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DNA damage response-related immune activation signature predicts the response to immune checkpoint inhibitors: from gastrointestinal cancer analysis to pan-cancer validation

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Cancer Biology & Medicine 2024年第3期21卷 252-266页

作者： Junya Yan Shibo Wang Jing Zhang qiangqiang Yuan Xianchun Gao Nannan Zhang Yan Pan Haohao Zhang Kun Liu Jun Yu Linbin Lu Hui Liu Xiaoliang Gao sheng Zhao Wenyao Zhang Abudurousuli Reyila Yu qi qiujin Zhang Shundong Cang Yuanyuan Lu Yanglin Pan Yan Kong Yongzhan Nie State Key Laboratory of Holistic Integrative Management of Gastrointestinal Cancers and National Clinical Research Center for Digestive Diseases Xijing Hospital of Air Force Military Medical UniversityXi'an 710032China Department of Oncology Henan Provincial People's HospitalZhengzhou University People's HospitalZhengzhou 450o03China Faculty of Life Science Northwest UniversityXi'an 710069China Unit 732.1 of the People's Liberation Army Nanjing 211800China Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China(Ministry of Education) School of MedicineNorthwest UniversityXi'an 710069China Shaanxi University of Chinese Medicine Second Clinical Medicine FacultyXi'an 712046China Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research(Ministry of Education) Department of Renal Cancer and MelanomaPeking University Cancer Hospital and InstituteBeijing 100142China

Objective: DNA damage response(DDR) deficiency has emerged as a prominent determinant of tumor immunogenicity. This study aimed to construct a DDR-related immune activation(DRIA) signature and evaluate the predictive accuracy of the DRIA signature for response to immune checkpoint inhibitor(ICI) therapy in gastrointestinal(GI) ***: A DRIA signature was established based on two previously reported DNA damage immune response assays. Clinical and gene expression data from two published GI cancer cohorts were used to assess and validate the association between the DRIA score and response to ICI therapy. The predictive accuracy of the DRIA score was validated based on one ICI-treated melanoma and three pan-cancer published ***: The DRIA signature includes three genes(CXCL10, IDO1, and IFI44L). In the discovery cancer cohort, DRIA-high patients with gastric cancer achieved a higher response rate to ICI therapy than DRIA-low patients(81.8% vs. 8.8%;P < 0.001), and the predictive accuracy of the DRIA score [area under the receiver operating characteristic curve(AUC) = 0.845] was superior to the predictive accuracy of PD-L1 expression, tumor mutational burden, microsatellite instability, and Epstein–Barr virus status. The validation cohort demonstrated that the DRIA score identified responders with microsatellite-stable colorectal and pancreatic adenocarcinoma who received dual PD-1 and CTLA-4 blockade with radiation therapy. Furthermore, the predictive performance of the DRIA score was shown to be robust through an extended validation in melanoma, urothelial cancer, and ***: The DRIA signature has superior and robust predictive accuracy for the efficacy of ICI therapy in GI cancer and pancancer, indicating that the DRIA signature may serve as a powerful biomarker for guiding ICI therapy decisions.

关键词： DNA damage response-related immune activation immune checkpoint inhibitors biomarker gastrointestinal cancer pan-cancer

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基于CARS和1D-CNN联合的XRF土壤重金属超标分析方法研究

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光谱学与光谱分析 2024年第3期44卷 670-674页

作者：杨婉琪李智琪李福生吕树彬樊佳婧电子科技大学自动化工程学院四川成都611731 电子科技大学长三角研究院(湖州) 浙江湖州313001 清华大学深圳国际研究生院先进制造学部广东深圳518055

随着社会现代化进程的迈进,愈加频繁的人类活动加剧了土壤重金属污染。当土壤中重金属元素含量超过风险筛选值时,会经过食物链摄入人体,过量的重金属累积对人体健康造成损害。筛选出具有重金属污染风险的土壤是治理土壤污染的重要环节... 详细信息

