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油茶基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析

作物杂志 2024年第3期 23-31页

作者：代涵申铁石桃雄黎瑞源贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵州贵阳550001 贵州师范大学生命科学学院/荞麦产业技术研究中心贵州贵阳550001

利用NCBI数据库中油茶(Camellia oleifera Abel)全基因组序列挖掘SSR位点,并基于Primer 3.0软件设计引物,筛选多态性较高的引物进行遗传多样性的评价。以油茶全基因组序列数据为基础,检测1 661 881个SSR位点,总长为2 889 508 820 bp,发... 详细信息

利用NCBI数据库中油茶(Camellia oleifera Abel)全基因组序列挖掘SSR位点,并基于Primer 3.0软件设计引物,筛选多态性较高的引物进行遗传多样性的评价。以油茶全基因组序列数据为基础,检测1 661 881个SSR位点,总长为2 889 508 820 bp,发生频率为63.22%。单核苷酸重复类型最多(61.72%),其次为二核苷酸(28.59%)和三核苷酸重复单元(6.90%)。分析重复序列位点发现,油茶SSR中包含337种类型重复基序,主要以A/C为主要重复单元,优势基序依次为A/T(60.46%)、AG/TC(13.88%)、AT/TA(12.09%)、AC/TG(2.86%)、AAT/TTA(2.54%)。在每条染色体上挑选10对引物进行引物合成(共150对),并检测其多态性。结果得出129对引物能扩增出目标条带,其中25对引物能在材料间扩增出特异性条带。利用油茶全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出适用于油茶遗传多样性分析、遗传图谱构建和品种鉴定等研究的SSR引物。

关键词：油茶基因组 SSR 种质资源遗传多样性

基于主成分分析的苦荞麦重组自交系农艺性状综合评价

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浙江农业学报 2024年第4期36卷 748-759页

作者：薛贤滨贾琼陈峥峰黎瑞源陈庆富石桃雄贵州师范大学生命科学学院贵州省荞麦工程技术研究中心贵州贵阳550001 贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵州贵阳550001

为筛选出综合性状优良的种质,为苦荞麦高产品种的选育推荐材料,对选取的58个具有高产潜质的重组自交系(RILs)及其双亲的10个主要农艺性状进行遗传变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果表明,58个RILs各性状的变异系数介于5.... 详细信息

为筛选出综合性状优良的种质,为苦荞麦高产品种的选育推荐材料,对选取的58个具有高产潜质的重组自交系(RILs)及其双亲的10个主要农艺性状进行遗传变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果表明,58个RILs各性状的变异系数介于5.71%~31.55%,其中,产量、生育期和主茎分枝数的变异系数较大,粒宽和籽粒周长的变异系数较小。产量与籽粒面积、籽粒周长、株高和千粒重呈极显著(P株高>籽粒面积>生育期>籽粒周长>粒宽>粒长。主成分分析结果表明,前4个主成分的累计贡献率达86.987%,分别是粒形与产量因子(39.940%)、粒宽因子(24.478%)、株高因子(11.667%)、主茎分枝数与生育期因子(10.893%)。基于综合评价结果及RILs与亲本间的方差分析,共筛选出R64、R103、R164、R84、R192、R153和R214等7个综合性状优良的非米荞型RILs。这7个株系在聚类分析中均被划分在了高产、大粒、高秆和生育期短的C2类群,可将其作为示范推广品种或西南地区常规苦荞育种的优良种质资源加以利用。米荞型株系R52、R198和R101的产量极显著或显著高于米荞型亲本小米荞,可用于苦荞麦高产薄壳品种的选育。

关键词：苦荞麦重组自交系农艺性状遗传变异主成分分析聚类分析

26个金苦荞品系品质性状与农艺性状的遗传变异分析

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广西植物 2024年第2期44卷 291-302页

作者：王为旋田爽琪柯瑾张帆程远志陈小全李洪有石桃雄陈庆富贵州师范大学荞麦产业技术研究中心贵阳550001

金苦荞是近些年创制的苦荞与金荞麦种间杂交形成的双二倍体杂种半多年生新荞麦种类(Fagopyrum tatari-cymosum),为了探讨该荞麦种类的农艺性状和品质性状的遗传规律,以26个高产金苦荞品系为材料,对其品质性状和农艺性状进行了遗传变异... 详细信息

