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基于单细胞转录组探讨新型冠状病毒感染后慢性疲劳综合征与炎症反应、氧化应激、细胞凋亡之间分子机制及其潜在干预中药预测

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中草药 2024年第11期55卷 3774-3788页

作者：黎祖鸣封杰妮陈雪如卢月黄涛亮李际强杨荣源陈剑坤刘云涛广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第二附属医院(广东省中医院) 广东广州510120 中医证候全国重点实验室广东广州510120 广东省中医急症研究重点实验室广东广州510120

目的通过分析新型冠状病毒感染后(简称“新冠后”)慢性疲劳综合征(chronic fatigue syndrome,CFS)患者与正常受试者的单细胞转录组数据,探讨新冠后CFS与炎症反应、氧化应激和细胞凋亡之间的分子机制,并预测调控关键基因的潜在中药,为治... 详细信息

目的通过分析新型冠状病毒感染后(简称“新冠后”)慢性疲劳综合征(chronic fatigue syndrome,CFS)患者与正常受试者的单细胞转录组数据,探讨新冠后CFS与炎症反应、氧化应激和细胞凋亡之间的分子机制,并预测调控关键基因的潜在中药,为治疗新冠后CFS提供理论支持。方法使用R语言4.2.1中的“Seurat”包处理新冠后CFS患者与正常受试者的外周血单细胞测序数据,“CellChat”包进行细胞通讯分析,“scMetabolism”包评估细胞代谢特征,综合5种算法(AddModuleScore、AUCell、UCell、singscore和ssGSEA)计算新冠后CFS患者与正常受试者中5种免疫细胞炎症反应、氧化应激和细胞凋亡评分,并比较两者间的差异。使用“scCODE”包鉴定各类免疫细胞在正常受试者与新冠后CFS患者之间的差异表达(differential expression,DE)基因。Upset图分析得到新冠后CFS炎症反应相关基因(inflammatory response related genes,IRGs)、氧化应激相关基因(oxidative stress related genes,OSRGs)和细胞凋亡相关基因(apoptosis related genes,ARGs)。使用“ClusterProfiler”包分别对IRGs、OSRGs、ARGs进行基因本体生物学过程(gene ontology biological process,GOBP)富集分析。基于STRING数据库及Cytoscape软件构建“IRGs-OSRGs-ARGs”分子交互复杂网络,使用cytoHubba插件筛选关键基因。利用COREMINE数据库预测调控关键基因的中药,并通过古今医案云平台统计中药的性味归经、药物功效分类。结果共鉴定出5种免疫细胞,分别为B细胞、CD4^(+)T细胞、CD8^(+)T细胞、NK细胞和单核细胞。相比于正常受试者,新冠后CFS患者的细胞通讯更为丰富且强度更大,两者之间并无明显差异的细胞代谢特征。新冠后CFS患者中各类免疫细胞的炎症反应、氧化应激和细胞凋亡评分普遍高于正常受试者。共得到33个IRGs、17个OSRGs和54个ARGs。“IRGs-OSRGs-ARGs”分子交互网络显示,IRGs、OSRGs和ARGs之间存在密切联系,最后鉴定出8个关键基因。干预中药药性以寒为主,温、平次之;药味以苦、辛、甘为主;归经以肝、脾、肺为主;功效分类以补虚药(甘草、人参等)、清热药(黄芩、鱼腥草等)、活血化瘀药(郁金、丹参等)为主。结论新冠后CFS患者存在异常的炎症反应、氧化应激和细胞凋亡状态,且三者之间密切关联。8个关键基因(TNF、BCL2、CTNNB1、CXCL8、IFNG、HIF1A、MCL1、CYCS)可能是新冠后CFS的潜在治疗靶标。临床治疗新冠后CFS应注重补虚药、清热药及活血化瘀等药物的配伍使用。

