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中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)肠道微生物区系组成的分子分析

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饲料工业 2010年第4期31卷 55-57页

作者：刘淮德刘梅王宝杰蒋克勇张国范王雷中国科学院海洋研究所海洋生物技术研究与发展中心

中国明对虾主要分布在我国黄渤海和朝鲜西部沿海，南海部分海域也有少量存在，是我国重要的海水养殖对虾之一。中国明对虾是中国的特产，也是重要的出口水产品，无论是品质还是市场价格都远远高于其他养殖对虾品种，其最高养殖年产量曾... 详细信息

中国明对虾主要分布在我国黄渤海和朝鲜西部沿海，南海部分海域也有少量存在，是我国重要的海水养殖对虾之一。中国明对虾是中国的特产，也是重要的出口水产品，无论是品质还是市场价格都远远高于其他养殖对虾品种，其最高养殖年产量曾达到近20万吨。

关键词：中国明对虾肠道微生物分子分析区系组成养殖对虾市场价格黄渤海水产品

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异养硝化-好氧反硝化菌株X3的环境适应性

渔业科学进展 2013年第3期34卷 120-125页

作者：李秋芬孙雪梅张艳刘淮德农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071

测定了不同环境因子,包括温度、盐度、pH、碳源、C:N等的变化对菌株的生长和脱氮能力的影响以及该菌株对不同抗生素的敏感性。结果表明,该菌株最适生长条件为温度28℃、盐度30、pH8.5、乙酸钠为碳源、碳氮比10:1;在盐度20～80、温度25... 详细信息

测定了不同环境因子,包括温度、盐度、pH、碳源、C:N等的变化对菌株的生长和脱氮能力的影响以及该菌株对不同抗生素的敏感性。结果表明,该菌株最适生长条件为温度28℃、盐度30、pH8.5、乙酸钠为碳源、碳氮比10:1;在盐度20～80、温度25～37℃、pH7.5～9.5、碳源为葡萄糖或乙酸钠、碳氮比5:1～15:1环境条件下均能良好生长,脱氮效率均可达到80%以上;在盐度为150的培养液中仍能生长。药敏试验结果表明,该菌株仅对诺氟沙星、氧氟沙星和多粘霉素B敏感,对其余27种常用抗生素具有抗药性。研究结果说明,该菌株对海水养殖环境适应性良好,在海水养殖水质处理方面具有巨大的应用潜力。

关键词：异养硝化-好氧反硝化盐单胞菌生物脱氮环境适应性海水养殖环境

养殖沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR检测方法的建立

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渔业科学进展 2014年第3期35卷 126-133页

作者：姜娓娓李秋芬刘淮德李晓龙中国海洋大学海洋生命学院青岛266003 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071

利用GyrB基因的特异性引物建立沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR检测方法。将已知浓度的气单胞菌菌液加入灭菌的沉积物样品中,作为模拟沉积物样品。通过选择和优化沉积物DNA提取方法、特异性引物、标准曲线模板,建立沉积环境... 详细信息

利用GyrB基因的特异性引物建立沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR检测方法。将已知浓度的气单胞菌菌液加入灭菌的沉积物样品中,作为模拟沉积物样品。通过选择和优化沉积物DNA提取方法、特异性引物、标准曲线模板,建立沉积环境中气单胞菌属细菌准确检验的实时荧光定量PCR方法,同时验证该方法的特异性、灵敏性、重复性。结果表明,采用改进的溶菌酶-SDS温和裂解法提取沉积物DNA,以扩增GyrB基因片段的IAF和IAR为特异性引物,并直接以模拟沉积物样品DNA为标准品构建标准曲线,可以建立适用于定量检测沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR方法。该方法可灵敏、特异、准确地定量检测刺参养殖池塘底泥中气单胞菌属中不同种的细菌,检出效率可达103CFU/g。统计分析显示,变异系数为0.21%-0.80%,均小于5%,表明重复性良好。

关键词： GyrB基因沉积环境气单胞菌属实时荧光定量PCR

PCR-DGGE analysis of intestinal bacteria and effect of Bacillus *** intestinal microbial diversity in kuruma shrimp(Marsupenaeus japonicus)

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Chinese Journal of Oceanology and Limnology 2010年第4期28卷 808-814页

作者：刘淮德刘梅王宝杰蒋克勇姜珊孙姝娟王雷 Institute of Oceanology Chinese Academy of Sciences Graduate School of the Chinese Academy of Sciences

In this study,the intestinal microbiota of kuruma shrimp(Marsupenaeus japonicus) was examined by molecular analysis of the 16S rDNA to identify the dominant intestinal bacteria and to investigate the effects of Bacillus *** intestinal microbial *** of the intestines of kuruma shrimp fed normal feed and Bacillus *** *** and denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE) analyses were then performed on DNA extracted directly from the *** fingerprints of the predominant organisms were generated by DGGE analysis of the universal V3 16S rDNA amplicons,and distinct bands in the gels were *** results suggested that the gut of kuruma shrimp was dominated by Vibrio *** uncultured gamma ***,the results of this study suggest that PCR-DGGE is a possible method of studying the intestinal microbial diversity of shrimp.

