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红色毛癣菌不同生长阶段的基因表达谱分析

中国科学：生命科学 2011年第5期41卷 414-421页

作者：徐星晔刘涛冷文川董杰薛颖杨汉春金奇中国农业大学动物医学院农业部动物流行病学与人兽共患病重点实验室农业微生物技术国家重点实验室北京100094 中国医学科学院病原生物学研究所病毒基因工程国家重点实验室北京100176

红色毛癣菌是最重要的浅表感染真菌.目前对红色毛癣菌分子和遗传学方面的研究还比较有限.应用cDNA芯片技术对红色毛癣菌不同生长阶段的基因表达谱进行了分析,获得了2044个在不同生长阶段差异表达的基因.聚类分析表明,这些基因可以分为3... 详细信息

红色毛癣菌是最重要的浅表感染真菌.目前对红色毛癣菌分子和遗传学方面的研究还比较有限.应用cDNA芯片技术对红色毛癣菌不同生长阶段的基因表达谱进行了分析,获得了2044个在不同生长阶段差异表达的基因.聚类分析表明,这些基因可以分为3种不同的表达模式.本研究验证了先前的结论,即在红色毛癣菌中存在预储存的mRNA.对不同生长状态下转录谱和基因功能分析表明,糖酵解过程中的一些重要的酶具有相似的表达模式,说明在红色毛癣菌的生长过程中,这些酶可能具有共同的调控模式.同时,在红色毛癣菌生长过程中,一些参与诸如小GTPase调控、cAMP依赖的调控途径以及MAPK信号传导途径的基因表达也发生了变化.尽管这些基因和相关的调控途径在红色毛癣菌中的具体生物学功能还不清楚,但它们可能在其生长过程中起了调控作用.

关键词：红色毛癣菌基因表达谱 cDNA 芯片生长阶段

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红色毛癣菌分泌性蛋白酶的分析

微生物学报 2005年第4期45卷 601-605页

作者：冷文川王玲玲卫灿东杨剑金奇中国疾病预防控制中心病毒基因工程国家重点实验室北京100176

分泌性蛋白酶是红色毛癣菌致病的潜在毒力因子。在构建红色毛癣菌6个不同时间段cDNA文库的基础上,共获得了9683条uniqueESTs,通过生物信息学分析从中得到了18个可能的分泌性蛋白酶的EST序列,包括4个分泌性肽酶、1个分泌性金属蛋白酶、2... 详细信息

分泌性蛋白酶是红色毛癣菌致病的潜在毒力因子。在构建红色毛癣菌6个不同时间段cDNA文库的基础上,共获得了9683条uniqueESTs,通过生物信息学分析从中得到了18个可能的分泌性蛋白酶的EST序列,包括4个分泌性肽酶、1个分泌性金属蛋白酶、2个细胞外丝氨酸蛋白酶、1个分泌性天冬氨酸蛋白酶、9个分泌性枯草杆菌蛋白酶样丝氨酸蛋白酶、1个空泡丝氨酸蛋白酶。这些分泌性蛋白酶在红色毛癣菌感染过程中可能分别与其获得营养、扩大侵袭范围及激起宿主免疫应答有关,这些结果为进一步研究红色毛癣菌感染和发病机制提供了重要的分子基础和线索。

关键词：红色毛癣菌,分泌性蛋白酶,表达序列标签

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运动防治绝经后骨质疏松症机制的实验研究

中国运动医学杂志 2002年第4期21卷 352-356页

作者：冷文川于长隆张继英张美荣北京大学第三医院运动医学研究所北京100083

目的 :观察运动防治绝经后骨质疏松的作用和机理。方法 :对卵巢切除后的大鼠实施跑台训练 ,并与不训练组、补充雌二醇组和补充中药组作比较 ,观察骨质疏松的发病特点。结果 :运动对涉及运动部位的骨骼有减轻骨质疏松的作用 ,但不能逆转... 详细信息

目的 :观察运动防治绝经后骨质疏松的作用和机理。方法 :对卵巢切除后的大鼠实施跑台训练 ,并与不训练组、补充雌二醇组和补充中药组作比较 ,观察骨质疏松的发病特点。结果 :运动对涉及运动部位的骨骼有减轻骨质疏松的作用 ,但不能逆转由于雌激素缺乏而产生的全身性的骨质疏松。研究表明。