关键词：新型冠状病毒感染慢性疲劳综合征单细胞转录组炎症反应氧化应激细胞凋亡甘草人参黄芩鱼腥草郁金丹参

外周血单核细胞预测老年重症流感风险模型的建立及靶向中药预测

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中草药 2024年第10期55卷 3420-3432页

作者：黎祖鸣封杰妮符珊珊陈俊旭甘考卢月陈剑坤刘云涛杨荣源李际强黄涛亮广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第一临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第二附属医院(广东省中医院) 广东广州510120 广东省中医急症研究重点实验室广东广州510120 中医证候全国重点实验室广东广州510120

目的综合分析老年流感单细胞转录组测序(single cell transcriptome sequencing,scRNA-seq)和转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)数据集,构建老年重症流感风险预测模型,并预测调控相关免疫细胞群的中药。通过统计分析中药的... 详细信息

目的综合分析老年流感单细胞转录组测序(single cell transcriptome sequencing,scRNA-seq)和转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)数据集,构建老年重症流感风险预测模型,并预测调控相关免疫细胞群的中药。通过统计分析中药的性味归经、药物分类,为中医药治疗老年流感提供理论支持。方法通过scRNA-seq和RNA-seq数据集得到具有较高预测能力的老年流感相关免疫细胞群及其关键基因。基因本体生物学过程(gene ontology biological process,GOBP)、标志性基因集(Hallmark gene set)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)和Reactome生物通路知识库富集分析揭示关键基因参与的生物过程及通路。循环算法用于构建老年重症流感风险预测模型。CTD和COREMINE数据库查找对关键基因有调控作用的化学成分及中药,并通过古今医案云平台统计高频中药的性味归经、药物分类。结果单核细胞及其相关基因对于老年流感具有较高的预测能力。老年流感单核细胞相关基因显著富集在感染、代谢和炎症免疫等生物过程及信号通路。5个基因(BCL6、PLSCR1、FCGR1A、RETN、RPL9)的组合可较为准确预测老年重症流感。根据参考文献筛选出42种化学成分,得到高频中药石斛、灵芝、地骨皮、人参、桑叶等;药性以平、寒、温为主;药味以甘、苦、辛为主;归经以肝、脾、肺经居多;以补虚药、清热药、利水渗湿药、解表药、活血化瘀药、消食药、止咳平喘药为主。结论单核细胞可能在老年流感中发挥重要作用。BCL6、PLSCR1、FCGR1A、RETN、RPL9可能是老年重症流感的潜在诊断及治疗靶标。通过生物信息学分析得出老年流感单核细胞相关基因及对应的高频中药,为治疗老年流感的中药新药开发及临床应用提供了新思路。

关键词：老年重症流感单细胞转录组转录组风险预测模型单核细胞石斛灵芝地骨皮人参桑叶

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国家专利中药复方治疗癫痫用药规律分析

亚太传统医药 2024年第1期20卷 184-188页

作者：黎祖鸣陈达满肖瑶黄羽欣王浩洁余耀邦秦秀德广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第四临床医学院广东深圳518033 广州中医药大学第一临床医学院广东广州510405 广州中医药大学中药学院广东广州510405 深圳市中医院广东深圳518000

目的:基于数据挖掘技术研究国家专利文献中治疗癫痫中药复方的用药规律,为癫痫药物新药研发及临床治疗提供指导。方法:通过国家知识产权局和中国知网专利数据库收集治疗癫痫的中药复方专利,应用IBM SPSS Statistics 25.0、IBM SPSS Mode... 详细信息

目的:基于数据挖掘技术研究国家专利文献中治疗癫痫中药复方的用药规律,为癫痫药物新药研发及临床治疗提供指导。方法:通过国家知识产权局和中国知网专利数据库收集治疗癫痫的中药复方专利,应用IBM SPSS Statistics 25.0、IBM SPSS Modeler 18.0和Excel软件对其进行用药频次、性味归经、关联规则和聚类分析等数据分析,获取用药规律及核心配伍结构。结果:纳入中药复方专利401首,涉及中药840味;单味中药石菖蒲(162次,40.40%)、天麻(146次,36.41%)、全蝎(123次,30.67%)出现频率位居前3;高频药物主要归脾、心、肝经,药味以甘、辛、苦为主,药性以寒、温、平为主,其中,安神药和熄风止痉药比例最高,聚类分析分为6类。结论:临床治疗癫痫应多注重熄风止痉、安神开窍、理气化痰药物的配伍应用,辅以补虚扶正、活血化瘀、平肝潜阳等药物;选方可以二陈汤、定痫丸、钩藤饮、至宝丹、白金丸等方剂进行辨证化裁。

