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河川沙塘鳢线粒体基因组重排机制及分子标记筛选

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中国水产科学 2015年第5期22卷 858-866页

作者：李强刘至治顾珈宁上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室

采用引物步移法PCR扩增,获得全长为16846 bp的河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)线粒体全基因组DNA(mt DNA),并对其基因结构、重排机制及在系统发育中的应用进行了分析。研究结果:(1)河川沙塘鳢mt DNA由37个基因和1个非编码控制区组... 详细信息

采用引物步移法PCR扩增,获得全长为16846 bp的河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)线粒体全基因组DNA(mt DNA),并对其基因结构、重排机制及在系统发育中的应用进行了分析。研究结果:(1)河川沙塘鳢mt DNA由37个基因和1个非编码控制区组成;除ND6和8个t RNA外,其他基因都编码在重链(H)上;t RNA基因因发生滑移重排(shuffling),将经典的线粒体基因组HSL(t RNAHis–t RNASer–t RNALeu)排列变成了SLH(t RNASer–t RNALeu–t RNAHis)排列,造成在t RNALeu与t RNAHis、ND4与t RNASer之间分别插入了320 bp和42 bp的两个"匿名区"。(2)检测的112种鲈形目(Perciformes)鱼类中,仅有13种(11.61%)发生了mt DNA基因重排现象,而沙塘鳢属的中华沙塘鳢(O.sinensis)、平头沙塘鳢(O.platycephala)与河川沙塘鳢的基因重排位置一致,揭示其可能是沙塘鳢属鱼类进化过程中的一个重要分子"标签"。(3)筛选得到的两个分子标记ND4和ND5基因,适合用于虾虎鱼亚目(Gobioidei)鱼类科阶元水平的系统发育关系的重建。

关键词：河川沙塘鳢线粒体基因组基因重排分子标记

松江鲈鱼野生群体遗传多样性的RAPD分析和SCAR标记的转化

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Zoological Research 2012年第2期33卷 203-210页

作者：曾珍刘至治潘连德唐文乔王茜耿云皓上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306

首先, 从294条10个碱基随机引物中, 筛选出32条多态性引物, 对富春江、黄河、滦河和鸭绿江等4个松江鲈鱼（Trachidermus fasciatus）野生群体共120尾个体进行RAPD分析。结果表明, 松江鲈鱼野生群体的遗传多样性较丰富，其主要表现在：... 详细信息

首先, 从294条10个碱基随机引物中, 筛选出32条多态性引物, 对富春江、黄河、滦河和鸭绿江等4个松江鲈鱼（Trachidermus fasciatus）野生群体共120尾个体进行RAPD分析。结果表明, 松江鲈鱼野生群体的遗传多样性较丰富，其主要表现在：① 在扩增得到的591个位点中, 有515个（87.14%）位点呈现多态性，群体间多态位点比率（P）的大小顺序为：富春江群体89.17%〉黄河群体87.99%〉鸭绿江群体86.63%〉滦河群体83.25%。② 松江鲈鱼群体间的Shannon信息指数（IT）和Nei’s遗传多样性指数（HT）分别在0.3393~0.3566和0.2157~0.2279间, 滦河群体的值较其他3群体稍低；若作为一个整体, 则总的 Shannon信息指数（IT）和Nei’s遗传多样性指数（HT）分别为0.3710±0.2153和0.2336±0.1643。③ 虽然群体间基因流值（Nm）在5.76103～19.84497间, 显示各地理群体间存在程度不同的基因交流, 但分子方差分析（AMOVA）结果却表明, 各群体间存在显著（P〈0.05）或极显著（P〈0.01）的遗传分化。④ 聚类分析表明, 鸭绿江群体首先与黄河群体聚为一支, 再与富春江群体相聚, 最后与单独一支的滦河群体聚类, 表明鸭绿江、黄河、富春江等3群体间的遗传距离与彼此间的地理距离远近密切相关, 而滦河群体与它们的遗传距离较远。其次, 从获得的S1225525 bp、S1225605 bp、S1225841 bp、S1345695 bp、S1345825 bp 等5个特异RAPD条带中, 成功地由S1225605 bp、S1225841 bp条带分别转化出SCAR01560 bp、SCAR02443 bp的SCAR标记。这两个标记的出现频率, 在鸭绿江群体最高（96.67%和93.33%）、富春江群体其次（83.33%和90%）、黄河群体再其次（56.67%和66.67%）、滦河群体最低（13.33%和20%）。因此, SCAR01560 bp、SCAR02443 bp可作为鉴别松江鲈鱼滦河群体与其他3群体的分子标记。