关键词：绝经后骨质疏松防治运动实验研究

结核分枝杆菌H37Rv ORF的高通量克隆和表达方法的建立

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中国兽医学报 2008年第5期28卷 539-543页

作者：刘立国冷文川郑建华李锐胡仲明吉林大学畜牧兽医学院吉林长春130062 中国医学科学院病原生物学研究所北京100176

以结核分枝杆菌H37Rv基因组为模板,采用Gateway重组表达系统,以基因长度200～2500 bp为标准,选择目的基因（n=384）,以ORF的保守序列设计引物并加上正反向AttB,通过PCR扩增获得基因片段检测入门克隆,得到的克隆有效率为374/384。通过两... 详细信息

以结核分枝杆菌H37Rv基因组为模板,采用Gateway重组表达系统,以基因长度200～2500 bp为标准,选择目的基因（n=384）,以ORF的保守序列设计引物并加上正反向AttB,通过PCR扩增获得基因片段检测入门克隆,得到的克隆有效率为374/384。通过两次同源重组,这些基因片段被克隆到表达载体中,克隆效率为350/384。随后将这些重组表达质粒分别在2个表达菌株BL21和BL21-codonplus-RP中进行诱导表达,表达得率为270/384,并对其中64个进行了纯化,16个是可溶性表达。这种大规模高效率地克隆表达技术适合各种生物的开放阅读框的克隆表达,是一种高通量的克隆表达方法。

关键词： Gateway技术结核分枝杆菌H37Rv 高通量表达纯化染色体

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红色毛癣菌部分表达序列标签的分析

中国科学（C辑） 2004年第2期34卷 150-155页

作者：马骊王玲玲冷文川杨剑朱俊萍董杰薛颖万哲李若瑜金奇病毒基因工程国家重点实验室国家人类基因组北方研究中心北京100176 北京大学真菌与真菌病研究中心北京100034

红色毛癣菌是最常见和流行范围最广的一种浅部致病真菌.在构建红色毛癣菌cDNA文库的基础上,获得4002条ESTs.与GenBank数据库中的序列同源性比较表明,其中30%(1226条)与其他生物已知功能的基因产物具有不同程度的同源性,24.81%(989条)仅... 详细信息

红色毛癣菌是最常见和流行范围最广的一种浅部致病真菌.在构建红色毛癣菌cDNA文库的基础上,获得4002条ESTs.与GenBank数据库中的序列同源性比较表明,其中30%(1226条)与其他生物已知功能的基因产物具有不同程度的同源性,24.81%(989条)仅得到简单的功能提示,45.19%(1787条)与目前已知的任何蛋白质都没有显著同源性,为全新的未知功能基因.对一些与红色毛癣菌生长代谢、信号传导、致病和耐药相关的重要功能基因做了初步分析,阐明了红色毛癣菌的部分重要代谢途径,为进一步探索其生理过程、致病和耐药机理,寻找新的药物靶标提供了重要的分子基础和线索.

关键词：红色毛癣菌功能基因组 cDNA文库表达序列标签药物靶标致病真菌

严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒核蛋白的鉴定与分析

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病毒学报 2003年第2期19卷 100-103页

作者：周世力卫灿东熊朝晖段淑敏李德新王建伟冷文川梁米芳金奇侯云德中国疾病预防控制中心病毒基因工程国家重点实验室北京100052 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052

利用蛋白质组学技术,对纯化的严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒颗粒所含核蛋白进行初步分离与鉴定。质谱分析结果最终表明,SARS冠状病毒核蛋白的分子量位于47kD与52kD之间,所获得的SARS冠状病毒核蛋白的质谱分析数据覆盖了所预测病毒... 详细信息

利用蛋白质组学技术,对纯化的严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒颗粒所含核蛋白进行初步分离与鉴定。质谱分析结果最终表明,SARS冠状病毒核蛋白的分子量位于47kD与52kD之间,所获得的SARS冠状病毒核蛋白的质谱分析数据覆盖了所预测病毒核蛋白氨基酸序列的87%,且符合率为100%。从而首次从蛋白质水平对SARS冠状病毒核蛋白的氨基酸序列进行了证实。

关键词：严重急性呼吸综合征 SARS 冠状病毒核蛋白鉴定蛋白质组学

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红色毛癣菌孢子期与萌芽期基因表达比较分析

中国科学（C辑） 2007年第2期37卷 227-233页

作者：杨莉王玲玲彭俊平于录刘涛冷文川杨剑陈立宏张文亮张骞齐义鹏金奇武汉大学生命科学学院武汉430072 中国疾病预防控制中心病毒基因工程国家重点实验室北京100176

红色毛癣菌(Trichophyton rubrum)是最常见和流行范围最广的一种浅部感染真菌,它的孢子萌发是和致病密切相关且非常重要的发育过程.为研究出芽时生理、生化以及细胞学方面的改变,从红色毛癣菌cDNA文库中选取了3364条有明确功能注释的表... 详细信息

