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基于SSR荧光标记分析我国主要审(认)定烤烟及白肋烟品种遗传多样性

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中国烟草学报 2013年第2期19卷 98-105页

作者：陈雅琼王卫峰丁安明宗鹏李凤霞张磊孙玉合中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室/中国农业科学院烟草研究所中国农业科学院研究生院北京100081

将毛细管电泳荧光检测技术应用于烟草SSR标记研究，分析我国审（认）定通过的63份烤烟与8份白肋烟种质的遗传多样性。选取36对SSR引物，共扩增产生多态性带205条。运用NTSYS-pc2．10e软件计算Dice遗传相似系数，结果显示71份烟草种质的... 详细信息

将毛细管电泳荧光检测技术应用于烟草SSR标记研究，分析我国审（认）定通过的63份烤烟与8份白肋烟种质的遗传多样性。选取36对SSR引物，共扩增产生多态性带205条。运用NTSYS-pc2．10e软件计算Dice遗传相似系数，结果显示71份烟草种质的遗传相似系数介于0．223-0．924之间，平均为0．658。表明我国审（认）定通过的烟草栽培种间的遗传基础狭窄、遗传多样性不丰富。

关键词：烟草审(认)定品种 SSR荧光标记遗传多样性

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浅析煤田地质勘查技术与新型能源的发展

煤 2018年第3期27卷 87-88页

作者：丁安明甘肃煤田地质局一三三队甘肃白银730913

文章对地质勘查与地质研究,煤田及煤炭地质勘查做了详细介绍,并对在新型能源发展条件下,能源结构的优化和创新勘探装备建设,提出了自己的观点。认为目前能源技术发展迅速,煤田地质勘查技术创新,必须适应清洁低碳能源的发展。

关键词：煤田地质勘查新型能源

植物细胞质雄性不育恢复基因的定位和克隆研究进展

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分子植物育种 2014年第3期12卷 618-628页

作者：丁安明李凤霞陈夏晔孙玉合中国农业科学院烟草研究所、烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266100

植物细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)是作物杂种优势利用的重要途径,是由线粒体不育基因和相应的核编码育性恢复基因(fertility restorer gene,Rf)互作产生。随着分子生物学和分子遗传学的发展,许多植物的大量Rf基因被... 详细信息

植物细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)是作物杂种优势利用的重要途径,是由线粒体不育基因和相应的核编码育性恢复基因(fertility restorer gene,Rf)互作产生。随着分子生物学和分子遗传学的发展,许多植物的大量Rf基因被定位和克隆,尤其是近年来一些植物CMS及其育性恢复的机制也得到了阐明。本文概述了几种主要农作物中已经定位或克隆的Rf基因及其作用机制的最新研究进展,并对未来该领域的研究方向进行了展望。

关键词：细胞质雄性不育育性恢复基因 PPR蛋白

甘肃省景泰盆地晚三叠世古地理环境及聚煤规律研究

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中国煤炭地质 2016年第12期28卷 14-20页

作者：王海中丁安明甘肃煤田地质局一三三队甘肃白银730913

在甘肃省景泰盆地内三叠系上统南营儿群(T3n)为一套巨厚的陆相碎屑岩沉积建造,极少形成具有工业价值的可采煤层,而近几年在景泰盆地内发现大量煤炭赋存,初步认为成煤时代为晚三叠世,但对此盆地研究程度较低。通过对景泰盆地古地理环境... 详细信息

在甘肃省景泰盆地内三叠系上统南营儿群(T3n)为一套巨厚的陆相碎屑岩沉积建造,极少形成具有工业价值的可采煤层,而近几年在景泰盆地内发现大量煤炭赋存,初步认为成煤时代为晚三叠世,但对此盆地研究程度较低。通过对景泰盆地古地理环境及后期构造的分析研究,将研究区内的三叠系上统南营儿群(T3n)含煤岩系由下至上划分为A、B、C、D四个岩性段,煤层主要赋存于煤系上部,即D、C、B三个岩性段;确定景泰盆地晚三叠世早期以河床相为主,中后期为浅湖相、堤岸亚相、河床相沼泽相及泥炭沼泽相的沉煤环境;盆地沉积从B→C→D段的过程中,成煤环境从B→C→D也逐渐变好,D段所含煤层最厚,含煤系数最大;确定景泰盆地内煤层呈东西向带状分布,煤层主要分布于白岩子勘查区中部至郭家台勘查区Ⅺ勘探线附近范围内。在郭家台勘查区东部和白岩子勘查区的西部煤层含煤性最好;确定研究区为复式褶皱和断裂并存的复杂构造盆地。褶皱轴向与断裂构造线方向基本平行,近东西向平行展布,受褶皱构造的影响,岩煤层倾角较大。

