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基于蛋白质组学技术的鹿茸不同部位差异蛋白筛选

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畜牧兽医学报 2017年第4期48卷 618-626页

作者：刘华淼鞠妍张然然邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室长春130112

旨在了解梅花鹿鹿茸不同部位蛋白表达差异,本研究以腊片部位、血片部位和骨片部位的梅花鹿鹿茸组织为试验材料,运用双向电泳(2-DE)和MALDI-TOF-TOF串联质谱技术对不同部位梅花鹿鹿茸差异表达蛋白质进行鉴定,并对差异蛋白进行生物信息学... 详细信息

旨在了解梅花鹿鹿茸不同部位蛋白表达差异,本研究以腊片部位、血片部位和骨片部位的梅花鹿鹿茸组织为试验材料,运用双向电泳(2-DE)和MALDI-TOF-TOF串联质谱技术对不同部位梅花鹿鹿茸差异表达蛋白质进行鉴定,并对差异蛋白进行生物信息学分析。结果表明,成功筛选出37个差异表达蛋白,主要涉及多细胞生物体发生、解毒、细胞成分组织或生物发生、细胞聚集、定位、对刺激的反应、生物黏附、发育、单一生物体发生、免疫系统等生物学过程。其中鹿茸腊片、血片、骨片组织中分别有18、5与14个蛋白质表达上调。对差异表达蛋白作进一步分析发现,转录延伸因子(EFB1)、视黄酸结合蛋白(CRABP1)在鹿茸的快速生长中起重要调控作用,而载脂蛋白A1(APOA1)、脂肪酸结合蛋白4(FABP4)、转甲状腺素蛋白(TTR)在鹿茸的快速骨化中起重要的调控作用,对鹿茸快速生长与骨化机制的进一步研究具有重要意义。

关键词：梅花鹿鹿茸不同部位双向凝胶电泳蛋白质组学

中国家养梅花鹿种质资源特性及其保存与利用的途径分析

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中国畜牧兽医 2015年第10期42卷 2732-2738页

作者：胡鹏飞刘华淼邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物学国家重点实验室农业部特种经济动物遗传育种与繁殖重点实验室长春130112

作者以"种质资源"为中心,论述了中国家养梅花鹿的遗传背景,分析比较了以东北梅花鹿为基础人工育成品种(品系)的特征及生产性能,并对家养梅花鹿与马鹿种间杂交的生物学基础、杂交后代的遗传性状和生产性能进行了分析。针对目前中国家养... 详细信息

作者以"种质资源"为中心,论述了中国家养梅花鹿的遗传背景,分析比较了以东北梅花鹿为基础人工育成品种(品系)的特征及生产性能,并对家养梅花鹿与马鹿种间杂交的生物学基础、杂交后代的遗传性状和生产性能进行了分析。针对目前中国家养梅花鹿资源现状,提出了中国家养梅花鹿的种质资源保存与合理利用的途径。

关键词：家养梅花鹿种质资源遗传背景种间杂交保存与利用

基于label-free技术的梅花鹿(Cervus nippon)茸角蛋白组分比较

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畜牧兽医学报 2019年第10期50卷 2005-2012页

作者：张然然刘华淼王洪亮李洋邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物学重点实验室

旨在探究不同生长时期梅花鹿鹿茸的蛋白质组分信息,为鹿茸有效活性物质的挖掘提供理论依据。本研究利用label-free蛋白质组学技术及生物信息学方法对不同生长时期(10、20、40、60、130与360天)梅花鹿茸角蛋白质组分进行比较研究。结果显... 详细信息

旨在探究不同生长时期梅花鹿鹿茸的蛋白质组分信息,为鹿茸有效活性物质的挖掘提供理论依据。本研究利用label-free蛋白质组学技术及生物信息学方法对不同生长时期(10、20、40、60、130与360天)梅花鹿茸角蛋白质组分进行比较研究。结果显示,梅花鹿茸角含有丰富的蛋白质,10、20、40、60、130与360天蛋白质含量依次为65.35、70.90、74.00、82.25、56.00、28.02mg·g^-1。应用label-free蛋白质组学技术共鉴定出636种梅花鹿茸角蛋白质,其中218种蛋白质为显著差异表达,主要参与了蛋白质合成、发育、细胞骨架、转运等生物学过程。不同生长阶段茸角的蛋白质表达有各自的特点,为梅花鹿茸角药理活性成分的筛选及茸角相关产品的开发奠定理论基础。

