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系统性红斑狼疮患者的免疫浸润特征及其mRNA-TF-miRNA免疫调控网络的建立

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系统性红斑狼疮患者的免疫浸润特征及其mRNA-TF-miRNA免疫调控网...

作者：凌华云安徽医科大学

学位级别：硕士

目的探究系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus,SLE）患者的免疫浸润特征,并建立m RNA-TF-mi RNA免疫调控网络,为SLE患者的临床诊断、治疗和预后提供新的研究思路。方法研究通过美国国家生物技术信息中心（national center for... 详细信息

目的探究系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus,SLE）患者的免疫浸润特征,并建立m RNA-TF-mi RNA免疫调控网络,为SLE患者的临床诊断、治疗和预后提供新的研究思路。方法研究通过美国国家生物技术信息中心（national center for biotechnology information,NCBI）创建和管理的基因表达综合数据库（gene expression omnibus,GEO）（https://***/geo/）下载SLE患者外周血的m RNA基因表达矩阵数据集（GSE110174、GSE20864、GSE61635和GSE138458）。采用生物信息学分析方法（加权共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）,差异表达基因分析（differentially expressed genes,DEGs）和‘CIBERSORT’免疫浸润特征分析等）,全面探究22种免疫细胞及亚群在SLE患者外周血的表达情况,并结合关键基因的表达特征,对表达异常的免疫细胞和关键基因的相关关系进行初步的描述。与此同时,通过数据库预测调控关键基因的相关微小RNA（micro RNA,mi RNA）和转录因子（transcription factors,TFs）,进一步建立m RNA-TF-mi RNA免疫调控网络,讨论网络中分子作为SLE相关分子标志物进行研究的意义。结果对合并后的数据集（样本量SLE患者292个,健康对照108个,m RNA数量14803个）进行DEGs分析,得到上调基因112个,下调基因47个（P＜0.05）;上调DEGs主要富集在病毒防御相关通路上如“免疫效应的过程”、“免疫反应”、“对病毒的防御反应”,以及I型干扰素相关通路如“I型干扰素信号通路”、“细胞对I型干扰素的反应”、“对I型干扰素的反应”等（P＜0.05）;下调DEGs主要富集在生物化合物代谢的相关通路上如“血红素生物合成的过程”、“含卟啉化合物生物合成过程”、“四吡咯生物合成的过程”等,以及细胞成分功能相关通路如“细胞皮层功能”和“皮层细胞骨架功能”等（P＜0.05）。通过Cytoscape筛选得到10个核心（hub）基因（IFIT3、ISG15、IRF7、DDX60、OASL、OAS2、MX1、DDX58、OAS3和RTP4）,这10个hub基因在蛋白质表达过程中起到了核心的作用。WGCNA结果显示,与SLE最为显著相关的是红色“red”模块（r=0.440,P＜0.001）。红色模块包含了45个基因,均与SLE显著相关（r＞0.800,P＜0.001）。红色模块45个基因的主要富集通路有I型干扰素相关通路如“α干扰素反应”、“β干扰素反应”、“对I型干扰素的反应”等,以及病毒免疫相关通路如“对病毒的防御反应”、“病毒基因组复制的负调控”等。hub基因与红色模块基因的交集是10个上调DEGs（IFIT3、ISG15、IRF7、DDX60、OASL、OAS2、MX1、DDX58、OAS3和RTP4）,将其定义为关键基因。对10个关键基因进行Clue GO通路功能富集分析,关键基因主要富集的通路分别为病毒免疫相关通路如“对病毒反应的细胞质模式识别受体信号通路”、“细胞对病毒的反应”等,以及I型干扰素相关通路如“I型干扰素介导的信号通路调控”、“I型干扰素生产的正向调节”等。免疫浸润特征分析显示,SLE组与对照组相比有13种表达显著差异的免疫细胞类型,包括静息自然杀伤细胞、M0巨噬细胞、激活树突状细胞和中性粒细胞等（P＜0.05）。免疫细胞评分与关键基因的相关性分析显示,激活树突状细胞、中性粒细胞和浆细胞等细胞与关键基因均呈正向相关关系（P＜0.05）,静息自然杀伤细胞和γδT细胞等细胞与关键基因均呈负向相关关系（P＜0.05）。取3个mi RNA数据库预测结果的交集,得到6个关键基因（IFIT3、OAS2、DDX58、OAS3、DDX60、RTP4）的14个相关mi RNA,其余4个关键基因（ISG15、IRF7、OASL、MX1）没有预测到相关mi RNA。通过转录因子数据库搜索得到调控6个关键基因的90个转录因子。利用6个关键基因（m RNA）、14个mi RNA和7个最重要的TFs建立了SLE的m RNA-TF-mi RNA免疫调控网络。结论SLE的免疫浸润特征与I型干扰素相关通路密切相关,其中树突状细胞（Dendritic cells,DCs）、中性粒细胞和浆细胞等几种免疫细胞发挥了重要作用;最后建立了包含6个关键基因、14个mi RNA和7个TFs的m RNA-TF-mi RNA免疫调控网络,可