金苦荞是近些年创制的苦荞与金荞麦种间杂交形成的双二倍体杂种半多年生新荞麦种类(Fagopyrum tatari-cymosum),为了探讨该荞麦种类的农艺性状和品质性状的遗传规律,以26个高产金苦荞品系为材料,对其品质性状和农艺性状进行了遗传变异研究、相关性分析和聚类分析。结果表明:(1)金苦荞品质性状的变异系数大小表现为醇溶蛋白含量>谷蛋白含量>黄酮含量>总蛋白含量>球蛋白含量>清蛋白含量>淀粉含量。(2)金苦荞农艺性状的变异系数大小表现为主茎分枝数>基部20 cm内节数>主茎粗>籽粒面积>千粒重>主茎节数>株高>籽粒长宽比>籽粒宽>籽粒长>果壳率>籽粒周长>籽粒直径。(3)相关性分析中,黄酮含量与清蛋白含量呈显著正相关;醇溶蛋白含量与主茎节数、基部20 cm内节数、主茎粗呈显著或极显著正相关,与千粒重、籽粒面积、周长、宽、直径呈显著或极显著负相关;淀粉含量与籽粒面积、长、直径呈显著正关系。(4)聚类分析将26个金苦荞品系分为了3个类群,其中类群I属于高淀粉、矮秆、多分枝、低果壳率、大长粒型品系,类群Ⅱ属于高蛋白、高秆、粗壮、粒型偏小的品系,类群Ⅲ属于高品质、高产、大粒品系。该研究结果为金苦荞的选育提供了理论依据。

关键词：金苦荞品质性状农艺性状变异分析相关性分析聚类分析

苦荞(Fagopyrum tataricum)RILs群体果壳率相关性状的变异分析和QTL定位

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基因组学与应用生物学 2024年第3期43卷 428-441页

作者：薛贤滨黎瑞源任蓉蓉贾琼陈峥峰陈庆富王莉花石桃雄贵州师范大学生命科学学院贵州省荞麦工程技术研究中心贵阳550001 贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵阳550001 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业农村部西南作物基因资源与种质创制重点实验室昆明650205

为选育薄果壳大粒的苦荞(Fagopyrum tataricum)品种和挖掘果壳率相关性状候选基因,本研究以‘小米荞’(米荞型)和‘晋荞麦2号’(非米荞型)为亲本构建的重组自交系(recombinant inbred lines,RILs)群体为供试材料,分析了两个生长季节苦荞... 详细信息

为选育薄果壳大粒的苦荞(Fagopyrum tataricum)品种和挖掘果壳率相关性状候选基因,本研究以‘小米荞’(米荞型)和‘晋荞麦2号’(非米荞型)为亲本构建的重组自交系(recombinant inbred lines,RILs)群体为供试材料,分析了两个生长季节苦荞RILs群体的果壳率、百粒重、百粒果仁重和百粒果壳重等4个性状的遗传变异和数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)。结果显示,非米荞型亲本和非米荞型株系的4个果壳率相关性状均值均高于米荞型亲本和米荞型株系的。米荞型和非米荞型株系的4个果壳率相关性状变异系数分别在9.01%~15.66%和8.21%~14.04%。果壳率与百粒重、百粒果仁重和百粒果壳重均呈极显著正相关。通过聚类分析筛选到米荞型株系R160、R198、R199和R46,以及非米荞型株系R102、R120、R125、R142、R157和R178在两个生长季节均表现低果壳率和高百粒重的特点,可作为薄壳大粒苦荞品种选育的候选材料。两个生长季节共检测出17个QTL,其中百粒重、百粒果仁重、百粒果壳重和果壳率的QTL数目分别为5个、4个、5个和3个,单个QTL的表型贡献率为3.76%~48.65%。QTL簇qC1.2含果壳率、百粒重、百粒果仁重和百粒果壳重稳定主效QTL各1个,与已经报道的控制果壳类型和粒重的主效QTL重叠。研究结果可为苦荞果壳率相关性状的分子改良、基因的精细定位和克隆提供理论依据。

