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DNA中的极化子动力学

DNA中的极化子动力学

第九届全国化学动力学会议

作者：刘成卜郑斌武剑山东大学理论化学所山东大学理论化学所山东大学理论化学所

＜正＞理论和实验研究证明,在DNA中掺杂一个电子或空穴,可以导致DNA链的畸变,产生极化子。我们采用紧束缚模型（SSH）对极化子的动力学性质进行了模拟, 研究了极化子在电场中的传输过程,分析了载流子运动与格点位形变化以及系统的电荷...

＜正＞理论和实验研究证明,在DNA中掺杂一个电子或空穴,可以导致DNA链的畸变,产生极化子。我们采用紧束缚模型（SSH）对极化子的动力学性质进行了模拟, 研究了极化子在电场中的传输过程,分析了载流子运动与格点位形变化以及系统的电荷密度分布等物理量之间的关系。含时SSH哈密顿量及有关方程为:

关键词：

Theoretical Studies of the Isomerizations of Singlet and Triplet Silyl Nitrene

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cnki会议

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Science China Chemistry 1994年第10期37卷 1161-1166页

作者：刘成卜孙华斌鲁邓邓从豪 Institute of Theoretical Chemistry Shandong UniversityJinan 250100PRC Institute of Military Medicine Jinan CommandJinan 250014PRC Department of Physies Georgia Southern UniversityUSA

The isomerizations of singlet and triplet silyl nitrene are studied using ab initio method ofquantum *** singlet transition state has been *** mechanism proposed here is thatthe triplet species transforms first to singlet one through intersystem crossing and then the isomerization re-action takes *** difference of energies between the triplet and singlet species has been *** barrier and the reaction energy have been *** relative structure data of reactants,transi-tion state and products are given.

关键词： silyl nitrene isomerization intersystem crossing

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超球坐标下引入含簇结构相关函数初探

山东大学学报（理学版） 2002年第1期37卷 70-73页

作者：王沂轩张长桥刘成卜山东大学理论化学研究所济南250100

将包含Li原子cluster结构的两种相关函数e-α(r1 +r2 ) - βr3 和 i(2 -αr1)eα2 rie α jrj(1 i,j 3)分别引入超球坐标方法 ,并对原子基态的Schr edinger方程求解 .结果表明两种方法径向收敛均比相关函数取e-z(r1 +r2 +r3 ) 时快得... 详细信息

将包含Li原子cluster结构的两种相关函数e-α(r1 +r2 ) - βr3 和 i(2 -αr1)eα2 rie α jrj(1 i,j 3)分别引入超球坐标方法 ,并对原子基态的Schr edinger方程求解 .结果表明两种方法径向收敛均比相关函数取e-z(r1 +r2 +r3 ) 时快得多 ,且消除了本征能随广义Laguerre函数振荡的现象 ,能量本征值也均有所改善。

关键词：簇结构超球坐标相关函数 cluster问题量子化学计算 cluster结构锂原子等四体体系

咪唑啉类药物与钾离子通道Kir6.2相互作用的分子对接研究

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高等学校化学学报 2009年第11期30卷 2268-2273页

作者：张蕊凌宝萍孟祥华王志国张长桥刘永军刘成卜中国科学院西北高原生物研究所西宁810001 中国科学院研究生院北京100049 山东大学化学与化工学院济南250100

运用AutoDock4软件进行了分子对接研究,得到了7种咪唑啉药物分子与Kir6.2的作用位点,并发现了2个活性位点区域;依法可生(Efaroxan)、可乐定(Clonidine)、西苯唑啉(Cibenzoline)和Bl11282位于残基H175,K67和W68形成的活性口袋中,主要作... 详细信息

运用AutoDock4软件进行了分子对接研究,得到了7种咪唑啉药物分子与Kir6.2的作用位点,并发现了2个活性位点区域;依法可生(Efaroxan)、可乐定(Clonidine)、西苯唑啉(Cibenzoline)和Bl11282位于残基H175,K67和W68形成的活性口袋中,主要作用方式为氢键相互作用;而Rx871024、烯丙尼定(Alinidine)和Ly389382位于残基F168,M169和I296形成的疏水口袋中,在Kir6.2的通道孔中央,没有氢键形成,主要作用为疏水相互作用.咪唑啉类药物与Kir6.2相互作用活性位点的理论预测将有助于该药物在胰腺β细胞中调控胰岛素分泌机制的研究.

关键词：咪唑啉类药物 KATP通道 Kir6.2 分子对接结合位点

Fmoc保护的FF超分子水凝胶自组装过程的分子动力学模拟

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Fmoc保护的FF超分子水凝胶自组装过程的分子动力学模拟

中国化学会第十二届全国量子化学会议

作者：郭凯张恒苑世领刘成卜山东大学化学与化工学院

分子自组装是在纳米尺度或微观尺度上构建有序结构的一个自发过程,它提供了一个"自上而下"（"bottom-up"）的方法来制备功能纳米材料。在自组装过程中,小分子主要借助非共价相互作用形成超分子水凝胶,包括范德华相互作用、疏水相互作用...

