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鲴亚科分子系统学研究

水生生物学报 2023年第4期47卷 628-636页

作者：李琳陈蔚涛汤永涛周传江何舜平冯晨光中国科学院水生生物研究所武汉430072 中国科学院大学北京100049 中国水产科学研究院珠江水产研究所广州510385 河南师范大学水产学院新乡453007

为探讨鲴亚科(Xenocyprinae)鱼类系统发育关系,研究基于2种线粒体基因和5种核基因序列对鲴亚科各物种的系统发育关系和分化时间进行评估。结果显示:不同方法和数据类型获得了基本一致的拓扑结构。3个属的单系性都得到了很好地支撑;但是... 详细信息

为探讨鲴亚科(Xenocyprinae)鱼类系统发育关系,研究基于2种线粒体基因和5种核基因序列对鲴亚科各物种的系统发育关系和分化时间进行评估。结果显示:不同方法和数据类型获得了基本一致的拓扑结构。3个属的单系性都得到了很好地支撑;但是,它们之间的进化关系却随着分子标记的不同而改变。这一结果可能是由于早期的基因流或谱系的随机分选所致。此外,银鲴(Xenocypris argentea)、云南鲴(Xenocypris yunnanensis)和黄尾鲴(Xenocypris davidi)之间呈现出嵌套型的谱系关系,暗示它们之间存在基因交流的可能性。基于化石地层年代校正的分子钟估算结果显示,鲴亚科主要类群的分化发生在中新世晚期,约15—12百万年前(Millions of years ago,Ma),这与东亚季风强盛时期的时间相吻合。

关键词：系统发育多序列分析分化时间估算鲴亚科

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鱼类适应性进化的遗传基础

鱼类适应性进化的遗传基础

细胞色素b和12S rRNA基因序列变异与东方鲀属鱼类系统发育

第十六届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会

作者：杨连东何舜平中国科学院水生生物研究所

鱼类是脊椎动物中最大的类群,数量超过所有脊椎动物的一半以上。鱼类在进化过程中,经历了三次重要的适应性进化事件。第一次发生在大约400Mya,鱼类祖先从水生环境向陆生环境的适应,使得四足动物具备了四肢运动、空气呼吸,双循环系统的能... 详细信息

鱼类是脊椎动物中最大的类群,数量超过所有脊椎动物的一半以上。鱼类在进化过程中,经历了三次重要的适应性进化事件。第一次发生在大约400Mya,鱼类祖先从水生环境向陆生环境的适应,使得四足动物具备了四肢运动、空气呼吸,双循环系统的能力,为适应陆生环境奠定了基础。第二次是鱼类从海水环境向淡水环境的适应,产生了占据绝大多数淡水环境的骨鳔鱼类,并进化出了韦伯氏器和惊吓反应。第三次是鱼类从低海拔向高海拔环境的适应,产生了适应高原极端环境的高原鱼类。鱼类的这三次重要适应性进化事件,为鱼类在新环境的适应辐射奠定了基础。那么,其背后的遗传机制是什么?围绕着这个科学问题,研究发现:1)发现基部辐鳍鱼类已经具备从水生到陆生环境适应的基因元件;2)发现骨鳔鱼类从海水向淡水环境适应过程中信息素受体基因家族发生了显著扩张;3)发现高原鱼类为了适应青藏高原极端环境在基因序列和表达水平均发生了趋同进化,并且食物选择和选型交配相关的嗅觉基因在裂腹鱼类同域物种形成中发挥了重要作用。

关键词：鱼类适应性进化基因组极端环境

来源： cnki会议评论

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科学通报 2007年第21期52卷 2507-2516页

作者：张玉波何舜平中国科学院水生生物研究所

东方鲀属鱼类是一个区域性分布类群,该属目前包括22个有效种,主要分布区域从日本海西部到中国沿海.本研究通过联合17种(21尾)东方鲀属鱼类的细胞色素b(1137bp)和12SrRNA(952bp)基因全序列研究了东方鲀属鱼类的系统发育关系.采用了邻接法... 详细信息

东方鲀属鱼类是一个区域性分布类群,该属目前包括22个有效种,主要分布区域从日本海西部到中国沿海.本研究通过联合17种(21尾)东方鲀属鱼类的细胞色素b(1137bp)和12SrRNA(952bp)基因全序列研究了东方鲀属鱼类的系统发育关系.采用了邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和Baysian方法构建了分子系统树.结果表明:(ⅰ)东方鲀属鱼类为一单系类群;(ⅱ)基于分子系统发育分析,东方鲀属鱼类可划分为6个亚群;(ⅲ)在分子水平上,本属各鱼类物种的遗传距离比较接近,这显示了其物种间分化时间较短.研究结果还表明,本属鱼类物种分类情况可能还需要进一步的澄清.研究中还发现种间杂交现象可能对本属鱼类的物种分化过程有重要影响.