红色毛癣菌(Trichophyton rubrum)是最常见和流行范围最广的一种浅部感染真菌,它的孢子萌发是和致病密切相关且非常重要的发育过程.为研究出芽时生理、生化以及细胞学方面的改变,从红色毛癣菌cDNA文库中选取了3364条有明确功能注释的表达序列标签(ESTs)制备了cDNA芯片,对孢子期及萌芽期进行了基因表达变化的研究.数据分析表明,孢子萌发过程中有335个基因表达上调,主要是翻译、修饰蛋白及结构蛋白.细胞壁和细胞膜组分大量合成,暗示它们是细胞形态发生的基础.二组分信号转导系统的组成部分表达上调,推测它可能在红色毛癣菌孢子萌发过程中起着重要作用.各种代谢途径表达旺盛,特别是参与糖酵解和氧化磷酸化的基因基本都上调,说明在氧气和葡萄糖充足的环境下,孢子主要通过有氧呼吸获得能量.本研究对了解红色毛癣菌孢子萌发过程中基因表达的变化及其信号转导和代谢特点提供了重要线索,对其他浅部真菌的研究也具有重要意义.

关键词：红色毛癣菌(Trichophyton rubrum) 孢子萌发 cDNA芯片表达序列标签(EST) 基因表达

严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒S蛋白的鉴定与分析

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病毒学报 2003年第4期19卷 320-323页

作者：周世力熊朝晖冷文川段淑敏李德新王健伟梁米芳卫灿东喻子牛金奇侯云德华中农业大学生命科学技术学院武汉430070 中国疾病预防控制中心病毒基因工程国家重点实验室北京100052 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052

利用293细胞对SARS病人样品进行病毒扩增,培养上清中病毒颗粒经过纯化后,利用蛋白质组学技术,对纯化得到的SARS冠状病毒颗粒蛋白进行初步分离与鉴定。其中质谱分析结果最终表明,分子量约150kD的蛋白质的氨基酸序列与SARS-CoV基因组所预... 详细信息

利用293细胞对SARS病人样品进行病毒扩增,培养上清中病毒颗粒经过纯化后,利用蛋白质组学技术,对纯化得到的SARS冠状病毒颗粒蛋白进行初步分离与鉴定。其中质谱分析结果最终表明,分子量约150kD的蛋白质的氨基酸序列与SARS-CoV基因组所预测S蛋白质序列高度吻合,从而首次从蛋白质水平对SARS冠状病毒S蛋白的氨基酸序列进行了证实。

关键词：严重急性呼吸综合征冠状病毒 S蛋白蛋白质组学 SARS

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sRP技术在微量蛋白质组学分析中的应用

生物技术通讯 2016年第2期27卷 228-232,262页

作者：杨帅刘明伟冷文川秦钧徐建明军事医学科学院附属医院解放军第307医院北京100071 北京蛋白质组研究中心国家蛋白质组重点实验室北京102206

目的:发展一种适用于微量临床样本的简单而高效的预分离方法,实现深度覆盖蛋白质组学分析的目的。方法:以H1975细胞系和胃黏膜活检组织等复杂样本为研究对象,比较基于高p H反相色谱微柱(s RP)技术在不同浓度梯度洗脱时的蛋白鉴定数目、... 详细信息

目的:发展一种适用于微量临床样本的简单而高效的预分离方法,实现深度覆盖蛋白质组学分析的目的。方法:以H1975细胞系和胃黏膜活检组织等复杂样本为研究对象,比较基于高p H反相色谱微柱(s RP)技术在不同浓度梯度洗脱时的蛋白鉴定数目、蛋白定性与定量研究的重复性及不同组分间的肽段预分离效果,并将s RP技术初步运用到微量胃黏膜活检组织的蛋白质组学分析中,进一步注释鉴定的胃黏膜蛋白的生物学功能。结果:单个复杂样本蛋白鉴定的覆盖深度达到7500左右,时间缩短到8 h之内;在生物学重复性研究中,蛋白定性检测的重复率在90%以上,无标定量检测的相关系数R2则达到0.97;各组分之间的肽段预分离效果很好,最大的重复率也只有11.6%;在胃黏膜组学分析中,累积鉴定到9000多个非冗余蛋白,实现了对人类胃黏膜蛋白质组的深度覆盖。结论:s RP技术操作简单且重复性好,联合高通量质谱技术,实现了对微量临床样品的深度覆盖蛋白质组学分析。

关键词：高pH反相色谱微柱(sRP)技术预分离质谱蛋白质组学