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青海弧菌荧光素酶蛋白三维结构的分子模拟研究

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化学学报 2013年第7期71卷 1035-1040页

作者：陈浮刘树深段欣甜同济大学环境科学与工程学院长江水环境教育部重点实验室上海200092

基于荧光素酶催化发光的生物发光技术在化学、生命与环境科学等领域得到广泛应用.部分萤火虫和发光细菌的荧光素酶晶体三维结构已经解析出来.青海弧菌(Vibrio qinghaiensis sp.-Q67,简称Q67)是从青海湖青海裸鲤中提取的一种新型淡水发... 详细信息

基于荧光素酶催化发光的生物发光技术在化学、生命与环境科学等领域得到广泛应用.部分萤火虫和发光细菌的荧光素酶晶体三维结构已经解析出来.青海弧菌(Vibrio qinghaiensis sp.-Q67,简称Q67)是从青海湖青海裸鲤中提取的一种新型淡水发光细菌,已用于化学品的生物检测及毒性评价.然而,其催化发光过程中最重要的荧光素酶三维结构尚未解析,阻碍了化学品对Q67产生毒性的机理研究进程.本工作通过异源二聚体同源建模与分子动力学模拟方法构建了Q67荧光素酶的三维结构.研究结果表明,Q67荧光素酶蛋白有α和β两个多肽亚基,范德华力是维持α/β稳定结构的主要作用力,而α/β亚基携带的净电荷产生的静电相互作用不利于体系稳定.缔合的专一性则由α/β亚基接触面上的极性基团之间的氢键实现.底物黄素单核苷酸与Q67荧光素酶的结合位点在α亚基活性口袋中,β亚基有利于保持α亚基活性口袋的稳定性.

关键词：异源二聚体荧光素酶同源建模淡水发光菌分子动力学

拓展浓度加和模型预测三种三嗪类除草剂混合物的时间依赖毒性

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化学学报 2014年第1期72卷 56-60页

作者：王猛超刘树深陈浮同济大学环境科学与工程学院长江水环境教育部重点实验室上海200092

浓度加和(CA)模型是评估与预测化学混合物毒性效应的常用模型之一,已广泛应用于药物组合与农药混配等多个混合物体系.然而,CA不能用于包含不同时间具有不同效应组分的混合物体系,需要拓展.以具有不同时间依赖毒性特征的三种三嗪类除草... 详细信息

浓度加和(CA)模型是评估与预测化学混合物毒性效应的常用模型之一,已广泛应用于药物组合与农药混配等多个混合物体系.然而,CA不能用于包含不同时间具有不同效应组分的混合物体系,需要拓展.以具有不同时间依赖毒性特征的三种三嗪类除草剂即嗪草酮(MET)、西草净(SIM)和环嗪酮(HEX)为混合物组分,以直接均分射线法(EquRay)构建它们的二元混合物,以青海弧菌Q67为受试生物,在6个不同时间(即0.25,2,4,8,12和16 h)下测定各混合物组分及其二元混合物暴露于Q67时的发光抑制毒性,分析与归纳抑制毒性随时间的变化规律.结果表明,三种除草剂对发光菌Q67的发光抑制毒性具有不同的时间变化规律:MET的毒性随时间延长有明显增大的趋势,SIM的毒性在不同时间没有显著性变化,而HEX随着时间的延长毒性开始有所增加,而后变化很小;二元混合物毒性的时间变化规律与混合物组分有关,MET与HEX的二元混合物体系的毒性随暴露时间的延长而逐步增加,MET-SIM体系开始有所下降而后缓慢增加,而SIM-HEX体系的毒性在不同时间差异不明显;应用拓展后的CA模型分析所有二元混合物在不同时间点的毒性变化,表明都是加和的,没有协同或拮抗作用.

关键词：浓度加和化学混合物直接均分射线三嗪类除草剂时间依赖毒性

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寡肽结构参数化及定量构效关系研究

化学学报 2001年第7期59卷 1001-1008页

作者：林治华刘树深李志良重庆大学环境与化学化工学院渝州大学化学系重庆大学生物工程学院

从肽链的一级结构出发,基于分子中原子间距离及各原子的电负性,构建了能描述二肽与多肽分子的结构参数分子电负性边数矢量,简称分子电边矢量.据此,对58个血管紧张素转化酶抑制剂(二肽)及48个苦味二肽已知活性进行了定量结构活性相关研究... 详细信息

从肽链的一级结构出发,基于分子中原子间距离及各原子的电负性,构建了能描述二肽与多肽分子的结构参数分子电负性边数矢量,简称分子电边矢量.据此,对58个血管紧张素转化酶抑制剂(二肽)及48个苦味二肽已知活性进行了定量结构活性相关研究,为考察分子电边矢量的实用性,还对血管舒缓激肽增效剂(五肽)已知活性进行了研究.结果表明:与其它表达方法相比,本研究的分子电边矢量具有计算简便,活性相关性好的特点,可望在生物分子的结构表征及活性预测方面有所作为.

