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基于酶家族共进化信息的酶分子改造

基于酶家族共进化信息的酶分子改造

作者：杨斐浙江大学

学位级别：硕士

本文以谷氨酸脱羧酶、蛋白酶K和柠檬酸合酶等为研究对象,通过研究和分析各个酶的氨基酸共进化信息,识别出了影响酶结构和特定性能的关键氨基酸残基,并结合虚拟突变和基于结构自由能计算的虚拟筛选方法,设计了酶分子改造方案,然后通过定... 详细信息

本文以谷氨酸脱羧酶、蛋白酶K和柠檬酸合酶等为研究对象,通过研究和分析各个酶的氨基酸共进化信息,识别出了影响酶结构和特定性能的关键氨基酸残基,并结合虚拟突变和基于结构自由能计算的虚拟筛选方法,设计了酶分子改造方案,然后通过定点突变构建真实突变酶并测定了突变酶的酶学性质,获得了使酶的催化性质得到显著提升的突变体。研究探索了基于氨基酸残基共同进化信息进行酶分子改造的方法和效果,初步证明了蛋白质的共进化信息对酶分子改造的指导意义。以源自短乳杆菌CMGCC NO.1306的谷氨酸脱羧酶（NCBI氨基酸序列:ADG02973,PDB ID:5GP4）为研究对象进行了基于共进化信息的分子改造研究。在NCBI数据库中通过BLAST搜索同酶家族源序列,然后采用MEGA软件对同源序列进行多重序列比对,并将比对好的序列文件作为输入文件利用共进化网络分析服务器解析谷氨酸脱羧酶家族的共进化网络信息,再基于所得共进化网络信息识别影响酶性质的关键氨基酸残基,利用Rosetta软件计算不同氨基酸残基突变对酶自由能的影响,筛选出可以降低酶自由能、提高酶结构稳定性的突变方式。再结合对来源于嗜热微生物、嗜冷微生物和普通微生物的不同谷氨酸脱羧酶在一级结构上的差异分析,识别出有可能提高热稳定性和催化活性的氨基酸残基突变位点和突变方式,从而确定酶的分子改造方案。结果发现,在所构建的突变酶中,突变体H332F-E99I和N269W-E231D半衰期分别提高了 121s和48s;突变体R232E和N269W-E231D催化效率分别较野生型酶提高了 14%和65%。以源自白色念珠球菌的蛋白酶K（NCBI氨基酸序列:QH21810,PDB ID:6V8R）为研究对象,使用共进化服务器自动生成多重序列比对文件和解析酶家族共进化网络,识别出对蛋白酶K的结构可能存在较大影响的氨基酸残基,再通过自由能计算考察不同氨基酸残基位点突变对酶折叠自由能的影响,识别出可以降低蛋白酶K热稳定性的酶分子改造方案。通过构建并测定突变酶的催化性质发现,蛋白酶K突变体T296P和T296A热稳定性显著下降。相较于最适温度为60℃的野生型酶,突变酶的最适温度下降至37℃,并且在55℃孵育20min后就完全失活。以源自大肠杆菌的柠檬酸合酶（NCBI氨基酸序列:WP52918694.1）为研究对象进行了基于共进化信息的酶分子设计与改造研究。通过共进化服务器自动生成多重序列比对文件和解析酶家族共进化网络,并在共进化网络中筛选出已知影响酶与NADH结合的氨基酸残基位点具有共进化关系的氨基酸残基,从而识别出有可能提高催化活性的突变位点和突变方式,最后通过计算不同突变对蛋白质折叠自由能的影响,筛选出提高蛋白质结构柔性的突变方式,确定出酶的分子改造方案。通过测定突变酶的催化性质发现,柠檬酸合酶突变体D363R、D363K和L300S-D363R的催化活性都高于野生型,其中突变体L300S对应的大肠杆菌胞内的ATP含量提高效果最显著,较野生型提高了53.41%。

