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容器环境下药物分子动力学模拟与并行虚拟筛选的研究与实现

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容器环境下药物分子动力学模拟与并行虚拟筛选的研究与实现

作者：胡广超兰州大学

学位级别：硕士

借助高性能并行计算的强大算力,基于微观层面上设计药物的分子动力学模拟方法能够产生丰富的蛋白构像,而基于分子对接设计药物的虚拟筛选方式可以筛选出靶向性极强的药物小分子,这两种药物研究手段均能加速新药的研发速度。但长期以来,... 详细信息

借助高性能并行计算的强大算力,基于微观层面上设计药物的分子动力学模拟方法能够产生丰富的蛋白构像,而基于分子对接设计药物的虚拟筛选方式可以筛选出靶向性极强的药物小分子,这两种药物研究手段均能加速新药的研发速度。但长期以来,它们对计算环境要求较高,并且软件依赖众多、部署复杂、不可迁移和在共享计算资源上升级易发生冲突,不仅耗费药物科研工作者大量的时间,而且给计算集群的部署与维护带来沉重的负担。除此以外,分子数据库中的化合物数量众多,长期以来筛选时间较长的问题也急需解决。本文探索了使用以隔离、安全和迁移为性能特征的容器虚拟化方式解决上述问题。首先使用HPL、HPCG和OSU等标准基准程序研究了KVM、Docker和Singularity三种虚拟化方案在CPU处理、存储、磁盘读取和网络带宽方面与物理机的性能损耗差异,然后使用两种典型的高性能计算应用VASP和WRF评估容器在真实算例下的多节点并行计算、GPU计算和跨平台迁移方面的性能。接下来选择上述基准性能实验中性能最佳的容器构建可同时满足三种经典分子动力学模拟的NAMD（CPU与GPU异构计算型）、AMBER（GPU并行版）和GROMACS（多节点并行版）容器环境,并应用到极具医疗研究价值的Ⅱ型糖尿病受体GLP-1R、与癌症相关的BRD9蛋白和起麻醉作用的μ-opioid受体与相应配体的分子动力学模拟研究中;最后在容器环境下研究了编译与预编译版的AutoDock Vina虚拟筛选工具的性能差异,基于性能最优的Vina版本构建和部署了基于MPI多节点并行虚拟筛选药物的容器系统,并研究了它的并行处理性能和完成对靶向肿瘤细胞的MTH1激酶的药物虚拟筛选。本文实验结果显示,通过基准性能评估,Singularity容器在计算峰值、存储、网络与磁盘读取方面的综合性能优于KVM和Docker,能够取得物理机般的计算结果;在真实应用场景下Singularity容器性能完全满足HPC的并行计算环境如MPI、GPU和Infiniband要求,并能够获得与物理机相似的精准结果,迁移性能实验也展现出了Singularity较高的性能稳定性。另外,使用构建的NAMD、AMBER和GROMACS容器计算环境对GLP-1R、BRD9和μ-opioid受体与相应配体的分子动力学模拟结果与物理机非常相似,其性能损耗可忽略不计;同时实验发现在靶向MTH1激酶的药物并行虚拟筛选实验中,编译版的Vina性能最优,并行虚拟筛选容器系统随着节点数的增多可以大幅度减少药物筛选时间,最终筛选出的药物分子可准确对接在MTH1的活性位点上。本文制作的镜像均已上传到镜像资源库中,药物研究者可以自行下载使用。

关键词：容器 Singularity 分子动力学模拟虚拟筛选并行计算

不同日龄仔猪胃肠道组织中FcRn的表达规律初探

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不同日龄仔猪胃肠道组织中FcRn的表达规律初探

作者：胡广超河南农业大学

学位级别：硕士

为了研究FcRn在仔猪胃肠道的表达及作用,本文以0d,1d,2d,3d,4d,7d,10d,14d,28d,35d等不同日龄的大白和长白杂交二元仔猪作为研究对象,采用RT-PCR和放射免疫法就不同日龄二元仔猪胃肠道中FcRn水平及血清IgG水平变化规律进行了初步探讨。... 详细信息

