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烟草拮抗链霉菌FT05W基因组测序与几丁质酶家族基因鉴定

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中国生物防治学报 2019年第3期35卷 463-473页

作者：覃可桑维钧陈孝玉龙李昊熙杨茂发贵州大学农学院贵阳550025 贵州大学烟草学院贵阳550025 贵州大学昆虫研究所/贵州省山地农业病虫害重点实验室贵阳550025

链霉菌FT05W是一株对烟草黑胫病等土传真菌病害具有良好拮抗作用的生防放线菌。本研究利用Miseq PE300高通量测序平台对链霉菌FT05W基因组进行序列测定,共获得6914188个reads,通过SPAdes软件对序列进行拼接共得1836个contigs,其基因组... 详细信息

链霉菌FT05W是一株对烟草黑胫病等土传真菌病害具有良好拮抗作用的生防放线菌。本研究利用Miseq PE300高通量测序平台对链霉菌FT05W基因组进行序列测定,共获得6914188个reads,通过SPAdes软件对序列进行拼接共得1836个contigs,其基因组全长为7699129 bp,GC比为71%,其中编码基因序列长度为6037181 bp,预测出7434个蛋白编码基因(GenBank登录号:NZ_QGMR00000000),预测编码7323个蛋白。获得的基因注释信息为今后深入开展其在烟草上的生物防治机理研究奠定了重要的基础,有助于推动烟草生防链霉菌功能基因的挖掘与利用,为烟草生防链霉菌FT05W的进一步开发与应用提供理论依据。利用MEGA 6.06构建链霉菌FT05W的几丁质酶家族基因系统发育树,共鉴定出7个几丁质酶家族基因,其中6个为18家族几丁质酶基因,1个为19家族基因。

关键词：烟草生防菌链霉菌基因组测序几丁质酶家族基因

生防链霉菌*** FT05W与*** ZEA17I固体培养基的优化

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两株链霉菌对非洲菊生长和生理生化指标的影响

中国植物病理学会2017年学术年会

作者：李继业陈孝玉龙贵州大学农学院贵州大学烟草学院

链霉菌(Streptomyces)通常能够产生多种有益次生代谢产物及酶。另外,其孢子的产生及菌丝的生长在其植物病害生物防治和促生功能中扮演者重要的角色。*** FT05W与*** ZEA 17I是两株对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和寄生疫霉菌烟草... 详细信息

链霉菌(Streptomyces)通常能够产生多种有益次生代谢产物及酶。另外,其孢子的产生及菌丝的生长在其植物病害生物防治和促生功能中扮演者重要的角色。*** FT05W与*** ZEA 17I是两株对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和寄生疫霉菌烟草致病型(Phytophtora parasitica *** Tucker)有良好颉颃作用的生防菌株,并且对不同的园艺植物有特异性的促生效果。在之前的研究中发现,*** FT05W和*** ZEA17I在察氏酵母琼脂培养基(Czapek agar medium)上生长良好,且产孢能力强。高氏1号合成培养基(Gause’s No.1synthetic agar medium)是放线菌的常用培养基,在相关实验操作及工业发酵中应用较为广泛。为了优化*** FT05W与*** ZEA17I在固体培养基上的生长能力及初步摸清其发酵条件,笔者测试了其在高氏1号合成培养基上的生长情况。结果显示,两菌株都不能在高氏1号合成培养基上正常生长,但往该培养基中加入2g/L的酵母提取物(yeast extract)后,两株生防链霉菌都能够正常生长,且长势良好。随后,笔者比较了二者在察式酵母琼脂培养基和和高氏1号合成培养基(酵母提取物作为辅料)上的产孢能力。研究结果表明:*** FT05W(1×10CFU/mL)和*** ZEA17I(1×10CFU/mL)分别在以上两种培养基上的产孢能力没有明显差异,所以用高氏1号合成培养基(酵母提取物作为辅料)来培养以上生防链霉菌是一种可以替代察氏酵母琼脂培养基的新选择。