关键词： QSAR 分子电边矢量血管紧张素转化酶抑制剂二肽苦味二肽血管舒缓激肽增效剂结构定量构效关系

多效应残差法(MERA)表征二甲亚砜-农药二元混合物毒性相互作用

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环境科学 2013年第1期34卷 257-262页

作者：霍向晨刘树深张晶张瑾同济大学环境科学与工程学院长江水环境教育部重点实验室上海200092

采用直接均分射线设计(EquRay)构建二甲亚砜(DMSO)分别与3种常用农药乐果(DIM)、敌敌畏(DIC)和甲霜灵(MET)的二元混合物,应用微板毒性分析(MTA)测试单个物质及混合物对青海弧菌Q67(Vibrio qinghaiensis sp.-Q67)的发光抑制毒性.以浓度加... 详细信息

采用直接均分射线设计(EquRay)构建二甲亚砜(DMSO)分别与3种常用农药乐果(DIM)、敌敌畏(DIC)和甲霜灵(MET)的二元混合物,应用微板毒性分析(MTA)测试单个物质及混合物对青海弧菌Q67(Vibrio qinghaiensis sp.-Q67)的发光抑制毒性.以浓度加和(concentration addition,CA)模型检测混合物的毒性相互作用,提出并应用多效应残差法(multi-effectresidual analysis,MERA)定量表征DMSO-农药二元混合物实验观测毒性相对于CA模型预测结果的偏离程度,即毒性相互作用强度.表征结果显示3组DMSO-农药二元混合物的毒性相互作用以拮抗作用为主,最强拮抗作用在-23%～-15%之间,发生拮抗作用的浓度范围及拮抗作用强度受混合物组成、组分浓度比和效应水平等因素的影响.综合分析比较MERA与传统等效线图及扩展毒性单位和对3组二元混合物的表征结果发现,MERA从生物效应角度表征毒性相互作用强度,受到混合物组成和效应水平的限制较少,适用于分析具有复杂相互作用的二元混合物.

关键词：多效应残差法二元混合物毒性相互作用青海弧菌Q67 直接均分射线设计

3种农药及其混合物对秀丽线虫致死和亚致死终点联合毒性研究

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3种农药及其混合物对秀丽线虫致死和亚致死终点联合毒性研究

中国毒理学会第十次全国毒理学大会

作者：黄朋刘树深长江水环境教育部重点实验室同济大学污染控制与资源化国家重点实验室同济大学

农药等有毒化学品对环境的污染已成为一个全球性问题。涕灭威(ALD)、甲胺磷(MET)、三唑磷(TAP)及其混合物经常在地表水中被检测到,而关于它们的联合毒性却鲜有报道。因此,有必要开展农药对受试生物的混合物联合毒性研究,为混合物生态风...

农药等有毒化学品对环境的污染已成为一个全球性问题。涕灭威(ALD)、甲胺磷(MET)、三唑磷(TAP)及其混合物经常在地表水中被检测到,而关于它们的联合毒性却鲜有报道。因此,有必要开展农药对受试生物的混合物联合毒性研究,为混合物生态风险评估提供帮助。此外,生物的不同毒性终点(致死和亚致死)对毒性的表征至关重要。然而,对于混合物中致死终点和亚致死终点(如寿命和繁殖)之间的关系还没有系统的研究。而在生态风险评估中选取物种毒性终点的不同可能导致风险评估结果的不同,但同时进行多个毒性终点的研究将耗费更多的成本。那么同一受试生物不同毒性终点之间有什么内在关系,需要我们进一步去探讨,以更好地服务于生态风险评估。在本研究中,我们以上述3种农药作为环境污染物研究对象,采用直接均分射线法(EquRay)法和均匀设计射线法(UD-ray)分别进行二元和三元混合物设计。以与人体基因相似性高达70%的秀丽线虫作为受试生物,通过线虫致死微板毒性分析法和线虫寿命和繁殖抑制微板毒性分析法分别进行单一农药及其二元和三元致死毒性、寿命和繁殖抑制毒性实验。采用组合指数法对混合物毒性相互作用进行评估。结果表明,3种农药及其二元和三元混合物对线虫致死以及寿命和繁殖具有显著的剂量-效应关系。对于寿命和繁殖毒性终点来说,当线虫暴露于一定致死效应混合物浓度下侥幸存活的线虫寿命和繁殖将受到较大影响,并且这种影响在低于致死剂量一个数量级时都可能发生。通过3个终点的毒性相互作用研究我们发现混合污染物对秀丽线虫毒性相互作用具有混合物和混合物各组分浓度比依赖现象。且同一混合物体系对不同终点表现出的毒性相互作用具有显著性差异。本研究通过对秀丽线虫3个终点进行多个混合物体系联合毒性研究获取的毒性数据将为农药混合物环境风险评估提供基础数据支撑。