随着社会现代化进程的迈进,愈加频繁的人类活动加剧了土壤重金属污染。当土壤中重金属元素含量超过风险筛选值时,会经过食物链摄入人体,过量的重金属累积对人体健康造成损害。筛选出具有重金属污染风险的土壤是治理土壤污染的重要环节。采用X射线荧光(XRF)光谱仪获取了59份国家标准土壤样品的光谱数据,然后对其进行小波阈值去噪和迭代离散小波变换本底扣除等预处理;运用基于竞争性自适应重加权采样(CARS)算法对土壤中的重金属元素进行谱线筛选;将筛选后的结果作为模型的输入,通过建立1D-CNN模型预测土壤样本是否具有重金属污染的风险。实验结果显示,通过CARS算法采样后的特征通道数大幅度减少,Ni、Cu、As、Pb元素从原来的2.48个特征点分别减少为37、53、37、45个,为原来通道数的1.81%~2.59%。相较于不筛选和连续投影(SPA)筛选方法,结合CARS算法的1D-CNN模型在判断土壤样品是否有Ni、Cu、As、Pb元素污染风险时的准确率分别可以达到96.67%,93.2.%,91.67%,88.33%。经CARS筛选,1D-CNN比偏最小二乘回归(PLSR)方法在预测准确性方面有明显优势。提出的CARS-1D-CNN算法在提高模型预测准确率的同时减少了模型的计算量,对于XRF光谱土壤重金属元素污染风险筛选具有较好的理论指导和应用价值。

关键词： X射线荧光光谱重金属竞争性自适应重加权采样一维卷积神经网络

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电动公交车队置换与充电设施布局协同优化

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中国公路学报 2024年第4期37卷 72-83页

作者：王玉生罗欣欣单香琦南京信息工程大学管理工程学院江苏南京210044

城市公交电动化可以有效缓解燃油车带来的空气污染和对化石能源的依赖,是公交行业发展的必然趋势。为此,将电动公交车队置换与充电设施布局进行统筹优化,以公交车队全生命周期成本和充电设施布局成本之和最小化为目标,基于时间和空间维... 详细信息

城市公交电动化可以有效缓解燃油车带来的空气污染和对化石能源的依赖,是公交行业发展的必然趋势。为此,将电动公交车队置换与充电设施布局进行统筹优化,以公交车队全生命周期成本和充电设施布局成本之和最小化为目标,基于时间和空间维度,构建电动公交车队置换与充电设施布局协同优化模型。根据模型特点,通过等价线性变换,将协同优化模型转换为混合整数线性规划模型。为验证协同优化模型的有效性,以江苏省江阴市公交网络为例,设计不同参数值情形下的数值试验。研究结果表明:在本案例参数设置下,协同优化决策获得的公交车队置换方案和充电设施布局方案比单独优化方案的总成本减少467 044.3元,具有较好的成本效益。在预算有限且排放限制要求不严格的情况下,公交运营商通常会购买更有价格优势的燃油公交车。随着电池技术的进步,电动公交车的采购价格有望下降,公交运营商会逐渐减少燃油车和混合动力车的购买,转而选择更环保的电动公交车。此外,公交车队的电动化进程需要与充电设施的建设相协调匹配,确保充电设施能够满足电动公交车的充电需求。政府可以通过增加CO_(2.的社会成本,促使运营商加速公交车队的电动化进程。研究成果为城市公交车队运营管理和充电基础设施建设提供了决策支持,为推进城市公交电动化进程提供了政策建议。

关键词：交通工程公交电动化协同优化模型公交车队置换充电设施布局

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HNTs@CeO_(2.-Au@Co_(3)O_(4)催化还原对硝基苯酚和染料污染物

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中国环境科学 2024年第1期44卷 193-201页

作者：方嘉声陈铭刁琪琪赵硕黄振庭卫昆卓琼芳东莞理工学院生态环境与建筑工程学院广东东莞523808 东莞市新污染物重点实验室广东东莞523808 山东理工大学化学化工学院山东淄博255049

