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基于R语言的疫情分析报告模块化输出——以新冠疫情为例

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江苏预防医学 2024年第1期35卷 60-64页

作者：戴启刚许可黄昊頔戴文军陆步来鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心南京210009 泰州市疾病预防控制中心苏州市疾病预防控制中心

目的探讨疫情分析中,基于R软件的模块化输出方法。方法以新冠疫情为例,基于可重复执行的R程序,利用officer软件包实现R程序和Office word的交互。结果通过在预先设定好格式的模板文档中插入书签,用R语言模块化输出数字、文字、图表。基... 详细信息

目的探讨疫情分析中,基于R软件的模块化输出方法。方法以新冠疫情为例,基于可重复执行的R程序,利用officer软件包实现R程序和Office word的交互。结果通过在预先设定好格式的模板文档中插入书签,用R语言模块化输出数字、文字、图表。基于Office Excel数据,在R程序中使用Officer软件包实现生成流行病学报告的疫情分析自动化和可视化输出。结论R语言简洁高效、便于维护,可显著提高疫情分析的时效性和准确性。

关键词：疫情分析新冠感染 R语言自动输出

华东地区首例人感染2.3.4.4b分支H5N1禽流感病毒毒株分子特征分析

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江苏预防医学 2024年第4期35卷 408-411页

作者：邓斐祁贤余慧燕王慎骄许可黄昊頔鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心江苏南京210009

目的分析华东地区首例感染人的2.***.4.4b H5N1禽流感病毒分子进化基因特性。方法通过实时RT-PCR、病毒培养和序列分析,对患者痰标本和支气管肺泡灌洗液进行病毒培养和鉴定。利用Mega 6.1等软件构建系统发育树以探索病毒的进化和起源。结... 详细信息

目的分析华东地区首例感染人的2.***.4.4b H5N1禽流感病毒分子进化基因特性。方法通过实时RT-PCR、病毒培养和序列分析,对患者痰标本和支气管肺泡灌洗液进行病毒培养和鉴定。利用Mega 6.1等软件构建系统发育树以探索病毒的进化和起源。结果从1例患严重呼吸道症状患者的支气管肺泡灌洗液标本中分离到1株甲型流感病毒,属于甲型H5N1禽流感2.***.4.4b分支。对该毒株进行了全基因组测序分析,8个基因组片段与2021年以来在欧亚大陆特别是中国南方流行的H5N1分离株具有极高的核苷酸序列相似性(99.1%~99.7%)。该病毒HA蛋白的226~228位氨基酸未发生突变,保留了禽类受体α2-3半乳糖苷唾液酸(SAα2-3Gal)结合特性,为高致病性禽流感H5N1病毒;其NA和M2蛋白中未发现与抗病毒药物(包括奥司他韦、扎那米韦和金刚烷)耐药性相关的突变;JS210的PB2蛋白的E627K和D701N位点以及NS1蛋白的D92E位点均未发生突变,表明该毒株对人体的适应力有限。结论分支2.***.4.4b H5N1禽流感病毒可以溢出族群感染人类并引起严重的疾病,应持续加强对禽流感病毒的监测。

关键词：禽流感病毒 H5N1亚型 2.3.4.4b分支人感染禽流感

2014-2018年江苏省禽类外环境禽流感病毒监测结果分析

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中国人兽共患病学报 2021年第3期37卷 225-229页

作者：余慧燕许可黄昊頔祁贤鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心急性传染病防治所南京210009

目的对2014-2018年江苏省涉禽外环境标本禽流感病毒检测结果进行分析,了解禽流感病毒时空流行性特征,为江苏省禽流感防控工作提供依据。方法选取2014-2018年江苏省13个市的5类场所,6类禽类市场外环境标本,采用荧光定量PCR方法对标本进行... 详细信息

