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面板计数数据的非参数样条估计

中国卫生统计 2021年第2期38卷 162-166页

作者：秦飞俞章盛上海交通大学生命科学技术学院生物信息与生物统计系 200240

目的建立更为一般化的面板计数数据模型,既包含具有时变效应的协变量又包含具有非参数效应的协变量。方法使用伪似然样条估计方法及全似然样条估计方法,并通过数值模拟定性和定量地比较这两种方法。结果两估计方法在样本量为200时都具... 详细信息

目的建立更为一般化的面板计数数据模型,既包含具有时变效应的协变量又包含具有非参数效应的协变量。方法使用伪似然样条估计方法及全似然样条估计方法,并通过数值模拟定性和定量地比较这两种方法。结果两估计方法在样本量为200时都具有很小的偏差和均方误差(MSE);全似然样条估计方法的偏差和MSE更小(比伪似然样条估计方法的MSE小约35%),但计算时间远远超过伪似然样条估计方法(约是其200倍);两种估计方法用于小儿哮喘数据后得到了相似的估计结果,揭示了白细胞介素IL-9的时变效应及白细胞介素IL-5的非参数效应。结论综合MSE及计算时间,在此模型下本研究更推荐使用伪似然样条估计方法。

关键词：伪似然全似然样条时变效应非参数效应

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基于R-shiny的临床数据分析应用

中国卫生统计 2022年第1期39卷 149-152页

作者：崔怡丹魏婷孔伟名俞章盛上海交通大学生命科学学院生物信息与生物统计系 200240 上海交通大学转化医学研究院

目的针对临床数据变量类型多、数据结构复杂的特征,基于R-shiny开发交互式分析临床数据并展示结果的应用。方法基于R-shiny与R语言,搭建应用的UI(用户界面)和Server(后台功能),将相应代码封装并部署在网页上。以UK Biobank乳腺癌数据为... 详细信息

目的针对临床数据变量类型多、数据结构复杂的特征,基于R-shiny开发交互式分析临床数据并展示结果的应用。方法基于R-shiny与R语言,搭建应用的UI(用户界面)和Server(后台功能),将相应代码封装并部署在网页上。以UK Biobank乳腺癌数据为例,对其临床及基因数据进行分析,查看R-shiny应用的分析效果。结果构建出能够交互式分析临床数据的R-shiny应用,可供用户上传临床数据、生存型数据及基因数据进行分析。将UK Biobank数据作为示例进行分析,得到了具有临床与生物学意义的结果。结论将R-shiny与临床数据分析结合,为使用者提供了分析临床数据的简便方式,并为UK Biobank数据提供新的交互式展示分析平台。

关键词： R-shiny 临床数据生存分析变量选择 GWAS

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多基因模型在肝细胞癌预后中的应用

生物技术通报 2020年第5期36卷 183-192页

作者：魏之菡法博涛俞章盛上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系、上海交通大学-耶鲁大学联合生物统计与数据科学中心上海200240

利用较少分子信息预测肝细胞癌类型对患者的个性化治疗十分关键。探索已知的与肝细胞癌预后相关的信号通路,共发现41个关键基因。随后,运用机器学习的方法对其构建风险预测模型,并在4个肝细胞癌数据集上进行验证。结果显示,该模型能将... 详细信息

利用较少分子信息预测肝细胞癌类型对患者的个性化治疗十分关键。探索已知的与肝细胞癌预后相关的信号通路,共发现41个关键基因。随后,运用机器学习的方法对其构建风险预测模型,并在4个肝细胞癌数据集上进行验证。结果显示,该模型能将肝细胞癌患者分成两个预后差异显著的类型:癌症基因图谱(The cancer genome atlas,TCGA)数据集交叉验证的平均log rank P值为0.03;其他测试数据集的log rank P 值分别为0.000 38、0.002 1和0.01。生物信息学分析显示肝细胞癌的预后与细胞周期等信号通路显著相关,并筛选出12个潜在的肝细胞癌分子标志物。研究结果表明,基于41个基因构建的肝细胞癌预后模型具有较好的稳健性和准确的风险预测能力。