制备了HNTs@CeO_(2.-Au@Co_(3)O_(4)核壳中空管状复合催化剂,用于还原降解水体中对硝基苯酚(4-NP)和染料(MB,MO)污染物.采用TEM,SEM,EDS,XRD,N_(2.吸脱附,XPS等方法对催化剂微观结构和物化特征进行表征.结果表明,CeO_(2.和Co_(3)O_(4)作为内外活性层较好地分散固载Au纳米颗粒,通过界面反应构筑于埃洛石纳米管中,形成CeO_(2./Co_(3)O_(4)叠层结构封装埃洛石载金核壳复合催化剂(HNTs@CeO_(2.-Au@Co_(3)O_(4)).该催化剂分别在3.5,8和3min内可还原去除96%以上的4-NP,MB和MO污染物,其相应的一级反应动力学速率常数(0.856,0.370,1.337min^(-1))和转换频率(10.99,1.90,2.80min^(-1))均明显优于HNTs-Au@Co_(3)O_(4),HNTs@CeO_(2.-Au和HNTs@CeO_(2.@Co_(3)O_(4)对照材料.HNTs@CeO_(2.-Au@Co_(3)O_(4)催化剂连续进行6次使用后,仍保持较高的4-NP,MB和MO污染物还原转化率(91.2.,87.3%,89.5%)和结构稳定性.独特的CeO_(2./Co_(3)O_(4)叠层结构特征和复合组分协同增强效应有效促进了高性能催化体系的构建,极大提升了Au颗粒的催化活性和稳定性,使HNTs@CeO_(2.-Au@Co_(3)O_(4)催化剂呈现较为优异的催化效能和循环使用性能.

关键词：纳米金催化剂埃洛石核壳结构对硝基苯酚染料污染物催化还原

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铁酸钙与TiO_(2.的扩散反应特征

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东北大学学报（自然科学版） 2024年第2期45卷 193-200页

作者：曹晓舟邵胜琦岳宏瑞东北大学冶金学院辽宁沈阳110819

钒钛磁铁矿烧结过程中,TiO_(2.会与Fe_(2.O_(3)竞争CaO,抑制铁酸钙(C_(x)F)的形成,进而影响烧结矿品质.通过制备C_(x)F/TiO_(2.扩散偶的方法,直观地研究CaO-Fe_(2.O_(3)-TiO_(2.体系的扩散反应.运用电子探针和X射线衍射分析仪等手段对... 详细信息

钒钛磁铁矿烧结过程中,TiO_(2.会与Fe_(2.O_(3)竞争CaO,抑制铁酸钙(C_(x)F)的形成,进而影响烧结矿品质.通过制备C_(x)F/TiO_(2.扩散偶的方法,直观地研究CaO-Fe_(2.O_(3)-TiO_(2.体系的扩散反应.运用电子探针和X射线衍射分析仪等手段对反应界面不同位置处的生成物进行分析和表征,研究了在扩散温度为900~1050℃,时间为1~4 h的条件下C_(x)F与TiO_(2.界面的反应特征;分析了温度及时间对生成相的种类、分布及形貌特征的影响.结果表明,从C_(x)F一侧到TiO_(2.一侧,主要的物相有C_(x)F,CF,Fe_(2.O_(3),CaTiO_(3),TiO_(2.,其中钙钛矿(CaTiO_(3))是主要的生成产物.随温度从900℃升高至1050℃,CaTiO_(3)的厚度从8.1μm增大至90.2.m;随时间从1 h延长至4 h,CaTiO_(3)的厚度从47.4μm增大至12..4μm.同时,CaTiO_(3)的扩散厚度与扩散时间的平方根呈良好的线性关系,这表明CaTiO_(3)的生成受扩散过程控制.进一步地,使用空位扩散机理解释了CaTiO_(3)在CaO-Fe_(2.O_(3)-TiO_(2.体系的生成过程.

关键词：铁酸钙 TiO_(2. 扩散偶扩散厚度空位扩散机理

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基于GGInformer模型的多维时间序列特征提取与预测研究

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计算机工程与科学 2024年第4期46卷 590-598页

作者：任晟岐宋伟郑州大学计算机与人工智能学院河南郑州450001

随着大数据与物联网技术的迅猛发展,多维时间序列数据的应用范围变得更加广泛。面对大量的非线性、高维冗余特征的复杂时间序列,传统的时间序列分析方法已经不能很好地解决多维时间序列的复杂高维特征问题,从而导致预测效果欠佳。针对... 详细信息

