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基于逐步非线性回归的血管紧张素转化酶抑制肽QSAR建模

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化学通报 2022年第6期85卷 736-745页

作者：周恒巴庆芳袁哲明代志军湖南农业大学湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心长沙410128

线性特征选择方法可提升定量构效关系(QSAR)模型的预测能力,但易忽略特征(理化属性)与分子活性间的非线性关系。本文提出基于支持向量回归(SVR)的逐步非线性回归(SSNR)特征选择算法并用于降血压药物血管紧张素转化酶(ACE)抑制肽的QSAR... 详细信息

线性特征选择方法可提升定量构效关系(QSAR)模型的预测能力,但易忽略特征(理化属性)与分子活性间的非线性关系。本文提出基于支持向量回归(SVR)的逐步非线性回归(SSNR)特征选择算法并用于降血压药物血管紧张素转化酶(ACE)抑制肽的QSAR研究。首先以具有不同背景的5组分子描述符分别表征肽序列,以SSNR实施特征选择,再通过智能一致性模型(ICM)对各组描述符对应子模型的预测活性进行加权整合,获得最终活性预测值。在ACE抑制二肽与三肽两个数据上的应用结果表明,SSNR获得的特征子集结合ICM策略可有效提升模型预测能力(二肽的平均Q_(pred)^(2)为0.675±0.002,三肽为0.663±0.013),优于遗传算法-偏最小二乘(0.538±0.049、0.599±0.047)与逐步线性回归(0.583±0.041、0.675±0.010)。最后基于抑制活性已知肽序列预测所有活性未知肽的活性,分析了高活性肽及其氨基酸偏好性,为人工合成潜在高活性ACE抑制肽提供可能的序列组合。

关键词：定量构效关系特征选择支持向量机逐步非线性回归血管紧张素转化酶抑制肽

我国体育院校篮球硕士研究生学位论文现状及影响因素的研究

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我国体育院校篮球硕士研究生学位论文现状及影响因素的研究

作者：代志军北京体育大学

学位级别：硕士

随着我国体育教育事业的不断发展,研究生教育改革的不断深化,篮球专业研究生的培养也呈现出蒸蒸日上的新局面。作为研究生科研综合能力具体体现的学位论文,无论在选题范围,研究方法,研究内容等方面既有一定的规律与特征,又随着时代发展... 详细信息

随着我国体育教育事业的不断发展,研究生教育改革的不断深化,篮球专业研究生的培养也呈现出蒸蒸日上的新局面。作为研究生科研综合能力具体体现的学位论文,无论在选题范围,研究方法,研究内容等方面既有一定的规律与特征,又随着时代发展发生了很大变化,在体育专业研究生日益扩大招生规模的今天,系统全面的对篮球专业研究生学位论文进行分析,总结以往经验,找出问题,分析原因,汲取其精华,规避其不足,以期为我国体育教育训练学篮球专业乃至其它专业研究生,在今后的论文撰写过程中提供可借鉴意义的理论与实践依据。本文通过文献资料法、问卷调查法、访谈法、数理统计法、逻辑分析法对2000-2004年我国体育院校篮球硕士研究生学位论文的整体状况进行分析,得出以下主要结论:4. 1近五年来,我国体育院校篮球硕士研究生学位论文呈现出研究范围广,研究内容丰富,向着多学科、多层次、综合性方向发展的特点。研究侧重点有所转移,主要集中在篮球后备人才培养、世界大赛中篮球技、战术研究、篮球运动职业化、产业化研究。4. 2研究生学位论文的选题以应用性研究为主,体现了篮球运动科研的发展与运动实践紧密联系的特点,基础性研究和开发性研究较少;研究方法采用最多的是“文献资料法、问卷调查法、数理统计法、逻辑分析法、访谈法,重视了数学方法的运用,大部分论文采用了4-5种研究方法,综合研究成为研究方法的主要趋势。4. 3研究生学位论文的篇均引文数量有所提高,其中引用最多的是中文文献,在外文引文中,以英文文献为主,在引文类型中以期刊、图书为主,其它文献类型利用较少,可见研究生在文献利用上存在局限性。4. 4研究生学位论文中存在的问题主要集中在:选题类似,着重于对现状的描述,而缺乏深层次的分析;社会调查方法运用不规范,数据处理不充分,影响了揭示变量之间的内在联系;题目贪大求全,命题欠妥,反映了研究生对所研究目的和内容把握不清;结论缺乏概括和提炼,图表运用欠合理,参考文献著录不规范。4. 5研究生自身知识的缺陷,学习动力不足是影响学位论文质量的主观因素,随着研究生招生规模的扩大,加大了导师工作量,使导师指导研究生的精力和时间受到影响,同时,导师知识结构的局限性与知识更新不够,部分导师和研究生之间缺乏积极的交流与沟通,影响了对论文工作的指导,以及图书情报的缺乏,经费不足,非专业研究生数量增加,是影响研究生学位论文质量的客观因素。