关键词：肝细胞癌预后生物标志物

多中心结直肠癌临床研究生物样本库信息系统的建设与管理

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协和医学杂志 2022年第4期13卷 664-669页

作者：孔伟名吕文文姜嘉媛冯铁男俞章盛上海交通大学转化医学研究院上海200240 上海交通大学医学院临床研究中心上海200025

近年来,我国结直肠癌的发病率显著升高。随着对结直肠癌复发、转移机制的深入探索,可提供全面生物医学信息的生物样本库信息系统显得尤为重要。本文阐述了采用微服务架构构建包含临床电子数据采集系统、生物样本管理系统和生物信息数据... 详细信息

近年来,我国结直肠癌的发病率显著升高。随着对结直肠癌复发、转移机制的深入探索,可提供全面生物医学信息的生物样本库信息系统显得尤为重要。本文阐述了采用微服务架构构建包含临床电子数据采集系统、生物样本管理系统和生物信息数据平台三个子系统的多中心结直肠癌临床研究生物样本库信息系统,同时介绍各子系统在多中心临床研究中的管理模式和特色功能;并通过统一化编码规则、结构化临床信息、标准化样本流转信息和规范化数据存储等数据标准化管理方案,保障数据质量和互联互通,从而为推进转化医学研究和精准医疗发展提供全方位生物医学信息。

关键词：多中心临床研究生物样本库信息系统

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“十五”时期上海市劳动就业容量与结构预测

人口学刊 2001年第1期23卷 24-27页

作者：俞章盛黄晨熹华东师大人口研究所上海200062 香港大学社会学系

应用国际通行的相关回归分析方法 ,对“十五”时期上海市劳动就业容量与结构进行预测。上海市的经济总量虽保持高速增长 ,但由于产业结构的调整 ,劳动力就业容量的增长却急剧下降。由“九五”末期的 6 2 %开始下降到“十五”末期的 0 8... 详细信息

应用国际通行的相关回归分析方法 ,对“十五”时期上海市劳动就业容量与结构进行预测。上海市的经济总量虽保持高速增长 ,但由于产业结构的调整 ,劳动力就业容量的增长却急剧下降。由“九五”末期的 6 2 %开始下降到“十五”末期的 0 8～ 1 1% ,就业矛盾加剧。劳动力产业结构则可向更优化的方向发展。第三产业从业人口将占总就业人口的 4 9 6～52 0 0 % ,比“九五”末期提高近 8～

关键词：可比价格劳动就业总量劳动力就业结构

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区域性临床研究整合平台的建设探讨

中国现代医生 2023年第29期61卷 106-109页

作者：林毅渠田田钱碧云吕文文俞章盛冯铁男上海港讯电子科技有限公司上海200023 上海交通大学医学院临床研究中心上海200025 临床研究促进发展中心上海申康医院发展中心上海200041 上海交通大学数学科学学院上海201100

目的探讨国内建立区域性临床研究整合平台的可行方案,为研究者发起的临床研究(investigator initiated trial,IIT)提供数据支持。方法总结国内外各类临床研究平台建设现状,以此为改进依据介绍上海交通大学医学院人工智能临床研究平台... 详细信息

目的探讨国内建立区域性临床研究整合平台的可行方案,为研究者发起的临床研究(investigator initiated trial,IIT)提供数据支持。方法总结国内外各类临床研究平台建设现状,以此为改进依据介绍上海交通大学医学院人工智能临床研究平台建设情况。结果人工智能临床研究平台涵盖医学院附属医院的业务库文字及影像专病数据,支持回顾性与前瞻性临床研究,但在数据使用的伦理考量与共享机制等管理方面仍需要实践探索。结论合规的区域性临床研究整合平台可支持科研人员发现临床问题、探索或验证临床假设,为开展多中心、大规模的IIT打下良好的数据基础。

关键词：研究者发起的临床研究临床研究平台专病数据库管理机制

医养结合模式下中医特色护理在医院-社区延续护理中的应用

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中医药管理杂志 2022年第5期30卷 193-194页

作者：盛雪芬章肖平俞丽青浙江省金华市第二医院浙江金华321016

目的:探究医养结合模式下中医特色护理在医院-社区延续护理中的应用价值。方法:医院2021年1月起在医院-社区延续护理中应用基于医养结合模式的中医特色护理,2020年7-12月为实施前,2021年1-6月为实施后,实施前随机选择69例患者为研究对象... 详细信息