关键词：苦荞果壳率遗传变异 QTL定位候选基因

应用CRISPR/Cas9基因编辑技术获得高直链淀粉水稻种质

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福建农业学报 2024年第1期39卷 17-24页

作者：吴敏黄娟石桃雄朱丽伟邓娇梁成刚汪燕刘飞李荣蔡芳陈庆富贵州师范大学生命科学学院/贵州省荞麦工程技术研究中心贵州贵阳550025

【目的】通过CRISPR/Cas9基因编辑技术遗传改良水稻种质,创制高直链淀粉新材料。【方法】以水稻品种中花11为试验材料,利用CRISPR/Cas9编辑系统对水稻淀粉分支酶(Starch branching enzymes,SBE)基因OsSBE3进行靶向编辑,利用PCR技术鉴定... 详细信息

【目的】通过CRISPR/Cas9基因编辑技术遗传改良水稻种质,创制高直链淀粉新材料。【方法】以水稻品种中花11为试验材料,利用CRISPR/Cas9编辑系统对水稻淀粉分支酶(Starch branching enzymes,SBE)基因OsSBE3进行靶向编辑,利用PCR技术鉴定无标记纯合突变体,并测定其淀粉含量。【结果】T_(0)代获得10株突变体株系,T1代获得5个无标记纯合突变株系,其中4个株系(sbe3-22-6、sbe3-25-3、sbe3-25-4、sbe3-25-6)的直链淀粉含量和淀粉直支比显著高于野生型。【结论】本研究创制了高直链淀粉含量的水稻新种质,为水稻品质改良提供了参考。

关键词：水稻直链淀粉支链淀粉淀粉直支比基因编辑 CRISPR/Cas9

高校“Office高级应用”课程的教学探讨

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教师 2017年第32期 100-101页

作者：石桃雄贵州师范大学荞麦产业技术研究中心

“Office高级应用”是一门多学科交叉、实践性和实用性很强的课程，加强该门课程的学习对提高学生的就业竞争力有着重要的意义。文章从高校学生掌握Office办公技巧的现状；“Office高级应用”课程普及的必要性；精心设计教学内容、使用... 详细信息

“Office高级应用”是一门多学科交叉、实践性和实用性很强的课程，加强该门课程的学习对提高学生的就业竞争力有着重要的意义。文章从高校学生掌握Office办公技巧的现状；“Office高级应用”课程普及的必要性；精心设计教学内容、使用合适的教学方法，激发学生主动学习的兴趣；理论联系实践，加强实践教学；学生专业性质不同，教学内容和方法要灵活等方面进行了分析与探讨，希望对激发学生学习兴趣，提高教学水平与质量起到促进作用。

关键词：计算机应用 “Office高级应用”课程教学探讨

金荞收集系叶片黄酮、可溶性蛋白、可溶性糖含量分析

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江苏农业科学 2014年第1期42卷 252-255页

作者：石桃雄顾亮亮陈泽林陈庆富贵州师范大学生命科学学院植物遗传育种研究所/荞麦产业技术研究中心贵州贵阳550001

分析了50份金荞复合物（*** complex）收集系叶片的黄酮、可溶性蛋白、可溶性糖含量。结果表明：黄酮含量平均值为7．01％，变异范围为3．10％～10．52％，变异系数为0．25％；可溶性蛋白含量平均值为23．56％，变异范围为11．50％～35... 详细信息

分析了50份金荞复合物（*** complex）收集系叶片的黄酮、可溶性蛋白、可溶性糖含量。结果表明：黄酮含量平均值为7．01％，变异范围为3．10％～10．52％，变异系数为0．25％；可溶性蛋白含量平均值为23．56％，变异范围为11．50％～35．10％，变异系数为0．21％；可溶性糖含量平均值为16．27％，变异范围为11．00％～22．20％，变异系数为0．14％；相关性分析表明，黄酮含量与可溶性蛋白含量呈极显著正相关；地域性差异分析表明，来自西藏的金荞收集系黄酮、可溶性糖、可溶性蛋白含量均为最低。本研究结果对开发利用高黄酮、高可溶性蛋白、高可溶性糖含量的金荞收集系提供了数据支持，也为进一步研究金荞黄酮、可溶性糖、可溶性蛋白含量的遗传变异提供了材料。