关键词：篮球硕士研究生学位论文现状影响因素

高维特征非线性快速筛选及其在生物信息学应用

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高维特征非线性快速筛选及其在生物信息学应用

作者：代志军湖南农业大学

学位级别：硕士

特征选择是数据挖掘和模式识别领域的研究热点之一。为了提高对高维数据所建模型的泛化推广能力,有必要去除无关、冗余特征。从m个特征中选取P（P≤m）个最优特征子集理论上有2m种可能,已知这是一个完全多项式非确定性问题,在m较大时无... 详细信息

特征选择是数据挖掘和模式识别领域的研究热点之一。为了提高对高维数据所建模型的泛化推广能力,有必要去除无关、冗余特征。从m个特征中选取P（P≤m）个最优特征子集理论上有2m种可能,已知这是一个完全多项式非确定性问题,在m较大时无法穷举。本文针对现有多数非穷举特征筛选方法易陷入局部最优的弊端,充分利用支持向量机的优点,发展了一种新的高维特征非线性快速筛选方法。对于分类问题,针对现有特征选择算法缺少通用、可靠的特征重要性评估手段的局限,进一步提出了特征显著性测验方法——伪支持向量回归成对数据t测验法。肽、蛋白质功能本质上由其一级结构——氨基酸残基序列决定。蛋白质三级结构测定耗时费力,而肽、蛋白质一级结构简便易得,因此肽、蛋白质的定量序效关系（Quantitative Sequence-Activity Relationship,QSAR）研究极为重要,在研发肽类新药、揭示蛋白质结构与功能关系方面有广泛应用前景。蛋白质、肽QSAR建模的一个重要内容是其一级结构表征。本文以氨基酸的531个物化性质参数直接表征肽的结构,将高维特征非线性快速筛选应用于苦味二肽和ACE抑制剂2个肽体系的QSAR建模（回归问题）,各筛选获得10个意义明确的保留描述子。以保留描述子建立支持向量回归（Support Vector Regression,SVR）模型,其拟合精度、留一法交叉测试精度、外部预测精度较文献报道结果均有较大幅度提升,优势明显;对所建SVR模型进行了非线性回归显著性测验、单因子相对重要性显著性测验、单因子效应分析,增强了模型的可解释性。肿瘤等复杂疾病基因表达数据（分类问题）具样本小、维数高、噪声大、冗余度高、非线性等特征,如何深入挖掘一直是生物信息学研究的重点与难点。本文将高维特征非线性快速筛选新方法应用于急性白血病基因表达谱与结肠癌基因表达谱2个肿瘤数据,各筛选获得6个和4个保留基因。以保留基因建立支持向量分类（Support Vector Classification,SVC）模型,其留一法交叉测试精度、全折交叉测试精度、独立预测精度获得了优于或与文献相当的结果。以伪SVR成对数据t测验法对所建SVC模型进行保留信息基因显著性测验,给出了保留基因相对重要性排序。蛋白质间的相互作用不仅对细胞和生物通路的功能发挥着关键性的作用,而且理解这些相互作用对各种疾病的发病机理和治疗也具有极大的推进作用。为了进一步验证高维特征非线性快速筛选在复杂大样本高维数据特征选择上的有效性,将其应用于人类蛋白质相互作用数据库中的所有样本数据。首先对蛋白质互作对进行特征提取,产生686维特征。由于支持向量机对大样本的训练建模时间复杂度过大,改用松弛变量核密度估计（Relaxed Variable Kernel Density Estimation, RVKDE）为分类器进行特征筛选,最终得到232个保留特征。以保留特征建立RVKDE模型,获得了比文献报道结果略高的独立预测精度。高维特征非线性快速筛选方法在肽QSAR建模等回归预测领域、肿瘤基因表达谱小样本高维数据分类领域、复杂大样本高维数据领域等有广泛应用前景。

关键词：非线性快速特征选择高维特征定量序效关系基因表达谱蛋白质相互作用支持向量机

CD27、CD70与机体免疫及肿瘤发展关系的研究进展

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中国免疫学杂志 2013年第10期29卷 1115-1118页

作者：秦勇代志军吕松岑哈尔滨医科大学附属二院哈尔滨150086

初始T细胞的完全活化需要两种信号的协同作用，第一信号为抗原特异性MHCII类分子和CD3／TCR组成的复合物；第二信号则由抗原递呈细胞或靶细胞表面的协同刺激分子与T细胞表面的相应受体的相互作用来实现。

关键词： CD27 肿瘤发展机体免疫协同刺激分子抗原递呈细胞细胞表面初始T细胞抗原特异性

长期运动训练对青年男性淋巴细胞凋亡及线粒体DNA修复酶的影响

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西安体育学院学报 2012年第3期29卷 350-354页