关键词：松江鲈鱼遗传多样性 RAPD SCAR标记

基于线粒体Cyt b基因的中华沙塘鳢种群间遗传多样性分析

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基因组学与应用生物学 2018年第6期37卷 2361-2367页

作者：王丹李强刘至治李亚红上海海洋大学、省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306 上海海洋大学、水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 上海海洋大学、农业部淡水水产种质资源重点实验室上海201306

本研究以线粒体Cyt b基因为分子标记,对长江及珠江流域中华沙塘鳢（Odontobutis sinensis）的9个野生种群的遗传多样性进行分析。主要结论如下：（1）从108尾中华沙塘鳢样本中,共获得29个Cyt b基因单倍型（序列长度1 127 bp）,总的单倍... 详细信息

本研究以线粒体Cyt b基因为分子标记,对长江及珠江流域中华沙塘鳢（Odontobutis sinensis）的9个野生种群的遗传多样性进行分析。主要结论如下：（1）从108尾中华沙塘鳢样本中,共获得29个Cyt b基因单倍型（序列长度1 127 bp）,总的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（π）值分别为0.929 0、0.009 41,呈现出较高的遗传多样性和较低的核苷酸多样性的特点;（2）中华沙塘鳢9种群间的FST值在0.110 6～0.998 8间（p〈0.01）,K2-P遗传距离在0.002～0.022间,揭示各种群间存在显著的遗传分化;而多数种群间的基因交流值（Nm）小于1（p〉0.05）,表明这些中华沙塘鳢种群间的基因交流有限。（3）中性进化检测和网络亲缘关系分析表明,中华沙塘鳢的桂林（GL）和洞庭湖（DTH）种群经历过种群扩张事件,推测中华沙塘鳢基因交流的方向为由长江水系种群流向珠江水系种群。通过以上研究为中华沙塘鳢的资源保护、开发与利用提供科学的理论依据。

关键词：中华沙塘鳢 Cyt b 遗传多样性种群历史

中国境内松江鲈鱼群体遗传变异的ISSR分析

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水产学报 2012年第7期36卷 1042-1048页

作者：马召腾刘至治潘连德蒋鑫上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室

运用ISSR分子标记技术,分析中国境内松江鲈鱼浙江(Z)、山东(S)、河北(H)、辽宁鸭绿江(Y)等4个不同群体间的遗传变异。从100个ISSR引物中筛选出多态性引物15个,对每群体各30个个体进行分析。每引物的扩增条带为6~17条,共得到有效位点181... 详细信息

运用ISSR分子标记技术,分析中国境内松江鲈鱼浙江(Z)、山东(S)、河北(H)、辽宁鸭绿江(Y)等4个不同群体间的遗传变异。从100个ISSR引物中筛选出多态性引物15个,对每群体各30个个体进行分析。每引物的扩增条带为6~17条,共得到有效位点181个,其中多态位点136个,多态位点百分率为75.14%。4群体中,H群体的有效等位基因数、Nei氏基因多样性、Shannon氏信息指数及多态位点百分率为最低,分别为1.258 5、0.153 0、0.2322、49.17%;而Y群体的相应值为最高,分别为1.479 4、0.277 7、0.411 2、74.03%;Z和S两群体的值明显高于H群体、略低于Y群体。若将4群体作为一个整体,则总的Nei氏基因多样性指数为0.269 1、Shannon氏信息指数为0.400 9,显示松江鲈鱼的遗传多样性较丰富。群体间的遗传分化系数(GST)为0.131 3,基因流(Nm)为3.309 4,表明松江鲈鱼群体间存在中等程度的遗传分化和一定程度的基因交流。分子方差分析(AMOVA)表明:在总的遗传变异中,85.54%的变异来自种群内个体间,14.46%的变异来自种群间;同样,群体间存在显著(P<0.05)或极显著的遗传分化(P<0.01)。根据群体间Nei氏遗传距离构建的UPGMA树中,Z群体首先与S群体聚类、再与Y群体聚类,呈现出从南向北的地理分布格局,但H群体却单独为一支,与其他群体间的距离较远。