关键词：三叠系上统南营儿群(T3n)含煤地层构造古地理背景沉积环境赋煤特征

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普通烟草PMEI家族的鉴定与表达分析

江苏农业科学 2018年第9期46卷 34-43页

作者：韩林贺丁安明孔英珍中国农业科学院烟草研究所/中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室山东青岛266101 中国农业科学院研究生院北京100081

果胶是细胞壁的重要组成部分,它不仅在细胞之间的连接上起着关键作用,还能维持细胞壁结构稳定和抵御病原的侵害。细胞壁中的果胶甲酯酶抑制剂(pectin methyl ester enzyme inhibitor,简称PMEI)可以调控果胶甲酯酶(pectin methyl ester e... 详细信息

果胶是细胞壁的重要组成部分,它不仅在细胞之间的连接上起着关键作用,还能维持细胞壁结构稳定和抵御病原的侵害。细胞壁中的果胶甲酯酶抑制剂(pectin methyl ester enzyme inhibitor,简称PMEI)可以调控果胶甲酯酶(pectin methyl ester enzyme,简称PME)对果胶的去甲酯化作用,从而引起细胞壁结构和功能特性的改变。为深入研究PMEI基因家族在烟草生长发育过程中的功能,采用生物信息学方法,在普通烟草基因组中共鉴定出90个PMEI基因家族成员,并对其进行基因结构、系统进化树、蛋白理化性质、保守结构域、表达分析和基因本体(gene ontology,简称GO)分析。结果表明,烟草PMEI基因家族可以分为5个亚家族,在进化树中形成明显不同的分支,同一亚家族中各成员的基因结构、编码蛋白的理化性质及保守域呈现较高的一致性。每个成员都含有由4个反向平行α螺旋组成的PMEI结构域,结构域序列中有4个极为保守的半胱氨酸残基,形成2个二硫键。GO分析结果显示,所有烟草的PMEI蛋白都具有酶抑制活性,大部分成员参与细胞壁的修饰过程。PMEI成员在烟草不同组织中均有表达,其中在茎、叶脉、幼苗叶和幼苗根中的基因表达数较多;第Ⅳ、Ⅴ亚家族成员在幼根、幼叶中表达量较高。研究结果将为烟草PMEI家族的深入研究提供依据,为进一步解析PMEI基因的功能奠定基础。

关键词： PMEI 基因家族生物信息荧光定量PCR 普通烟草

小麦关联RIL群体产量性状与品质性状的相关分析

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麦类作物学报 2011年第3期31卷 480-486页

作者：丁安明李君崔法赵春华马航运王洪刚山东农业大学农学院/作物生物学国家重点实验室/山东省作物生物学重点实验室/国家小麦改良中心泰安分中心山东泰安271018 枣庄市农业科学研究院山东枣庄277100

为给小麦高产优质育种提供参考依据,以潍麦8号/烟农19和潍麦8号/济麦20构建的分别含229和485个家系的两个关联重组自交系(RIL)群体为材料,在三个环境下对12个产量相关性状和品质性状进行了分析评价。结果表明,小麦单株产量与其构成因素... 详细信息