作者：代志军朱荣潍坊学院山东潍坊261061 温州医学院浙江温州325035

目的探究长期运动训练对青年男性淋巴细胞凋亡及线粒体DNA(mtDNA)修复酶(8-氧鸟嘌呤DNA糖基化酶,OGG1)的影响及可能机制。方法训练组为20名男子足球专业运动员,对照组为20名男子大学生。2组均在功率自行车上完成递增负荷力竭运动。运动... 详细信息

目的探究长期运动训练对青年男性淋巴细胞凋亡及线粒体DNA(mtDNA)修复酶(8-氧鸟嘌呤DNA糖基化酶,OGG1)的影响及可能机制。方法训练组为20名男子足球专业运动员,对照组为20名男子大学生。2组均在功率自行车上完成递增负荷力竭运动。运动前和运动后即刻采集静脉血。流式细胞法检测淋巴细胞凋亡率,比色法检测超氧阴离子和羟自由基含量和Caspase-3,Caspase-9活性,高效液相色谱法检测mtDNA中8-氧鸟嘌呤(8-oxodG)含量,Western-blotting法检测线粒体OGG1蛋白(mtOGG1)表达水平。结果运动前和运动后,训练组与对照组比较,超氧阴离子、羟自由基、Caspase-3,Caspase-9活性、8-oxodG降低,OGG1升高;运动后,训练组与对照组比较,淋巴细胞凋亡率降低。对照组和训练组在运动后与运动前比较,淋巴细胞凋亡率、超氧阴离子、羟自由基、Caspase-3,Caspase-9活性和8-oxodG均升高,但训练组升高幅度低于对照组;运动后对照组OGG1降低,而训练组OGG1升高。结论一次性力竭运动诱导产生高水平ROS,并抑制mtOGG1表达,使mtDNA氧化损伤,促进淋巴细胞凋亡;长期耐力训练可通过抑制ROS生成,并提高mtOGG1表达,抑制运动性淋巴细胞凋亡。

关键词：运动训练淋巴细胞凋亡活性氧 8-氧鸟嘌呤DNA糖基化酶

长期运动训练对外周血淋巴细胞DNA损伤和凋亡的影响及机制研究

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山东体育学院学报 2012年第3期28卷 60-65页

作者：代志军朱荣潍坊学院山东潍坊261061 温州医学院浙江温州325035

训练组(男子足球运动员,n=16)和对照组(男子大学生,n=16)在功率自行车上完成一次递增负荷力竭运动。运动前、运动后以及运动后24 h采集静脉血,测定外周血淋巴细胞计数、淋巴细胞凋亡率、羟自由基、8-羟基脱氧鸟嘌呤(8-OHdG)和8-氧鸟嘌呤... 详细信息

训练组(男子足球运动员,n=16)和对照组(男子大学生,n=16)在功率自行车上完成一次递增负荷力竭运动。运动前、运动后以及运动后24 h采集静脉血,测定外周血淋巴细胞计数、淋巴细胞凋亡率、羟自由基、8-羟基脱氧鸟嘌呤(8-OHdG)和8-氧鸟嘌呤DNA糖基化酶(OGG1)。结果发现,运动后即刻,训练组和对照组外周血淋巴细胞计数(P<0.01;P<0.05)、淋巴细胞凋亡率(P<0.05;P<0.01)、羟自由基(P<0.01;P<0.01)、8-OHdG(P<0.01;P<0.01)和OGG1(P<0.01;P<0.01)均高于运动前水平,而训练组OGG1升高幅度高于对照组(P<0.01),其他各指标升高幅度则均明显低于对照组(均为P<0.01)。运动后24h,对照组外周血淋巴细胞计数低于运动前(P<0.01),淋巴细胞凋亡率高于运动前(P<0.01),而训练组则恢复至运动前;两组8-OHdG(P<0.05;P<0.01)均高于运动前,但升高幅度明显低于对照组(P<0.01);OGG1在对照组恢复至运动前,而训练组仍高于运动前水平(P<0.05)。因此,长期运动训练通过降低氧化应激水平、提高DNA修复能力、减轻DNA氧化损伤,抑制运动性淋巴细胞凋亡。

关键词：运动训练外周血淋巴细胞 DNA损伤细胞凋亡 DNA修复酶

磷酸化caspase-8在非小细胞肺癌中的表达及其临床意义

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南方医科大学学报 2014年第12期34卷 1753-1757页

作者：闵卫利代志军张寅斌王西京赵阳西安交通大学第二附属医院肿瘤科陕西西安710004

目的探索Src对caspase-8的磷酸化作用对非小细胞肺癌患者的临床意义。方法应用免疫组化方法检测Src及caspase-8在非小细胞肺癌组织及对照肺组织中的表达,应用Western blot检测非小细胞肺癌组织和对照肺组织的磷酸化caspase-8(pY380-cas... 详细信息