关键词：松江鲈鱼种群遗传变异简单序列重复区间扩增多态性

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中华鳖爱德华氏菌病病原和组织病理研究

水产学报 1997年第4期21卷 428-433页

作者：蔡完其孙佩芳刘至治上海水产大学渔业学院!200090

从中华鳖（Trionyxsinesis）病鳖的肝脏分离得到菌株s－1。用菌株s-1进行人工感染，100％的鳖患病。从感染的病鳖的肝脏分离到菌株s’－1，经生理生化反应测定，它与菌株s－1特性一致。经鉴定，菌株s－1是迟钝爱德华氏菌（Edwardsiellat... 详细信息

从中华鳖（Trionyxsinesis）病鳖的肝脏分离得到菌株s－1。用菌株s-1进行人工感染，100％的鳖患病。从感染的病鳖的肝脏分离到菌株s’－1，经生理生化反应测定，它与菌株s－1特性一致。经鉴定，菌株s－1是迟钝爱德华氏菌（Edwardsiellatarda），野生型。爱德华氏菌感染会引起鳖的脏器发生变质性病变。主要症状呈肝脏型，肝局部坏死，有结节状肉芽肿。

关键词：中华鳖爱德华氏菌病迟钝爱德华氏菌病理

金钱鱼MHC Ⅱ β基因结构、多态性与组织表达分析

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中国水产科学 2016年第1期23卷 21-33页

作者：王晓冰刘至治李强张璐菲张俊彬上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室

为探究金钱鱼(Scatophagus argus)MHC Ⅱβ基因的结构和特性,采用同源克隆和RACE等技术,在获得cDNA全序列的基础上,分析其内含子序列、基因多态性和组织表达情况。结果表明,金钱鱼MHC IⅡβ基因cDNA序列全长1172 bp,其中5′UTR长34 bp,3... 详细信息

为探究金钱鱼(Scatophagus argus)MHC Ⅱβ基因的结构和特性,采用同源克隆和RACE等技术,在获得cDNA全序列的基础上,分析其内含子序列、基因多态性和组织表达情况。结果表明,金钱鱼MHC IⅡβ基因cDNA序列全长1172 bp,其中5′UTR长34 bp,3′UTR长388 bp,开放阅读框(ORF)长750 bp,编码249个氨基酸,包含信号肽、β1结构域、β2结构域、连接肽(CP)、跨膜区(TM)和胞质区(CYT);MHC Ⅱβ基因由6个外显子和5个内含子组成,其中内含子3将β2结构域分开。从43尾金钱鱼的209个有效克隆中,获得209条不同的核苷酸序列,可归为48个等位基因主型,分别命名为Scar-DXB*0101~Scar-DXB*4801,揭示金钱鱼MHC Ⅱβ基因的多态性很丰富。RT-PCR检测发现,金钱鱼MHC Ⅱβ基因在所检测的11种组织中均有表达,其中在脾、鳃、肠和皮肤中表达量较高,在肾、胃、心脏表达量中等,而在眼、脑、肝、肌肉中表达量较低。对健康金钱鱼人工感染嗜水气单胞菌后,发现其MHC Ⅱβ基因在肝、脾、鳃、肾等组织中的表达量均发生了不同程度的变化,证明该基因在金钱鱼免疫反应中有重要作用。在NJ法构建的系统树中,金钱鱼与舌齿鲈、大西洋鲑等硬骨鱼类的亲缘关系相对较近,而与铰口鲨、原鸡、小鼠、人等的亲缘关系则依次渐远。

关键词：金钱鱼 MHC Ⅱ β基因基因结构多态性组织表达

松江鲈野生种群间两个新的RAPD-SCAR标记

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淡水渔业 2014年第3期44卷 17-23页

作者：李强刘至治曾珍潘连德汪婉桐上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306

为寻找松江鲈(Trachidermus fasciatus)鸭绿江种群(YL)、黄河种群(YR)和富春江种群(FR)间的分子标记,从120条10 bp随机引物中,筛选出多态性引物54条进行RAPD扩增。克隆获得了S2069680 bp、S2082331 bp、S2105782 bp与S2111400 bp等4个清晰的RAPD特异性标记,并成功将RAPD标记S2082331 bp与S2105782 bp转化成SCAR03260 bp和SCAR04710 bp的SCAR标记。经每群体30尾样本验证,发现SCAR03260 bp在YL、YR和FR种群中出现的频率依次为13.33%、93.33%、86.67%,可作为鉴别鸭绿江种群与其它两种群的分子标记;相反,SCAR04710 bp在YL、YR种群的出现频率较高(86.67%、83.33%),而在FR种群的出现频率却很低(16.67%),可作为鉴别富春江种群与其它两种群的分子标记。