关键词：癫痫数据挖掘用药规律专利文献

基于数据挖掘的外治烧烫伤中药复方专利用药规律研究

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中国中医药图书情报杂志 2024年第2期48卷 41-45页

作者：黎祖鸣肖瑶陈雪如张芷童李镇南黄雨欣卢月刘娜广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第四临床医学院广东深圳518033 广州中医药大学中药学院广东广州510405 广州中医药大学第五临床医学院广东广州510400 广州中医药大学第二附属医院广东广州510006

目的基于数据挖掘技术研究国家专利复方外治法治疗烧烫伤用药规律。方法检索国家知识产权局网站建库至2023年6月30日中医外治法治疗烧烫伤中药复方专利数据,运用Excel2019、SPSS Modeler 18.0、SPSS Statistics 25.0软件对纳入处方进行... 详细信息

目的基于数据挖掘技术研究国家专利复方外治法治疗烧烫伤用药规律。方法检索国家知识产权局网站建库至2023年6月30日中医外治法治疗烧烫伤中药复方专利数据,运用Excel2019、SPSS Modeler 18.0、SPSS Statistics 25.0软件对纳入处方进行用药频次统计、性味归经统计、关联分析、聚类分析等。结果共纳入专利1147项,涉及处方1147首,药物1325味。使用频次>50的高频药物42味,药性以寒性为主,药味以苦、甘、辛味为主,药物归经以肝经、心经、肺经为主,药物类别以清热药、活血化瘀药、收敛止血药为主。药物二阶关联项集共10个,三阶关联项集共18个,黄连、黄芩、黄柏和大黄是药物关联项中的核心药物。高频药物聚类分为6类。结论国家专利复方外治烧烫伤以清热解毒、凉血止血、活血化瘀、消肿止痛等药物为主,临床可灵活化裁运用此类药物。

关键词：烧烫伤中医外治法数据挖掘用药规律国家专利

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实脾散临床应用研究进展

中国民族民间医药 2024年第3期33卷 76-80页

作者：黄雨欣杨帆陈奇祺廖佳颖李潇杰黎祖鸣陈慧聪广州中医药大学第五临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第四临床医学院广东深圳518033 广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学深圳临床医学院广东深圳518116 广州中医药大学第一临床医学院广东广州510405

实脾散为《严氏济生方·水肿论治》第一方,具有温阳健脾,行气利水的功效,原方主治水肿。文章简述了实脾散用于肝硬化腹水、腹泻、水肿、慢性肾炎、慢性心力衰竭等临床应用方面的新进展。本文主要从理论基础和临床应用对实脾散展开讨论,... 详细信息

实脾散为《严氏济生方·水肿论治》第一方,具有温阳健脾,行气利水的功效,原方主治水肿。文章简述了实脾散用于肝硬化腹水、腹泻、水肿、慢性肾炎、慢性心力衰竭等临床应用方面的新进展。本文主要从理论基础和临床应用对实脾散展开讨论,深化对实脾散的认识,总结其临床应用规律特点,以期为临床诊疗运用实脾散提供更加广阔的思路。

关键词：实脾散理论基础临床应用研究进展

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基于生物信息学探讨胃癌相关基底膜基因及中药预测

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中草药 2023年第15期54卷 4948-4957页

作者：符珊珊封杰妮黎祖鸣陈俊旭刘添文广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第一临床医学院广东广州510405 广东省中医院广东广州510120

目的探究胃癌患者的基底膜差异基因之间以及与预后的相关性,并预测调控差异基因表达的中药,通过统计分析中药的性味归经、药物分类为中医药治疗胃癌提供理论支持,有利于后续中医药开发及中西医联合治疗策略的制定。方法下载TCGA数据库... 详细信息

