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复杂疾病全基因组关联研究进展——研究设计和遗传标记

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遗传 2008年第4期30卷 400-406页

作者：严卫丽新疆医科大学公共卫生学院乌鲁木齐830054

实现全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWA)在数年前还是遗传学家们的梦想,如今它已经变成了现实。自2005年Science杂志报道了第一项有关年龄相关性(视网膜)黄斑变性全基因组关联研究研究以来,有关与复杂疾病的全基因组... 详细信息

实现全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWA)在数年前还是遗传学家们的梦想,如今它已经变成了现实。自2005年Science杂志报道了第一项有关年龄相关性(视网膜)黄斑变性全基因组关联研究研究以来,有关与复杂疾病的全基因组关联研究如雨后春笋般层出不穷。文中介绍了近两年来全基因组关联研究在复杂疾病研究领域内的主要发现、全基因组关联研究设计原理、遗传标记的选择、比较及相关商品信息。最后介绍了人类基因组拷贝数变异的研究进展,总结了人类全基因组关联研究所取得成就和存在的问题,并对全基因组关联研究未来的研究重点和要解决的问题进行了展望。

关键词：全基因组关联研究复杂疾病拷贝数变异研究设计

复杂疾病全基因组关联研究进展——遗传统计分析

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遗传 2008年第5期30卷 543-549页

作者：严卫丽新疆医科大学公共卫生学院乌鲁木齐830054

2005年,Science杂志首次报道了有关人类年龄相关性黄斑变性的全基因组关联研究,此后有关肥胖、2型糖尿病、冠心病、阿尔茨海默病等一系列复杂疾病的全基因组关联研究被陆续报道,这一阶段被称为人类全基因组关联研究的第一次浪潮。文章... 详细信息

2005年,Science杂志首次报道了有关人类年龄相关性黄斑变性的全基因组关联研究,此后有关肥胖、2型糖尿病、冠心病、阿尔茨海默病等一系列复杂疾病的全基因组关联研究被陆续报道,这一阶段被称为人类全基因组关联研究的第一次浪潮。文章分别介绍了全基因组关联研究统计分析的方法、软件和应用实例;比较了关联分析中多重检验的P值调整方法,包括Bonferroni、递减的Bonferroni校正法、模拟运算法和控制错误发现率的方法;还讨论了人群混杂对关联分析结果可能产生的影响及原理,以及全基因组关联研究中控制人群混杂的方法的研究进展和应用实例。在全基因组关联研究的第一次浪潮中,应用经典的遗传统计方法发现了许多基因-表型之间的关联并且能够对这些关联做出解释,其中包括许多基因组中的未知基因和染色体区域。然而,全基因组关联研究的继续发展需要进一步阐述基因组内基因之间相互作用、基因-基因之间的复杂作用网络与环境因素的相互作用在复杂疾病发生中的作用,现有的统计分析方法肯定不能满足需要,开发更为高级的统计分析方法势在必行。最后,文章还给出了全基因组关联研究统计分析软件的相关网站信息。

关键词：全基因组关联研究检验效能多重检验校正人群混杂重复

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复杂疾病关联研究中的若干问题

Acta Genetica Sinica 2004年第5期31卷 533-537页

作者：严卫丽顾东风中国医学科学院阜外心血管病医院群体遗传及防治研究室北京100037

关联研究广泛应用于阐述心血管疾病、2型糖尿病、原发性高血压和肥胖等人类复杂疾病的遗传学基础。文中就关联研究中混杂的识别与控制、候选基因的选择、中间表型的应用、单体型分析方法的应用 ,以及结果的判定等问题进行了讨论。人群... 详细信息

关联研究广泛应用于阐述心血管疾病、2型糖尿病、原发性高血压和肥胖等人类复杂疾病的遗传学基础。文中就关联研究中混杂的识别与控制、候选基因的选择、中间表型的应用、单体型分析方法的应用 ,以及结果的判定等问题进行了讨论。人群分层是关联研究混杂的主要来源之一。选择患者亲属做对照、基因组对照和选择遗传背景较为一致的隔离人群都可以减少混杂。候选基因的选择可以基于与疾病间的生物学联系或是该基因与疾病某已知相关基因的同源性。适当的应用中间表型和单体型分析方法可以增加关联研究有意义发现的机会。本文认为 ,优化研究设计、足够的样本含量、正确选择对照 ,结合先进的数据分析方法 ,关联研究必将为困扰人类的常见疾病的易感性研究发挥更大的作用。

关键词：复杂疾病关联研究混杂候选基因中间表型

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遗传风险评分在复杂疾病遗传学研究中的应用

遗传 2015年第12期37卷 1204-1210页

作者：牛大彦严卫丽复旦大学附属儿科医院临床流行病学教研室上海201102

心血管疾病、2型糖尿病、原发性高血压、哮喘、肥胖、肿瘤等复杂疾病在全球范围内流行,并成为人类死亡的主要原因。越来越多的人开始关注遗传易感性在复杂疾病发病机制中的作用。至今,与复杂疾病相关的易感基因和基因序列变异仍未完全... 详细信息