关键词：生防链霉菌培养基生长

来源： cnki会议评论

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应用生态学报 2021年第9期32卷 3321-3326页

作者：胡小京敖飞雄石乐娟彭强李欣周小会陈孝玉龙贵州大学农学院/烟草学院贵阳550025 贵州省农业科学院园艺研究所贵阳550006

本研究以非洲菊(Gerbera jamesonii)为试材,采用不同浓度的脱叶链霉菌FT05W和深蓝链霉菌ZEA17I孢子悬浮液浇灌盆栽非洲菊,筛选出非洲菊的最佳施用浓度,探索两株链霉菌对非洲菊生长和生理生化指标的影响,为非洲菊生产上科学合理施用链霉... 详细信息

本研究以非洲菊(Gerbera jamesonii)为试材,采用不同浓度的脱叶链霉菌FT05W和深蓝链霉菌ZEA17I孢子悬浮液浇灌盆栽非洲菊,筛选出非洲菊的最佳施用浓度,探索两株链霉菌对非洲菊生长和生理生化指标的影响,为非洲菊生产上科学合理施用链霉菌提供理论依据。结果表明:脱叶链霉菌FT05W和深蓝链霉菌ZEA17I不同浓度孢子悬浮液均能有效促进非洲菊的生长,前者对非洲菊的作用效果优于后者,以浓度为1×10^(9)CFU·mL^(-1)的脱叶链霉菌FT05W效果最好。与蒸馏水对照相比,该处理显著促进了非洲菊株高(30.2%)和冠幅(41.5%)的生长,并在一定程度上促进了花茎的增长和增粗;能显著提高非洲菊植株叶片的叶绿素含量(65.2%)、根系活力(103.3%)和超氧化物歧化酶活性(84.4%),使丙二醛含量维持在较低的水平。因此在一定的浓度范围内,脱叶链霉菌FT05W和深蓝链霉菌ZEA17I均能有效促进非洲菊的生长,有利于非洲菊植株体内同化物的转运和积累,增强非洲菊植株抗逆性,特别是脱叶链霉菌FT05W具有在未来作为生物肥料解决非洲菊连作障碍的应用潜力。

关键词：非洲菊链霉菌孢子悬浮液生长生理特性

CA-MobileNet V2:轻量化的作物病害识别模型

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计算机工程与设计 2024年第2期45卷 484-490页

作者：陈洋张欣陈孝玉龙林建吾蔡季桐贵州大学大数据与信息工程学院贵州贵阳550025 贵州大学农学院贵州贵阳550025

在传统的作物病害识别的深度学习模型中,存在检测精度与效率不高的问题。针对上述问题提出一种轻量化的改进型MobileNet V2模型CA-MobileNet V2(coordinate attention),在提升检测精度的同时,部署在移动端便于种植者使用。在MobileNet V... 详细信息

在传统的作物病害识别的深度学习模型中,存在检测精度与效率不高的问题。针对上述问题提出一种轻量化的改进型MobileNet V2模型CA-MobileNet V2(coordinate attention),在提升检测精度的同时,部署在移动端便于种植者使用。在MobileNet V2中嵌入坐标注意力模块,提升模型的精度;加入TanhExp激活函数,加速模型收敛,增强模型的鲁棒性和泛化性;将模型部署到移动端APP中,使模型具有良好的可视化应用效果。在PantifyDr和Turkey-PlantDataset数据集上的对比实验结果表明,CA-MobileNet V2具有精度高和轻量化的优势。

关键词：农作物病害深度学习卷积神经网络轻量化坐标注意力激活函数移动端部署

融合空间注意力机制和DenseNet的玉米病害分类方法

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无线电工程 2022年第10期52卷 1710-1717页

作者：曹藤宝张欣陈孝玉龙彭熙舜林建吾贵州大学大数据与信息工程学院贵州贵阳550025 贵州大学农学院贵州贵阳550025

针对现有机器学习方法对玉米叶片病害进行分类时存在准确率不高、分类模型参数量偏大的问题,提出了一种融合空间注意力机制和DenseNet的玉米叶片病害分类方法SA-DenseNet。将空间注意力机制加入至DenseNet网络的每一个Dense Block模块中... 详细信息