关键词：系统性红斑狼疮加权基因共表达网络差异表达基因分析免疫浸润特征 I型干扰素

vhb基因在斑贝链霉菌中的整合表达及其对默诺菌素合成的影响

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vhb基因在斑贝链霉菌中的整合表达及其对默诺菌素合成的影响

作者：凌华云华中农业大学

学位级别：硕士

斑贝链霉菌是磷酸糖脂类抗生素默诺菌素的主要产生菌，它严格好氧，发酵液粘稠而溶氧极差。因此溶氧成为默诺菌素高产的限制性因素之一。本研究通过在斑贝链霉菌中整合表达透明颤菌血红蛋白基因(vhb)来改善氧的传递，进而提高菌体生长... 详细信息

斑贝链霉菌是磷酸糖脂类抗生素默诺菌素的主要产生菌，它严格好氧，发酵液粘稠而溶氧极差。因此溶氧成为默诺菌素高产的限制性因素之一。本研究通过在斑贝链霉菌中整合表达透明颤菌血红蛋白基因(vhb)来改善氧的传递，进而提高菌体生长和抗生素产量。接合转移是一种有效的基因转移手段。它可以避开胞外核酸酶对外源DNA的降解，而且操作程序简单，已在多种链霉菌中成功应用。本实验首次探索了斑贝链霉菌接合转移，发现接合转移是一种高效的基因转移手段。红霉素抗性基因启动子(ermEp)是能在链霉菌中组成型表达的强启动子。通过SOE-PCR技术将vhb结构基因置于ermEp下，使vhb基因高效表达。为了vhb基因更好的表达，通过OOE-PCR技术对ermEp启动子-35区TGG密码子进行缺失诱变，产生更强的启动子ermEp。 pSET152是一类链霉菌整合表达载体，将vhb基因连接到pSET152上，分别构建了表达载体pBIB2004和pBIB2005。通过大肠杆菌-链霉菌属间接合转移导入斑贝链霉菌中，PCR验证表明vhb基因成功整合到染色体上。CO结合差光谱和Western Blot分析表明工程菌表达出有生物活性的透明颤菌血红蛋白(VHb)。摇瓶发酵初步证实VHb蛋白的表达可促进默诺菌素的合成和菌体的生长。20L发酵罐摸索发现促生长和产素作用不太明显，可能与工艺进一步优化有关。相关实验需要继续。

关键词：斑贝链霉菌默诺菌素透明颤菌血红蛋白(VHb) vhb基因属间接合转移整合表达 CO差光谱分析 OOE-PCR

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一种丁酸梭菌与鼠李糖乳杆菌的混合培养方法

武汉大学学报（理学版） 2009年第5期55卷 587-590页

作者：王松丽凌华云武汉大学医学院湖北武汉430071

采用混合培养的方法,通过CBS混合培养基,在37℃条件下,对丁酸梭菌与鼠李糖乳杆菌进行了混合培养.试验结果显示,两者在混合培养体系中表现出良好的互惠共生关系,混合培养生物量分别可达6.3×108,43.5×108CFU/mL,较纯培养生物量分别增加... 详细信息

采用混合培养的方法,通过CBS混合培养基,在37℃条件下,对丁酸梭菌与鼠李糖乳杆菌进行了混合培养.试验结果显示,两者在混合培养体系中表现出良好的互惠共生关系,混合培养生物量分别可达6.3×108,43.5×108CFU/mL,较纯培养生物量分别增加80%和51.7%;混合培养液较纯培养对常见肠道致病菌具有更强的抑菌活性,抑菌活性大小依次为大肠杆菌,痢疾志贺氏菌,沙门氏菌.实验表明,该方法具有较好的可行性和实用性.

