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channel catfish rag1基因测序及rag1表达在淋巴细胞来源肿瘤MRD检测中的应用

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channel catfish rag1基因测序及rag1表达在淋巴细胞来源肿瘤MRD...

作者：公衍文第三军医大学

学位级别：硕士

目的: 重组激活基因(rag1 和rag2)通常只在未成熟的淋巴细胞中表达,它们的编码产物共同组成的重组酶(recombinase)启动Ig基因和TCR基因的V(DH)J重排,在Ig和TCR库多样性的形成过程中起着重要的作用。同时,重组激活基因在T、B淋巴细胞发... 详细信息

目的: 重组激活基因(rag1 和rag2)通常只在未成熟的淋巴细胞中表达,它们的编码产物共同组成的重组酶(recombinase)启动Ig基因和TCR基因的V(DH)J重排,在Ig和TCR库多样性的形成过程中起着重要的作用。同时,重组激活基因在T、B淋巴细胞发育的各个阶段呈规律性表达,可用来监测T、B细胞在免疫系统发育过程中出现的时机和部位,是追踪淋巴组织发育的有用标记。channel catfish(学名Ictalurus punctatus),具有便于鉴别突变类型和基因筛选的特点,作为硬骨鱼类的一种,是最早进化出明显的结构性抗原受体基因DH片段的脊椎动物之一,因此channel catfish是研究早期硬骨鱼发育和免疫系统进化的良好模式生物。channel catfish rag1基因表达检测需要rag1基因的序列信息。基于rag1基因的高度保守设计简并引物,扩增channel catfish基因组DNA中序列未知的rag1基因的片段,并克隆、测序以及用多种生物信息学方法对所得channel catfish rag1基因序列及预测的Rag1蛋白氨基酸序列料进行分析,有助于研究rag1基因的早期进化模式、遗传变异特点、Rag1蛋白的活性部位和作用方式等。另外,探讨rag1基因表达在淋巴细胞来源肿瘤MRD检测中的应用价值。方法: Channel Catfish 基因组DNA提取自4月龄成年Channel Catfish的前肾组织。设计简并引物, PCR扩增channel catfish基因组DNA中rag1基因的片段,胶回收目的片段,TA克隆并双向测序。将所得序列资料拼接,然后利用NCBI网站中“ORF Finder”工具(http://www.***.nlm.***.gov/gorf/gorf.html)做ORF分析,利用“NetGene内含子/ 外显子剪接位点识别工具”(http://www.***.dtu.dk/services/NetGene2/)做内含子分析,以及序列相似性的两两比较(BLAST-N)、预测氨基酸序列的相似性分析(BLAST-X)和多序列比较及系统进化树分析(clustal W,http://www. cbi. ac. uk/ clustalw/)等。用discovery studio gene v1.1软件分析其预测氨基酸序列的二级结构。用“SWISS-MODEL”网上工具模拟人和channel catfish Rag1蛋白的三级结构(http://***/swissmod/ SWISS-MODEL.html)。在NCBI网站中用Bankit工具(http://www.***.nlm.***.gov/BankIt/)提交序列到GenBank,申请序列号。 5. 提取35例淋巴细胞来源的肿瘤患者57份外周血标本中单个核细胞的基因组DNA 和总RNA, 用RT-PCR检测rag1基因表达,用通用引物PCR联合检测IgH 和TCRγ基因重排。提取Jurkat 细胞株的基因组DNA 和总RNA作阳性对照。结果: 用简并引物扩增出三段channel catfish rag1基因的DNA片段, 其序列经BLAST分析证实。找到一2235bp的ORF,编码744个氨基酸, (G+C)%为49.3%,起始密码子是624位起的ATG, 终止密码子是第2856位起的TGA。发现一293bp的内含子(第 22820位碱基),与 Zebrafish 和 Rainbow Trout rag1基因内含子的相似率分别是49.1%和44.3%。 BLAST-N及BLAST-X结果显示,所得channel catfish rag1基因序列与其它物种rag1基因的相似性多大于70%, 而推导的氨基酸序列核心区域的相似性部分甚至大于80%。 channel catfish的rag1基因(去除内含子后的序列)与zebrafish、rainbow trout、bull shark的rag1基因cDNA全序列碱基一致的位点占43.9%(1285/2925)。自第1352925位碱基(去除内含子后的Channel catfish rag1序列)为53.1%(836/1574), 而自第1351位碱基为33.2%(449/1351),有非常显著的差异(p<0.01)。 6. channel catfish、zebrafish与亲缘关系较远的爪蛙、鸡、鼠、兔、人的rag1基因cDNA全序列和Rag1蛋白氨基酸序列的比对结果显示预测的channel catfish Rag1蛋白氨基酸序列中最保守的区域是第40100位氨基酸,氨基酸一致位点达80%,而这一区域碱基一致位点只占43%,两者有非常显著的差异(p<0.001)。 7. 以上物种Rag1蛋白的二级结构显示在这一区域均为βαβ超二级结构,并在同一位置上有