目的探索Src对caspase-8的磷酸化作用对非小细胞肺癌患者的临床意义。方法应用免疫组化方法检测Src及caspase-8在非小细胞肺癌组织及对照肺组织中的表达,应用Western blot检测非小细胞肺癌组织和对照肺组织的磷酸化caspase-8(pY380-casp8)的表达,Kaplan-Meire法分析p-Y380-casp8阳性组和阴性组的无疾病生存情况。结果 Caspase-8与Src在非小细胞肺癌组织和对照肺组织中阳性表达率无显著性差异(P>0.05),免疫组化caspase-8(+)Src(+)的非小细胞肺癌组织中磷酸化caspase-8均阳性表达,磷酸化caspase-8在非小细胞肺癌组织中的阳性率显著高于对照肺组织(52.4%vs 7.1%,P<0.05),磷酸化caspase-8阳性表达非小细胞肺癌患者组术后2年无疾病生存率显著低于磷酸化caspase-8阴性组(32.0%vs 60.3%,P<0.05)。结论磷酸化caspase-8可以成为非小细胞肺癌患者不佳预后的标志分子,为临床非小细胞肺癌患者预后评估提供了全新理论基础。

关键词： Src激酶 caspase-8 磷酸化非小细胞肺癌 caspase-8

运动预适应对C57BL/6小鼠溃疡性结肠炎的预防作用及其机制分析

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体育学刊 2014年第3期21卷 140-144页

作者：代志军马延超潍坊学院体育学院山东潍坊261061 洛阳师范学院体育学院河南洛阳471022

为探讨运动预适应对溃疡性结肠炎(UC)的影响及其可能机制,将24只C57BL/6小鼠随机分为运动预适应组(Ex组)、模型组(DSS组)和安慰剂对照组(C组),每组8只。Ex组进行8周跑台运动,DSS组和C组安静状态饲养8周。随后Ex组和DSS组自由饮用质量分... 详细信息

为探讨运动预适应对溃疡性结肠炎(UC)的影响及其可能机制,将24只C57BL/6小鼠随机分为运动预适应组(Ex组)、模型组(DSS组)和安慰剂对照组(C组),每组8只。Ex组进行8周跑台运动,DSS组和C组安静状态饲养8周。随后Ex组和DSS组自由饮用质量分数为3.5%葡聚糖硫酸钠(DSS)溶液诱导小鼠UC模型,C组自由饮用同等量的蒸馏水,每天观察并记录疾病活动指数(DAI)。7 d后处死小鼠,取肠道炎症组织观察病理变化并进行炎症评分;实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测白细胞介素-1β(IL-1β)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)mRNA表达水平;Western blot法检测Toll样受体4(TLR4)、总NF-κB p65和核NF-κB p65蛋白表达水平。结果显示,DSS组出现典型的UC临床表现和组织病理学变化,DAI评分、组织炎症评分、IL-1β和TNF-αmRNA表达以及TLR4和核NF-κB p65蛋白表达水平均高于C组(P0.05)。结果表明,长期中等强度运动预适应能够预防UC、减轻UC病情,其机制可能与抑制TLR4﹣NF-κB信号通路以及下调下游炎症因子基因表达有关。

关键词：运动医学运动预适应溃疡性结肠炎信号转导炎症因子小鼠

抗EGFR单克隆抗体cetuximab的研究进展

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中国肿瘤生物治疗杂志 2003年第1期10卷 63-65页

作者：代志军王西京刘小旭西安交通大学第二医院肿瘤科西安710004

抗表皮生长因子受体 (EGFR)单克隆抗体cetuximab(C 2 2 5 )特异性与EGFR高亲和力结合 ,从而阻断表皮生长因子 (EGF)、转化生长因子 α(TGF α)与EGFR结合及其引起的细胞增殖。体内外的临床前实验都显示cetuximab通过调节细胞周期、抑... 详细信息

抗表皮生长因子受体 (EGFR)单克隆抗体cetuximab(C 2 2 5 )特异性与EGFR高亲和力结合 ,从而阻断表皮生长因子 (EGF)、转化生长因子 α(TGF α)与EGFR结合及其引起的细胞增殖。体内外的临床前实验都显示cetuximab通过调节细胞周期、抑制血管生成和转移及促进凋亡等抑制肿瘤 ,而且可以增加放化疗疗效。Ⅰ ,Ⅱ期临床试验显示 ,药代动力学呈剂量依赖非线性关系 ,半衰期长 ,高效低毒 ,在人体耐受良好。

关键词： EGFR 单克隆抗体肿瘤治疗