶属于5目6科22属，其中鲤形目鱼类占绝大多数，有26种...

为了解固城湖鱼类群落现状，于2017—2018年对长江下游陆封型湖泊固城湖进行季节性鱼类调查，定量分析了鱼类群落结构及其与环境因子的关系。结果表明：本次调查共采集到鱼类30种，隶属于5目6科22属，其中鲤形目鱼类占绝大多数，有26种，占鱼类物种数的86.7%，唯一优势种为似鱎Toxabramis swinhonis；鱼类多样性指数无显著时空差异（P>0.05），且Shannon-Wiener（H’）多样性指数处于较低水平；RDA分析结果显示总氮（TN）、高锰酸盐指数(COD;)、浊度（TUR）对鱼类群落结构的时空差异有显著影响（P＜0.05）。研究表明，2017—2018年固城湖鱼类资源相较于20世纪80年代衰退较为明显，物种数下降了63.41%，本研究结果在一定程度上补充了新时期固城湖鱼类群落研究的空白，对该水域鱼类资源的保护具有一定的意义。

关键词：

基于SNP标记的青海湖裸鲤遗传多样性及种群结构研究

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南方水产科学 2023年第1期19卷 86-96页

作者：罗慧方弟安何苗毛成诚匡箴祁洪芳徐东坡上海海洋大学水产与生命学院上海201306 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室江苏无锡214081 青海湖裸鲤救护中心青海西宁810000

为探究青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)的种质资源现状,为该物种保护措施的制定提供参考依据。首次利用基因分型技术(Genotyping-by-sequencing,GBS),对青海湖水域的6个地理群体共72尾青海湖裸鲤进行单核苷酸多态性(Single nucleot... 详细信息

为探究青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)的种质资源现状,为该物种保护措施的制定提供参考依据。首次利用基因分型技术(Genotyping-by-sequencing,GBS),对青海湖水域的6个地理群体共72尾青海湖裸鲤进行单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发和遗传特征分析。共检测出1600061个SNP位点,质控后筛选出45266个高质量的SNP位点用于遗传分析,发现核苷酸多样性(Pi)为0.3170~0.3274,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.4594~0.4823和0.3367~0.3444。6个地理群体的遗传距离(D)为0.0184~0.0233,两两群体的遗传分化系数(Fst)均不显著(P>0.05)。分子方差分析(Analysis of molecular variances,AMOVA)显示102.37%的遗传变异来自群体内;群体遗传结构和系统发育进化树分析均显示6个群体属于一个集群,具有遗传同质性;而主成分判别分析(Discriminant analysis of principal components,DAPC)表明哈尔盖河、黑马河和沙柳河群体相互交叉聚类,其余3个地理群体分别聚类。综上,6个青海湖裸鲤群体的Ho均大于He,种群结构单一。

关键词：青海湖裸鲤单核苷酸多态性基因分型技术遗传分化渔业资源

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基于环境DNA技术的东平湖鱼类多样性研究

中国水产科学 2023年第12期30卷 1530-1542页

作者：仝亚东匡箴刘鹏飞梁翼东凡迎春徐东坡南京农业大学无锡渔业学院中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测实验站

东平湖是黄河下游重要滞洪湖泊,也是南水北调东线最后一个调蓄湖泊。为探究东平湖鱼类多样性现状及鱼类群落特征,本研究采用环境DNA (environmental DNA, eDNA)技术,与传统网具捕捞调查进行对比分析,阐述东平湖鱼类群落多样性特征,探讨... 详细信息

东平湖是黄河下游重要滞洪湖泊,也是南水北调东线最后一个调蓄湖泊。为探究东平湖鱼类多样性现状及鱼类群落特征,本研究采用环境DNA (environmental DNA, eDNA)技术,与传统网具捕捞调查进行对比分析,阐述东平湖鱼类群落多样性特征,探讨环境DNA技术在东平湖鱼类多样性长期监测中的可行性。结果显示,应用环境DNA技术共检测到5目7科23属23种鱼类。进一步分析显示,Shannon-Wiener多样性指数平均值为1.04,变幅在0.21～2.36;Pielou均匀度指数平均值为0.54,变幅在0.29～0.81;Margalef丰富度指数平均值为0.75,变幅在0.13～2.09。相似性分析(analysis of similarities, ANOSIM)表明,多样性指数在湖区与河道之间没有显著差异。非度量多维尺度分析(non-metricmultidimensionalscaling,NMDS)显示,东平湖鱼类群落可划分为4个群聚结构,分别位于东平湖沿岸、湖心以及两条河道内,群聚结构总体差异显著(R<1,P<0.05)。传统网具捕捞调查共捕获4目6科21属24种鱼类,其中有18种鱼类在两种方法中均检测到。两种方法检测到的鱼类中均以鲤形目(Cypriniforms)最多。研究结果表明,环境DNA技术与传统网具捕捞两种方法调查得到的鱼类种类数相似度较高,达到62.06%。东平湖鱼类群落呈现一定空间分布特征,自柳长河、至小清河,东平湖鱼类群落总体呈现南北差异性。本研究证明环境DNA技术在东平湖渔业资源监测中具有可行性,可有效补充鱼类资源监测手段,在禁捕以及开捕时期可根据实际情况采用不同方法对东平湖渔业资源进行监测,同时也为东平湖渔业资源管理和保护提供资料支持与技术参考。

关键词：东平湖环境DNA 鱼类多样性黄河

不同植物组合的生态浮床对浅水富营养化湖泊水质净化效果及浮游动物群落结构的影响

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大连海洋大学学报 2023年第2期38卷 302-310页

作者：梁翼东匡箴孙宁泽顾佳林徐东坡上海海洋大学水产与生命学院上海201306 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室江苏无锡214081 南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡214081