关键词：重组激活基因 V(D)J重排聚合酶链反应简并引物淋巴细胞生物信息学微小残余病

Channel catfish重组激活基因克隆与鉴定

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第三军医大学学报 2004年第8期26卷 700-703页

作者：公衍文张云黄庆张雪府伟灵第三军医大学西南医院检验科重庆400038

目的　尝试用简并引物扩增序列未知的channelcatfish基因组DNA中rag1基因的片段并测序 ,为rag1基因的早期进化模式和遗传学变异情况的研究提供直接的证据。方法　基于rag1基因的高度保守设计简并引物 ,PCR扩增channelcatfish基因组DNA中... 详细信息

目的　尝试用简并引物扩增序列未知的channelcatfish基因组DNA中rag1基因的片段并测序 ,为rag1基因的早期进化模式和遗传学变异情况的研究提供直接的证据。方法　基于rag1基因的高度保守设计简并引物 ,PCR扩增channelcatfish基因组DNA中rag1基因的片段 ,TA克隆并双向测序。将所得序列资料拼接 ,用多种生物信息学方法分析其ORF、内含子、与其它物种rag1基因及Rag1蛋白的相似性 ,并做多序列比较和系统进化树分析。结果　扩增出 3条chan nelcatfishrag1基因的DNA片段。从拼接后的序列中找到一 2 2 3 5bp的ORF和一 2 93bp的内含子 ,所得序列与其它物种rag1基因的相似程度高 (多大于 70 %) ,去除内含子后的channelcatfishrag1基因序列与zebrafish、rainbowtrout、bullshark的rag1基因cDNA全序列碱基一致的位点占 43 9%,自第 13 5 2位碱基至 2 92 5位碱基为 5 3 1%,而自第 1位碱基至 13 5 1位碱基为 3 3 2 %,有非常显著的差异 (P <0 .0 1)。结论　用简并引物成功扩增出channelcatfishrag1基因的DNA片段。序列在GenBank中的登记号是 :AY42 3 85 8(去除内含子序列 ) ,AY42 3 85 9。rag1基因进化缓慢 ,高度保守 ,不同物种rag1基因的变异相对集中在氨基末端的区域。系统进化树分析显示了 13种硬骨鱼在进化上关?

关键词：重组激活基因 V(D)J重排聚合酶链反应简并引物生物信息学

UF-1000i尿液有形成分分析仪、干化学法和镜检法对尿液分析的比较

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检验医学 2011年第12期26卷 858-860页

作者：王延群公衍文济南军区总医院实验诊断科山东济南250031

目的探讨Sysmex UF-1000i全自动尿液有形成分分析仪(简称UF-1000i)对尿液中红细胞(RBC)、白细胞(WBC)和管型(CAST)检测的敏感性。方法对1 054例患者的尿液分别用UF-1000i、URISys-2400全自动干化学分析仪(干化学法)及Diasys R/S2005定... 详细信息

目的探讨Sysmex UF-1000i全自动尿液有形成分分析仪(简称UF-1000i)对尿液中红细胞(RBC)、白细胞(WBC)和管型(CAST)检测的敏感性。方法对1 054例患者的尿液分别用UF-1000i、URISys-2400全自动干化学分析仪(干化学法)及Diasys R/S2005定量分析工作站(镜检法)3种方法进行分析,并比较3种方法对RBC、WBC、CAST的检测敏感性。结果 UF-1000i检测RBC、WBC、CAST的阳性率分别为20.6%、20.3%、6.7%;干化学法检测出RBC、WBC的阳性率分别为24.5%、17.9%;镜检法检出RBC、WBC、CAST的阳性率分别为16.9%、20.5%、2.2%。3种方法RBC、CAST的检出率差异有统计学意义(P0.05)。结论 UF-1000i不能完全取代尿沉渣镜检,建议3种方法联合应用以减少检验误差,提高尿液分析质量。