关键词：系统发育细胞色素b 12S rRNA 东方鲀属鱼类

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鮡科鱼类系统发育关系分析及其分歧时间估算

中国科学：生命科学 2012年第4期42卷 277-285页

作者：于美玲何舜平中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院研究生院北京100049

PCR法扩增了中国鮡科鱼类10属19种19个个体的两个核基因Plagl2和ADNP,同时扩增了贡山鮡、短鳍鮡、细尾异齿鰋等5种鮡科代表种的基因,进一步丰富了鮡科鱼类Cytb基因信息.采用线粒体Cytb和2个核基因Plagl2及ADNP联合构树的方法重建中国鮡... 详细信息

PCR法扩增了中国鮡科鱼类10属19种19个个体的两个核基因Plagl2和ADNP,同时扩增了贡山鮡、短鳍鮡、细尾异齿鰋等5种鮡科代表种的基因,进一步丰富了鮡科鱼类Cytb基因信息.采用线粒体Cytb和2个核基因Plagl2及ADNP联合构树的方法重建中国鮡科鱼类的系统发育树.结果表明,中国鮡科鱼类和鰋鮡鱼类均为单系类群,黄斑褶鮡位于系统发育树的基部位置,所选取的4个鮡属的代表种同样构成单系,凿齿鮡是鰋鮡鱼类最原始的类群,其次是黑斑原鮡和藏鰋,异齿鰋属和拟鰋属均构成单系类群.本文结果与以往研究有相同和不同之处,并对可能的原因进行了探讨.分子钟运算结果显示,鮡科鱼类起源于约晚中新世(约12.2Mya),鰋鮡鱼类的分化时间也在晚中新世(约10.7Mya),鮡科特有种的分化,如鮡属鱼类集中在更新世(1.9Mya以内).鰋鮡鱼类的物种分化和青藏高原的隆升有着密不可分的关系.

关键词：鱼[兆]鱼鱼[兆]鱼类系统发育单系物种分化

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对林苗一体化新型造林绿化模式的实践与探索

林业资源管理 2010年第3期 6-9页

作者：何舜平江西省上犹县人民政府

介绍了林苗一体化的概念和分类,并对其现实适用性进行了分析,提出了林苗一体化的造林绿化模式。利用该模式在在江西省上犹县进行了初步尝试,取得了较好成效。

关键词：林苗一体化造林绿化探索

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食人鱼

生物学通报 2003年第3期38卷 5-7页

作者：何舜平中国科学院水生生物研究所武汉430072

南美洲亚马逊河流域生活的一种脂鲤,近年来被大量引入到中国,养殖在水族馆的玻璃水箱中供人参观.各大水族馆常常以食人鱼作为招牌来吸引更多的参观者.

关键词：食人鱼脂鲤危害入侵种

青鳉与三刺鱼嗅觉受体(OR)基因的鉴定与进化分析

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中国科学（C辑） 2009年第11期39卷 1057-1068页

作者：陈明彭作刚何舜平中国科学院水生生物研究所武汉430072 中国科学院研究生院北京100049

嗅觉是动物至关重要的感官,而嗅觉受体基因则构成了嗅觉的基础.嗅觉受体跟环境气味分子的相互作用被认为是嗅觉过程发生的第一步.气味分子结合被认为发生在由跨膜区形成的一个口袋结构中,而直接结合位点叫做绑定位点.以往的研究显示,绑... 详细信息

嗅觉是动物至关重要的感官,而嗅觉受体基因则构成了嗅觉的基础.嗅觉受体跟环境气味分子的相互作用被认为是嗅觉过程发生的第一步.气味分子结合被认为发生在由跨膜区形成的一个口袋结构中,而直接结合位点叫做绑定位点.以往的研究显示,绑定位点可能因为功能分化而受到正向选择.本研究对青鳉和三刺鱼的基因组中鉴定了OR基因,并对这些序列进行了进化分析.通过不同跨膜区与整个编码区的选择压力的比较,发现跨膜区4,5,6有较高的平均Ka/Ks值,这可能在某种程度上由正向选择所致.同时发现,许多受正向选择的位点主要分布在跨膜区.通过进一步分析发现,许多PTSs与哺乳类中推测的绑定位点重叠或邻近.有趣的是,正向选择发生在3个物种特异的分支中.对于三刺鱼中的嗅觉受体基因来说,它们的进化模式似乎遵循一种"适应辐射模型",因为正向选择发生在两个新近扩张的分支中.这些结果均支持鱼类嗅觉受体基因在进化中受到正向选择的假说.