关键词：丁酸梭菌鼠李糖乳杆菌混合培养互惠共生

微生态制剂对繁殖母猪粪便形态、采食量及乳汁质量的影响

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饲料工业 2014年第7期35卷 29-32页

作者：唐明红王启军凌华云湖北华扬科技发展有限公司湖北武汉430074

选取30头配种时间接近、胎次大致相同、体重大致接近、健康状况良好的妊娠60d左右的长大杂（长白×大约克）经产母猪随机分为三个处理，每个处理10个重复，每个重复1头母猪。处理1组为对照组，试验开始～妊娠90d饲喂妊娠期基础日粮，妊... 详细信息

选取30头配种时间接近、胎次大致相同、体重大致接近、健康状况良好的妊娠60d左右的长大杂（长白×大约克）经产母猪随机分为三个处理，每个处理10个重复，每个重复1头母猪。处理1组为对照组，试验开始～妊娠90d饲喂妊娠期基础日粮，妊娠90d～产仔后10d饲喂哺乳期基础日粮；处理2组为试验l组，试验开始～妊娠90d饲喂妊娠期基础日粮＋微生态制剂100g／t，妊娠90d～产仔后10d饲喂哺乳期基础日粮＋微生态制剂100g／t；处理3组为试验2组，试验开始～妊娠90d饲喂妊娠期基础日粮＋微生态制剂200g／t，妊娠90d～产仔后10d饲喂哺乳期基础日粮＋微生态制剂200趴。试验结果显示：①全程粪便得分方面，与对照组相比，试验1组、试验2组的粪便得分极显著降低（P〈0．01），试验2组与试验l组相比，粪便得分显著降低（P〈0．05）；②采食量方面，试验开始～妊娠90d时，三个处理组的采食量有递增趋势，但差异不显著（P〉0．05），但在妊娠90d～产仔后10d时的采食量，三个处理组间差异极显著fP〈0。01）；③乳汁质量方面，三个处理组间初乳的干物质含量、脂肪含量、乳蛋白含量和乳糖含量差异均为极显著（P〈0．01），常乳中干物质含量、脂肪含量和乳蛋白含量三个处理组间均为差异极显著（P〈0．01），乳糖含量三个处理组间差异不显著（P〉0．05）。试验结果表明，微生态制剂能显著改善繁殖母猪的粪便，显著提高妊娠90d一产仔后10d的采食量和母猪乳汁中干物质、乳脂和乳蛋白的含量。

关键词：微生态制剂母猪粪便得分采食量,乳汁质量

饲用芽孢杆菌的生物学功能及其在饲料中的应用

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饲料与畜牧（新饲料） 2010年第8期 39-42页

作者：凌华云武汉中傲天乐生物科技有限公司

饲料级微生物添加剂是近年来发展起来的一类新型饲料添加剂，在提高饲料利用率;增加生产性能，调节肠道微生态平衡，增强免疫力等方面具有显著的促进作用。目前在饲料及动物生产上使用较多的微生物有乳酸菌、酵母菌、芽孢杆菌及光合细... 详细信息

饲料级微生物添加剂是近年来发展起来的一类新型饲料添加剂，在提高饲料利用率;增加生产性能，调节肠道微生态平衡，增强免疫力等方面具有显著的促进作用。目前在饲料及动物生产上使用较多的微生物有乳酸菌、酵母菌、芽孢杆菌及光合细菌，其中芽孢杆菌具有抗逆性强、耐高温高压、耐酸碱胆盐、易贮存等独特的生物特性，从动物生产和饲养工业角度评价，芽孢杆菌比其它微生物添加剂具有更大的优势，能更好地满足饲料用微生物现代工业生产的要求。本文就饲用芽孢杆菌的生物学功能及其在饲料中的应用作一简述。