分子自组装是在纳米尺度或微观尺度上构建有序结构的一个自发过程,它提供了一个"自上而下"（"bottom-up"）的方法来制备功能纳米材料。在自组装过程中,小分子主要借助非共价相互作用形成超分子水凝胶,包括范德华相互作用、疏水相互作用、氢键、π-π堆积等。近年来由低分子量小分子自组装形成的超分子水凝胶引起了广泛的关注,尤其是肽类小分子自组装形成的超分子水凝胶在控制药物释放和三维细胞培养等生物医学领域展现了潜在的应用价值。本文通过分子动力学模拟方法研究了Fmoc-FF小分子自组装形成凝胶的过程。模拟中,通过研究Fmoc环上径向分布函数,我们得出在0.42-0.5nm范围的峰值较大,推测这是一种典型的π-π堆积作用距离,并从模拟的构型图中观察到这种π-π堆积方式。然后我们又研究了Fmoc-FF分子间以及Fmoc-FF分子与水分子间形成的氢键的数目和弛豫时间并通过研究Fmoc-FF分子碳骨架上二面角的变化,得出二肽小分子间反向平行的β折叠排列方式。最后我们研究了超分子水凝胶周围水的结构,得出水凝胶对第一水化层内水的束缚最强。

关键词：

阴离子表面活性剂自组装结构的分子动力学模拟

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阴离子表面活性剂自组装结构的分子动力学模拟

第十届全国计算(机)化学学术会议

作者：延辉苑世领刘成卜山东大学化学与化工学院

表面活性剂在水溶液中能形成多种聚集结构,包括各种形态的胶束、囊泡、液晶和微乳液等,这些聚集形态有一个共同特点就是疏水非极性基形成聚集核心而亲水极性头基在聚集体表面与水分子结合。这种自组装结构首先由疏水效应作为主要推动力... 详细信息

表面活性剂在水溶液中能形成多种聚集结构,包括各种形态的胶束、囊泡、液晶和微乳液等,这些聚集形态有一个共同特点就是疏水非极性基形成聚集核心而亲水极性头基在聚集体表面与水分子结合。这种自组装结构首先由疏水效应作为主要推动力,同时范德华力、氢键和静电相互作用（特别是离子型表面活性剂或电解质溶液中）在胶束化作用中也非常关键。为获得溶液中表面活性剂聚集结构的微观性质,大量实验技术如NMR、EPR、拉曼光散射、荧光光谱等都有所应用。这些研究有助于我们了解溶液中聚集结构的性质和聚集的动力学过程。

关键词：表面活性剂分子动力学均力势

INVESTIGATION ON A CLASS OF WAVEFUNCTIONS WITH SYMPLECTIC SYMMETRY

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Chinese Science Bulletin 1990年第24期35卷 2057-2061页

作者：刘成卜曾宗浩孙家钟 Institute of Theoretical Chemistry School of Chemistry Shandong University Jinan 250100 PRCInstitute of Biophysics Academia Sinica Beijing 100080 PRCInstitute of Theoretical Chemistry Jilin University Chang chun 130023 PRC

n-Electron wavefunctions built up by the symplectic group chain Sp(2λ) Sp(2λ-2) … Sp(2)constitute a complete set in their space. Based on this complete set, some new quantum chemistry calculational methods can be proposed, while some problems, e. g. the N-representability, the eigenvalues of reduced density matrix and the natural expansion of wavefunction, can also be analysed more profoundly. We have investigated a class wavefunctions taken out of this complete set. In this note we will give a brief introduction to the main theoretical results, as the related quantum chemistry calculations are still underway.

关键词： symplectic symmetry density matrix natural expansion.

Density Functional Study on the Reaction Mechanism for the Reaction of Ni^+ with Ethane

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Chinese Journal of Chemistry 2002年第3期20卷 220-226页

作者：张冬菊刘成卜刘永军胡海泉 Institute of Theoretical Chemistry Shandong University Jinan Shandong 250100 China

The mechanism of the reaction of Ni^+ (~2D) with ethane in the gas-phase wasstudied by using density functional theory. Both the B3LYP and BLYP functionals with standardall-electron basis sets are used to give the detailed information of the potential energy surface(PES) of [Ni, C_2, H_6]^+. The mechanisms forming the products CH_4 and H_2 in the reaction of Ni^+with ethane are proposed. The reductive eliminations of CH_4 and H_2 are typicaladdition-elimination reactions. Each of the two reactions consists of two elementary steps; C―C orC―H bond activations to form inserted species followed by isomerizations to form product-likeintermediate. The rate determining steps for the elimination reactions of forming CH_4 and H_2 arethe isomerizations of the inserted species rather than C―C or C―H bond activations. Theelimination reaction of forming H_2 was found to be thermodynamically favored compared to that ofCH_4.

关键词： Ni^+ C_2H_6 reaction mechanism density func- tional theory

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动力学研究表面活性剂胶束化熵

动力学研究表面活性剂胶束化熵

中国化学会第30届学术年会-第三十一分会：胶体与界面化学

作者：刘国魁苑世领刘成卜山东大学化学与化工学院

表面活性剂形成胶束的过程,是个熵主导的过程。实验上可以测得该过程的熵增,却无法区分熵的来源,即源自表面活性剂的熵增加还是水分子的熵增加。本文采用动力学的方法,直接计算表面活性剂胶束化过程中构型熵的变化,结合实验数据,对胶束... 详细信息

表面活性剂形成胶束的过程,是个熵主导的过程。实验上可以测得该过程的熵增,却无法区分熵的来源,即源自表面活性剂的熵增加还是水分子的熵增加。本文采用动力学的方法,直接计算表面活性剂胶束化过程中构型熵的变化,结合实验数据,对胶束化的熵变的来源给予了解释。

关键词：动力学胶束化过程熵