为了研究FcRn在仔猪胃肠道的表达及作用,本文以0d,1d,2d,3d,4d,7d,10d,14d,28d,35d等不同日龄的大白和长白杂交二元仔猪作为研究对象,采用RT-PCR和放射免疫法就不同日龄二元仔猪胃肠道中FcRn水平及血清IgG水平变化规律进行了初步探讨。主要结果如下:1.仔猪胃肠道FcRn的表达。结果显示:仔猪胃肠道中均有FcRn表达:十二指肠、空肠的FcRn表达量在胃肠道组织中最高,结肠和胃内表达量最低。结果提示,仔猪十二指肠、空肠是FcRn转运初乳中IgG的主要部位,而胃与结肠部位基本不吸收IgG。2.仔猪血清IgG水平的变化规律。结果显示:仔猪血清中IgG的含量,从0d到4d依次升高,至第4d升到峰值,以后逐步降低,至21d降到最低值,以后再逐渐升高。3.仔猪胃肠道FcRn表达水平的变化规律。不同日龄仔猪胃肠道FcRn表达水平为:0d～1dFcRn表达量最高,以后逐渐降低,但4d内FcRn的表达差异不显著,到7d时,FcRn表达与前4d差异显著,以后降低,一般在21d左右下降至最低,21d、28d、35dFcRn表达差异不显著。其中胃和结肠FcRn在不同时期表达均在低水平且相互差异不显著。0d未吃初乳和0d已吃初乳的FcRn表达差异不显著。结果提示,0～4d是仔猪吸收初乳IgG的关键时期,仔猪胃肠道中FcRn的表达水平对仔猪吸收母乳中IgG有着重要的作用。4.不同日龄仔猪胃肠道FcRn表达水平的变化规律与仔猪肠道IgG吸收的关系用已报道的猪初乳中IgG含量的变化与本试验中不同日龄仔猪胃肠道FcRn的变化规律和不同日龄仔猪血清IgG的变化规律进行比较可表明:①FcRn有固定表达且表达水平较高;②高浓度的IgG可能对FcRn的表达可能有一定的诱导作用。⑨0～4d仔猪血清IgG并没有像初乳IgG下降那么明显,说明FcRn对于仔猪吸收IgG有重要的作用。

关键词： FcRn IgG 仔猪胃肠道 RT-PCR

组织内高绩效同事的绩效水平对员工行为的影响机制研究

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组织内高绩效同事的绩效水平对员工行为的影响机制研究

作者：胡广超武汉理工大学

学位级别：硕士

组织内的高绩效个体凭借其突出的工作水平和能力,成为组织人力资本最重要的组成部分,对组织绩效有至关重要甚至决定性的影响。与此同时,经济发展、社会进步以及技术变革使得人力资源逐渐成为企业的重要竞争资本。如何培养和管理高绩效... 详细信息