关键词：

来源： cnki会议评论

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APTox:化学混合物毒性评估与预测

化学学报 2012年第14期70卷 1511-1517页

作者：刘树深张瑾张亚辉覃礼堂同济大学环境科学与工程学院长江水环境教育部重点实验室上海200092 安徽建筑工业学院环境与能源工程学院合肥230601 中国环境科学研究院环境基准与风险评估国家重点实验室北京100012

真实环境中化学混合物的存在是普遍规律.化学混合物联合效应具有与单个组分不同的变化规律,目前缺少有效方法学与可靠基础数据.近年来,我们试图探索建立化学混合物毒性评估与预测(APTox)的方法体系.发展了微板毒性分析法(MTA)以提高测... 详细信息

真实环境中化学混合物的存在是普遍规律.化学混合物联合效应具有与单个组分不同的变化规律,目前缺少有效方法学与可靠基础数据.近年来,我们试图探索建立化学混合物毒性评估与预测(APTox)的方法体系.发展了微板毒性分析法(MTA)以提高测试数据精密度,创建了直接均分射线(EquRay)与均匀设计射线(UD-Ray)法来有效表征混合物浓度组成,建立了支持向量回归(SVR)技术拟合不同形状浓度-效应曲线,提出了将实验混合物整体剂量-效应曲线(CRC)与加和参考模型预测CRC比较以评价混合物毒性相互作用的方法,集成多种技术设计开发了化学混合物毒性评估与预测的应用程序.

关键词：化学混合物微板毒性分析直接均分射线均匀设计射线支持向量回归 APTox

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痕量汞的催化动力学分析

化工环保 1993年第6期13卷 352-355页

作者：刘树深桂林冶金地质学院桂林市541004

建立了在H_2SO_4介质中,汞催化亚铁氰化钾和邻菲罗啉指示反应,进而定量测定痕量汞的催化动力学方法。方法灵敏度高,ε=1.86×10~6L.mol^(-l).cm^(-1),汞量在0.05～2.00μg/20ml内线性关系良好。用于水样中汞的分析,结果满意。

关键词：汞催化分析邻菲罗啉指示反应

个人护理产品整体混合物对青海弧菌Q67产生时间依赖性激效

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个人护理产品整体混合物对青海弧菌Q67产生时间依赖性激效

基于轨迹起始点设计和扩展的改进采样策略及其在多因素混合物体系中的应用

中国毒理学会第十次全国毒理学大会

作者：顾中玮刘树深同济大学环境科学与工程学院长江水环境教育部重点实验室同济大学环境科学与工程学院污染控制与资源化国家重点实验室

引言商用PCPs是指在市场上销售的配方产品,如典型的商用护肤品。本研究选择5个不同暴露时间,选取4类30种个人护肤产品对青海弧菌Q67进行发光抑制毒性测试。本研究的目的是:(1)通过时间依赖微板毒性法(t-MTA)测试30种PCPs在不同暴露时间...

引言商用PCPs是指在市场上销售的配方产品,如典型的商用护肤品。本研究选择5个不同暴露时间,选取4类30种个人护肤产品对青海弧菌Q67进行发光抑制毒性测试。本研究的目的是:(1)通过时间依赖微板毒性法(t-MTA)测试30种PCPs在不同暴露时间对Q67的Hormesis;(2)总结含有Hormesis剂量-效应信息的变化规律。材料与方法 30种PCPs包括13种精华水、5种柔肤水、10种爽肤水和2种卸妆水。本研究采用相对浓度法,将每个产品原液相对浓度设为1和储备液浓度为不同稀释倍数(dilution multiple,dm)的1/dm或dm-1相结合来表示。所有溶液均用Milli-Q水配制,现配现用。采用时间依赖微板毒性分析法(t-MTA)测试PCPs对青海弧菌Q67的发光抑制毒性。结果结果表明,随着暴露时间的增加,产生Hormesis的PCPs数量逐渐增加。此外,有三种CRC类型的变化规律:(a)13种PCPs的CRCs从单调的S型曲线变为非单调的J型曲线;(b)6种PCPs的CRCs一直呈现S型曲线;(c)11种PCPs一直呈现J型CRCs。此外,产品随着暴露时间增加而Hormesis增强,并且大部分产品在12h的Hormesis最大。结论结果表明,有13种PCPs的CRC从单调的S形曲线变为非单调的J形曲线,有6种PCPs的CRC一直呈现S形曲线,有9种PCPs一直呈现J形CRCs。

关键词：

来源： cnki会议评论

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