随着大数据与物联网技术的迅猛发展,多维时间序列数据的应用范围变得更加广泛。面对大量的非线性、高维冗余特征的复杂时间序列,传统的时间序列分析方法已经不能很好地解决多维时间序列的复杂高维特征问题,从而导致预测效果欠佳。针对以上问题,通过对遗传算法和Informer模型进行改进,并融合GRU网络,提出了GGInformer模型。该模型不仅可以有效提取多维时间序列的关键特征,而且较好地解决了长程依赖问题。为了验证模型的预测能力,选取了2.实际数据集与3种公共基准数据集进行实验,相比较Informer基准模型,GGInformer模型在5种数据集上的MSE分别降低了2.%,13%,2.%,2.%和38%。实验结果表明,GGInformer模型可以有效解决多维时间序列数据的复杂特征提取问题,并可以进一步提高时序预测能力。

关键词：多维时间序列特征提取预测改进遗传算法

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旋转锻造连接工艺研究

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塑性工程学报 2024年第4期31卷 274-280页

作者：张琦张以升田天泰张毓西安交通大学机械工程学院陕西西安710049

为了解决焊接性能差的材料间的连接问题,提出了一种利用旋转锻造工艺进行管材-管材、管材-棒料连接的新方法,并进行了旋转锻造连接过程的有限元分析和试验研究,揭示了旋转锻造连接过程的材料流动规律,得到了影响连接头强度的工艺参数。... 详细信息

为了解决焊接性能差的材料间的连接问题,提出了一种利用旋转锻造工艺进行管材-管材、管材-棒料连接的新方法,并进行了旋转锻造连接过程的有限元分析和试验研究,揭示了旋转锻造连接过程的材料流动规律,得到了影响连接头强度的工艺参数。试验设备为自主研发的基于能量控制的小型旋转锻造设备,材料为T2.管、6061铝管及塑料棒。对旋转锻造连接成形过程进行了有限元分析,得到了材料流动情况和连接工艺参数。结果表明:旋转锻造连接工艺可以形成稳定连接头;连接长度越小,连接头越容易被拉脱;径缩量是影响连接头强度的主要因素,在一定范围内随着径缩量的增加,连接强度不断增加;径缩量过大时,内管将在旋转锻造过程中发生破裂,无法形成连接头;试验结果表明,径缩量为0.8 mm时,铜管-铝管连接头强度达到铝管强度的62.,铜管-铜管连接头强度达到内铜管强度的68%,铜管-塑料棒连接头强度达到塑料棒强度的63%。

关键词：旋转锻造连接塑性变形管材

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Haplotype-resolved T2. genome assemblies and pangenome graph of pear reveal diverse patterns of allele-specific expression and the genomic basis of fruit quality traits

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Plant Communications 2024年第10期5卷 100-120页

作者： qionghou Li Xin qiao Lanqing Li Chao Gu Hao Yin Kaijie qi Zhihua Xie sheng Yang qifeng Zhao Zewen Wang Yuhang Yang Jiahui Pan Hongxiang Li Jie Wang Chao Wang Loren H.Rieseberg Shaoling Zhang Shutian Tao National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement and Utilization Sanya Institute of Nanjing Agricultural UniversityCollege of HorticultureNanjing Agricultural UniversityNanjingJiangsu 210095China Pomology Institute Shanxi Agricultural UniversityTaiguShanxi 030801China Department of Botany and Biodiversity Research Centre University of British ColumbiaVancouverBCCanada

Hybrid crops often exhibit increased yield and greater resilience,yet the genomic mechanism(s)underlying hybrid vigor or heterosis remain unclear,hindering our ability to predict the expression of phenotypic traits in hybrid ***,we generated haplotype-resolved T2. genome assemblies of two pear hybrid varieties,‘Yuluxiang’(YLX)and‘Hongxiangsu’(HXS),which share the same maternal parent but differ in their paternal *** then used these assemblies to explore the genome-scale landscape of allele-specific expression(ASE)and create a pangenome graph for *** was observed for close to 6000 genes in both hybrid cultivars.A subset of ASE genes related to aspects of fruit quality such as sugars,organic acids,and cuticular wax were identified,suggesting their important contributions to ***,Ma1,a gene regulating fruit acidity,is absent in the paternal haplotypes of HXS and YLX.A pangenome graph was built based on our assemblies and seven published pear *** data for 139 cultivated pear genotypes(including 97 genotypes sequenced here)were subsequently aligned to the pangenome graph,revealing numerous structural variant hotspots and selective sweeps during pear diversifica*** predicted,the Ma1 allele was found to be absent in varieties with low organic acid content,and this association was functionally validated by Ma1 overexpression in pear fruit and ***,these results reveal the contributions of ASE to fruit-quality heterosis and provide a robust pangenome reference for high-resolution allele discovery and association mapping.