目的:探究医养结合模式下中医特色护理在医院-社区延续护理中的应用价值。方法:医院2021年1月起在医院-社区延续护理中应用基于医养结合模式的中医特色护理,2020年7-12月为实施前,2021年1-6月为实施后,实施前随机选择69例患者为研究对象,实施后随机选择70例患者为研究对象,比较实施前后的管理效果。结果:实施后患者的护理质量评分、各项中医护理技术使用人数、护理满意度评分及护理依从度等,均显著高于实施前(P<0.05)。结论:在医院-社区延续护理中应用基于医养结合模式的中医特色护理,能够进一步提升护理质量,进一步满足老年患者日益增长的医疗-养老服务需求,从而推动中医护理事业不断发展。

关键词：医养结合模式中医特色护理医院-社区延续护理应用

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舌证不符产生原因与应对策略探析

福建中医药 2023年第7期54卷 46-47,52页

作者：王章林林国盛俞洁方积乾福建中医药大学中医学院福建福州350122 福建中医药大学中医证研究基地福建福州350122 福建中医药大学附属第三人民医院俞慎初学术流派传承工作室福建福州350108

舌证不符产生原因主要为:病舌变化,不相一致;病机复杂,证有真假;新旧舌苔,生褪有时;医药所伤,舌证相悖;禀赋各异,常象不定以及干扰因素,综合影响。当面临舌证不符需要决断舌证从舍时,我们要注意排除干扰因素,去伪存真;坚持四诊合参,善... 详细信息

舌证不符产生原因主要为:病舌变化,不相一致;病机复杂,证有真假;新旧舌苔,生褪有时;医药所伤,舌证相悖;禀赋各异,常象不定以及干扰因素,综合影响。当面临舌证不符需要决断舌证从舍时,我们要注意排除干扰因素,去伪存真;坚持四诊合参,善抓主证;准确识别体质,辅助辨证;灵活运用试探诊法,投石问路。中医诊治疾病既要全面权衡,又要具体分析,如此审慎辨察,穷本极源,有益于精准把握病证的根本属性,为制定有效的临床干预方案提供重要参考,彰显中医舌诊理论的临床指导价值。

关键词：舌诊舌证不符原因策略

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IgA肾病信息化标准数据集和质控标准

中华肾脏病杂志 2022年第6期38卷 543-549页

作者：谢静远欧阳彦陈靖丁峰顾乐怡朱立峰冯东雷宋艳艳俞章盛任红陈楠上海交通大学医学院附属瑞金医院肾脏科上海交通大学医学院附属肾脏病研究所上海200025 复旦大学附属华山医院肾脏科上海200040 上海交通大学医学院附属第九人民医院肾脏科上海200011 上海交通大学医学院附属仁济医院肾脏科上海200001 上海交通大学医学院附属瑞金医院计算机中心上海200025 上海信医科技有限公司上海200072 上海交通大学医学院临床研究中心生物统计教研组上海200025 上海交通大学医学院临床研究中心上海200025

目的建立IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)标准数据集是实现IgAN临床信息结构化和标准化的前提,将有利于不同医疗机构间临床信息的整合利用。为此,上海IgAN专家协作组编写了这部《IgA肾病标准数据集》。方法参考国内信息标准,结合相关领... 详细信息

目的建立IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)标准数据集是实现IgAN临床信息结构化和标准化的前提,将有利于不同医疗机构间临床信息的整合利用。为此,上海IgAN专家协作组编写了这部《IgA肾病标准数据集》。方法参考国内信息标准,结合相关领域内的指南、数据规范及专家共识,以电子病史档案为基础,将患者身份标识号作为系统主键进行信息收集。通过对数据集中各个数据元进行规范,确保管理系统在数据与信息交换、数据协同与共享上的标准化,并制定相应的质量控制体系。结果本标准数据集共包括607个数据元,8个模块,分为患者信息、病史信息、体格检查、实验室检查、辅助检查、肾脏病理、药物治疗、随访。各模块又由子模块名称、数据元名称、英文名称、定义、值域、参考标准等组成。同时,质量控制体系被制定,从完整性、规范性、准确性、及时性及安全性等多维度对数据质量进行评估,确保数据的高质量与安全。结论本研究建立了IgAN标准数据集,将有助于国内IgAN临床信息的结构化和标准化。

关键词：肾小球肾炎 IgA 标准数据集医学大数据医院信息系统数据整合