目的对2014-2018年江苏省涉禽外环境标本禽流感病毒检测结果进行分析,了解禽流感病毒时空流行性特征,为江苏省禽流感防控工作提供依据。方法选取2014-2018年江苏省13个市的5类场所,6类禽类市场外环境标本,采用荧光定量PCR方法对标本进行A型、H5亚型、H7亚型、H9亚型流感病毒检测,采用描述性流行病学方法对检测结果进行统计分析。结果江苏省全年均有禽流感阳性样本检出,其中以冬季和春季阳性检出率较高;2014-2018年,共检测出A型通用阳性标本3867份,阳性率为13.84%,H5亚型阳性标本330份,阳性率为1.18%,H9亚型阳性标本1905份,阳性率为6.82%,H7亚型阳性标本986份,阳性率为3.53%,H5和H9混合亚型标本157份,阳性率为0.56%,H9和H7混合亚型阳性标本293份,阳性率为1.05%,H5和H7混合亚型阳性标本116份,阳性率为0.42%,H5、H9、H7混合亚型阳性标本61份,阳性率为0.22%。不同检测场所和不同类型标本禽流感病毒检出率差异具有统计学意义,城乡活禽市场的禽流感病毒阳性率最高,宰杀或摆放禽肉案板表面擦拭标本和清洗禽类的污水标本阳性率最高;不同地区的禽流感病毒阳性检出率存在显著性差异。结论江苏省外环境中禽流感病毒以H9亚型为主,应加强禽流感病毒的防控工作,加大每年春季和冬季的禽流感病毒监测力度,加强对城乡活禽市场的监管。

关键词：禽流感外环境监测

2017-2019年我国南方地区高致病性H5N6亚型禽流感病毒血凝素蛋白分子特征分析

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微生物学通报 2021年第2期48卷 516-523页

作者：邓斐祁贤余慧燕王慎骄黄昊頔许可鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心江苏南京210009

【背景】自2014年以来,H5N6禽流感病毒在我国家禽和活禽市场持续进化,成为人类和动物健康的重大威胁。【目的】对2017-2019年中国南方地区93株高致病性H5N6禽流感病毒的HA基因进行分子进化分析。【方法】接种9-11日龄鸡胚分离核酸检测... 详细信息

【背景】自2014年以来,H5N6禽流感病毒在我国家禽和活禽市场持续进化,成为人类和动物健康的重大威胁。【目的】对2017-2019年中国南方地区93株高致病性H5N6禽流感病毒的HA基因进行分子进化分析。【方法】接种9-11日龄鸡胚分离核酸检测阳性的H5N6标本,运用下一代测序平台对病毒分离物进行全基因组测序,从NCBI和GISAID数据库下载参考序列,利用BLAST、MEGA6.1及Clustal X等软件进行序列分析。【结果】2017-2019年,从189份江苏省H5亚型禽类/环境标本和1名H5N6患者咽拭子标本中共分离到43株病毒,完成了33株H5N6病毒的全基因组测序。下载网上同时期中国其他地区流行的H5N6毒株序列,对总计93株H5N6病毒的HA基因进行分子进化分析。93株H5N6病毒中有78株属于Clade 2.***.4.4h,9株病毒属于Clade 2.***.4.4e,4株H5N6病毒属于Clade 2.***.4.4b,1株属于Clade 2.***.4.4f,1株属于Clade 2.***.4.4g。所有93株病毒HA蛋白的裂解位点含有多个碱性氨基酸,表明它们都属于高致病性禽流感病毒。所有93株病毒HA蛋白的Q222和G224位氨基酸没有发生突变,保留了禽类受体α2-3半乳糖苷唾液酸(SAα2-3Gal)结合特性;158位点丧失糖基化,同时124位出现一个新的潜在糖基化位点。【结论】2017-2019年间中国南方地区H5N6病毒进化活跃,具有明显的基因多样性,需要加强对病毒分子进化的监测。