针对现有机器学习方法对玉米叶片病害进行分类时存在准确率不高、分类模型参数量偏大的问题,提出了一种融合空间注意力机制和DenseNet的玉米叶片病害分类方法SA-DenseNet。将空间注意力机制加入至DenseNet网络的每一个Dense Block模块中,使改进后网络更加关注玉米叶片病害的空间特征;把网络中的ReLU激活函数替换为PReLU激活函数,以避免在网络训练过程中输入为负数时导致的梯度消失问题。仿真结果表明,改进模型对玉米叶片病害分类的训练集准确率为98.77%,测试集准确率为98.96%,均优于AlexNet,ResNet50,ResNeXt三个对比网络。模型大小为67.7 MB,优于ResNet50和ResNeXt网络。

关键词：玉米叶片病害深度学习图像处理注意力机制激活函数

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豌豆修尾蚜水通道蛋白特征及响应高湿度胁迫表达变化

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中国农业科学 2024年第20期57卷 4057-4070页

作者：孙思思马伍司惠茹王贤忠柳强罗炎琳陈孝玉龙唐斌贵州大学农学院/生命科学学院贵州省山地气象科学研究所杭州师范大学生命与环境科学学院贵州省烟草公司黔东南州公司

【目的】当前农作物害虫对高湿等逆境环境适应能力增强，水通道蛋白（aquaporin,AQP）是一种膜蛋白，是昆虫维持体内水分平衡的必要蛋白。本研究通过高湿度胁迫豌豆修尾蚜（Megoura crassicauda），经转录组测序筛选出两条McAQP序列结... 详细信息

【目的】当前农作物害虫对高湿等逆境环境适应能力增强，水通道蛋白（aquaporin,AQP）是一种膜蛋白，是昆虫维持体内水分平衡的必要蛋白。本研究通过高湿度胁迫豌豆修尾蚜（Megoura crassicauda），经转录组测序筛选出两条McAQP序列结构，结合实时荧光定量PCR(qRT-PCR）验证，明确豌豆修尾蚜AQP特征及响应高湿度胁迫表达变化，为深入挖掘AQP基因功能提供理论依据。【方法】设置环境相对湿度（RH）为60%、75%和90%，培养豌豆修尾蚜。观察其生长发育情况并检测体内相关物质含量及基因相对表达量，基于从豌豆修尾蚜比较转录组测序中获得的两条McAQP序列（分别命名为McAQP X1、McAQP X2），通过生物信息学方法分析其理化性质和序列结构，以及与其他昆虫间的同源性。最后采用qRT-PCR技术测定长期稳定高湿度胁迫和24 h紧急高湿度胁迫下AQP X1、AQP X2、Vg、VgR的相对表达量。【结果】与RH 60%和RH75%相比，RH90%条件下豌豆修尾蚜繁殖力极显著降低，发育历期与存活率却无显著差异。随着相对湿度的升高，豌豆修尾蚜体内含水率下降，同时出现体色变化、长翅等特殊表型现象。McAQP X1、McAQP X2序列分子量分别为33.89和28.94 kDa，理论等电点为5.36和5.32，蛋白长度分别为308、272 aa。在多级结构上，McAQP由6个长α螺旋经逆时针旋转排布形成一个桶状通道，而4个单体形成一个四聚体行使功能。qRT-PCR分析表明，McAQP X1和McAQP X2均随相对湿度升高而表达水平上调，与转录组测序结果基本一致。在长期稳定高湿度胁迫下豌豆修尾蚜的Vg和VgR均在RH 75%表达水平上调，在RH 90%表达水平下调。在24 h紧急高湿度胁迫下Vg表达水平随湿度升高呈现下调，而VgR在RH 90%表达水平上调。【结论】高湿度环境影响豌豆修尾蚜的繁殖、含水率、体型及体色；定位于亚家族Ⅱ的水通道蛋白序列结构相对保守，没有形成差异性强烈的物种特异分化；NPA位点对于水通道蛋白的功能至关重要，其中的天冬酰胺残基对于水分子在中心通道的通过起着结构性的作用；McAQP表达量变化可能是豌豆修尾蚜应对湿度变化的重要手段。

