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人线粒体RNA加工及调控

生物化学与生物物理进展 2023年第5期50卷 907-918页

作者：熊清平刘如娟王恩多中国科学院分子细胞科学卓越创新中心/上海生物化学与细胞生物学研究所上海200031 上海科技大学生命科学与技术学院上海201210

线粒体是细胞内氧化磷酸化(oxidative phosphorylation,OXPHOS)和合成三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)的细胞器,是细胞能量代谢的“动力工厂”。线粒体几乎存在于所有真核生物中,参与细胞凋亡、钙稳态以及先天免疫反应的调节等... 详细信息

线粒体是细胞内氧化磷酸化(oxidative phosphorylation,OXPHOS)和合成三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)的细胞器,是细胞能量代谢的“动力工厂”。线粒体几乎存在于所有真核生物中,参与细胞凋亡、钙稳态以及先天免疫反应的调节等过程,对细胞行使正常的生理功能至关重要。线粒体是半自主细胞器,拥有自身的基因组DNA,编码37个基因,包括2个rRNA基因、13个m RNA基因和22个tRNA基因。线粒体的基因表达需要经过复杂的转录和转录后加工过程,包括多顺反子RNA的切割、RNA的修饰以及RNA的末端加工等过程。异常的线粒体RNA加工会导致线粒体RNA表达谱发生变化、线粒体翻译紊乱、线粒体功能失常等,从而造成多种线粒体相关疾病。本文综述了线粒体DNA的转录、RNA转录后加工以及影响RNA加工的因素方面的最新研究进展。

关键词：线粒体线粒体RNA 转录加工多顺反子

乔装打扮——mRNA技术摘得“诺贝尔奖”的秘籍

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当代学生 2023年第21期 26-27页

作者：刘如娟朱文煜上海科技大学

2023年诺贝尔生理学或医学奖被授予美国科学家卡塔林·卡里科(Katalin Kariko)和德鲁·韦斯曼(Drew Weissman),以表彰他们“关于核苷碱基修饰的发现,使针对新型冠状病毒(COVID-19)的有效mRNA疫苗的开发成为可能”。相信大家对疫苗都不陌... 详细信息

2023年诺贝尔生理学或医学奖被授予美国科学家卡塔林·卡里科(Katalin Kariko)和德鲁·韦斯曼(Drew Weissman),以表彰他们“关于核苷碱基修饰的发现,使针对新型冠状病毒(COVID-19)的有效mRNA疫苗的开发成为可能”。相信大家对疫苗都不陌生,接种疫苗可以刺激身体对特定病原体进行免疫“演习”,使身体在暴露于病原体时能先发制人。那么什么是mRNA疫苗呢?mRNA疫苗有什么特点呢?为什么核苷修饰对mRNA疫苗如此重要呢?

关键词：诺贝尔生理学或医学奖接种疫苗碱基修饰诺贝尔奖病原体核苷韦斯曼

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基于体绘制技术的三维数据场可视化

基于体绘制技术的三维数据场可视化

作者：刘如娟太原理工大学

学位级别：硕士

本文以科学计算可视化中的体绘制技术为中心，对体绘制算法进行了深入的探讨，其中以规则数据场为重点进行了不同体绘制算法的研究，同时应用相关性体单元投影法，结合一种农作物的生长情况研究了一种具体的快速体绘制算法。首先，论... 详细信息

本文以科学计算可视化中的体绘制技术为中心，对体绘制算法进行了深入的探讨，其中以规则数据场为重点进行了不同体绘制算法的研究，同时应用相关性体单元投影法，结合一种农作物的生长情况研究了一种具体的快速体绘制算法。首先，论文讨论了体绘制技术的基本概念及原理，如体数据的分类、体绘制方程及近似合成公式等，系统地介绍了体绘制技术的主要内容;接着讨论了目前常见的几类体绘制算法，重点是以图像空间为序的光线投射算法和以对象空间为序的单元投影算法，对不同体绘制算法进行了分析，比较了这些算法各自的优缺点，另外还讨论了优化算法的几种方法，同时对并行体绘制算法进行了简单介绍;其次，论文重点研究了对规则数据场的体绘制算法，讨论了如何加速对规则数据场的体绘制算法，例如减少对空体元的采样或投影、减少投射光线的数目及利用图形硬件进行加速等，并重点介绍了本文所用的相关性体单元投影法，研究了该算法的基本思想并分析了其实现过程;最后论文改进了一种利用相关性体单元投影法进行快速体绘制的算法，对一种农作物在生长过程中所处的温度场进行了绘制计算，实时反映了它所处的温度，确定它处于安全温度还是警戒温度，使研究人员能很快的做出调整，从而把体绘制技术运用到实际情况中。在本文算法的实现过程中，充分利用了现有图形平台的特点，简化了算法的实现过程，从而使算法达到了较高的效率。

