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验证性筛选PDZ结构域结合配体文库快速研究HtrA2/Omi PDZ结构域的结合特性

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中国科学（C辑） 2007年第1期37卷 107-116页

作者：马素参宋婀莉高诗娟田瑞高友鹤中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室蛋白质组学研究中心病理生理学系北京100005

HtrA2/Omi是一种线粒体丝氨酸蛋白酶,在哺乳动物细胞中具有双重功能,即诱导细胞凋亡和参与维持线粒体活性的动态平衡.PDZ结构域是最重要的蛋白质相互作用结构域之一,参与多种生物学过程,如细胞信号转导、蛋白质降解、细胞骨架组织等.最... 详细信息

HtrA2/Omi是一种线粒体丝氨酸蛋白酶,在哺乳动物细胞中具有双重功能,即诱导细胞凋亡和参与维持线粒体活性的动态平衡.PDZ结构域是最重要的蛋白质相互作用结构域之一,参与多种生物学过程,如细胞信号转导、蛋白质降解、细胞骨架组织等.最近研究发现,HtrA2/Omi蛋白的PDZ结构域与配体的相互作用,可以调节HtrA2/Omi蛋白自身的水解酶活性.以HtrA2/Omi PDZ结构域为研究对象,用酵母双杂交系统验证性筛选PDZ结构域结合配体文库,快速研究该结构域的结合特性,并在人类全蛋白质组范围内预测并发现该结构域新的相互作用蛋白,最后分析这些新的相互作用所能够形成的最小相互作用网络来评估其可信度.研究结果揭示了HtrA2/Omi PDZ结构域新的结合特性,即:不仅能够结合已报道的II类PDZ配体而且还可以结合I类和III类PDZ配体,并且配体-3位氨基酸具有一定范围内的可变性.而且,发现了7个新的HtrA2/Omi PDZ结构域相互作用蛋白,为进一步阐明HtrA2/Omi蛋白的生物学功能提供了重要线索.同时证明了验证性筛选目的结构域结合配体文库,这一结构域结合特性研究新策略的实用性和高效性.

关键词： HtrA2/Omi PDZ结构域结构域结合特性验证性筛选蛋白质相互作用生物信息学

一例性反转畸形SRY基因片段的扩增、克隆和核苷酸序列分析

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生物化学杂志 1995年第6期11卷 660-663页

作者：马素参黄秉仁陈虹史轶蘩中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室首都儿科研究所北京协和医院内分泌科

在哺乳动物中，位于Ｙ染色体上的指导雄性性别分化的基因被命名为睾丸决定因子（Ｔｅｓｔｉｓ－ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｆａｃｔｏｒ，ＴＤＦ）１９９０年６月分离获得的ＳＲＹ基因（Ｓｅｘ－ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｒｅｇｉｏｎｏｆｔ... 详细信息

在哺乳动物中，位于Ｙ染色体上的指导雄性性别分化的基因被命名为睾丸决定因子（Ｔｅｓｔｉｓ－ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｆａｃｔｏｒ，ＴＤＦ）１９９０年６月分离获得的ＳＲＹ基因（Ｓｅｘ－ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｒｅｇｉｏｎｏｆｔｈｅＹ）被认为是ＴＤＦ基因最好的候选者［１－４］。ＳＲＹ基因为单拷贝，位于Ｙ染色体短臂末端１Ａ１Ａ区，靠近假常染色体配对区（ＰＡＰＲ）的交界处，其部分顺序编码８０个保守性氨基酸组成的多肽。本实验使用与ＳＲＹ基因相应的引物，利用ＰＣＲ技术以一例性反转畸形病人的基因组ＤＮＡ为模板分离ＳＲＹ基因保守区顺序，并将特异扩增出的此ＳＲＹ基因片段重组到质粒ｐＵＣ１２中，得到含有ＳＲＹ基因片段的克隆。经测序表明其ＳＲＹ基因保守顺序上有Ｔ→Ｃ（Ｓｅｒ→Ｐｒｏ）突变。ＳＲＹ基因的存在及其突变可能是导致性反转畸形发病的原因。

关键词：遗传病性反转畸形 SRY基因分子克隆序列分析

进行性脊髓性肌萎缩症患者神经元存活基因及神经元凋亡抑制蛋白基因的缺失

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中国医学科学院学报 2000年第6期22卷 551-554页