为探究不同植物组合的生态浮床对浅水富营养化湖泊的水质净化效果及浮游动物群落结构的影响,于2021年6月对太湖梅梁湾示范区内已实施围网和围隔设施下的不同植物组合[美人蕉(Canna indica)+菖蒲(Acorus calamus)+芦苇(Phragmites austra... 详细信息

为探究不同植物组合的生态浮床对浅水富营养化湖泊的水质净化效果及浮游动物群落结构的影响,于2021年6月对太湖梅梁湾示范区内已实施围网和围隔设施下的不同植物组合[美人蕉(Canna indica)+菖蒲(Acorus calamus)+芦苇(Phragmites australis)和美人蕉(Canna indica)+水芹(Oenanthe javanica)+慈姑(Sagittaria sagittifolia)]的生态浮床中浮游动物群落结构进行了调查。结果表明:生态浮床对浅水富营养化湖泊水质的净化效果良好,围网及围隔修复区较对照区总氮(TN)、总磷(TP)、叶绿素a(Chl-a)和高锰酸盐指数(COD_(Mn))等水体营养盐指标均显著降低(P<0.05),水体透明度显著上升(P<0.05);围网及围隔修复区域浮游动物种类数由对照区域的23种增加到39种,且由单一耐污种转变为多种类共存,其中,围网修复区内植物组合1(美人蕉+菖蒲+芦苇)的生态浮床浮游动物生物量及丰度显著高于对照区(P<0.05),表明修复区比对照区具有更强的浮游动物多样性恢复能力;冗余分析显示,Tur、Chl-a、COD_(Mn)和pH是影响浮游动物群落变化的主要环境因子;不同植物组合的生态浮床均在净化水质的同时提高了浮游动物密度和生物量。研究表明,浅水富营养化湖泊中置入两组不同植物组合的生态浮床,均可改变浮游动物群落结构,进而改善水环境原位修复效果,尤其以围网设施下美人蕉+菖蒲+芦苇的植物组合修复效果最好,本研究结果可为浅水富营养化湖泊水环境保护和水生生物资源恢复提供科学依据。

关键词：生态浮床原位修复富营养化湖泊浮游动物冗余分析

固城湖鱼类群落结构现状及其与环境因子的关系

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大连海洋大学学报 2022年第5期37卷 841-849页

作者：刘鹏飞景丽任泷匡箴詹政军胡长岁徐东坡中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测站江苏无锡214081 南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡214081

为了解固城湖鱼类群落结构现状,于2017—2018年对长江下游陆封型湖泊固城湖进行4个季节的鱼类调查,并定量分析了鱼类群落结构及其与环境因子的关系。结果表明:本次调查共采集到鱼类29种,隶属于5目6科22属,其中,鲤形目鱼类占绝大多数,有2... 详细信息

为了解固城湖鱼类群落结构现状,于2017—2018年对长江下游陆封型湖泊固城湖进行4个季节的鱼类调查,并定量分析了鱼类群落结构及其与环境因子的关系。结果表明:本次调查共采集到鱼类29种,隶属于5目6科22属,其中,鲤形目鱼类占绝大多数,有25种,占鱼类物种数的86.21%,唯一优势种为似鱎Toxabramis swinhonis;鱼类多样性指数无显著时空差异(P>0.05),且Shannon-Wiener(H′)多样性指数处于较低水平;RDA分析显示,总氮(TN)、高锰酸盐指数(COD_(Mn))和浊度(TUR)对鱼类群落结构的时空差异有显著性影响(P<0.05)。研究表明,2017—2018年固城湖鱼类资源相较于20世纪80年代衰退较为明显,物种数下降了64.63%,建议通过改善流域内水文连通、推广大水面生态渔业等措施来促进渔业资源的恢复。

关键词：固城湖鱼类群落结构环境因子生物多样性

基于稳定同位素技术的阳澄湖鱼类群落营养结构研究

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中国水产科学 2021年第6期28卷 703-714页

作者：叶学瑶任泷匡箴王媛徐东坡农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测实验站中国水产科学研究院淡水渔业研究中心上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心

为探究阳澄湖水域鱼类群落的营养结构特征,于2017年夏季(7月)、秋季(10月)、2018年春季(4月)对该水域进行了渔业资源调查,并利用稳定同位素技术对鱼类群落的碳(δC)、氮(δN)值特征及其营养结构进行了分析。研究结果显示,阳澄湖水域共... 详细信息

为探究阳澄湖水域鱼类群落的营养结构特征,于2017年夏季(7月)、秋季(10月)、2018年春季(4月)对该水域进行了渔业资源调查,并利用稳定同位素技术对鱼类群落的碳(δC)、氮(δN)值特征及其营养结构进行了分析。研究结果显示,阳澄湖水域共采集到鱼类42种,隶属于5目10科33属。鱼类的δC、δN和营养级均值分别为(–24.85±1.77)‰、(15.34±2.19)‰和3.06±0.64。其中,δN值与营养级均存在极显著的鱼类食性和季节性差异(P0.05)。阳澄湖鱼类群落的营养结构存在季节差异,鱼类群落的营养层次(NR)、基础食物来源(CR)、生态位总空间(TA)、群落的整体密度(NND)、聚集均匀程度(SDNND)和核心生态位空间(SEAc)从2017年夏季至秋季再到2018年春季,呈逐渐上升的趋势;表明2018年春季食物源多样性高,营养冗余程度低。本研究初步构建了阳澄湖鱼类连续营养谱,丰富了对阳澄湖鱼类群落营养结构方面的研究,以期为湖泊生态管理和渔业可持续发展提供参考。

关键词：稳定同位素技术营养级 Layman群落指标阳澄湖大水面生态渔业