关键词：梅花鹿茸角 label-free 蛋白质药理活性成分

梅花鹿与欧洲马鹿染色体水平基因组的比较研究

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畜牧兽医学报 2021年第2期52卷 376-388页

作者：唐丽昕王天骄刘华淼张然然邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室长春130112

旨在从基因组层面揭示梅花鹿与欧洲马鹿的起源进化,找到与进化过程相关的信号通路并与表型进行关联。本试验以成年雌性梅花鹿与成年雄性欧洲马鹿染色体水平基因组作为研究对象,利用比较基因组学的方法对梅花鹿和欧洲马鹿基因组进行染色... 详细信息

旨在从基因组层面揭示梅花鹿与欧洲马鹿的起源进化,找到与进化过程相关的信号通路并与表型进行关联。本试验以成年雌性梅花鹿与成年雄性欧洲马鹿染色体水平基因组作为研究对象,利用比较基因组学的方法对梅花鹿和欧洲马鹿基因组进行染色体共线性分析,获得两个物种间基因组序列的同源关系和基因组发生的染色体倒位现象,并对被倒位截断和在倒位内部未被截断的两类基因分别进行GO和KEGG功能富集分析;同时对两个物种染色体上的基因进行共线性分析,识别二者基因组间的直系同源区域,检测直系同源基因,估算两个物种的分化时间。结果显示,梅花鹿与欧洲马鹿基因组表现出同源性,有27条染色体的同源性在95%以上;通过基因组的比对确定了梅花鹿的23号染色体是X染色体;而对染色体倒位的统计及基因的GO和KEGG功能富集分析发现,梅花鹿基因组共有37847个倒位,片段长度为1~5 kb的倒位数目最多;而倒位涉及基因的GO功能富集的生物学过程及分子功能有嗅觉中化学刺激的检测、嗅觉感觉、嗅觉感受器活动、信号传感器活动;KEGG富集的是嗅觉传导信号通路。而梅花鹿与欧洲马鹿基因共线性分析共检测出79个同源区段,12629个直系同源基因,利用同源基因的同义突变率(Ks)估算出梅花鹿与欧洲马鹿的分化时间是0.318 MYA(millions of years ago)。本研究利用比较基因组学的方法,获得了梅花鹿与欧洲马鹿基因组间的同源关系以及两个物种染色体倒位现象,通过功能富集分析发现,染色体倒位与嗅觉表型有关,为鹿属动物染色体进化的研究提供新的理论基础。

关键词：梅花鹿欧洲马鹿染色体水平基因组比较基因组学

基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析

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畜牧兽医学报 2019年第12期50卷 2422-2430页

作者：董世武王天骄刘华淼王磊唐丽昕邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室

旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体... 详细信息

旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样品1427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点23943582个,质控过滤后得到SNP位点31630个。对31630个SNPs使用最大似然(maximum likelihood,ML)法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1032个(马鹿特异SNP位点474个,梅花鹿特异SNP位点558个),计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%~60%之间,F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%~30%之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs,17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%,13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%~10%之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%~20%(其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%)。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)的鉴别具有重要意义。

关键词： GBS 梅花鹿马鹿杂交鹿 SNP 鉴别

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鹿茸组织中内参基因的筛选和验证

中国畜牧兽医 2015年第4期42卷 883-889页

作者：张然然刘华淼邢秀梅胡大勇中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室长春130112 白城市动物卫生监督所白城137000

为筛选在不同生长时期鹿茸组织中稳定表达的内参基因,试验以不同生长时期(分别为脱盘后10、20、40和60d)的鹿茸组织为材料,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β2-微球蛋白(B2M)、还原型辅酶Ⅰ(NADH)、... 详细信息