作者：马素参袁丽芳刘天慈杨涛周文敏吴沪生中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所医学遗传室北京100005 Beijing Children's Hospital Affiliated to Capital University of Medical Science

目的研究中国人群中进行性脊髓性肌萎缩症 (spinal muscular atrophy, SMA)患者中神经元存活基因（ survival motor neuron, SMN）外显子 7及神经元凋亡抑制蛋白基因（ neuronal apoptosis inhibitory protein gene, NAIP）外显子 5缺... 详细信息

目的研究中国人群中进行性脊髓性肌萎缩症 (spinal muscular atrophy, SMA)患者中神经元存活基因（ survival motor neuron, SMN）外显子 7及神经元凋亡抑制蛋白基因（ neuronal apoptosis inhibitory protein gene, NAIP）外显子 5缺失情况，进一步探讨这 2个 SMA候选基因与 SMA的关系。方法应用 PCR- SSCP分析技术对 55个 SMA患儿家系及 40例正常人个体的 SMN基因外显子 7区域和 55例患儿 NAIP基因外显子 5的缺失进行检测。结果 SMN基因外显子 7区域纯合缺失率分别为： SMA I型 92％（ 23/25）；Ⅱ型 90％（ 27/30）。患儿双亲中有 2例母亲和 1例父亲也有纯合缺失。在 55例 SMA患儿中未检测到有 NAIP基因外显子 5的纯合缺失，仅发现 2例杂合性缺失。结论中国人 SMA患者中 SMN基因外显子 7的纯合缺失率高，而在正常人中未见有缺失，表明其与 SMA发生密切相关； NAIP基因外显子 5的杂合性缺失率在本实验中仅约为 4％。

关键词：脊肌萎缩症神经元存活基因神经元凋亡抑制蛋白基因单链构象多态性

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利用烟草基因组DNA构建近随机多肽文库

生物工程学报 2005年第2期21卷 332-335页

作者：马素参黄海明高友鹤中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院蛋白质组学研究中心

介绍一种新的方法构建近随机多肽文库。选取从大基因组物种的组织或细胞中提取的基因组DNA ,利用切割频率高的限制性内切酶切割 ,产生的短片段可以近似地认为是随机序列的片段 ,将它们与匹配的载体连接后转化进宿主细胞进行表达 ,从而... 详细信息

介绍一种新的方法构建近随机多肽文库。选取从大基因组物种的组织或细胞中提取的基因组DNA ,利用切割频率高的限制性内切酶切割 ,产生的短片段可以近似地认为是随机序列的片段 ,将它们与匹配的载体连接后转化进宿主细胞进行表达 ,从而获得近随机多肽文库。这样的文库可以用于蛋白质相互作用的研究。同一种基因组DNA可以利用不同的酶切 ,再分别连接到表达载体的不同读码框架 ,从而产生不同编码序列的多种近随机多肽文库。介绍了充分利用烟草基因组DNA构建两种不同酶切 ,三种读码框架 ,共六种不同编码序列的近随机多肽文库的方法。

关键词：烟草基因组DNA 近随机多肽文库

利用随机多肽文库研究ZO-1中PDZ3结构域的配体结合特点

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中国生物化学与分子生物学报 2004年第3期20卷 341-346页

作者：郭佳岩宋婀莉黄海明马素参高友鹤中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院

建立一种研究PDZ结构域配体结合特点的简单方法 .利用酵母双杂交技术从随机多肽文库中寻找所有可能与ZO 1中PDZ3结构域结合的C末端序列 ,从现有蛋白质数据库中检索所有具有该C末端蛋白 .利用液体培养物 β 半乳糖苷酶检测实验 ,比较文... 详细信息

