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上海市2016-2022年腹泻病例致泻性大肠埃希菌感染的流行特征与耐药分析

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中华流行病学杂志 2024年第7期45卷 969-976页

作者：丰俊夏佳慧庄源徐桢罗嘉远陈涌费加艺吴艺童吴寰宇陈昕张静陈敏上海市疾病预防控制中心上海200336 上海市虹口区疾病预防控制中心上海200082

目的掌握上海市腹泻病例致泻性大肠埃希菌(DEC)的感染情况、流行病学特征及耐药情况,为后续监测和防控提供数据支撑。方法基于上海市腹泻病综合监测系统收集2016-2022年肠道腹泻门诊病例的流行病学资料,采集粪便标本,开展DEC检测。基于... 详细信息

目的掌握上海市腹泻病例致泻性大肠埃希菌(DEC)的感染情况、流行病学特征及耐药情况,为后续监测和防控提供数据支撑。方法基于上海市腹泻病综合监测系统收集2016-2022年肠道腹泻门诊病例的流行病学资料,采集粪便标本,开展DEC检测。基于国家致病菌识别网系统收集2016-2022年药敏监测数据。统计学分析采用χ^(2)检验或Fisher确切概率法。结果在24883例感染性腹泻患者中,DEC阳性率为9.13%(2271/24883),其中单一致病型DEC阳性率为8.83%(2197/24883),混合致病型DEC阳性率为0.30%(74/24883)。DEC阳性主要型别为肠产毒性大肠埃希菌[4.33%(1077/24883)],以≤5岁组人群的DEC阳性率最高[18.48%(22/119)]。2016-2022年DEC阳性率最高月份为7-9月[5.91%(1470/24883)]。2016-2022年市区和郊区的DEC阳性率分别为9.47%(554/5847)和9.02%(1717/19036),市区和郊区的DEC主要型别分别为肠黏附性大肠埃希菌[3.98%(233/5847)]和肠产毒性大肠埃希菌[4.56%(868/19036)]。2016-2019和2020-2022年DEC阳性率分别为9.42%(1821/19330)和8.10%(450/5553),主要型别分别为肠产毒性大肠埃希菌(4.87%,941/19330)和肠黏附性大肠埃希菌(4.70%,261/5553)。耐药菌株的多重耐药率为40.21%(618/1537)。耐药率较高的前三位药物依次为氨苄西林[64.74%(995/1537)]、萘啶酸[58.49%(899/1537)]和四环素[45.09%(693/1537)]。结论相比于2016-2019年,2020-2022年DEC阳性率下降,主要型别由肠产毒性大肠埃希菌转变为肠黏附性大肠埃希菌。多重耐药现象较严重,建议应加强DEC的耐药性持续监测,同时规范临床抗生素的使用。

关键词：腹泻致泻性大肠埃希菌肠产毒性大肠埃希菌流行特征耐药性

上海市污水处理厂携带mcr-1耐药基因肠道杆菌菌株的分离及拷贝数定量分析

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上海预防医学 2024年第3期36卷 217-223页

作者：丰俊刘明香庄源潘淼刘倩陈涌罗嘉远费加艺吴艺童朱彦祺张静陈敏上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336 上海市虹口区疾病预防控制中心上海200082

【目的】了解上海市污水处理厂进水中携带多黏菌素类耐药基因-1(mcr-1)的情况及肠道杆菌菌株种类,为污水中含有该类耐药基因菌株的分子监测提供技术支持。【方法】对2023年4—6月收集的上海市污水处理厂的进水样品,采用血琼脂和SS培养... 详细信息