为筛选在不同生长时期鹿茸组织中稳定表达的内参基因,试验以不同生长时期(分别为脱盘后10、20、40和60d)的鹿茸组织为材料,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β2-微球蛋白(B2M)、还原型辅酶Ⅰ(NADH)、60S核糖体蛋白L40(RPL40)、谷胱甘肽还原酶7(GPx)和β肌动蛋白(ACTB)6个看家基因的表达情况,并运用geNorm和NormFinder两个程序综合分析6个看家基因的表达稳定性。结果显示,GAPDH、ACTB、RPL40表达稳定性较好,可用作鹿茸基因表达研究的内参基因,而NADH和GPx的稳定性最差,不适合作内参基因。通过对鹿茸生长相关基因(ANXA5、HSP27、PRD2、CRABP1、LGALS1)表达分析,进一步验证了上述结果,并且发现这5种基因均在脱盘后10d的鹿茸组织中高表达。该研究结果为鹿茸快速生长及骨化相关基因的研究奠定了一定基础。

关键词： qRT-PCR 鹿茸内参基因 geNorm NormFinder

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不同生长时期梅花鹿鹿茸转录组分析

畜牧兽医学报 2017年第2期48卷 235-242页

作者：张然然刘华淼王磊邢秀梅苏伟林高兵中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室长春130112

本研究旨在探究不同生长时期梅花鹿鹿茸的转录组差异,丰富梅花鹿鹿茸转录组信息。选取5个生长时期(10、20、28、44、66d)的梅花鹿鹿茸组织作为试验样品,利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序,并用测序评估、基因注释等生物信息学方法进... 详细信息

本研究旨在探究不同生长时期梅花鹿鹿茸的转录组差异,丰富梅花鹿鹿茸转录组信息。选取5个生长时期(10、20、28、44、66d)的梅花鹿鹿茸组织作为试验样品,利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序,并用测序评估、基因注释等生物信息学方法进行分析。结果,经过测序、转录本拼接获得了375 657条contigs,平均长度为688bp,329 946个unigenes,平均长度为534bp。通过比对Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等7大数据库,90.07%unigenes得到了成功注释。其中39 674个(12.02%)基因成功注释到GO数据库,在level 2水平上共分为41个类别;17 732个(5.37%)基因成功注释到将KOG的26个类别中。对5个生长时期的鹿茸转录本文库进行比较分析,共发现了509个差异基因,其中407个差异表达基因成功注释到GO数据库中,主要为信号转导、氧化还原、转录调节、蛋白酶降解等生物学过程。其中转录调节基因PER1、EGR1的表达随着鹿茸的生长而增加,而GAS1则相反,随着鹿茸的生长而降低,推测PER1、EGR1、GAS1等转录因子在鹿茸生长过程中可能起着重要的调节作用。本研究利用高通量测序技术对不同生长时期的梅花鹿鹿茸组织进行了转录组测序和分析,筛选到了梅花鹿鹿茸在不同生长时期下的差异表达基因,并获得了差异表达基因的功能。

关键词：梅花鹿鹿茸转录组差异表达基因

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中国家养梅花鹿产茸性能的影响因素

中国家养梅花鹿产茸性能的影响因素

第六届(2015)中国鹿业发展大会

作者：胡鹏飞刘华淼邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物学国家重点实验室农业部特种经济动物遗传育种与繁殖重点实验室

培育优质高产梅花鹿品种一直是人们追求的目标。本文在阐述中国家养梅花鹿鹿茸生长发育特性的基础上,分析了品种、体型外貌、年龄、激素、细胞因子、基因、小RNA、营养、饲养管理、光照、气温、收茸时期对中国家养梅花鹿产茸性能的影响... 详细信息

培育优质高产梅花鹿品种一直是人们追求的目标。本文在阐述中国家养梅花鹿鹿茸生长发育特性的基础上,分析了品种、体型外貌、年龄、激素、细胞因子、基因、小RNA、营养、饲养管理、光照、气温、收茸时期对中国家养梅花鹿产茸性能的影响,以期为提高鹿茸产量和质量、培育优质高产梅花鹿品种提供理论依据。

关键词：家养梅花鹿鹿茸产量鹿茸质量影响因素

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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梅花鹿鹿茸双向电泳蛋白提取条件筛选

梅花鹿鹿茸双向电泳蛋白提取条件筛选