检索结果-南通市图书馆

CCH-based geometric algorithms for SVM and applications

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Applied Mathematics and Mechanics(English Edition) 2009年第1期30卷 89-100页

作者：彭新俊王翼飞 Department of Mathematics Shanghai Normal UniversityShanghai 200234 P. R. China Scientific Computing Key Laboratory of Shanghai Universities Shanghai Normal UniversityShanghai 200234 P. R. China Department of Mathematics Shanghai UniversityShanghai 200444 P. R. China

The support vector machine （SVM） is a novel machine learning tool in data mining. In this paper, the geometric approach based on the compressed convex hull （CCH） with a mathematical framework is introduced to solve SVM classification problems. Compared with the reduced convex hull （RCH）, CCH preserves the shape of geometric solids for data sets; meanwhile, it is easy to give the necessary and sufficient condition for determining its extreme points. As practical applications of CCH, spare and probabilistic speed-up geometric algorithms are developed. Results of numerical experiments show that the proposed algorithms can reduce kernel calculations and display nice performances.

关键词： support vector machine (SVM) compressed convex hull kernel parameter geometric approach probabilistic speed-up

GenExtractor:一个基于Web的生物信息挖掘系统

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

应用科学学报 2005年第1期23卷 75-81页

作者：忻健陆巍朱景德王翼飞上海大学理学院上海200444 上海市肿瘤研究所上海200032

GenExtractor是一个新的基于Web的生物信息挖掘系统,该系统通过Internet对网上生物学数据库中的生物序列数据和基因表达数据进行挖掘,在指定的人染色体区域内搜寻具有特定功能的基因.该系统可为分子生物学家寻找候选基因、收集相关信息... 详细信息

GenExtractor是一个新的基于Web的生物信息挖掘系统,该系统通过Internet对网上生物学数据库中的生物序列数据和基因表达数据进行挖掘,在指定的人染色体区域内搜寻具有特定功能的基因.该系统可为分子生物学家寻找候选基因、收集相关信息等提供有效帮助.通过对人DNA修复基因的查寻,验证了该系统的实用效果.

关键词： Web 数据挖掘生物学数据库文本分类向量空间模型

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

改进的非齐性空间反应扩散主方程的随机模拟

应用科学学报 2007年第6期25卷 651-656页

作者：刘祥周文闫正楼王翼飞上海大学数学系上海200444

提出一种改进的下一子空间算法,与原先的下一子空间算法相比,可以模拟更为复杂空间结构中的生化反应,并在某些情况下还可以降低计算量.该文以一个生化反应系统为例,分别利用原先的下一子空间算法和该文的改进算法进行了模拟.结果表明,... 详细信息

提出一种改进的下一子空间算法,与原先的下一子空间算法相比,可以模拟更为复杂空间结构中的生化反应,并在某些情况下还可以降低计算量.该文以一个生化反应系统为例,分别利用原先的下一子空间算法和该文的改进算法进行了模拟.结果表明,在某些条件下该文提出的改进算法可以明显地减少模拟所需的计算量.

关键词：基因调控网络反应扩散方程 Gillespie算法下一子空间方法

L-leap:accelerating the stochastic simulation of chemically reacting systems

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Applied Mathematics and Mechanics(English Edition) 2007年第10期28卷 1361-1371页

作者：彭新俊王翼飞 Department of Mathematics Shanghai UniversityShanghai 200444P.R.China

Presented here is an L-leap method for accelerating stochastic simulation of well-stirred chemically reacting systems, in which the number of reactions occurring in a reaction channel with the largest propensity function is calculated from the leap condition and the number of reactions occurring in the other reaction channels are generated by using binomial random variables during a leap. The L-leap method can better satisfy the leap condition. Numerical simulation results indicate that the L-leap method can obtain better performance than established methods.

关键词： L-leap algorithm leap condition stochastic simulation algorithm chemically reacting systems

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用

自然杂志 2003年第3期25卷 167-171页

作者：朱伟史定华王翼飞上海大学理学院数学系

本文简要介绍了蛋白质二级结构预测的研究意义 ,简要地叙述了BP网络的原理 ,并且对于近年来用神经网络方法在蛋白质二级结构预测中的主要工作进展做了较为详细的评述 .最后 ,介绍了人工神经网络在生物信息学中的应用前景 .

关键词：人工神经网络蛋白质二级结构结构预测生物信息学分子结构

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于离散小波变换的膜蛋白跨膜螺旋区段预测

应用科学学报 2008年第1期26卷 40-44页

作者：于彬王广彬王翼飞青岛科技大学数理学院山东青岛266061 上海大学理学院上海200444

基因组计划所产生的大量蛋白质序列迫切需要从理论上预测跨膜螺旋区段.文中采用基于离散小波变换的方法预测膜蛋白跨膜螺旋区段的数目和位置.以PDB代码为1KQG的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程.从最新... 详细信息

基因组计划所产生的大量蛋白质序列迫切需要从理论上预测跨膜螺旋区段.文中采用基于离散小波变换的方法预测膜蛋白跨膜螺旋区段的数目和位置.以PDB代码为1KQG的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程.从最新的MPtopo数据库中随机抽取80条三维结构已知的膜蛋白序列作为测试集(含325个跨膜螺旋区),采用该方法对跨膜螺旋区段进行预测,其中312个跨膜螺旋区被准确预测到,预测准确率为96.6%.并将预测结果与7种常用预测方法的主要预测结果进行了比较.结果表明,该文提出的方法具有较高的预测准确度.