关键词：谷氨酸脱羧酶蛋白酶K 柠檬酸合酶共进化残基自由能计算

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动量对比调谐法在采煤机轴承故障诊断的应用

机床与液压 2024年第8期52卷 213-220页

作者：杨斐文中煤科工开采研究院有限公司北京100020

煤矿复杂的生产作业环境使得采煤机轴承故障诊断的微调方法容易丢失数据,基于此,提出一种基于动量对比双调谐策略(MCBiT),以充分挖掘数据标签的判别性知识和目标数据的内在结构。通过格拉曼角差分场将采煤机一维振动信号变换后输入到MC... 详细信息

煤矿复杂的生产作业环境使得采煤机轴承故障诊断的微调方法容易丢失数据,基于此,提出一种基于动量对比双调谐策略(MCBiT),以充分挖掘数据标签的判别性知识和目标数据的内在结构。通过格拉曼角差分场将采煤机一维振动信号变换后输入到MCBiT中,在ImageNet预训练的主干上集成2个分支来增强传统的微调,一个具有对比交叉熵损失的分类器,以更好地利用标签知识,另一个具有分类对比学习损失的投影仪,以挖掘数据的内在结构。所提方法在6个公开可用的旋转机械故障诊断数据集中进行了测试并与其他方法进行对比,结果表明:所提的动量对比调谐法能够有效构建规模更大且一致的数据样本,为采煤机故障预测精度的提升提供支撑。

关键词：深度迁移学习采煤机故障诊断动量对比

经皮空心螺钉治疗IdebergⅢ型肩胛盂骨折的可行性分析

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经皮空心螺钉治疗IdebergⅢ型肩胛盂骨折的可行性分析

作者：杨斐龙重庆医科大学

学位级别：硕士

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违约金司法酌减规则研究

违约金司法酌减规则研究

作者：武杨斐河北经贸大学

学位级别：硕士

违约金司法酌减规则是合同法的重要内容之一,其对于实现合同正义、平衡合同当事人的利益具有积极意义。虽然我国现行法律对违约金司法酌减规则进行了规定,但这一规则在理论界和实务界都引发了一定程度的争议。在司法实践中,由于法官对... 详细信息

违约金司法酌减规则是合同法的重要内容之一,其对于实现合同正义、平衡合同当事人的利益具有积极意义。虽然我国现行法律对违约金司法酌减规则进行了规定,但这一规则在理论界和实务界都引发了一定程度的争议。在司法实践中,由于法官对相关法律的解释存在歧义,以及法律本身存在漏洞,导致不同法院在处理类似案件时采取不同的做法,出现了类案不同判的情况。有鉴于此,有必要从违约金制度的基本理论出发,对违约金司法酌减规则的具体适用进行较为深入的研究。虽然学界对于违约金的性质存在争议,但从民法理论以及实务经验出发,我国《民法典》585条中的违约金应兼具赔偿性与惩罚性,这一认识对于违约金司法酌减规则的适用具有重要意义。对于违约金司法酌减规则,无论是《民法典》第585条第2款还是《民法典》合同编相关司法解释均有所规定,但由于规定较为笼统,使得司法实践在适用该规则时存在一定的问题。主要包括违约金过高的认定规则过于僵化,违约金司法酌减标准、违约金司法酌减程度缺乏统一规则,以及违约金司法酌减规则的程序性规则不尽完善等问题。针对违约金司法酌减认定规则过于僵化问题。应当摒弃目前将“损失”作为违约金过高的评价基准以及将“超过损失的30%”作为违约金过高的判断标准问题,改为将非违约方基于合同履行所能获得的所有“正当利益”作为评价基准,将“违约金与正当利益严重失衡”作为违约金过高的判断标准。针对违约金司法酌减程度缺乏统一规则问题,应将动态体系论作为确定违约金司法酌减程度的方法,在运用该方法判断违约金酌减程度时,除了需要考量现行立法所确定的因素外,还应将当事人的缔约地位、是否格式条款、违约方的经济状况等纳入应予考量的因素。由于各因素对于违约金司法酌减程度均有不同的影响,法院应在公平原则和诚信原则的基础上予以衡量裁判。针对违约金司法酌减规则程序性规则不尽完善问题,一方面,法院可以依职权启动酌减规则,但与此同时也应当受到相应限制,以避免流入职权主义的弊端。另一方面,对于违约金过高的举证责任,其只能分配给违约方不能转移给非违约方,但是在违约方举证极为困难的情形下,非违约方可以通过解释说明或提出反证的方式帮助法院明晰案件事实。