心血管疾病、2型糖尿病、原发性高血压、哮喘、肥胖、肿瘤等复杂疾病在全球范围内流行,并成为人类死亡的主要原因。越来越多的人开始关注遗传易感性在复杂疾病发病机制中的作用。至今,与复杂疾病相关的易感基因和基因序列变异仍未完全清楚。人们希望通过遗传关联研究来阐明复杂疾病的遗传基础。近年来,全基因组关联研究和候选基因研究发现了大量与复杂疾病有关的基因序列变异。这些与复杂疾病有因果和(或)关联关系的基因序列变异的发现促进了复杂疾病预测和防治方法的产生和发展。遗传风险评分(Genetic risk score,GRS)作为探索单核苷酸多态(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)与复杂疾病临床表型之间关系的新兴方法,综合了若干SNPs的微弱效应,使基因多态对疾病的预测性大幅度提升。该方法在许多复杂疾病遗传学研究中得到成功应用。本文重点介绍了GRS的计算方法和评价标准,简要列举了运用GRS取得的系列成果,并对运用过程中所存在的局限性进行了探讨,最后对遗传风险评分的未来发展方向进行了展望。

关键词：遗传风险评分复杂疾病单核苷酸多态

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原发性高血压全基因组关联研究进展

遗传 2012年第7期34卷 793-809页

作者：许睿玮严卫丽新疆医科大学公共卫生学院乌鲁木齐830054 复旦大学附属儿科医院临床流行病学研究室上海201102

原发性高血压是一种由遗传与环境因素共同导致的复杂疾病,具有高度的遗传异质性。自2007年首个高血压全基因组关联研究(Genome-wide association studies,GWAS)报道以来,许多GWAS相继开展。文章首先对2007年1月至2011年9月期间报道的24... 详细信息

原发性高血压是一种由遗传与环境因素共同导致的复杂疾病,具有高度的遗传异质性。自2007年首个高血压全基因组关联研究(Genome-wide association studies,GWAS)报道以来,许多GWAS相继开展。文章首先对2007年1月至2011年9月期间报道的24篇血压/高血压易感基因的GWAS按人种与染色体位置对其结果进行汇总,经统计位点rs17249754、rs1378942和rs11191548报道频数最多。其次介绍了GWAS方法学的研究进展,包括选择高质量的数量表型和选择多阶段研究设计来增加研究发现阳性关联的机会。统计分析方面,除强调了已经报道过的多重比较和重复(验证)研究等问题外,文章还介绍了通过Meta分析对GWAS数据进行深度发掘,并应用基因型填补法对缺失数据进行填补可以提高全基因组遗传标记的覆盖率的方法。尽管GWAS发现了许多我们未知的基因与疾病表型的关联,为了解高血压的发病机制提供了更多线索,但是目前GWAS发现的血压/高血压相关变异多为对人群血压的影响极其微弱的常见变异。因此今后的研究中可加强深度功能学研究对易感基因精细定位和外显子组测序技术的应用,结合GWAS的成果进行生物信息学通路分析和表观遗传学机制研究等,逐步揭示高血压的遗传机制。

关键词：原发性高血压血压全基因组关联研究易感基因

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出生队列研究在儿科疾病防治中的应用

中华儿科杂志 2024年第2期62卷 97-100页

作者：严卫丽黄国英国家儿童医学中心、复旦大学附属儿科医院临床流行病学研究室&临床试验中心、上海市出生缺陷防治重点实验室、中国医学科学院小儿遗传相关心血管疾病早期防控创新单元上海201102 国家儿童医学中心、复旦大学附属儿科医院心血管中心、上海市出生缺陷防治重点实验室、中国医学科学院小儿遗传相关心血管疾病早期防控创新单元上海201102

儿童健康关乎中华民族的人口素质和发展潜力,儿科疾病预防和控制是保障儿童福祉的公共卫生战略中不可或缺的一部分。出生队列为研究生命早期暴露和致病因素提供了宝贵的视角和资源,为采取针对性的干预措施提供了可能。现对出生队列在儿... 详细信息

儿童健康关乎中华民族的人口素质和发展潜力,儿科疾病预防和控制是保障儿童福祉的公共卫生战略中不可或缺的一部分。出生队列为研究生命早期暴露和致病因素提供了宝贵的视角和资源,为采取针对性的干预措施提供了可能。现对出生队列在儿科疾病预防和控制中的意义进行述评。