关键词：饲料添加剂芽孢杆菌生物学功能应用饲用微生物添加剂动物生产工业生产

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饲料中微生态制剂应用研究

饲料工业 2016年第2期37卷 55-58页

作者：邱权詹志春周樱凌华云武汉新华扬生物股份有限公司湖北武汉430000

微生态制剂作为一种绿色、安全、环境友好的饲料添加剂,在畜禽养殖业中得到了深入的研究和广泛的推广。文章简单介绍了微生态制剂的研究现状,重点阐述了目前微生态制剂的作用机理和应用前景及未来的发展趋势。

关键词：微生态制剂作用机理应用前景发展趋势

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水产健康养殖新思路

养殖与饲料 2012年第9期11卷 73-75页

作者：凌华云武汉施瑞福生物技术有限公司武汉430223

现代高密度水产养殖模式给水体自身或人工修复带来很大压力。真正的健康养殖要从两方面出发:一是环境,也就是养殖池塘,池塘的核心问题就是水质与底质;二是养殖动物,其核心问题是营养平衡、免疫平衡。围绕这2个方面,科学的健康养殖管护... 详细信息

现代高密度水产养殖模式给水体自身或人工修复带来很大压力。真正的健康养殖要从两方面出发:一是环境,也就是养殖池塘,池塘的核心问题就是水质与底质;二是养殖动物,其核心问题是营养平衡、免疫平衡。围绕这2个方面,科学的健康养殖管护模式就是外养水、内保健。

关键词：水产健康养殖新思路

微生态制剂对繁殖母猪生产性能和初生仔猪黄白痢发生率的影响

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饲料工业 2014年第17期35卷 114-117页

作者：唐明红凌华云王启军湖北华扬科技发展有限公司

选取30头配种时间接近、胎次大致相同、体重大致接近、健康状况良好的妊娠60 d左右的长大杂（长白×大约克）经产母猪随机分为三个处理,每个处理10个重复,每个重复1头母猪,处理1组为对照组,试验开始;娠90 d饲喂妊娠期基础日粮,妊娠90 d... 详细信息

选取30头配种时间接近、胎次大致相同、体重大致接近、健康状况良好的妊娠60 d左右的长大杂（长白×大约克）经产母猪随机分为三个处理,每个处理10个重复,每个重复1头母猪,处理1组为对照组,试验开始;娠90 d饲喂妊娠期基础日粮,妊娠90 d;仔后10 d饲喂哺乳期基础日粮,处理2组为试验1组,试验开始;娠90 d饲喂妊娠期基础日粮+微生态制剂100 g,妊娠90 d;仔后10 d饲喂哺乳期基础日粮+微生态制剂100 g,处理3组为试验2组,试验开始;娠90 d饲喂妊娠期基础日粮+微生态制剂200 g,妊娠90 d;仔后10 d饲喂哺乳期基础日粮+微生态制剂200 g。试验结果显示:窝产仔数:试验1组较对照组差异不显著（P>0.05）,试验2组比对照组差异显著（P0.05）;窝产活仔数试验1组与对照组差异显著（P0.05）;窝产合格仔数:试验1组与对照组、试验2组与对照组均为差异极显著（P<0.01）,试验2组与试验1组差异显著（P<0.05）;窝产总重量:试验1组、试验2组、对照组之间相比均为差异极显著（P<0.01）;仔猪平均出生体重:试验1组、试验2组、对照组之间比较差异极显著（P<0.01）;仔猪黄白痢发生率:试验2组、试验1组、对照组之间比较均为差异极显著（P<0.01）。试验结果表明,微生态制剂能显著改善母猪的窝产活仔数和合格仔数,显著提高窝产总重量和仔猪的平均出生体重,显著降低仔猪出生后10 d内的黄白痢发生率。

关键词：微生态制剂母猪窝产仔数窝产活仔数窝产合格仔数窝产总重量仔猪平均出生体重黄白痢发生率

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浅谈大水面水产养殖的几个误区及对策(二)

当代水产 2012年第5期37卷 72-74页

作者：凌华云胡升翔武汉施瑞福生物技术有限公司

1鲢鳙食物1．1误区：鲢食浮游植物，鳙食浮游动物传统的理论，包括现代的所有教材都认为，白鲢主要以浮游植物为食，鳙鱼以浮游动物为主食。这一观念已深深地在人们的心中根深蒂固，

关键词：水产养殖误区大水面浮游植物浮游动物鲢鳙白鲢鳙鱼