关键词：科学计算可视化体绘制技术规则数据场体单元投影法

基于标签聚类与用户模型的个性化推荐方法研究

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现代情报 2016年第6期36卷 74-78,99页

作者：刘如娟中央民族大学图书馆北京100081

社会标签系统是Web2.0中提出的概念,旨在更好地表达用户的兴趣和意愿。而标签聚类是社会标签系统的个性化推荐中一个重要的研究课题。本文研究了如何基于标签聚类与用户模型来进行个性化推荐的方法。通过计算标签的相似度进行标签聚类,... 详细信息

社会标签系统是Web2.0中提出的概念,旨在更好地表达用户的兴趣和意愿。而标签聚类是社会标签系统的个性化推荐中一个重要的研究课题。本文研究了如何基于标签聚类与用户模型来进行个性化推荐的方法。通过计算标签的相似度进行标签聚类,结合用户模型,根据标签聚类结果做出推荐。通过采用Cite ULike公布的数据集进行实验证明,与未采用标签聚类的推荐方法相比,本方法不仅可提高推荐的命中率,优化目标资源的排名,而且能为用户发现更多新的感兴趣的资源。

关键词：社会化网络社会标签系统标签聚类用户模型个性化推荐

tRNA 2’-O-甲基化修饰及其修饰酶的生物学功能

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生命科学 2019年第6期31卷 534-543页

作者：李静刘如娟王恩多中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所/分子细胞科学卓越创新中心/分子生物学国家重点实验室上海200031 中国科学院大学北京100864 上海科技大学生命科学与技术学院上海201210

转移核糖核酸(transfer RNA, tRNA)上存在着大量的转录后修饰,对tRNA发挥其生物学功能具有重要作用。甲基化修饰作为tRNA修饰中最广泛存在的一种,可以发生在核苷酸的碱基或者2’-O-核糖(2’-O-甲基化修饰)上。tRNA 2’-O-甲基化修饰广... 详细信息

转移核糖核酸(transfer RNA, tRNA)上存在着大量的转录后修饰,对tRNA发挥其生物学功能具有重要作用。甲基化修饰作为tRNA修饰中最广泛存在的一种,可以发生在核苷酸的碱基或者2’-O-核糖(2’-O-甲基化修饰)上。tRNA 2’-O-甲基化修饰广泛存在于古细菌、原核生物和真核生物中,并且在tRNA第4位、6位、18位、32位、34位、39位、44位、54位和56位均被鉴定到。研究表明,tRNA 2’-O-甲基化修饰参与调控tRNA的折叠和成熟、影响tRNA稳定性及反密码子与mRNA密码子配对的精确性,并与细胞生长、压力应激和免疫调控密切相关。人细胞质tRNA 2’-O-甲基化修饰缺陷常常与疾病密切相关,并且潜在的tRNA 2’-O-甲基修饰酶已经成为药物研发的新靶点。开展tRNA 2’-O-甲基化修饰及其修饰酶的研究将丰富人们对tRNA 2’-O-甲基化修饰的生物学功能的认识,并为探索tRNA 2’-O-甲基修饰酶在人类疾病中的致病机制打下基础。现将简要介绍已报道的tRNA 2’-O-甲基化修饰及其修饰酶的生物学功能。

关键词： tRNA 转录后修饰 2’-O-甲基化修饰 2’-O-甲基修饰酶生物学功能

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转移核糖核酸(tRNA)与癌症

生命科学 2020年第4期32卷 309-314页

作者：李浩刘如娟王恩多中国科学院分子细胞科学卓越创新中心/中国科学院生物化学与细胞生物学研究所上海200031 中国科学院大学北京100864 上海科技大学生命科学与技术学院上海201210

转移核糖核酸(transfer RNA, tRNA)在蛋白质生物合成过程中起关键作用,是将遗传信息翻译成蛋白质一级结构的接头分子。tRNA长久以来一直被认为是基因表达调控过程中的执行者而不具备调控功能,更不曾与癌症的发生联系起来。最新研究表明... 详细信息