目的探究胃癌患者的基底膜差异基因之间以及与预后的相关性,并预测调控差异基因表达的中药,通过统计分析中药的性味归经、药物分类为中医药治疗胃癌提供理论支持,有利于后续中医药开发及中西医联合治疗策略的制定。方法下载TCGA数据库中胃癌患者的转录组数据,通过检索文献获取基底膜相关基因并筛选、分析其在胃癌的表达量及共表达情况,并对差异基因进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析和疾病本体(disease ontology,DO)富集分析。通过GEPIA数据库对差异倍数大的基底膜差异基因进行预后分析,再通过CTD数据库查找对基因有调控作用的化学成分。应用COREMINE数据库查找相关中药,并通过古今医案云平台统计高频中药的性味归经、药物分类。结果共筛选出15个与预后相关的基底膜基因,根据参考文献筛选出45种化学成分,得到高频中药为茶树根、姜皮、干姜、丹参、人参等;药性以平、温为主;药味以甘、苦为主;归经以脾、肺、肝经居多;以补虚药、收涩药、清热药、活血化瘀药、理气药、化痰止咳平喘药为主。结论通过生物信息学分析得出胃癌相关基底膜基因及对应的高频中药,为治疗胃癌的中药新药开发及中医药理论的微观挖掘提供思路。

关键词：基底膜胃癌生物信息学中药预测茶树根姜皮干姜丹参人参

Chr9∶52042693|52047844-miR-351-5p-Pten通过ceRNA机制参与阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的发生和发展

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中国生物化学与分子生物学报 2023年第11期39卷 1576-1587页

作者：吴苑黎祖鸣吴思仪陈剑坤李际强陈海蔡书宾广州中医药大学第二临床医学院广州511400 广州中医药大学第二附属医院广州511400

间歇性缺氧(intermittent hypoxia,IH)是阻塞性睡眠呼吸暂停综合征(obstructive sleep apnea,OSA)的重要病理生理特征,但其分子机制尚不明确。本研究旨在探讨内源性竞争RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络在OSA大鼠IH发生发展过程中的作用机制。通过缺氧和复氧循环构建OSA间歇性缺氧大鼠模型,对大鼠支气管组织进行circRNA和mRNA检测,分析筛选出230个上调和181个下调的circRNA,1238个上调和608个下调的mRNA。对差异circRNA和mRNA进行基因本体论(Gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,结果提示其主要与代谢途径、PI3K-Akt信号途径相关。通过实时荧光定量法(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)对关键circRNA(差异最大的前六个circRNA)进一步验证,chr9:52042693|52047844和chr4:64889575|64899587在支气管组织中的表达量与测序结果一致,用以进一步构建ceRNA调控网络。通过TargetScan和miRanda数据库,结合差异circRNA和mRNA的结果,鉴定4条潜在的ceRNA调控网络。通过qRT-PCR检测4条潜在ceRNA调控网络中的分子在支气管组织和肺组织中的表达,结果提示chr9:52042693|52047844-miR-351-5p-Pten这一调控网络表达与测序结果一致。上述结果表明,chr9:52042693|52047844-miR-351-5p-Pten可能通过ceRNA机制参与阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的发生和发展。

关键词：内源性竞争RNA 阻塞性睡眠呼吸暂停综合征间歇性缺氧

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广西医学 2023年第22期45卷 2725-2734,2773页

作者：黎祖鸣陈雪如吴思仪封杰妮危建安韩凌卢月广州中医药大学第二临床医学院广东省广州市510405 广州中医药大学第二附属医院(广东省中医院) 广东省广州市510120 粤港澳中医药与免疫疾病研究联合实验室广东省广州市510120 广东省中医证候临床研究重点实验室广东省广州市510120

目的基于生物信息学挖掘银屑病的自噬和免疫相关特征基因,并利用机器学习及循环算法构建银屑病的预测模型。方法 (1)从GEO数据库下载与银屑病相关的基因表达数据集(GSE117239、GSE30999和GSE41662)。从ImmPort数据库获取免疫相关基因(I... 详细信息