关键词： UF-1000i尿液有形成分分析仪干化学法尿沉渣镜检

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阴沟肠杆菌的临床分布及耐药性变迁

中国感染与化疗杂志 2015年第5期15卷 459-461页

作者：卢兆莲公衍文薛炼胡成进济南军区总医院实验诊断科济南250031

目的分析阴沟肠杆菌临床分离株的分布特点,以及对抗菌药物的耐药性变迁,为临床合理使用抗菌药物提供依据。方法收集2009年1月—2013年12月济南军区总医院患者各类标本分离的阴沟肠杆菌,使用VITEK-2 Compact全自动细菌分析仪对所分离的... 详细信息

目的分析阴沟肠杆菌临床分离株的分布特点,以及对抗菌药物的耐药性变迁,为临床合理使用抗菌药物提供依据。方法收集2009年1月—2013年12月济南军区总医院患者各类标本分离的阴沟肠杆菌,使用VITEK-2 Compact全自动细菌分析仪对所分离的菌株进行鉴定;采用K-B纸片扩散法进行药敏试验,并对结果进行分析。结果 5年非重复分离的阴沟肠杆菌397株,约占所有非重复分离革兰阴性菌株的5.1%,5年中分离率变化不大;主要分离自痰液、分泌物、尿液,分别占48.9%、30.5%、7.3%。除对碳青霉烯类、头孢西丁和阿莫西林-克拉维酸外,阴沟肠杆菌的总体耐药率呈下降趋势。但碳青霉烯类抗生素对阴沟肠杆菌有较好的抗菌活性。该菌对β内酰胺类抗生素耐药率较高。结论应加强医院临床分离菌的耐药性监测,指导临床合理选用抗菌药物。

关键词：阴沟肠杆菌细菌分布细菌耐药性

气管切开患者痰培养分离肢体凯斯特菌1株报道

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微生物与感染 2022年第6期17卷 374-379页

作者：闵彦武静李继霞公衍文胡成进解放军第960医院检验科山东济南250031 山东大学第二附属医院检验医学中心山东济南250033

本实验室在1例气管切开患者的痰培养标本中,发现了1种膜状生长的革兰阴性杆菌。使用全自动细菌鉴定仪Vitek2 Compact鉴定该细菌,没有得到阳性结果。分别使用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionizat... 详细信息

本实验室在1例气管切开患者的痰培养标本中,发现了1种膜状生长的革兰阴性杆菌。使用全自动细菌鉴定仪Vitek2 Compact鉴定该细菌,没有得到阳性结果。分别使用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)和16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)测序的方法对该菌进行鉴定,结果显示为肢体凯斯特菌。该菌是一种革兰氏阴性非发酵菌。回顾国外文献仅有少量病例报道,该菌可能为条件致病菌,可在气管切开患者的痰液、肺泡灌洗液以及经皮造瘘患者的尿液中分离,还可引起菌血症并参与慢性耳炎的发生发展。国内文献对肢体凯斯特菌的分离研究罕见报道。本实验室将此病例及该菌的基本特性报道如下,以加强临床微生物检验人员对其的认识和重视。

关键词：肢体凯斯特菌气管切开基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 16S核糖体RNA测序

体外诱导肺炎支原体对喹诺酮类药物耐药机制的研究

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山东大学学报（医学版） 2010年第3期48卷 39-43页

作者：王鑫吴大玮公衍文山东大学齐鲁医院呼吸内科济南250012 济南军区总医院实验诊断科济南250031

目的探讨在亚抑菌浓度喹诺酮类药物多代培养后,肺炎支原体(MP)标准株FH对喹诺酮类药物敏感性的变化及其机制。方法将标准株FH在含有亚抑菌浓度环丙沙星、左氧氟沙星和加替沙星的液体培养基中传代培养后,检测其对3种药物的MIC值。提取标... 详细信息