组织内的高绩效个体凭借其突出的工作水平和能力,成为组织人力资本最重要的组成部分,对组织绩效有至关重要甚至决定性的影响。与此同时,经济发展、社会进步以及技术变革使得人力资源逐渐成为企业的重要竞争资本。如何培养和管理高绩效者个体,促进高绩效者对其他员工和组织的积极影响,进而帮助组织获得竞争优势,是企业管理者所普遍关注的重要问题。虽然高绩效个体对组织的重要性研究已达成共识,但是关于高绩效同事对员工行为的影响研究呈现出不一致的结论。一方面,组织的高绩效个体可以激发同事向其学习的意愿,促进工作积极行为表现。而另一方面,高绩效个体所获得的组织资源以及支配组织资源的能力对其他员工是一种威胁,因此容易遭受到同事们的排挤甚至是攻击。总之,这一领域的研究不足在一定程度上阻碍了我们深入理解高绩效员工的潜在影响。我们需要相关的理论和实证研究来解释,高绩效同事对员工行为产生影响的机制和条件。根据社会比较理论,员工对高绩效同事的嫉妒感（善意嫉妒和恶意嫉妒）是高绩效同事的绩效水平造成员工差异化行为结果的重要中介机制。原因在于,普通员工通常会选择高绩效同事进行社会比较,而这种上行比较会因为自己所获物质、地位、权利不及比较对象而产生较低的自我评价和情绪反应,比如嫉妒感,包括善意嫉妒与恶意嫉妒。善意嫉妒有助于激发员工提升自我的意愿,而恶意嫉妒容易引起对目标者的攻击性行为。基于此,本文分别探索了员工善意嫉妒在高绩效同事的绩效水平与员工工作投入之间起中介作用,员工恶意嫉妒在高绩效同事的绩效水平与员工人际伤害行为之间起中介作用。此外,本文还聚焦于组织层面上的维持导向与绩效导向人力资源管理实践是否在高绩效同事的绩效水平与员工心理情绪之间起到激化或者缓冲的作用。人力资源管理实践直接反映了组织内部如何对待员工,与员工自身利益密切相关。因此,嵌入组织内层级中的人力资源管理实践,无法避免地会对员工心理及行为产生影响。研究通过对58个团队229名员工的有效数据进行统计分析,得出以下结论:（1）高绩效同事的绩效水平对员工的工作投入、人际伤害行为呈显著正向影响。（2）员工善意嫉妒在高绩效同事的绩效水平与员工工作投入之间起中介作用,员工恶意嫉妒在高绩效同事的绩效水平与员工人际伤害行为之间起中介作用。（3）绩效导向人力资源管理实践调节了高绩效同事的绩效水平与员工恶意嫉妒之间的关系,并调节了员工恶意嫉妒在高绩效同事的绩效水平与员工人际伤害行为之间的中介效应。（4）维持导向人力资源管理实践并没有显著调节高绩效同事的绩效水平与员工善意嫉妒之间的关系。

关键词：人力资源管理实践善意嫉妒恶意嫉妒工作投入人际伤害行为

人力资源管理系统与研发人员留职意愿——工作家庭促进与工作家庭冲突的中介效应

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湖南大学学报（社会科学版） 2015年第5期29卷 65-70页

作者：张光磊胡广超武汉理工大学管理学院湖北武汉430070

面对激烈的市场竞争,研发人员日益成为企业可持续发展的支柱力量。在既有研究的基础上重构了基于研发人员的双元(dual-concern model)人力资源管理模型(维持导向与绩效导向人力资源管理子系统),探索了绩效与维持导向人力资源管理子系统... 详细信息

面对激烈的市场竞争,研发人员日益成为企业可持续发展的支柱力量。在既有研究的基础上重构了基于研发人员的双元(dual-concern model)人力资源管理模型(维持导向与绩效导向人力资源管理子系统),探索了绩效与维持导向人力资源管理子系统通过工作家庭促进与工作家庭冲突中介影响留职意愿的作用机制。

关键词：人力资源管理系统留职意愿工作家庭促进工作家庭冲突

变电站蓄电池组远程核对性充放电的研究与应用

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电气技术 2013年第10期14卷 79-81页

作者：胡广超阜阳供电公司安徽阜阳236017

蓄电池是电力变电站直流系统的主要组成部分,它的维护工作直接关系着变电站及电力网的安全运行。蓄电池定期核对性放电是直流维护工作一项重要内容。文章提出了蓄电池远程核对性充放电设计方案,介绍了系统结构、功能、系统软件主要界面... 详细信息