关键词：松江鲈(Trachidermus fasciatus) RAPD标记 SCAR标记

鲢长江群体与国外移居群体间遗传变异的主要组织相容性复合体分析

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上海海洋大学学报 2012年第5期21卷 684-692页

作者：冯维刘至治李思发李雪松唐文乔杨金权上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室上海201306

利用MHCⅠ类α2结构域基因片段,分析鲢长江群体(YZL)与多瑙河群体(DAN)、密西西比河群体(MIS)间的遗传变异。从3群体共40尾个体的117个有效克隆中,获得MHCⅠ类α2结构域等位基因68个。主要结果为:(1)YZL、DAN和MIS群体的等位基因数分别... 详细信息

利用MHCⅠ类α2结构域基因片段,分析鲢长江群体(YZL)与多瑙河群体(DAN)、密西西比河群体(MIS)间的遗传变异。从3群体共40尾个体的117个有效克隆中,获得MHCⅠ类α2结构域等位基因68个。主要结果为:(1)YZL、DAN和MIS群体的等位基因数分别为21、27和20个,且群体间核苷酸序列(54.1%～99.5%)、氨基酸序列(39.4%～98.6%)的同源性变异范围大,揭示3群体MHCⅠ类α2结构域的多态性都较丰富。(2)群体内平均核苷酸/氨基酸序列同源性的大小顺序为MIS>DAN>YZL;而群体内核苷酸/氨基酸多样性指数(π/πaa)的大小顺序恰与此相反,表明鲢YZL群体MHCⅠ类α2结构域的变异较DAN和MIS群体大。(3)以氨基酸序列进行AMOVA分析的结果表明,3群体间、国内群体与国外移居群体间都存在显著的遗传分化(PMIS(1.499 5)>DAN(1.337 0)>1,且在PBR区检测到5个正向选择位点,揭示3群体鲢MHCⅠ类分子均受到正向选择压力的作用,其中YZL群体的选择压力最大。

关键词：鲢遗传变异主要组织相容性复合体移居群体

中国东南沿海日本鳗鲡幼体的发育时相及其迁徙路径分析

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水产学报 2012年第12期36卷 1793-1801页

作者：郭弘艺魏凯唐文乔李辉华谢正丽刘东刘至治上海海洋大学鱼类研究室水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室北京市水生野生动物救治中心

对2008年1—3月采自中国广东至江苏沿海9个河口的534尾日本鳗鲡幼体鉴定发育时相,分析了其中104尾玻璃鳗的日龄、柳叶鳗龄和抵岸龄。结果显示,中国大陆东南沿海玻璃鳗的柳叶鳗龄平均为102(90~112)d,并呈现出地域性的从南至北逐步增大的... 详细信息

对2008年1—3月采自中国广东至江苏沿海9个河口的534尾日本鳗鲡幼体鉴定发育时相,分析了其中104尾玻璃鳗的日龄、柳叶鳗龄和抵岸龄。结果显示,中国大陆东南沿海玻璃鳗的柳叶鳗龄平均为102(90~112)d,并呈现出地域性的从南至北逐步增大的趋势。Scheffe′s多重比较可将9个群体按柳叶鳗龄的大小归为3个组,南部的新会和汕头归为第1组;中间的福清、宁德、温州、台州归为第2组;北面的慈溪、九段沙和大丰归为第3组。同样,群体的R-聚类和个体的Q-聚类分析也显示出与上述分组相一致的结果。研究表明,从产卵场随北赤道洋流迁徙至菲律宾东北部并进入黑潮接近中国东南沿海的柳叶鳗,分成3个群体迁徙。变态最早的进入了南方的水域,抵达广东沿海;变态较早的进入了中部的东海水域,抵达闽浙沿海;变态最晚的则被送到长江口及其以北的沿海河口。结果还显示,最北部大丰的平均柳叶鳗龄[(106.00±3.22)d]比最南部新会的平均柳叶鳗龄[(91.87±1.36)d]大14.13 d,其与黑潮流速(约96 km/d)的乘积(1 350 km)同两地的距离大致相等,研究表明,我国沿海的玻璃鳗在柳叶鳗阶段是随着黑潮暖流自南向北被动地迁移。

关键词：日本鳗鲡柳叶鳗龄玻璃鳗变态耳石迁徙路径