关键词： intestinal microbial diversity PCR-DGGE Kuruma shrimp

夏季桑沟湾养殖水域有机碳的平面分布特征及其来源分析

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渔业科学进展 2013年第1期34卷 44-49页

作者：夏斌陈碧鹃崔毅崔正国张旭志刘淮德丁东生蒋增杰农业部海洋渔业可持续发展重点实验室山东省渔业资源与生态环境重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所碳汇渔业实验室青岛266071

根据2012年8月对桑沟湾养殖海域18个站位取得的溶解有机碳(DOC)、颗粒有机碳(POC)和叶绿素a(Chl-a)数据,基于不同区域的养殖特点,分析了DOC和POC的平面分布特征,并对POC的来源进行了初步探讨。结果表明,整个调查海域表层DOC的浓度范围为... 详细信息

根据2012年8月对桑沟湾养殖海域18个站位取得的溶解有机碳(DOC)、颗粒有机碳(POC)和叶绿素a(Chl-a)数据,基于不同区域的养殖特点,分析了DOC和POC的平面分布特征,并对POC的来源进行了初步探讨。结果表明,整个调查海域表层DOC的浓度范围为1.70～2.82mg/L,平均值为2.03mg/L,大致呈自西向东递减的趋势。表层POC的浓度范围为0.04～1.33mg/L,平均值为0.55mg/L,大致呈自南向北逐渐递增的趋势。网箱养殖区表层DOC和POC含量最高,其次为桑沟湾近岸海域,而海带养殖区最低,这表明有机碳的含量与养殖品种和模式有直接的关系。根据POC/Chl-a比值对POC来源进行初步分析,表明贝类养殖区、海带养殖区、贝藻混养区、桑沟湾近岸海域以及外海对照点的POC主要来自活的浮游植物,而网箱养殖区存在降解的有机物质。

关键词：桑沟湾有机碳分布特征碳循环来源

刺参(Apostichopus japonicus)养殖环境中可培养细菌与理化参数的动态及其相关性分析

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应用与环境生物学报 2014年第3期20卷 544-550页

作者：李秋芬姜娓娓刘淮德李晓龙宋娴丽王晓红邱兆星中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 中国海洋大学海洋生命学院青岛266003 山东省海水养殖研究所青岛266002

随着刺参(Apostichopus japonicus)人工养殖业的快速发展,刺参病害日渐突出.养殖环境微生物和理化参数作为养殖生态系统的重要组成部分,其变化规律及其相关性研究对防治刺参病害具有重要意义.本研究于2012年4月至2013年4月,对山东省即... 详细信息

随着刺参(Apostichopus japonicus)人工养殖业的快速发展,刺参病害日渐突出.养殖环境微生物和理化参数作为养殖生态系统的重要组成部分,其变化规律及其相关性研究对防治刺参病害具有重要意义.本研究于2012年4月至2013年4月,对山东省即墨市刺参养殖池塘水体中4种可培养细菌(总异养菌、弧菌、硝化细菌、硫化细菌)、4项理化参数(温度、pH、盐度、溶解氧)和沉积环境中6种可培养细菌(总异养菌、弧菌、硝化细菌、硝酸盐还原菌、硫化细菌、硫酸盐还原菌)、6项理化参数(温度、pH、氧化还原电位、硫化物、有机碳、总氮)的动态变化进行了监测,并分析了不同细菌类群的数量及其与沉积物中5项理化指标间的相关性.结果显示:水中大多数细菌类群的周年变化呈夏季高、冬季低的趋势,与温度的变化趋势基本一致,弧菌的变化幅度较异养菌大;硝化细菌较硫化细菌高一个数量级,但变化趋势一致;水体的pH与溶解氧均在夏季高温出现最低值,与温度变化趋势相反;沉积物中异养菌数变化不大,弧菌数量在夏季和冬季出现两个高值.氮循环相关细菌的数量高于硫循环相关细菌.相关性分析结果显示,刺参养殖池塘沉积物的pH与氧化还原电位呈显著正相关(P<0.05),二者与硫化物含量均呈极显著负相关(P<0.01).硫化物含量与总异养菌、硫酸盐还原菌和硝化细菌均呈极显著正相关(P<0.01),与硫化菌和硝酸盐还原菌呈显著负相关(P<0.05),总氮含量与硝化细菌正相关性显著(P<0.05).各类细菌数量之间也存在一定的相关性:总异养菌与硝化细菌、硫酸盐还原菌之间、硝化细菌与硫酸盐还原菌之间均存在极显著正相关性(P<0.01),弧菌与总异养菌、硝化细菌之间存在正相关性,硝酸盐还原菌与硝化细菌之间、硫酸盐还原菌与硫化细菌之间存在负相关性.本研究表明刺参养殖池塘环境中多项理化参数和细菌数量之间相关性显著,其关系错综复杂,可为防治刺参病害提供理论依据.