关键词： OR基因正向选择绑定位点

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长江流域■种群遗传多样性和遗传结构分析

水生生物学报 2014年第4期38卷 627-635页

作者：范启何舜平中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

鱼类群体遗传学研究主要集中在经济鱼类或濒危物种,然而一些经济价值较低的物种的遗传结构却甚少关注。因此,研究选择了经济价值较低的■(Hemiculter leucisculus),共计323尾个体分别来自13个长江流域及其附属湖泊的自然群体。通过扩增... 详细信息

鱼类群体遗传学研究主要集中在经济鱼类或濒危物种,然而一些经济价值较低的物种的遗传结构却甚少关注。因此,研究选择了经济价值较低的■(Hemiculter leucisculus),共计323尾个体分别来自13个长江流域及其附属湖泊的自然群体。通过扩增线粒体DNA Cytb基因序列片段(1100 bp),以探讨■种群遗传结构和遗传多样性。遗传多样性分析呈现出高单倍型多样性和高核苷酸多样性的模式,表明该种群在长江流域较为稳定。另外,基于线粒体细胞色素b基因的系统发育分析,显示■有5个线粒体谱系(谱系A-F)组成。中性检验和核苷酸错配分布分析均显示谱系A、B、E、F曾经历过种群扩张,并且呈现从上游向中游扩张的规律。谱系间较高且显著的遗传分化指数和显著的系统进化关系,均表明谱系A-F之间存在明显的遗传分化,暗示长江流域可能至少存在4个不同线粒体DNA水平上的种。■种群的遗传结构和多样性可能受到了长江流域特定格局的影响。

关键词：遗传结构细胞色素b基因遗传多样性长江流域

美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列及系统发育地位研究

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科学通报 2009年第9期54卷 1250-1261页

作者：王广力何舜平黄松何苗赵尔宓四川大学生命科学学院成都610064 中国科学院水生生物研究所武汉430072 黄山学院生命与环境科学学院黄山245041 中国科学院成都生物研究所成都610041

报道了美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列.美姑脊蛇线粒体全序列长17239bp,由22个tRNA,2个rRNA和13个蛋白质基因及2个非编码的控制区或D-loop组成,存在着基因重排现象.对已报道蛇类线粒体基因组全序列进行比对分析后,发... 详细信息

报道了美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列.美姑脊蛇线粒体全序列长17239bp,由22个tRNA,2个rRNA和13个蛋白质基因及2个非编码的控制区或D-loop组成,存在着基因重排现象.对已报道蛇类线粒体基因组全序列进行比对分析后,发现一些蛇类线粒体基因组进化规律:双控制区现象在爬行动物进化历史中独立地发生,有不同的演化历史;tRNA假基因是在真蛇下目(Caenophidia)中进化形成的;TΨC臂的相对较短(一般少于5bp)和缺失"DHU"臂造成蛇类tRNA较短.通过MP和BI分析确定美姑脊蛇系统发育位置应该位于瘰鳞蛇Acrochordus granulatus和其他真蛇下目蛇类之间,而不应该属于游蛇科Colubridae或者眼镜蛇科Elapidae.由于美姑脊蛇与真蛇下目中蝰科Viperidae、游蛇科以及眼镜蛇科之间的单系性都被统计检验拒绝(P<0.01),由此认为美姑脊蛇所在的闪皮蛇亚科(Subfamily,Xenodermatinae)应该提升到科或者更高的分类阶元.依据系统发育统计检验结果,我们选择Bayesian树来进行分歧时间的估算.原蛇下目与真蛇下目的分化时间为109.50Mya;而瘰鳞蛇与其他真蛇下目种类的分化时间为106.18Mya;美姑脊蛇的分化时间在103Mya;蝰科与眼镜蛇科和游蛇科构成的单系群的分化时间发生在96.06Mya.

关键词：美姑脊蛇线粒体全序列系统发育分化时间