关键词：预防和控制儿科疾病出生队列公共卫生干预措施儿童健康人口素质发展潜力

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慢性砷中毒对甲皱微循环的远期影响

环境与健康杂志 1998年第3期15卷 114-115页

作者：严卫丽姚华陈艳姜平新疆医学院预防医学系

为探讨慢性砷中毒对甲皱微循环的远期影响，于改水１０年后，对新疆奎屯地区原慢性砷中毒地区曾经饮用高砷水至少５年的居民及其改水后出生的子女的甲皱微循环情况作了观察，结果显示：改水１０年后人群尿砷、尿氟均在正常值范围，成人... 详细信息

为探讨慢性砷中毒对甲皱微循环的远期影响，于改水１０年后，对新疆奎屯地区原慢性砷中毒地区曾经饮用高砷水至少５年的居民及其改水后出生的子女的甲皱微循环情况作了观察，结果显示：改水１０年后人群尿砷、尿氟均在正常值范围，成人及其子女的尿砷、甲皱微循环与对照相比差异均无显著性，没有发现慢性砷中毒患者子女的甲皱微循环受影响。提示去除高砷饮水这一环境因素经历一定的时间后，人体的甲皱微循环能够恢复正常。

关键词：慢性砷中毒甲皱微循环砷中毒饮用水水体污染

2014年上海市闵行区7～18岁在校学生幽门螺杆菌感染率调查

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中华儿科杂志 2016年第7期54卷 496-499页

作者：黄洁周颖黄瑛张羿严卫丽复旦大学附属儿科医院消化科上海201102 复旦大学附属儿科医院临床流行病研究室上海201102

目的调查上海市闵行区7 ～18岁儿童幽门螺杆菌（Hp）的感染情况.方法采取方便整群抽样的方法,对上海市闵行区3所中小学1 988名7 ～18岁儿童进行Hp感染检测.以血清学Hp-IgG检查或13C尿素呼气试验任意一项检测结果阳性作为Hp感染指标,获... 详细信息

目的调查上海市闵行区7 ～18岁儿童幽门螺杆菌（Hp）的感染情况.方法采取方便整群抽样的方法,对上海市闵行区3所中小学1 988名7 ～18岁儿童进行Hp感染检测.以血清学Hp-IgG检查或13C尿素呼气试验任意一项检测结果阳性作为Hp感染指标,获得Hp感染率;以13C尿素呼气试验检查阳性作为Hp现症感染的指标,筛查出现症感染的人群.采用Spearman相关分析,分析年龄与感染率的关系.应用kappa值分析两种检测方法的一致性.结果总计1 988名具有完整数据的人群进入分析,男生、女生各944人.总的感染率为36.3％（721/1 988）,现症感染率为32.1％（625/1 949）.小学组（7～12岁）、初中组（13～15岁）、高中组（16～18岁）Hp感染率分别为27.4％（223/813）、33.6％（93/277）、45.1％（405/898）.年龄与感染率呈弱相关,相关系数为0.167（P＜0.001）.血清学Hp-IgG检查与13C尿素呼气试验进行一致性分析得出的kappa值为0.67.结论上海市闵行区部分地区7～18岁儿童幽门螺杆菌感染率为36.3％;感染率随着年龄的增长而升高;血清学Hp-IgG检查与13C尿素呼气试验两种检测方法各有利弊,不能相互替代.

关键词：螺杆菌,幽门儿童抽样研究

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中文修订版孤独症谱系评定量表结构效度分析

中国当代儿科杂志 2015年第12期17卷 1282-1285页

作者：周浩张利利严卫丽徐秀王艺复旦大学附属儿科医院神经内科上海201102 复旦大学附属儿科医院临床流行病学教研室上海201102 复旦大学附属儿科医院儿童保健科上海201102

目的对中文修订版孤独症谱系评定量表（ASRS）问卷进行结构效度分析。方法选取某小学701名年龄在6-12岁之间的小学生作为调查对象,让所有小学生的父母填写ASRS问卷,将回收的有效问卷信息录入计分软件,系统自动评分,应用Mpuls 6.0软件进... 详细信息

目的对中文修订版孤独症谱系评定量表（ASRS）问卷进行结构效度分析。方法选取某小学701名年龄在6-12岁之间的小学生作为调查对象,让所有小学生的父母填写ASRS问卷,将回收的有效问卷信息录入计分软件,系统自动评分,应用Mpuls 6.0软件进行结构效度分析。结果共发放ASRS问卷701份,回收671份有效问卷,回收率95.7%。671份问卷中,男368人（54.8%）,女303人（45.2%）。中文修订版ASRS问卷3因子结构模型拟合指数中,近似误差均方根（RMSEA）为0.053,比较拟合指数（CFI）为0.889,Tucker-Lewis指数（TLI）为0.884,其指标均优于未修订版ASRS问卷（RMSEA：0.060,CFI：0.829,TLI：0.823）。结论修订后的ASRS问卷具有较好的结构效度,可作为ASD评估工具在我国推广使用。

关键词：孤独症谱系障碍结构效度问卷儿童