关键词：违约金违约金司法酌减正当利益酌减程度举证责任

新时代我国档案事业发展路径——基于全国两会档案建议与提案的分析

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浙江档案 2024年第8期 31-33+36-37页

作者：曹宇杨斐越辽宁大学信息资源管理学院

全国两会是民意通达的重要渠道，是档案部门获取公众需求、了解群众心声的重要途径。以近五年来全国两会中关于档案的建议与提案为研究对象，利用扎根理论方法提取公众档案需求，构建档案建议与提案中所反映的公众档案需求模型，从依托... 详细信息

全国两会是民意通达的重要渠道，是档案部门获取公众需求、了解群众心声的重要途径。以近五年来全国两会中关于档案的建议与提案为研究对象，利用扎根理论方法提取公众档案需求，构建档案建议与提案中所反映的公众档案需求模型，从依托民生档案共享、发挥档案文化禀赋、协调新兴技术应用、彰显档案服务理念四个方面为档案事业发展提供思路，助力新时代档案事业高质量发展。

关键词：档案建议与提案两会档案事业

Tightrope系统内固定治疗肩锁关节脱位研究进展

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中华创伤杂志 2024年第3期40卷 275-283页

作者：杨斐袁堂波覃健南京医科大学附属逸夫医院骨科南京211100

肩锁关节脱位是常见的肩部损伤,由肩锁韧带和喙锁韧带损伤造成,导致患侧肩部疼痛伴活动受限。目前,临床上广泛选择锁骨钩钢板内固定治疗RockwoodⅢ~Ⅵ型肩锁关节脱位,但存在肩峰下撞击和骨溶解等并发症,因此,治疗方案逐渐从刚性固定转... 详细信息

肩锁关节脱位是常见的肩部损伤,由肩锁韧带和喙锁韧带损伤造成,导致患侧肩部疼痛伴活动受限。目前,临床上广泛选择锁骨钩钢板内固定治疗RockwoodⅢ~Ⅵ型肩锁关节脱位,但存在肩峰下撞击和骨溶解等并发症,因此,治疗方案逐渐从刚性固定转向弹性固定,并趋于喙锁韧带重建。Endobutton系统内固定允许肩锁关节微动,但其线圈长度不能自由调节。Tightrope系统内固定是在Endobutton系统内固定基础上改进而来,具有易操作、可调节、创伤小等优点,近年来被越来越多地用于临床,但术后容易出现锁骨和(或)喙突骨折及复位丢失等相关并发症。目前,Tightrope系统内固定治疗肩锁关节脱位的方案多样且未统一,临床效果也不尽相同。为此,笔者就Tightrope系统内固定装置的结构及生物力学、手术方法及疗效等方面对Tightrope系统内固定治疗肩锁关节脱位的研究进展进行综述,为临床治疗方法的选择提供参考。

关键词：肩锁关节脱位韧带内固定器 Tightrope

基于漏磁负载归一化Lissajous图形分析的变压器绕组故障诊断

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工程科学与技术 2024年

作者：张博闻冯健王博文杨斐然邢义通东北大学信息科学与工程学院国家电网有限公司东北分部

漏磁检测作为变压器故障诊断最具潜力的在线方法之一，由于其漏磁信号受到外部环境和运行条件的影响，其实用性还需进一步提升。为了解决这些问题，本文提出了一种基于Lissajous图形与卷积神经网络（CNN）相结合的变压器绕组故障诊断方... 详细信息