蓄电池是电力变电站直流系统的主要组成部分,它的维护工作直接关系着变电站及电力网的安全运行。蓄电池定期核对性放电是直流维护工作一项重要内容。文章提出了蓄电池远程核对性充放电设计方案,介绍了系统结构、功能、系统软件主要界面。该系统变革了传统的核对行充放电方法,解决了人员短缺、无法按时完成蓄电池核对性放电维护的问题,有效降低运行维护人员的劳动强度、工时和生产维护费用。

关键词：变电站蓄电池组远程放电系统软件

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基于运营商数据的车险反欺诈应用探索

上海保险 2022年第4期 56-58页

作者：胡广超中国联合网络通信有限公司上海市分公司

一、背景(一)保险欺诈的背景从保险诞生之日起,保险欺诈事件就如影随形。根据国际保险监管者协会测算,全球每年有20%~30%的保险赔款涉嫌欺诈,损失金额在800亿美元左右。我国保险业虽然起步较晚,但保险欺诈行为的发生频率呈现明显的上升... 详细信息

一、背景(一)保险欺诈的背景从保险诞生之日起,保险欺诈事件就如影随形。根据国际保险监管者协会测算,全球每年有20%~30%的保险赔款涉嫌欺诈,损失金额在800亿美元左右。我国保险业虽然起步较晚,但保险欺诈行为的发生频率呈现明显的上升趋势。

关键词：保险欺诈保险赔款损失金额车险反欺诈应用探索发生频率运营商

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直流屏网络在线监测系统在无人值班站的设计过程及应用

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中国高新技术企业 2008年第23期 80-81页

作者：胡广超阜阳供电公司

本文根据直流系统存在的现状进行分析,阐明了直流屏网络在线监测系统的立项意义,概述了系统和装置的组成及原理,介绍了系统的主要功能、优点及系统在无人值班站实际应用情况。

关键词：直流屏网络在线监测系统组成原理应用情况

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大采高综采智能化工作面开采关键技术研究

科学技术创新 2020年第22期 153-154页

作者：胡广超焦作煤业集团新乡能源有限公司河南辉县453600

大采高开采是综采工作面面临的重要开采类型,对于厚度较大的煤层,选择使用大采高的方式进行开采,可较好克服采用底分层开采存在的弊端,提升开采的效率与安全性。通过将智能化开采技术应用到大采高开采中,可较好的提升大采高整体的开采... 详细信息

大采高开采是综采工作面面临的重要开采类型,对于厚度较大的煤层,选择使用大采高的方式进行开采,可较好克服采用底分层开采存在的弊端,提升开采的效率与安全性。通过将智能化开采技术应用到大采高开采中,可较好的提升大采高整体的开采效果。从大采高综采智能化工作面开采关键技术要点分析入手,研究了大采高综采采煤工艺适用性,并针对性提出了提升大采高综采采煤工艺效果的相关举措。

关键词：大采高综采智能化工作面关键技术研究

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细胞因子在奶牛乳腺炎防治方面的应用

河南畜牧兽医 2006年第11期27卷 11-12页

作者：钟凯胡广超河南农业大学动物生理生化实验室河南郑州450002

奶牛乳腺炎给奶牛业带来了巨大的经济损失,传统的抗生素疗法出现了越来越多的弊端。近年来,奶牛乳腺炎的非抗生素防治引起了人们的关注。细胞因子是由活化的淋巴细胞和其他免疫相关细胞分泌的一种小分子蛋白质,在奶牛乳腺炎防治方面具... 详细信息

奶牛乳腺炎给奶牛业带来了巨大的经济损失,传统的抗生素疗法出现了越来越多的弊端。近年来,奶牛乳腺炎的非抗生素防治引起了人们的关注。细胞因子是由活化的淋巴细胞和其他免疫相关细胞分泌的一种小分子蛋白质,在奶牛乳腺炎防治方面具有广阔的应用前景,该文旨在对这方面的研究进展进行综述。

关键词：细胞因子奶牛乳腺炎