关键词：离散小波变换膜蛋白跨膜螺旋区段疏水性

二阶HMM算法改进及在miRNA靶基因预测中的应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

应用科学学报 2010年第3期28卷 307-312页

作者：高松秦殿刚冯铁男马成荣王翼飞上海大学数学系上海200444

隐马氏模型在语音识别和生物信息学中有重要的应用.本文研究二阶隐马氏模型(HMM2)的基本算法,利用归一化和递推原理,改进模型的前向-后向算法及Baum-Welch训练算法并给予证明,使得该算法更容易理解和机器实现,并保证数值稳定性.将HMM2... 详细信息

隐马氏模型在语音识别和生物信息学中有重要的应用.本文研究二阶隐马氏模型(HMM2)的基本算法,利用归一化和递推原理,改进模型的前向-后向算法及Baum-Welch训练算法并给予证明,使得该算法更容易理解和机器实现,并保证数值稳定性.将HMM2应用到miRNA靶基因预测的后期过滤处理中取得了较好的结果.

关键词：二阶隐马氏模型前向-后向算法 Baum-Welch算法 miRNA靶基因

凝胶渗透色谱结合气相色谱-负化学源质谱法分析鱼肉及鱼油中的多溴联苯醚和得克隆阻燃剂

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

色谱 2011年第6期29卷 543-548页

作者：施致雄王翼飞封锦芳黄沛力吴永宁首都医科大学公共卫生与家庭医学学院北京100069 中国疾病预防控制中心营养与食品安全所北京100021

建立了凝胶渗透色谱(GPC)结合气相色谱-负化学源质谱(GC-NCI/MS)检测鱼肉及鱼油中8种多溴联苯醚(PBDEs)同系物及2种得克隆阻燃剂(DP)的分析方法。试样中加入内标物BDE-77和13C12-BDE-209后进行索氏提取,提取液经自动GPC系统除脂,多层硅... 详细信息

建立了凝胶渗透色谱(GPC)结合气相色谱-负化学源质谱(GC-NCI/MS)检测鱼肉及鱼油中8种多溴联苯醚(PBDEs)同系物及2种得克隆阻燃剂(DP)的分析方法。试样中加入内标物BDE-77和13C12-BDE-209后进行索氏提取,提取液经自动GPC系统除脂,多层硅胶层析柱净化后,在15 m长的毛细管气相色谱柱上分离,NCI/MS以选择离子监测方式检测目标化合物。以鱼肉样品为基质,当PBDEs的加标水平为0.2 ng/g和2 ng/g、BDE-209和DP的加标水平相应提高10倍时,其平均加标回收率为71.1%～121.4%,相对标准偏差为2.96%～13.31%(n=5);以信噪比(S/N)为3计算方法的检出限(LOD)为2.2～39.8 ng/kg。用该方法检测市售鱼肉及鱼油样品,其中多溴联苯醚总含量为2.18～15.93 ng/g,以BDE-209、BDE-47为主,两种DP均未检出。该方法准确、灵敏度高,能够满足富含脂质的动物性样品中痕量DP和PBDEs残留的分析要求。

关键词：凝胶渗透色谱气相色谱-负化学源质谱多溴联苯醚得克隆阻燃剂鱼肉鱼油

拟南芥和水稻SET结构域基因家族全基因组鉴定、分类和表达

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

遗传 2009年第2期31卷 186-198页

作者：张亮生马成荣戢茜王翼飞上海大学数学系上海200444 浙江工业职业技术学院数学系绍兴312000 上海大学生命科学学院上海200444

SET(Su(var),Enhancer of zeste(E(z)),and Trithorax)结构域基因家族是一组含有保守SET结构域的蛋白的统称,它们参与蛋白甲基化,影响染色体结构,并且调控基因表达,在植物发育中起着重要的作用。分析拟南芥和水稻中SET结构域基因家族进... 详细信息

SET(Su(var),Enhancer of zeste(E(z)),and Trithorax)结构域基因家族是一组含有保守SET结构域的蛋白的统称,它们参与蛋白甲基化,影响染色体结构,并且调控基因表达,在植物发育中起着重要的作用。分析拟南芥和水稻中SET结构域基因家族进化关系,对研究这一基因家族中各成员的功能有着重要的意义。我们系统地鉴定了47个拟南芥(Arabidopsis thaliana)和43个水稻(Orysa sativa japonica cultivar Nipponbare)的SET结构域基因,染色体定位和基因复制分析表明SET结构域基因扩增是由片段复制和反转录引起的,根据这些结构域差异和系统发育分析把拟南芥和水稻的SET结构域基因划分成5个亚家族。通过分析SET结构域基因家族在拟南芥和水稻各个发育阶段的表达谱,发现SET结构域基因绝大部分至少在一个组织中表达;大部分在花和花粉中高表达;一些SET结构域基因在某些组织中有特异的表达模式,表明与组织发育有密切的关系。在拟南芥和水稻中分别找到了4个差异表达基因。拟南芥4个差异基因都在花粉管高表达,水稻4个差异基因有3个在雄性花蕊中高表达,另一个在幼穗中高表达。

关键词：拟南芥水稻 SET结构域基因进化分析