转移核糖核酸(transfer RNA, tRNA)在蛋白质生物合成过程中起关键作用,是将遗传信息翻译成蛋白质一级结构的接头分子。tRNA长久以来一直被认为是基因表达调控过程中的执行者而不具备调控功能,更不曾与癌症的发生联系起来。最新研究表明,某些tRNA在癌细胞中异常表达,与癌症的发生和发展有密切联系。tRNA来源的小分子非编码RNA (tRFs和tiRNAs)是一类新的基因表达调控分子,tRFs可以调控癌基因的表达或者与RNA结合蛋白相互作用来调控癌细胞增殖和细胞周期进程。tRNA的转录后修饰能够调控mRNA翻译过程,进而影响癌细胞的生长。随着测序技术的发展,tRNA在癌症发生和发展中的调控作用成为近年来的研究热点,现将从"tRNA分子调控癌症的发生和发展"、"tRNA来源的小分子非编码RNA与癌症"以及"tRNA修饰与癌症"三个方面综述tRNA分子在癌症发生和发展中的调控功能。

关键词： tRNA tRNA来源的小分子非编码RNA tRNA修饰癌症基因表达调控

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Web服务的模型检测技术探讨

小型微型计算机系统 2007年第11期28卷 1921-1927页

作者：刘如娟戴桂兰胡长军白晓颖北京科技大学信息工程学院北京100083 清华大学信息技术研究院北京100084 清华大学计算机科学与技术系北京100084

从模型检测的基本概念出发,针对目前面向服务计算模式中,组合Web服务验证确认过程存在的问题,着重讨论了模型检测应用于Web服务验证中的关键技术,例如如何验证动态绑定服务的可信性,如何克服服务组合过程中的复杂性和不确定性;比较全面... 详细信息

从模型检测的基本概念出发,针对目前面向服务计算模式中,组合Web服务验证确认过程存在的问题,着重讨论了模型检测应用于Web服务验证中的关键技术,例如如何验证动态绑定服务的可信性,如何克服服务组合过程中的复杂性和不确定性;比较全面地总结并比较了几种具有代表性的对Web服务进行验证和确认的模型检测技术和相关工具;并探讨了应用于Web服务验证框架的模型检测技术研究中存在的一些问题及相应的解决方案.

关键词：面向服务的计算 WEB服务规范模型检测服务验证

亮氨酰-tRNA合成酶在人类疾病治疗中的应用

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生命科学 2017年第6期29卷 527-533页

作者：龙韬刘如娟王恩多中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所分子细胞科学卓越创新中心国家分子生物学重点实验室上海200031 中国科学院大学北京100864 上海科技大学生命科学与技术学院上海201210

氨基酰-tRNA合成酶是蛋白质合成过程中的关键酶,广泛参与细胞信号转导、免疫、发育以及疾病等复杂的生理过程。而亮氨酰-tRNA合成酶作为其中的一员,由于对其经典和非经典功能的研究比较透彻,因而受到了药物研发人员的青睐。现综述了亮氨... 详细信息

氨基酰-tRNA合成酶是蛋白质合成过程中的关键酶,广泛参与细胞信号转导、免疫、发育以及疾病等复杂的生理过程。而亮氨酰-tRNA合成酶作为其中的一员,由于对其经典和非经典功能的研究比较透彻,因而受到了药物研发人员的青睐。现综述了亮氨酰-tRNA合成酶应用于抗病原菌感染和抗肿瘤等方面的研究进展和治疗前景。

关键词：亮氨酰-tRNA合成酶抗生素抗肿瘤

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基于高通量测序的RNA修饰检测技术

生命科学 2021年第3期33卷 292-302页

作者：朱文煜李蔡涛杨文清李静刘如娟上海科技大学生命科学与技术学院上海201210 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心上海200031

转录后修饰广泛存在于各种RNA分子中,对RNA发挥功能至关重要。目前,RNA上的化学修饰已达到160余种(https://***/modomics/),其中甲基化修饰是最常见的修饰类型。薄层层析、高效液相色谱及质谱等传统的检测方法对RNA修饰的鉴定和定量做... 详细信息

转录后修饰广泛存在于各种RNA分子中,对RNA发挥功能至关重要。目前,RNA上的化学修饰已达到160余种(https://***/modomics/),其中甲基化修饰是最常见的修饰类型。薄层层析、高效液相色谱及质谱等传统的检测方法对RNA修饰的鉴定和定量做出了重要贡献。然而,RNA修饰的精确定位以及对低丰度RNA分子的修饰检测等则依赖于近些年发展的适用于修饰检测的高通量测序技术。《生命科学》2018年发表的"RNA修饰检测技术"一文已对一些传统的RNA检测方法和部分高通量测序检测方法进行了系统的介绍。在此基础上,该文整理了目前常见的基于高通量测序的RNA修饰检测技术,并对其工作原理和应用展开介绍。

关键词： RNA修饰高通量测序 RNA甲基化