关键词：豌豆修尾蚜高湿度胁迫繁殖水通道蛋白蛋白结构生物信息学

基于DTS-ResNet的苹果叶片病害识别方法

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国外电子测量技术 2022年第9期41卷 142-148页

作者：潘仁勇张欣陈孝玉龙林建吾蔡季桐陈洋贵州大学大数据与信息工程学院贵阳550025 贵州大学烟草学院贵阳550025

针对苹果叶片病害识别中传统卷积神经网络识别精度较低、收敛速度较慢等问题,提出了一种基于DTS-ResNet(ResNet based on dual transfer learning and squeeze-and-excitation block)的苹果叶片病害识别方法。该方法以ResNet为基础模型... 详细信息

针对苹果叶片病害识别中传统卷积神经网络识别精度较低、收敛速度较慢等问题,提出了一种基于DTS-ResNet(ResNet based on dual transfer learning and squeeze-and-excitation block)的苹果叶片病害识别方法。该方法以ResNet为基础模型,将注意力机制与残差模块相结合作为骨干网络以强化网络对重要特征信息的提取能力、提高识别准确率,并采用双迁移学习的训练方式加快模型的收敛速度。实验结果表明,所提出的方法的识别准确率达到98.73%,能够较好地识别苹果叶片病害。相较于一些传统的卷积神经网络,该模型收敛速度更快,拟合效果更好,且具有更高的识别精度。

关键词：卷积神经网络苹果叶片病害双迁移学习注意力机制

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基于轻量化卷积神经网络的番茄病害图像识别

无线电工程 2022年第8期52卷 1347-1353页

作者：林建吾张欣陈孝玉龙陈洋曹藤宝喻殿智贵州大学大数据与信息工程学院贵州贵阳550025 贵州大学农学院贵州贵阳550025

针对多数卷积神经网络模型计算资源消耗多、占用内存大等问题,提出了一种基于轻量化卷积神经网络的番茄病害图像识别方法FTL-MobileNet。该模型通过引入Focal Loss代替交叉熵损失函数(Cross Entropy Loss),聚焦于难分类的样本,接着在全... 详细信息

针对多数卷积神经网络模型计算资源消耗多、占用内存大等问题,提出了一种基于轻量化卷积神经网络的番茄病害图像识别方法FTL-MobileNet。该模型通过引入Focal Loss代替交叉熵损失函数(Cross Entropy Loss),聚焦于难分类的样本,接着在全连接层添加Dropout层,防止过拟合,将MobileNetV2在ImageNet训练好的权重参数迁移到改进模型中。选用常见的几种网络模型进行对比实验。结果表明,FTL-MobileNet相比于其他模型收敛更快、泛化能力更好、单张图片识别耗时更低、识别精度更高,在测试集上的平均准确率达到了99.87%,且训练好的模型仅8.74 MB。

关键词：轻量化卷积神经网络番茄病害图像识别 FTL-MobileNet

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链霉菌的功能及其在园艺产品保鲜中的应用

绿色科技 2021年第17期23卷 99-101,116页

作者：李欣彭强陈孝玉龙邓惠如胡小京贵州大学农学院贵州贵阳550025

链霉菌作为细菌域中种数量最多的一个属,具有多种多样的功能。本文紧紧围绕链霉菌(Streptomyces sp.)和园艺作物保鲜两方面,主要综述了链霉菌在作物栽培上的功能及其在园艺作物保鲜上的研究进展,并对链霉菌的应用进行了展望。

关键词：链霉菌园艺作物保鲜研究进展