为给小麦高产优质育种提供参考依据,以潍麦8号/烟农19和潍麦8号/济麦20构建的分别含229和485个家系的两个关联重组自交系(RIL)群体为材料,在三个环境下对12个产量相关性状和品质性状进行了分析评价。结果表明,小麦单株产量与其构成因素、每穗小穗数、株高和加工品质正相关,与蛋白含量等营养品质负相关,与抽穗期和开花期无显著相关性。产量构成因素间呈显著负相关,穗粒数和千粒重与每穗小穗数和株高正相关,而单株穗数与每穗小穗数负相关。穗粒数与蛋白含量和湿面筋含量负相关,与吸水率和硬度正相关。单株穗数与品质性状负相关,但多数未达到显著水平。千粒重与蛋白含量负相关,与湿面筋含量显著正相关。说明增加产量与提高蛋质白含量等营养品质确实存在矛盾,但高产和优良的加工品质不矛盾,二者可以协调。在育种中,可以通过调节产量构成因素实现与营养品质的协调,如千粒重和湿面筋含量可以共同提高。此外,各性状间的相关性在两个群体中略有差异,在不同环境中变化很大甚至相反,说明性状间的相关性受到遗传背景和环境因素(如土壤、气候、前茬等)及其互作的影响较大。

关键词：小麦产量相关性状品质性状相关分析

烟草BRANCHED1-Like基因的克隆及表达分析

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植物遗传资源学报 2015年第6期16卷 1321-1329页

作者：陈雅琼孙亭亭陈蕾丁安明陈涣孙玉合中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266100 中国农业科学院研究生院北京100081

TCP转录因子家族CYC/TB1簇中成员BRC1在调控植物侧枝发育的过程中发挥重要作用。本研究利用电子克隆结合RT-PCR方法从普通烟草(Nicotiana tabacum)中克隆获得4个Nt BRC1-Like基因,分别命名为Nt BRC1-Like1、Nt BRC1-Like2、Nt BRC1-Like... 详细信息

TCP转录因子家族CYC/TB1簇中成员BRC1在调控植物侧枝发育的过程中发挥重要作用。本研究利用电子克隆结合RT-PCR方法从普通烟草(Nicotiana tabacum)中克隆获得4个Nt BRC1-Like基因,分别命名为Nt BRC1-Like1、Nt BRC1-Like2、Nt BRC1-Like3和Nt BRC1-Like4。4条基因的CDS序列长度分别为1140 bp、1062 bp、987 bp和1041 bp,分别编码由379、353、328和346个氨基酸组成的蛋白,这4个蛋白与CYC/TB1簇中其他成员具有较高相似性。蛋白质保守结构域分析表明,4个Nt BRC1-Like基因编码的蛋白除具有TCP核心结构域外,还具有CYC/TB1簇蛋白特有的R结构域。系统进化树分析表明,Nt BRC1-Like蛋白都是TCP家族CYC/TB1簇中的成员,且4个Nt BRC1-Like蛋白可以被分成2组,Nt BRC1-Like1和Nt BRC1-Like4为一组,Nt BRC1-Like2和Nt BRC1-Like3为另一组。荧光定量PCR分析发现,4个烟草Nt BRC1-Like基因的表达呈现明显的组织特异性,且其表达模式可分为2种:Nt BRC1-Like1和Nt BRC1-Like4的表达模式相似,在腋芽中有极高的表达;Nt BRC1-Like2和Nt BRC1-Like3的表达模式十分相似,在叶和腋芽中的表达量都显著高于其他组织。推测烟草BRC1基因可能存在类似番茄BRC1基因在功能上保守与进化的情况。

关键词：烟草 BRC1基因侧枝形成基因克隆基因表达分析

利用小麦关联RIL群体定位产量相关性状QTL

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作物学报 2011年第9期37卷 1511-1524页

作者：丁安明李君崔法赵春华马航运王洪刚作物生物学国家重点实验室/山东省作物生物学重点实验室/国家小麦改良中心泰安分中心/山东农业大学农学院山东泰安271018 枣庄市农业科学研究院山东枣庄277100

为定位控制小麦产量相关性状的QTL位点,获得与重要位点连锁的分子标记和染色体区段,以分别含有229个和485个家系的关联重组自交系(RIL)群体WY和WJ为材料,在4个环境中,用完备区间作图法(ICIM)对产量相关性状进行了QTL定位分析。结果表明... 详细信息