漏磁检测作为变压器故障诊断最具潜力的在线方法之一，由于其漏磁信号受到外部环境和运行条件的影响，其实用性还需进一步提升。为了解决这些问题，本文提出了一种基于Lissajous图形与卷积神经网络（CNN）相结合的变压器绕组故障诊断方法。首先，对变压器绕组进行仿真建模，并通过与实验平台测试数据进行一致性验证。然后，设置不同程度和位置的匝间短路故障，收集绕组外部不同位置的漏磁信号。最后，使用本文所提出的LG-CNN方法对绕组故障进行诊断。该方法包括以下3个关键步骤：1）对多工况变压器漏磁信号进行负载归一化；2）将负载归一化后的漏磁信号转换为二维Lissajous漏磁图像；3）使用卷积神经网络对二维漏磁图像进行特征提取并对绕组故障进行诊断。基于漏磁信号的Lissajous图像可以很好的整合各测点漏磁信息之间的关系，针对Lissajous图形随负载变化而变化的问题，本文提出了一种漏磁负载归一化方法，通过实体变压器和高仿真模型实验，验证了所提漏磁负载归一化方法的有效性以及所提检测方法在区分不同程度和位置绕组短路方面的可行性。

关键词：电力变压器负载波动绕组故障漏磁场 Lissajous图形卷积神经网络

建筑外墙保温节能技术在建筑施工中的有效应用

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四川建材 2024年第10期50卷 39-40,43页

作者：杨斐山西省安装集团股份有限公司山西太原030032

在建筑工程施工中,外墙保温节能技术的应用已经成为建筑施工中的一项重点内容,能够提升建筑保温效果,为居住者创造良好室内环境,从而推动建筑行业更好的发展。首先阐述建筑外墙保温技术具体内容及技术重要作用,然后分析膨胀聚乙烯板技... 详细信息

在建筑工程施工中,外墙保温节能技术的应用已经成为建筑施工中的一项重点内容,能够提升建筑保温效果,为居住者创造良好室内环境,从而推动建筑行业更好的发展。首先阐述建筑外墙保温技术具体内容及技术重要作用,然后分析膨胀聚乙烯板技术、挤塑聚乙烯技术、单面钢丝网架聚苯板技术的应用,最后围绕加强施工前控制、施工材料控制、施工质量检查等,对提升外墙保温节能技术应用质量进行探讨。

关键词：建筑外墙保温节能技术建筑施工

聚焦融合发展绘就共富图景——诸暨市“非遗助力共同富裕”省级试点工作的实践与思考

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文化月刊 2024年第3期 27-29页

作者：杨斐诸暨市博物馆(市非物质文化遗产保护中心)

2023年2月，浙江省文化和旅游厅公布了浙江省“非遗助力共同富裕”试点地区名单，诸暨市成功入选，是绍兴地区入选的三个县（市、区）之一。自开展试点工作以来，诸暨市统筹谋划，紧扣“推动传统工艺高质量传承发展”“非遗助力乡村振... 详细信息

2023年2月，浙江省文化和旅游厅公布了浙江省“非遗助力共同富裕”试点地区名单，诸暨市成功入选，是绍兴地区入选的三个县（市、区）之一。自开展试点工作以来，诸暨市统筹谋划，紧扣“推动传统工艺高质量传承发展”“非遗助力乡村振兴”两个核心任务，通过融集人才资源、融聚工坊发展、融合文化IP、融入群众生活等，推动各项工作落到实处、取得实效，绘就了诸暨非遗助力共同富裕的美丽图景。

关键词：非物质文化遗产传统工艺乡村振兴共同富裕