【目的】了解上海市污水处理厂进水中携带多黏菌素类耐药基因-1(mcr-1)的情况及肠道杆菌菌株种类,为污水中含有该类耐药基因菌株的分子监测提供技术支持。【方法】对2023年4—6月收集的上海市污水处理厂的进水样品,采用血琼脂和SS培养基分离培养携带mcr-1耐药基因的肠道杆菌菌株。采用质谱分析仪进行菌株鉴定,利用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测其mcr-1基因和拷贝数,应用微量肉汤稀释法进行药敏试验。利用SPSS 25.0软件针对不同来源分离得到的携带mcr-1基因的大肠埃希菌(Escherichia coli)的拷贝数进行统计学分析。【结果】从49份污水进水样品中共分离得到14株携带mcr-1耐药基因的肠道杆菌菌株,阳性分离率为28.6%,包括12株非致泻性大肠埃希菌和2株肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)。药敏试验结果显示,14株mcr-1阳性菌株均为多重耐药(MDR)菌。其中所有mcr-1阳性菌株均对亚胺培南和替加环素敏感,对氨苄西林和头孢唑林的耐药率为100%。人源携带的致泻性大肠埃希菌和污水源分离得到的非致泻性大肠埃希菌之间拷贝数的差异无统计学意义(t=0.647,P>0.05)。【结论】首次在上海市污水处理厂的进水中分离得到携带mcr-1耐药基因的非致泻性大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌,并发现拷贝数与人源携带mcr-1的致泻性大肠埃希菌差异无统计学意义。污水来源分离得到的菌株MDR现象较为严重。应重视和加强mcr-1耐药基因的监测,以有效防控多黏菌素耐药菌的传播和扩散。

关键词：污水处理厂 mcr-1基因分离拷贝数耐药性大肠埃希菌

上海市污水处理厂携带mcr-1耐药基因菌株的分离及拷贝数定量分析

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上海预防医学 2024年

作者：丰俊刘明香庄源潘淼刘倩陈涌罗嘉远费加艺吴艺童朱彦祺张静陈敏上海市疾病预防控制中心病原生物检定所虹口区疾病预防控制中心

【目的】了解上海市污水处理厂前置污水中携带多黏菌素类耐药基因-1(mcr-1)耐药基因的情况及菌株种类，为污水中含有该类耐药基因菌株的分子监测提供技术支持。【方法】对2023年4—6月收集的上海市污水处理厂的前置污水样品，采用血琼脂... 详细信息

【目的】了解上海市污水处理厂前置污水中携带多黏菌素类耐药基因-1(mcr-1)耐药基因的情况及菌株种类，为污水中含有该类耐药基因菌株的分子监测提供技术支持。【方法】对2023年4—6月收集的上海市污水处理厂的前置污水样品，采用血琼脂和SS培养基分离培养携带mcr-1耐药基因的菌株。采用质谱分析仪进行菌株鉴定，利用荧光定量PCR检测其mcr-1基因和拷贝数，应用微量肉汤稀释法进行药敏试验。利用SPSS 25.0软件针对不同来源分离得到的携带mcr-1基因的大肠埃希菌(Escherichia coli)的拷贝数进行统计学分析。【结果】从49份前置污水样品中共分离得到14株携带mcr-1耐药基因的菌株，阳性分离率为28.6%，包括12株大肠埃希菌和2株肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)。药敏结果显示，14株mcr-1阳性菌株均为多重耐药(MDR)菌。其中所有mcr-1阳性菌株均对亚胺培南和替加环素敏感，对氨苄西林和头孢唑林的耐药率为100%。致泻性大肠埃希菌和非致泻性大肠埃希菌之间拷贝数的差异无统计学意义(t2=0.647，P>0.05)。【结论】首次在上海市污水处理厂的前置污水中分离得到携带mcr-1耐药基因的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌，并发现拷贝数与人源携带mcr-1的致泻性大肠埃希菌差异无统计学意义。分离得到的菌株大多为非致泻性大肠埃希菌，MDR现象比较普遍。应重视和加强多黏菌素mcr-1耐药基因的监测，以有效防控多黏菌素耐药菌的传播。

关键词：污水处理厂 mcr-1基因分离拷贝数耐药性大肠埃希菌

双重聚合酶链式反应快速筛查副溶血性弧菌流行株方法应用与评价

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中国食品卫生杂志 2019年第4期31卷 330-334页