为定位控制小麦产量相关性状的QTL位点,获得与重要位点连锁的分子标记和染色体区段,以分别含有229个和485个家系的关联重组自交系(RIL)群体WY和WJ为材料,在4个环境中,用完备区间作图法(ICIM)对产量相关性状进行了QTL定位分析。结果表明,产量相关性状QTL分布在小麦21条染色体上。在WY群体中检测到每穗小穗数、主茎穗粒数、单株穗数、千粒重和单株产量的QTL分别有9、9、4、7和5个,其中16个(55.2%)解释大于10%的表型变异;在WJ群体中检测到这5个性状的QTL分别有20、16、11、14和9个,其中只有3个(6.7%)在单个环境中解释超过10%的表型变异。在WY群体中有5个QTL在2个环境中被重复检测到;在WJ群体中,有11个QTL在2个或2个以上环境中被重复检测到。在2个群体中均检测到产量相关性状的QTL在染色体上形成了含有一因多效或紧密连锁QTL的染色体区段,并在2个群体检测到可能相同的9对QTL和2个染色体区段。

关键词：小麦产量相关性状完备区间作图法(ICIM) QTL

基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA及其靶基因分析

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中国农业科学 2014年第10期47卷 1894-1903页

作者：李凌张磊晁江涛龚达平李凤霞王倩丁安明陈雅琼孙亭亭孙玉合中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室华中农业大学园艺林学学院中国农业科学院研究生院

【目的】填补绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和林烟草(Nicotiana sylvestris)在miRNA相关领域的研究空白,揭示普通烟草(Nicotiana tabacum)的生长发育调控机理。【方法】在绒毛状烟草和林烟草全基因组中预测并分析miRNA及其靶基... 详细信息

【目的】填补绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和林烟草(Nicotiana sylvestris)在miRNA相关领域的研究空白,揭示普通烟草(Nicotiana tabacum)的生长发育调控机理。【方法】在绒毛状烟草和林烟草全基因组中预测并分析miRNA及其靶基因,通过同源比对及miRNA前体二级结构特征进行预测:参考序列在绒毛状烟草和林烟草基因组的比对中,允许最多1—2个错配;miRNA二级结构为经典茎环结构,其中MEF最大值为-25,MEFI最小值为0.85,预测的miRNA与已知的同一家族的miRNA位于发夹结构的同一条臂上;去除E值小于等于1e-6的编码蛋白的序列。【结果】在绒毛状烟草中得到39个家族的162条miRNA,包括14对正/反义miRNA和5个基因簇。在林烟草中得到40个家族的169条miRNA,包括13对正/反义miRNA和3个基因簇。2个野生烟草在保守度高的miRNA家族中,其成员分布相似,且成员数相近。在保守度相对较低的家族中,2个野生烟草其成员分布差异较为明显,其中,miR5021、miR5203等9个家族仅在绒毛状烟草中有成员,miR1446、miR1509等10个家族仅在林烟草中有成员。2种野生烟草的正义miRNA与反义miRNA都有着1—4个碱基差异,这些差异位点在不同的家族中呈现出偏好性,而且在2种野生烟草中偏好性相似:miR164家族的9、12、13个碱基处,miR172家族的1、21个碱基处,miR396家族的2、17个碱基处,miR399家族的15、20个碱基处。2种野生烟草的基因簇主要是由miR156、miR169家族组成,其前体的间距小于350 nt,同时在绒毛状烟草中首次发现miR6019/miR6020基因簇。以普通烟草的unigene数据库作为靶基因集进行预测与分析,在绒毛状烟草122条miRNA中得到749个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因206条,其中89条(43%)得到GO功能注释;在林烟草中117条miRNA得到650个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因169条,其中78条(46%)得到GO功能注释。在分子功能方面,大多数靶基因具有结合等活性。在生物学过程中,靶基因主要参与了发育过程、生殖过程、多细胞器官发育过程、胁迫应答过程等。【结论】控制发育和多细胞器官发育过程的靶基因数方面以林烟草居多,而胁迫应答的靶基因数以绒毛状烟草较多。

关键词：绒毛状烟草林烟草 miRNA 生物信息学基因组