关键词：禽流感病毒 H5N6亚型血凝素分子进化

2016～2017年江苏省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因分子进化分析

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病毒学报 2017年第5期33卷 685-690页

作者：余慧燕许可邓斐王慎骄霍翔黄昊頔祁贤江苏省疾病预防控制中心急性传染病防治所南京210009

本研究对2016~2017年江苏省23株人感染H7N9禽流感病毒的HA基因和NA基因分子进化特征进行分析,为更好的预防和治疗人感染H7N9禽流感病例提供科学依据。通过RT-PCR方法扩增23株病毒的HA和NA基因,采用Sanger测序法进行测序,序列分析采用Meg... 详细信息

本研究对2016~2017年江苏省23株人感染H7N9禽流感病毒的HA基因和NA基因分子进化特征进行分析,为更好的预防和治疗人感染H7N9禽流感病例提供科学依据。通过RT-PCR方法扩增23株病毒的HA和NA基因,采用Sanger测序法进行测序,序列分析采用Mega6.0等软件。结果显示:23株H7N9病毒的HA和NA基因与WHO最新推荐的候选疫苗株A/Hunan/2650/2016同源性较高(HA基因核苷酸与推导氨基酸序列同源性分别为99.1%~99.4%,99.5%~100%;NA基因核苷酸与推导氨基酸序列同源性分别为97.7%~98.0%,98.2%~98.5%)。23株病毒HA蛋白裂解位点序列均为PEIPKGR/GL,未出现多个碱性氨基酸,属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA蛋白受体结合位点出现了G186V、Q226L、A134V氨基酸位点的变化,保留双受体结合特性。其中一株病毒A/Suzhou/88/2016的NA蛋白发生H276Y变异,表明对神经氨酸酶抑制剂产生抗性。2016~2017年江苏省禽流感H7N9病毒株HA基因和NA基因处于不断的点突变当中,提示我们需要加强对江苏省H7N9禽流感病毒进行持续的病原学监测。

关键词： H7N9禽流感病毒 RT-PCR HA基因 NA基因序列分析

流感肺炎的流行病学和临床特征及其重症影响因素分析

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病毒学报 2018年第6期34卷 810-816页

作者：许可霍翔戴启刚黄昊頔王慎骄余慧燕鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所

为了解江苏省流感住院肺炎病例的流行病学和临床特征及重症危险因素。2016年第1周至2018年13周在江苏省13个省辖市19个哨点医院采集住院肺炎监测病例呼吸道标本检测流感病毒,描述流感肺炎的流行病学特征;调查2017年流感阳性和阴性患者... 详细信息

为了解江苏省流感住院肺炎病例的流行病学和临床特征及重症危险因素。2016年第1周至2018年13周在江苏省13个省辖市19个哨点医院采集住院肺炎监测病例呼吸道标本检测流感病毒,描述流感肺炎的流行病学特征;调查2017年流感阳性和阴性患者流行病学和临床信息,分析流感肺炎病例临床特征,Logistic回归分析流感肺炎重症危险因素。共采集住院肺炎监测病例呼吸道标本3 203份,检出333例(10.39%)流感病毒阳性,其中A(H1N1)124份,A(H3N2)61份,A(H7N9)25份,B型Victoria系86份,B型Yamagata系37份,季节性流感中有7例(2.27%)死亡。流感肺炎以冬春季为主,兼有夏季流行峰。学龄儿童肺炎病例中流感病毒B型Victoria系阳性检出率高,60岁及以上患者则A型流感检出率高。流感肺炎临床表现咽痛(χ2=35.726,P<0.001)、咳痰(χ2=23.379,P<0.001)、呼吸困难(χ2=10.553,P=0.001)的比例高于非流感组。年龄(RR=1.015,95%CI:1.000～1.030)、患有免疫系统疾病(RR=7.519,95%CI:1.586～35.644)、超重(RR=3.641,95%CI:1.702～7.789)、感染甲型流感病毒(RR=4.780,95%CI:1.185～19.290)是流感肺炎重症的危险因素。住院肺炎病例中流感呈季节性流行,重症和病死率较高。感染甲型流感、高龄、超重和存在免疫基础疾病是流感重症的危险因素,应针对重点人群推广流感疫苗接种,对可疑患者采取早诊早治。