作者：宋元君陈洪友陈涌罗嘉远张曦陈敏上海市疾病预防控制中心上海200336 复旦大学公共卫生学院上海200032

目的基于种属特异性tlh基因和典型毒力基因(tdh1_368特异性位点)建立双重聚合酶链式反应(duplex PCR,DPCR)检测副溶血性弧菌(VP)体系并评价。方法对建立的DPCR检测体系,用单盲法评估特异性和灵敏度,用人工模拟样品、腹泻标本和水产品进... 详细信息

目的基于种属特异性tlh基因和典型毒力基因(tdh1_368特异性位点)建立双重聚合酶链式反应(duplex PCR,DPCR)检测副溶血性弧菌(VP)体系并评价。方法对建立的DPCR检测体系,用单盲法评估特异性和灵敏度,用人工模拟样品、腹泻标本和水产品进行现场方法学评估。结果该法具有高特异性(100%)和灵敏度(≥1.5 ng/μl),用所建立的方法和培养法平行检测腹泻标本、市售水产品中的VP,阳性率差异无统计学意义,对VP流行株的正确判断率为93.5%(29/31);对腹泻标本24 h内、模拟样品增菌后4~8 h内检测并报告VP大流行株。结论DPCR结合常规样品增菌能加快样品中VP的检测和报告,为及时处理疫情提供技术支持。

关键词：副溶血性弧菌双重聚合酶链式反应大流行菌群快速

食品中2株非常见耶尔森菌分离鉴定及耐药性分析

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中国食品卫生杂志 2020年第1期32卷 20-24页

作者：罗嘉远陈洪友陈敏窦剑明高芬张曦上海市疾病预防控制中心上海200336

目的对食品中两株Yersinia aleksiciae(Ya)进行分离鉴定及耐药性分析研究,为非常见耶尔森菌属菌株的分离鉴定提供技术储备。方法2018年8月至2019年3月采集猪肉、牛肉、鸡肉食品样品,共300份。对分离到的疑似Ya菌株完成生化鉴定、耐药表... 详细信息

目的对食品中两株Yersinia aleksiciae(Ya)进行分离鉴定及耐药性分析研究,为非常见耶尔森菌属菌株的分离鉴定提供技术储备。方法2018年8月至2019年3月采集猪肉、牛肉、鸡肉食品样品,共300份。对分离到的疑似Ya菌株完成生化鉴定、耐药表型鉴定和全基因组测序分析。结果食品样品中Ya的检出率为0.7%(2/300),生化鉴定中Ya与小肠结肠炎耶尔森菌(Yersinia enterocolitica,Ye)最大区别是Ye为赖氨酸脱羧酶阴性,Ya为赖氨酸脱羧酶阳性。Ya暂未发现与Ye类似的对氨苄西林、I代头孢菌素、替卡西林等抗生素的天然耐药性,两株Ya菌株的耐药性不同。全基因组测序比对16S rRNA和gyr B、rpo D基因三个片段序列,证实两株分离菌株为Ya。结论分离到的两株Ya为国内首次发现,目前国外鲜有从食品中分离出该菌的报道。本研究提供的方法可用于其他非常见耶尔森菌的分离鉴定。

关键词： Yersinia aleksiciae 耶尔森菌赖氨酸脱羧酶全基因组测序耐药表型

2019—2021年上海市腹泻儿童肠集聚性大肠埃希菌的病原学特征分析

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上海预防医学 2023年第9期35卷 863-869页

作者：庄源徐桢陈涌罗嘉远吴艺童丰俊陈敏上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336 上海健康医学院上海200237

【目的】了解上海市腹泻儿童肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)毒力基因携带情况、分子分型特征及抗生素的敏感性,为EAEC监测及EAEC感染的规范治疗提供科学依据。【方法】以上海市6个行政区腹泻儿童(≤5岁)的EAEC菌株作为研究对象。用实时荧光... 详细信息