建立一种研究PDZ结构域配体结合特点的简单方法 .利用酵母双杂交技术从随机多肽文库中寻找所有可能与ZO 1中PDZ3结构域结合的C末端序列 ,从现有蛋白质数据库中检索所有具有该C末端蛋白 .利用液体培养物 β 半乳糖苷酶检测实验 ,比较文库中筛选的C末端序列和已知的PDZ3结构域结合配体———JAM的C末端 (SFLV)与PDZ3结构域结合的强弱 .共筛选到 3个阳性克隆 ,其C末端序列分别为 LGWV、 LVWV和 DEWV .前 2者属于第二类PDZ结构域 ,后者属于第三类 .蛋白质数据库检索结果表明 ,有多个蛋白质具有 LGWV、 LVWV末端 ,没有检索到任何具有 DEWV末端的蛋白质 .结合强度实验结果表明 ,它们与PDZ3结构域结合强度依次为 DEWV > LGWV > LVWV > SFLV ,说明筛选的 3个C末端除了反映ZO 1中PDZ3结构域可能的潜在结合配体外 ,也有可能成为JAM蛋白阻断性试剂甚至药物的重要组成部分之一 .利用随机多肽文库 ,可以尽可能寻找所有可能与PDZ结构域结合的C末端序列。

关键词： ZO-1 PDZ3结构域蛋白质相互作用随机多肽文库酵母双杂交

中国达斡尔族Y染色体特异微卫星遗传标记多态性

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云南大学学报（自然科学版） 1999年第S3期21卷 300-301页

作者：刘春芸马素参吴东颖中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所北京100005

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快速构建蛋白质结构域克隆库的方法

中国生物化学与分子生物学报 2003年第4期19卷 537-541页

作者：马素参黄海明彭隽敏俞强任瑞宝高友鹤中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所病理生理学系美国Emory大学亚特兰大30322 美国Boston大学波士顿02215 美国Brandeis大学波士顿02454

对蛋白质组学的研究有许多不同的切入方法 .从研究的生物学意义和可行性考虑 ,提出从蛋白结构域入手进行蛋白质组学研究 .SH2 (Srchomology 2 )结构域是细胞信号转导中重要的元件之一 ,人SH2结构域共有约 12 0种 ,对其进行研究将深刻揭... 详细信息

对蛋白质组学的研究有许多不同的切入方法 .从研究的生物学意义和可行性考虑 ,提出从蛋白结构域入手进行蛋白质组学研究 .SH2 (Srchomology 2 )结构域是细胞信号转导中重要的元件之一 ,人SH2结构域共有约 12 0种 ,对其进行研究将深刻揭示细胞信号转导的规律 .为了得到人所有的SH2结构域序列及克隆 ,首先在公共数据库里检索出了人所有的SH2结构域序列 ,利用国际上现有的共享资源IMAGE(IntegratedMolecularAnalysisofGenomesandTheirExpression)克隆为PCR模板 ,解决了从cDNA文库中难以克隆低丰度结构域的问题 .利用有方向性的TOPO克隆技术提高克隆效率 ,从而快速高效地构建了包括 6 0个SH2结构域的克隆库 .克隆库可以方便地转换到GATEWAY系统具有各种用途的载体上。

关键词：蛋白质结构域克隆库结构域蛋白质组学 SH2结构域细胞信号转导

应用Y染色体多态标记对汉族王姓亲缘关系的研究

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人类学学报 2000年第2期19卷 132-137页

作者：吴东颖马素参刘明黄尚志刘春芸中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所北京100005

Y染色体除拟常染色体区外 ,其它区域均缺乏重组 ,因而可保留其祖先历史上所发生的突变事件。作为研究父系遗传的工具 ,Y染色体多态具有独特的作用。中国传统上姓氏由父亲传给子女 ,遵循父系传递。本实验应用 Y染色体的 4个微卫星标记 (... 详细信息

Y染色体除拟常染色体区外 ,其它区域均缺乏重组 ,因而可保留其祖先历史上所发生的突变事件。作为研究父系遗传的工具 ,Y染色体多态具有独特的作用。中国传统上姓氏由父亲传给子女 ,遵循父系传递。本实验应用 Y染色体的 4个微卫星标记 (即 DYS1 9、DYS390、DYS391和 YCA2 ) ,对 50例北京汉族王姓男性 DNA样本进行了多态性分析 ,并与本实验室对 50例汉族男性随机样本应用前 3个位点检测的结果相比较 ,结果表明 :北京汉族王姓男性携带的 Y染色体单体型与对照无差异。

关键词： Y染色体多态姓氏微卫星标记亲缘关系

脊肌萎缩症患者SMN及NAIP基因的初步分析

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云南大学学报（自然科学版） 1999年第S3期21卷 336-337页

作者：马素参袁丽芳刘天慈杨涛周文敏吴沪生中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所北京100005 首都医科大学附属儿童医院