关键词： pear haplotype-resolved assembly allele-specific expression fruit quality traits pangenome graph

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不同玉米品种对Pb、Cd积累与转运差异研究

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生态与农村环境学报 2024年第1期40卷 130-137页

作者：刘奇王晟何涛包立张乃明云南农业大学资源与环境学院云南昆明650201 云南省土壤培肥与污染修复工程实验室云南昆明650201 云南农业大学植物保护学院云南昆明650201

滇东是云南的玉米主产区,同时也是受重金属污染耕地集中分布区。为了筛选出适合在云南滇东地区重金属污染耕地种植的Pb、Cd低积累玉米品种,选取当地农业生产主栽的18种玉米品种开展玉米田间试验,在相同重金属污染土壤背景下探究不同玉... 详细信息

滇东是云南的玉米主产区,同时也是受重金属污染耕地集中分布区。为了筛选出适合在云南滇东地区重金属污染耕地种植的Pb、Cd低积累玉米品种,选取当地农业生产主栽的18种玉米品种开展玉米田间试验,在相同重金属污染土壤背景下探究不同玉米品种间的性状差异,再根据籽粒Pb、Cd含量结合聚类分析,探讨不同玉米品种对Pb、Cd积累与转运系数的差异。结果表明,供试的18种玉米品种根部生物量、产量、株高以及Pb、Cd含量均存在显著差异;除胜玉607籽粒Cd含量超标外,其余17种品种籽粒Pb、Cd含量均符合国家食品安全标准;根据玉米籽粒中Pb、Cd含量,将供试玉米品种分为高、中、低积累品种,宣宏18和胜玉16为Pb、Cd低积累玉米品种;各供试玉米品种籽粒Pb、Cd富集系数和转运系数均小于1。除胜玉607外,其他供试玉米品种均可在云南滇东地区Pb、Cd污染耕地实现安全利用,其中,地沃7号、云良1号和地沃2.为适合在该区域种植的具备高产特性的Pb、Cd低积累玉米品种。

关键词：玉米铅镉积累转运品种筛选

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基于模态测试的梁桥横向联系损伤识别及传载能力评估

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地震工程学报 2024年第5期46卷 1043-1051页

作者：梁金平亓圣亓兴军郭冬梅鲁南高速铁路有限公司山东济南250014 山东建筑大学交通工程学院山东济南250101

梁桥横向联系的优劣关系到桥梁结构的整体稳定性和承载状况。为科学准确地识别梁桥横向联系的损伤位置,评估横向联系构件的传载能力,以实际工程中16 m跨径简支空心板梁桥为研究对象,提出基于主梁跨中模态振型横桥向变化率之比以及相邻... 详细信息

梁桥横向联系的优劣关系到桥梁结构的整体稳定性和承载状况。为科学准确地识别梁桥横向联系的损伤位置,评估横向联系构件的传载能力,以实际工程中16 m跨径简支空心板梁桥为研究对象,提出基于主梁跨中模态振型横桥向变化率之比以及相邻主梁模态挠度差的横向联系损伤识别方法,通过有限元仿真分析,对损伤识别指标的有效性进行验证,并定义横向传载性能折减系数ζ,用于评估横向联系的传载能力。结果表明:利用一阶模态振型横桥向变化率之比的增大位置能够进行铰缝的损伤定位;根据相邻主梁之间的模态挠度差在铰缝处的突变现象,也能够准确识别铰缝损伤位置;ζ是评判桥梁横向联系最显著的指标,ζ越大,其横向传递荷载的能力越差,因此,基于模态测试得出的横向联系传载性能折减系数ζ可作为评估铰缝横向传载能力的可靠指标。研究结果可为工程中检测、评估简支梁桥的横向联系安全状况提供有益参考。

关键词：梁桥横向联系评估指标振型模态挠度损伤识别

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