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RNA二级结构预测中动态规划的优化和有效并行

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软件学报 2006年第7期17卷 1501-1509页

作者：谭光明冯圣中孙凝晖中国科学院计算技术研究所

基于最小自由能模型的方法是计算生物学中RNA二级结构预测的主要方法,而计算最小自由能的动态规划算法需要O(n4)的时间,其中n是RNA序列的长度.目前有两种降低时间复杂度的策略:限制二级结构中内部环的大小不超过k,得到O(n2k2)算法;Lyngs... 详细信息

基于最小自由能模型的方法是计算生物学中RNA二级结构预测的主要方法,而计算最小自由能的动态规划算法需要O(n4)的时间,其中n是RNA序列的长度.目前有两种降低时间复杂度的策略:限制二级结构中内部环的大小不超过k,得到O(n2k2)算法;Lyngso方法根据环的能量规则,不限制环的大小,在O(n3)的时间内获得近似最优解.通过使用额外的O(n)的空间,计算内部环中的冗余计算大为减少,从而在同样不限制环大小的情况下,在O(n3)的时间内能够获得最优解.然而,优化后的算法仍然非常耗时,通过有效的负载平衡方法,在机群系统上实现并行程序.实验结果表明,并行程序获得了很好的加速比.

关键词：最小自由能动态规划计算冗余负载平衡加速比

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税务检查

1999年

作者：谭光明

来源：汇雅图书（南通市图书馆... 评论

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汇雅图书（南通市图书馆）

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高性能计算机发展与政策

中国科学院院刊 2019年第6期34卷 609-616页

作者：孙凝晖谭光明中国科学院计算技术研究所

高性能计算技术和产业逐步发展,不断繁荣,从仅服务于国家战略部门对性能巅峰的需求到兼顾市场驱动、应用推广和产业化推进,中国高性能计算翻越了打破封锁、打破垄断和引领创新的'三座大山',逐步缩小了与国外先进研制水平的差距,并在整... 详细信息

高性能计算技术和产业逐步发展,不断繁荣,从仅服务于国家战略部门对性能巅峰的需求到兼顾市场驱动、应用推广和产业化推进,中国高性能计算翻越了打破封锁、打破垄断和引领创新的'三座大山',逐步缩小了与国外先进研制水平的差距,并在整机系统设计和关键技术上取得了世界领先的成就。文章分析了超算发展的趋势和曙光机的发展之路,将高性能计算机发展的挑战总结为2点:摩尔定律失效前可持续地构建E级系统,以及后摩尔定律时代超算系统的革命性技术。针对这些挑战,文章进而围绕'面向世界科技前沿,面向国家重大需求,面向国民经济主战场'阐述了关于高性能计算机发展的政策建议。

关键词：高性能计算曙光机政策建议

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树突状纤维黏液脂肪瘤的临床病理学研究

中华病理学杂志 2003年第5期32卷 404-408页

作者：谭光明 Ping WEN 广东省佛山市中医院病理科 528000 Department of Pathology Ohio State University Medical Center Columbus OH 43210 USA

目的　探讨树突状纤维黏液脂肪瘤的临床病理特征 ,并讨论与其他易于混淆的软组织肿瘤的鉴别诊断。方法　收集 8例树突状纤维黏液脂肪瘤 ,观察和分析其临床和病理组织学特征 ,并通过免疫组织化学标记链霉素卵白素生物素 (LSAB)法 ,分析其... 详细信息

目的　探讨树突状纤维黏液脂肪瘤的临床病理特征 ,并讨论与其他易于混淆的软组织肿瘤的鉴别诊断。方法　收集 8例树突状纤维黏液脂肪瘤 ,观察和分析其临床和病理组织学特征 ,并通过免疫组织化学标记链霉素卵白素生物素 (LSAB)法 ,分析其CD34、bcl 2、波形蛋白、细胞角蛋白(CK)、上皮膜抗原 (EMA)、S 10 0、HHF35和平滑肌肌动蛋白 (SMA)等的表达。结果　该肿瘤主要见于中老年男性皮下软组织或肌筋膜 ;主要分布在颈、背、肩及小腿 ,也可见于面部和足部。大体上边界清楚或有薄包膜 ,切面部分呈黏液样或胶冻状。该肿瘤在组织形态学上以成熟脂肪组织、增生的梭形细胞或星状细胞、黏液样及纤维化间质等为主要成分 ,在不同区域以不同的比例混杂构成。梭形细胞或星状细胞伸出细长分枝状胞质突起是其形态特征之一。无细胞异型性和核分裂象。此外 ,该肿瘤常有较丰富的丛状小血管和毛细血管 ,间质有肥大细胞、小淋巴细胞及浆细胞浸润。免疫组织化学染色梭形细胞显示CD34、bcl 2和波形蛋白强阳性 ,而HHF35、SMA和S 10 0阴性 ,肿瘤中所有成分对CK和EMA呈阴性反应。结论　树突状纤维黏液脂肪瘤在临床表现、病理组织学改变以及免疫组织化学反应等方面有其独自的特点。