目的基于生物信息学挖掘银屑病的自噬和免疫相关特征基因,并利用机器学习及循环算法构建银屑病的预测模型。方法 (1)从GEO数据库下载与银屑病相关的基因表达数据集(GSE117239、GSE30999和GSE41662)。从ImmPort数据库获取免疫相关基因(IRGs),从HADb数据库、HAMdb数据库和GSEA数据库获取自噬相关基因(ATGs)。(2)针对GSE117239数据集,通过差异表达分析获取差异表达基因(DEGs),通过免疫细胞浸润特征分析获取差异免疫细胞,通过加权基因共表达网络分析获取差异免疫细胞相关基因模块和银屑病相关基因模块,通过最小绝对值收敛和选择算子算法获取自噬和免疫相关特征基因。针对自噬和免疫相关特征基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。(3)基于自噬和免疫相关特征基因,采用循环算法构建银屑病预测模型。绘制受试者工作特征曲线评估该模型的预测效能,并利用GSE30999和GSE41662数据集进行验证。结果 (1)共筛选出1 071个DEGs和9种差异免疫细胞。(2)将银屑病相关基因模块包含的基因、差异免疫细胞相关基因模块包含的基因分别与IRGs和DEGs、ATGs和DEGs取交集,得到95个Hub IRGs和29个Hub ATGs。分别在Hub IRGs和Hub ATGs中获得42个免疫相关特征基因和14个自噬相关特征基因。GO功能富集分析结果显示,免疫和自噬相关特征基因分别涉及814个、706个GO条目;KEGG通路富集分析结果显示,免疫相关特征基因主要富集在趋化因子信号通路、Janus激酶-信号转导和转录激活因子信号通路和Th17分化等信号通路,自噬相关特征基因主要富集在白细胞介素17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、NOD样受体信号通路等信号通路。(3)循环算法结果显示,基于包含14个基因(S100A8、CCL2、EGF、WNT5A、RORC、TNFRSF4、PAK3、TRBC1、PRKCQ、MTCL1、SVIP、LAMP3、SPTLC2、PDK4)的基因组合构建的银屑病预测模型具有较高预测性能。结论 42个免疫相关特征基因和14个自噬相关特征基因与银屑病密切相关,其中包含S100A8、CCL2、EGF、WNT5A、RORC、TNFRSF4、PAK3、TRBC1、PRKCQ、MTCL1、SVIP、LAMP3、SPTLC2、PDK4的基因组合对银屑病具有较高的预测性能,这14个基因有望成为诊断银屑病的潜在生物标志物。

关键词：银屑病自噬相关基因免疫相关基因生物信息学机器学习循环算法生物标志物预测模型

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中药资源利用研究的知识图谱可视化分析

中国药物评价 2023年第4期40卷 326-331页

作者：姚倚琦黎祖鸣陈正义谢锦楠方春平广州中医药大学第一临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学中药学院广东广州510405

目的:了解中药资源利用研究现状,挖掘研究热点与方向。方法:采用Citespace6.1对CNKI收录的1982年1月至2022年12月收录的中药资源利用领域文献进行年度发表量、作者与机构、关键词和突现词分析。结果:共检索到文献601篇,纳入589篇。年度... 详细信息

目的:了解中药资源利用研究现状,挖掘研究热点与方向。方法:采用Citespace6.1对CNKI收录的1982年1月至2022年12月收录的中药资源利用领域文献进行年度发表量、作者与机构、关键词和突现词分析。结果:共检索到文献601篇,纳入589篇。年度发文量分3个阶段,主要作者以段金廒为代表;研究机构主要集中在北京、江苏等地区;高频关键词为中药资源、开发利用等;关键词共16个聚类,分4个方向;研究热点为中药废弃物、循环利用等。结论:知识图谱重点展现了中药资源与开发利用的关系,未来研究热点可能与中药废弃物的处理有关。

关键词：中药资源开发利用知识图谱可视化分析