关键词：流感肺炎临床特征重症危险因素

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“这是疾控人的本能” 003

健康报

作者：张磊韩璐黄昊頔邓文锴

除了惊险刺激的缉“凶”过程，流调人员的工作状况是什么样的？山东省疾控中心应对新冠肺炎现场调查工作组的队员向记者讲述了他们的故事。既紧张，又兴奋1月24日，山东省报告省内首例新冠肺炎确诊病例。同日，该省启动重大突发公共卫... 详细信息

除了惊险刺激的缉“凶”过程，流调人员的工作状况是什么样的？山东省疾控中心应对新冠肺炎现场调查工作组的队员向记者讲述了他们的故事。既紧张，又兴奋1月24日，山东省报告省内首例新冠肺炎确诊病例。同日，该省启动重大突发公共卫生事件Ⅰ级响应。4天前，当地?

关键词：山东省疾控中心现场调查工作组现场流行病学调查密切接触者疑似病例

来源： cnki报纸评论

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流调“缉凶” 003

江苏省首例人感染H9N2禽流感病毒分子溯源研究

健康报

作者：张磊韩璐黄昊頔邓文锴

尽快找到感染者的传染源以及密切接触者，查清传播链，进而采取有针对性的隔离措施以切断传播途径，是控制疫情蔓延的关键。如何透过碎片化的生活片段查找源头，需要具备福尔摩斯般敏锐的眼光和缜密的思维。在抗击新冠肺炎这场战“疫”... 详细信息

尽快找到感染者的传染源以及密切接触者，查清传播链，进而采取有针对性的隔离措施以切断传播途径，是控制疫情蔓延的关键。如何透过碎片化的生活片段查找源头，需要具备福尔摩斯般敏锐的眼光和缜密的思维。在抗击新冠肺炎这场战“疫”中，奋战在一线的现场流行病学调查人?

关键词：聚集性疫情传染源

来源： cnki报纸评论

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医学研究生学报 2021年第10期34卷 1057-1061页

作者：邓斐祁贤余慧燕王慎骄许可黄昊頔鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心南京210009

目的近年来,H9N2亚型禽流感对人类健康的危害越来越受到关注。文中旨在对1例人感染H9N2禽流感病毒进行分子溯源研究。方法选取2019年3月18日江苏省疾病预防控制中心1份禽流感病毒感染患者的咽拭子标本及从患者住处附近的农贸市场采集禽... 详细信息

目的近年来,H9N2亚型禽流感对人类健康的危害越来越受到关注。文中旨在对1例人感染H9N2禽流感病毒进行分子溯源研究。方法选取2019年3月18日江苏省疾病预防控制中心1份禽流感病毒感染患者的咽拭子标本及从患者住处附近的农贸市场采集禽类和外环境样本共40份。标本的流感病毒分型检测采用荧光定量PCR法,病毒分离采用SPF鸡胚,用特异性引物对病毒分离物进行全基因组测序,利用Blasts、ClustalX和Mega 6.1等软件进行序列比对和系统进化分析。结果标本中的病毒为A型H9N2亚型流感病毒。分子进化分析表明,4株病毒的HA和NA都属于H9N2禽流感Y280-like基因型。HA和NA进化树显示,人分离株和3株农贸市场分离病毒同处于一个进化分支上,遗传关系较近。HA蛋白的受体结合位点有4个氨基酸位点(包括I155T、H183N、A190T/V和Q226L)发生突变,增强了病毒对人类SAα2-6Gal受体的结合力。NA蛋白274(H→Y)位点没有发生突变。结论江苏省首例人感染H9N2禽流感病毒属于Y280-like基因型,对人类SAα2-6Gal受体的亲和力增加,跨种传播感染人的能力增强,病毒的进化值得关注。

关键词：禽流感病毒 H9N2亚型 Y280-like基因型跨种传播