【目的】了解上海市腹泻儿童肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)毒力基因携带情况、分子分型特征及抗生素的敏感性,为EAEC监测及EAEC感染的规范治疗提供科学依据。【方法】以上海市6个行政区腹泻儿童(≤5岁)的EAEC菌株作为研究对象。用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测EAEC毒力基因,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型,应用微量肉汤稀释法进行药敏试验。采用χ^(2)检验和两独立样本t检验比较郊区和市区来源EAEC毒力基因及耐药性的差异。【结果】2019—2021年59株EAEC的3种毒力基因aggR、pic、astA检出率依次为30.5%、50.8%、57.6%,郊区和市区来源EAEC毒力基因检出率差异无统计学意义(P>0.05)。PFGE溯源分析结果显示,仅有2株EAEC属于同一型别且采集自同一家医院,带型呈多态性。EAEC对亚胺培南、多黏菌素E敏感,对复方新诺明、氨苄西林、萘啶酸、四环素的耐药率(93.1%、79.3%、63.8%、58.6%)高于50.0%。郊区和市区来源EAEC对头孢唑林、头孢噻肟、环丙沙星的耐药率存在差异(P0.05)。【结论】上海市6个行政区腹泻儿童EAEC毒力基因组合具有多样性,分子分型带型较分散,可能存在同源菌株交叉感染。菌株耐多药现象比较普遍,市区和郊区来源EAEC对头孢唑林、头孢噻肟、环丙沙星的耐药率存在差异。应重视临床抗生素的规范使用,有效阻断EAEC多重耐药菌的传播。

关键词：肠聚集性大肠埃希菌实时荧光定量聚合酶链反应分子分型耐药性

2019—2020年上海市医院人工水环境中嗜肺军团菌的污染状况与分子分型研究

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环境与职业医学 2023年第7期40卷 823-829页

作者：高佳迎袁灵月陈艳新陈涌罗嘉远陈明亮陈敏复旦大学公共卫生学院上海200032 上海市疾病预防控制中心上海200336

[背景]全球军团菌病发病率升高,人工水环境成为其暴发常见来源之一,而分子分型技术有助于预防和控制军团菌。[目的]了解上海市医院人工水环境中嗜肺军团菌的分子流行病学特征,为军团菌病的防控提供科学依据。[方法]于2019—2020年每年5... 详细信息

[背景]全球军团菌病发病率升高,人工水环境成为其暴发常见来源之一,而分子分型技术有助于预防和控制军团菌。[目的]了解上海市医院人工水环境中嗜肺军团菌的分子流行病学特征,为军团菌病的防控提供科学依据。[方法]于2019—2020年每年5—10月采集上海市14家医院人工水环境中水样,包括8家三甲医院,6家非三甲医院。共采集水样984份,包括312份冷却水、72份冷冻水和600份自来水。对水样进行嗜肺军团菌的分离培养和血清型鉴定并保藏,以嗜肺军团菌检出率作为污染状况指标。对保藏菌株进行复苏,得到81株存活菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型分析。[结果]共检出嗜肺军团菌水样124份,样本检出率12.60%,其中三甲医院检出率(16.54%,87/526)高于非三甲医院(8.08%,37/458)(χ^(2)=15.91,P <0.001)。不同类型水样之间冷却水的检出率(23.40%)最高,检出率的差异具有统计学意义(χ^(2)=61.19,P <0.001)。医院不同场所自来水检出率差异具有统计学意义(χ^(2)=11.37,P <0.05)。2019年的检出率(15.06%,75/498)高于2020年(9.84%,49/498)(χ^(2)=6.23,P <0.05)。5—10月中,8月的年平均检出率(16.46%)最高,10月的年平均检出率(8.54%)最低,不同月份之间检出率的差异无统计学意义(χ^(2)=5.39,P=0.37)。不同区之间的检出率差异具有统计学意义(χ^(2)=24.88,P <0.001)。共分离得到131株嗜肺军团菌,以血清型1型(80.15%,105/131)为主。对复苏存活的81株嗜肺军团菌进行PFGE分型,菌株条带相似性系数为41.30%~100%,分为29种PFGE带型(S1~S29),每种带型包括1~10株菌,S28为优势带型。聚类得到4个聚类簇(Ⅰ~Ⅳ),占所有菌株的66.67%(54/81),包含13个带型。[结论]上海市2019—2020年医院人工水环境中存在嗜肺军团菌持续污染,自来水中污染值得引起重视。检出嗜肺军团菌血清型以1型为主,PFGE分型揭示其存在基因多态性。因此,需加强医院人工水环境中嗜肺军团菌的监测及控制。