关键词：金荞黄酮可溶性蛋白质可溶性糖

荞麦不同种间BW10KD过敏蛋白基因序列比较

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广东农业科学 2013年第9期40卷 133-139页

作者：陈晴晴石桃雄陈庆富贵州师范大学生命科学学院植物遗传育种研究所/荞麦产业技术研究中心贵州贵阳550001

荞麦过敏蛋白(BW10KD)与变应原病人的血清免疫球蛋白(immunoglobulin E,IgE)有强烈反应。通过对属于8个荞麦种和1个变种的58个收集系中的BW10KD过敏蛋白基因保守片段进行差异分析与系统进化关系研究,为探讨BW10KD基因的结构功能及其在... 详细信息

荞麦过敏蛋白(BW10KD)与变应原病人的血清免疫球蛋白(immunoglobulin E,IgE)有强烈反应。通过对属于8个荞麦种和1个变种的58个收集系中的BW10KD过敏蛋白基因保守片段进行差异分析与系统进化关系研究,为探讨BW10KD基因的结构功能及其在不同种间的进化奠定了基础,并为发生在物种基因DNA水平的微尺度的变异与进化研究中提供新的分析方法。用设计的特异引物进行扩增,所得序列与已报道过敏蛋白编码基因序列相似性达99%。各收集系间进行序列比对,得到307个排列位点(不含缺失位点),其中单型不变位点150个,多态位点S为157个(含简约信息位点数101个和单型可变位点56个)。整个序列突变位点Eta为201个。选择特定分类群内变异小、分类群间变异大的19个位点进行系统聚类分析得到清晰的种系关系图。金荞、细柄野荞、硬枝万年荞聚在一起,暗示其具有较保守的BW10KD过敏蛋白基因序列;栽培甜荞与野甜荞亲缘关系近,其次与左贡野荞较近缘;毛野荞与大野荞彼此较近缘;栽培苦荞与野苦荞亲缘关系最近,与毛野荞和大野荞亲缘关系次之。

关键词：荞麦过敏蛋白基因序列分析系统发育

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苦荞BAC文库的构建及BAC末端序列分析

中药材 2016年第3期39卷 510-514页

作者：徐长江宋驰孙伟沈奇石桃雄陈庆富贵州师范大学荞麦产业技术研究中心贵州贵阳550001 中国中医科学院中药研究所北京100700

目的:为了深入挖掘苦荞的基因组信息,筛选与苦荞品质相关的功能基因。方法:以苦荞品种"晋荞麦2号"为材料,参考Peterson等方法通过提取高分子量核DNA,经酶切、连接和转化构建苦荞基因组BAC文库;随机挑选48个BAC克隆进行序列末端测序。结... 详细信息

目的:为了深入挖掘苦荞的基因组信息,筛选与苦荞品质相关的功能基因。方法:以苦荞品种"晋荞麦2号"为材料,参考Peterson等方法通过提取高分子量核DNA,经酶切、连接和转化构建苦荞基因组BAC文库;随机挑选48个BAC克隆进行序列末端测序。结果:该文库包括30 000个克隆,插入片段平均大小约为123 kb,空载率小于1%,覆盖苦荞基因组6.9倍。共得到89条BAC末端序列,通过序列比对分析发现,7条(8%)有比对结果。其中,有末端序列与rpoTm2、Trrap、MDR1等已知基因相似,这些基因与DNA锚定,物质跨膜运输和磷酸转移酶活性等功能有关。分析还发现末端序列40G19-F可能是苦荞基因组的重复序列。结论:苦荞BAC文库构建为今后苦荞基因的克隆及全基因组测序奠定了基础。

关键词：苦荞麦细菌人工染色体文库末端序列