关键词：刺参养殖池塘硫化物弧菌相关分析

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刺参养殖池环境细菌群落对底质改良剂的响应

渔业科学进展 2015年第1期36卷 111-118页

作者：李晓龙李秋芬姜娓娓刘淮德王晓红宋娴丽安鑫龙河北农业大学海洋学院秦皇岛066003 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 山东省海洋生物研究院青岛266104

运用平板培养计数法、最大或然数法和16S r RNA基因的PCR-DGGE指纹图谱技术,分析发病刺参池塘环境中不同生理类群细菌数量及群落结构对底质改良剂的响应。结果显示,加入底质改良剂后,发病刺参池塘沉积环境中的总异养菌、硝化细菌、硫酸... 详细信息

运用平板培养计数法、最大或然数法和16S r RNA基因的PCR-DGGE指纹图谱技术,分析发病刺参池塘环境中不同生理类群细菌数量及群落结构对底质改良剂的响应。结果显示,加入底质改良剂后,发病刺参池塘沉积环境中的总异养菌、硝化细菌、硫酸盐还原细菌等的数量在最初的2–4 d有所上升,但升高幅度小于对照组,且在之后的2–4 d内下降至加改良剂之前菌量;在加入底质改良剂后第2天,弧菌和硫化细菌数量便迅速下降,明显低于对照组。PCR-DGGE图谱及测序结果显示,刺参养殖环境细菌优势菌分别属于绿弯菌门、变形菌门的莫拉菌科、柄杆菌科和气单胞菌科以及厚壁菌门的芽孢杆菌科和乳杆菌科的某种细菌,多样性指数在2.5–3.5之间。实验组加入底质改良剂后,气单胞菌属两种细菌数量逐渐下降。研究结果表明,底质改良剂可改变沉积环境中不同细菌类群的数量,降低致病菌的数量,从而改善底质环境并对"刺参腐皮综合征"起到防治作用。

关键词：刺参养殖环境细菌群落 PCR-DGGE 底质改良剂

应用PCR-DGGE分析南美白对虾肠道微生物多样性

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饲料工业 2008年第20期29卷 55-58页

作者：刘淮德王雷王宝杰刘梅蒋克勇张国范中国科学院海洋研究所海洋生物技术研究与发展中心

从南美白对虾肠道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16SrRNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200bp的PCR产物纯化后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析,发现样... 详细信息

从南美白对虾肠道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16SrRNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200bp的PCR产物纯化后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析,发现样品的优势群落明显。结果表明,PCR-DGGE是研究水产动物肠道微生物多样性的可行方法。

关键词：南美白对虾肠道微生物多样性 PCR—DGGE

岩藻聚糖硫酸酯降解酶产生菌的筛选鉴定及酶学特性研究

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安徽农业科学 2020年第23期48卷 16-20页

作者：刘淮德徐文飞王菲菲王晶南通大学江苏南通226019 中国科学院海洋研究所山东青岛266071

[目的]从水环境中筛选高活性降解菌,从而将高分子多糖降解为低分子量、药用价值更高的多糖。[方法]通过唯一碳源、富集培养等方法对淡水来源的细菌进行筛选获得活性较高的岩藻聚糖硫酸酯降解菌,然后根据菌株的形态、生理生化特征及16S r... 详细信息

[目的]从水环境中筛选高活性降解菌,从而将高分子多糖降解为低分子量、药用价值更高的多糖。[方法]通过唯一碳源、富集培养等方法对淡水来源的细菌进行筛选获得活性较高的岩藻聚糖硫酸酯降解菌,然后根据菌株的形态、生理生化特征及16S rDNA分析和进化树构建进行种属鉴定,进一步对降解菌粗酶液的热稳定性、最适反应温度、最适pH和金属离子对酶稳定性影响进行研究。[结果]筛选获得了2株活性较高的岩藻聚糖硫酸酯降解菌JS3和JN3,这2株菌菌液酶活达384、410 U。菌株JS3和JN3归属于克雷白氏杆菌属(Klebsiella sp.)。酶学分析表明,JS3和JN3菌株粗酶液在40~70℃具有比较好的热稳定性,在pH 4.0~7.0内,该酶能保持良好的稳定性。JS3和JN3粗酶液与底物反应的最适温度分别为45、40℃,最适pH均为5.0。金属离子对酶的活性有一定影响,离子浓度为1×10-2 mol/L时,Mg 2+、Ca 2+、Zn 2+对该酶有激活作用,Cu 2+则强烈抑制酶活,Ni 2+也在一定程度上抑制该酶活性。[结论]该研究发现的产酶菌株可以用于岩藻聚糖硫酸酯低聚糖的制备,为岩藻聚糖硫酸酯降解酶的制备和应用提供依据和基础。

关键词：岩藻聚糖硫酸酯降解酶降解菌筛选鉴定酶学特性