目的探讨在亚抑菌浓度喹诺酮类药物多代培养后,肺炎支原体(MP)标准株FH对喹诺酮类药物敏感性的变化及其机制。方法将标准株FH在含有亚抑菌浓度环丙沙星、左氧氟沙星和加替沙星的液体培养基中传代培养后,检测其对3种药物的MIC值。提取标准株及诱导耐药株的DNA,PCR扩增喹诺酮耐药决定区的gyrA、gyrB、parC和parE基因。测序分析耐药株的基因突变情况。结果经亚抑菌浓度喹诺酮类药物多代培养诱导后,FH出现对诱导药物的耐药及交叉耐药。6株药物诱导耐药株,其中在左氧氟沙星诱导的耐药株gyrA基因编码的95位蛋氨酸转变为异亮氨酸,parC基因编码的87位天门冬氨酸转变为酪氨酸。在加替沙星诱导的耐药株中gyrB基因编码的464位精氨酸转变为赖氨酸。parE基因未检出错义突变。结论亚抑菌浓度喹诺酮类药物可诱导肺炎支原体出现耐药及交叉耐药。其产生可能与喹诺酮耐药决定区的基因突变有关。

关键词：肺炎支原体喹诺酮类抗药性微生物点突变

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县级医院医学检验科建设和管理指南

中华检验医学杂志 2022年第7期45卷 681-692页

作者：中华医学会检验医学分会王成彬王传新曹永彤李海霞公衍文李江杜鲁涛逄璐不详中日友好医院检验科北京大学第一医院检验科山东大学第二医院检验医学中心

县级医院是县域内的医疗卫生中心,为县域居民提供基本医疗服务。县级医院医学检验科的建设和管理与县级医院综合服务能力息息相关。目前,县级医院医学检验科面临诸多建设和管理中的问题和困扰。中华医学会检验医学分会组织国内检验领域... 详细信息

县级医院是县域内的医疗卫生中心,为县域居民提供基本医疗服务。县级医院医学检验科的建设和管理与县级医院综合服务能力息息相关。目前,县级医院医学检验科面临诸多建设和管理中的问题和困扰。中华医学会检验医学分会组织国内检验领域专家,针对临床检验工作中"人、机、料、法、环、信、控"相关的9个方面内容,对县级医院医学检验科建设和管理中的问题进行了讨论,并撰写了该指南,旨在规范和提升县级医院医学检验科的能力。

关键词：县级医院医学检验科管理

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临床革兰阳性细菌感染耐药情况分析

山东医药 2005年第4期45卷 38-39页

作者：张劭夫王鑫公衍文济南军区总医院山东济南250031

近年来,革兰阳性球菌感染比例增加是呼吸系统严重感染性疾病倍受临床关注的问题之一[1],其中葡萄球菌和肠球菌引起的肺部感染较其他革兰阳性菌严重,且极易造成心内膜炎和败血症.葡萄球菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)、耐甲氧西林表葡菌(M... 详细信息

近年来,革兰阳性球菌感染比例增加是呼吸系统严重感染性疾病倍受临床关注的问题之一[1],其中葡萄球菌和肠球菌引起的肺部感染较其他革兰阳性菌严重,且极易造成心内膜炎和败血症.葡萄球菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)、耐甲氧西林表葡菌(MRSE)及肠球菌对多种β内酰胺类抗生素的耐药性已成为临床极为棘手的问题.现对葡萄球菌和肠球菌的耐药情况进行分析.

关键词：临床肠球菌葡萄球菌耐甲氧西林革兰阳性细菌耐药情况分析感染增加问题比例

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普通外科医院内感染特点分析

山东医药 2003年第36期43卷 27-28页

作者：范西红于作丽公衍文济南军区总医院山东济南250031

医院内感染是目前各级医院普遍存在的严重问题,但却经常被忽视.1996年我们曾对本院普通外科医院内感染的情况进行了前瞻性的调查研究[1],重点分析了普外科病房医院内感染的特点及影响因素.2002年,我们再次就此问题进行调查.现结合本次... 详细信息

医院内感染是目前各级医院普遍存在的严重问题,但却经常被忽视.1996年我们曾对本院普通外科医院内感染的情况进行了前瞻性的调查研究[1],重点分析了普外科病房医院内感染的特点及影响因素.2002年,我们再次就此问题进行调查.现结合本次调查结果对普外科医院感染特点分析如下.

关键词：普通外科医院内感染调查病原菌药物敏感性