关键词：肿瘤脂肪瘤黏液梭形细胞树突星状细胞间质免疫组织化学反应异型波形蛋白

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铁路自保公司发展实践

中国金融 2016年第24期 49-51页

作者：谭光明中国铁路财产保险自保有限公司

作为一种非传统风险管理工具，自保公司在国际市场已经十分成熟，但在我国却处于初步发展阶段。本文以铁路自保公司为例，分析我国自保市场在发展中面临的问题，提出完善我国自保市场发展的建议。

关键词：自保公司铁路实践风险管理工具国际市场市场发展非传统

含葑基的缩氨基硫脲、噻二唑的合成、表征与晶体结构

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有机化学 2009年第9期29卷 1405-1411页

作者：苏桂发谭光明周艺明潘光玉广西师范大学化学化工学院药用资源化学与药物分子工程教育部重点实验室桂林541004

以(-)-葑酮为原料经中间体葑胺合成4-葑基氨基硫脲(4),4与醛缩合得到11个未见文献报道的葑基缩氨基硫脲(5),5用六氰合铁(III)酸钾氧化成环得到相应的2,5-二取代-1,3,4-噻二唑类化合物(6);产物的结构经IR,NMR和元素分析确认,并用X射线衍... 详细信息

以(-)-葑酮为原料经中间体葑胺合成4-葑基氨基硫脲(4),4与醛缩合得到11个未见文献报道的葑基缩氨基硫脲(5),5用六氰合铁(III)酸钾氧化成环得到相应的2,5-二取代-1,3,4-噻二唑类化合物(6);产物的结构经IR,NMR和元素分析确认,并用X射线衍射法测定化合物6d的晶体结构.化合物6d属单斜晶系,P2(1)空间群,晶胞参数a=1.18719(10)nm,b=1.48814(18)nm,c=1.21629(12)nm,β=118.113(2)°,Mr=343.48,V=1.8953(3)nm3,Dc=1.204Mg/m3,Z=4,λ=0.071073nm,μ(MoKα)=0.181mm-1,F(000)=736.

关键词：葑酮缩氨基硫脲 1,3 4-噻二唑合成晶体结构

骨型化生性乳腺癌伴有破骨细胞样多核巨细胞一例

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中华病理学杂志 2003年第5期32卷 488-489页

作者：谭光明 Ping WEN 广东省佛山市中医院病理科 528000 Department of Pathology Ohio State University Medical Center ColumbusOH 43210USA

患者女，84岁。发现左侧乳腺肿物1个月余，经美国俄亥俄州立大学医学中心活检诊断为“恶性梭形细胞肿瘤伴骨及骨样成分”于2001年11月26日入该院。体检：全身体表淋巴结无肿大。左侧乳腺外上象限扪及一4cm×3cm肿物，质硬实，活动性差... 详细信息

患者女，84岁。发现左侧乳腺肿物1个月余，经美国俄亥俄州立大学医学中心活检诊断为“恶性梭形细胞肿瘤伴骨及骨样成分”于2001年11月26日入该院。体检：全身体表淋巴结无肿大。左侧乳腺外上象限扪及一4cm×3cm肿物，质硬实，活动性差，与皮肤无粘连，乳头无内陷，肿物表面皮肤颜色稍暗，无典型桔皮样外观。行乳腺改良根治术。

关键词：骨型肿物左侧破骨细胞乳腺癌诊断多核巨细胞发现皮肤颜色体表

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稀疏矩阵向量乘的自动调优

计算物理 2024年第1期41卷 33-39页

作者：杜臻谭光明中国科学院大学计算机科学与技术学院北京101408 中国科学院计算技术研究所北京100190

分析稀疏矩阵向量乘(SpMV)程序优化的难点,介绍两个自动调优的代表性工作:基于预实现模板的SMAT和从头设计程序的AlphaSparse。详细介绍了它们的设计思路、实现细节、测试结果以及各自的优缺点。最后,对SpMV自动调优的发展趋势进行了分... 详细信息

分析稀疏矩阵向量乘(SpMV)程序优化的难点,介绍两个自动调优的代表性工作:基于预实现模板的SMAT和从头设计程序的AlphaSparse。详细介绍了它们的设计思路、实现细节、测试结果以及各自的优缺点。最后,对SpMV自动调优的发展趋势进行了分析和预测。

关键词：高性能科学计算稀疏矩阵自动调优稀疏矩阵向量乘

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无锁同步的细粒度并行介度中心算法

软件学报 2011年第5期22卷 986-995页

作者：涂登彪谭光明孙凝晖中国科学院计算技术研究所计算机系统结构重点实验室北京100190 中国科学院研究生院北京100049

通过结合体系结构和算法进行研究发现,基于锁的同步机制是细粒度并行介度中心(betweenness centrality,简称BC)算法在现有多核平台上高效执行的主要瓶颈.提出了一种消除锁同步的数据驱动(data-centric)并行算法,在AMD 32核SMP和Intel8核... 详细信息

通过结合体系结构和算法进行研究发现,基于锁的同步机制是细粒度并行介度中心(betweenness centrality,简称BC)算法在现有多核平台上高效执行的主要瓶颈.提出了一种消除锁同步的数据驱动(data-centric)并行算法,在AMD 32核SMP和Intel8核SMP两个平台上获得了2倍左右的加速比.

关键词：介度中心锁同步细粒度并行数据驱动多核