关键词：嗜肺军团菌脉冲场凝胶电泳环境监测医院感染人工水环境

上海地区碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌的分子生物学特性研究

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上海预防医学 2021年第7期33卷 599-604页

作者：高芬陈涌庄源陈洪友罗嘉远张曦陈敏上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336

【目的】分析上海市腹泻患者肠道碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌(CRE)的耐药特征和分子分型,为该耐药菌的监测及防控提供依据。【方法】收集上海市腹泻病监测系统23家哨点医院2018年1月—2019年12月肠道门诊患者的粪便或肛拭子样本800份,采用... 详细信息

【目的】分析上海市腹泻患者肠道碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌(CRE)的耐药特征和分子分型,为该耐药菌的监测及防控提供依据。【方法】收集上海市腹泻病监测系统23家哨点医院2018年1月—2019年12月肠道门诊患者的粪便或肛拭子样本800份,采用含1μg/μL美罗培南的麦康凯琼脂培养基分离CRE菌株。使用VITEK-2 Compact全自动细菌鉴定系统和VITEK MS质谱系统进行菌种鉴定。采用微量肉汤稀释法检测菌株的最小抑菌浓度(MIC)。采用多位点序列分型(MLST)及脉冲场凝胶电泳(PFGE)对耐药菌株进行同源性分析。通过接合实验研究耐药基因的可转移性。采用全基因组测序进行耐药分子特征研究。【结果】从800份粪便或肛拭子标本中分离出7株CRE菌株,皆为产新德里金属β-内酰胺酶(NDM)的多重耐药大肠埃希菌,对多种临床常用的抗生素均耐药。分子分型结果显示,CRE菌株序列型别均不相同,PFGE呈现多样性。bla_(NDM)基因均为阳性,包括bla_(NDM-5)和bla_(NDM-13),主要型别为blaNDM-5,并可通过接合转移至大肠埃希菌EC600。【结论】肠道分离碳青霉烯耐药菌株均为多重耐药大肠埃希菌,其耐药机制均为产NDM,同时携带bla_(NDM)及其他多种耐药基因。MLST显示菌株属于不同的克隆型。耐药基因可通过接合转移实现耐药基因的水平转移。

关键词：碳青霉烯酶肠杆菌科大肠埃希菌金属β-内酰胺酶基因

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多黏菌素耐药检测技术研究进展

中国病原生物学杂志 2023年第7期18卷 854-859页

作者：丰俊徐桢庄源刘明香陈涌罗嘉远吴艺童费加艺陈敏上海市疾病预防控制中心上海200336 上海健康医学院虹口区疾病预防控制中心

多黏菌素是由芽孢杆菌产生的针对革兰阴性菌尤其是多重耐药菌(Multi-drug resistance,MDR)以及耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的最后一道防线。我国目前已有3种注射用多黏菌素类药物用于临床,... 详细信息

多黏菌素是由芽孢杆菌产生的针对革兰阴性菌尤其是多重耐药菌(Multi-drug resistance,MDR)以及耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的最后一道防线。我国目前已有3种注射用多黏菌素类药物用于临床,由于药物筛选压力,革兰阴性菌对多黏菌素耐药的风险增加。本文综述了目前多黏菌素耐药的检测技术,并分析了不同技术的应用场景、优势及其存在的挑战,为多黏菌素耐药的快速检测提供科学依据。

关键词：多黏菌素耐药 mcr-1 快速检测综述