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乙醛酸和二羧酸通路中MCEE和PCCA基因多态性影响猪肌内脂肪含量的研究

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中国畜牧杂志 2024年

作者：李亚赛乔木吴俊静张宇周佳伟徐忠冯越彭先文梅书棋杜志强长江大学动物科学技术学院湖北省农业科学院畜牧兽医研究所动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室

本文旨在筛选与硒都黑猪肌内脂肪（IMF）含量相关的候选基因和分子标记，为优质猪的培育提供参考。已有研究表明乙醛酸和二羧酸代谢通路参与脂肪酸合成和分解代谢，进而影响IMF含量。针对通路中候选基因MCEE和PCCA进行测序发现2个SNP位... 详细信息

本文旨在筛选与硒都黑猪肌内脂肪（IMF）含量相关的候选基因和分子标记，为优质猪的培育提供参考。已有研究表明乙醛酸和二羧酸代谢通路参与脂肪酸合成和分解代谢，进而影响IMF含量。针对通路中候选基因MCEE和PCCA进行测序发现2个SNP位点，其中基因MCEE的g.144001513 A>G位点和基因PCCA的g.68930136 G>A位点均位于第1内含子区域，在硒都黑猪群体中进行关联分析，发现2个位点均与IMF性状显著关联。通过基因互作分析发现，与IMF性状相关的候选基因MCEE（g.144001513 A>G）和PCCA（g.68930136 G>A）互作效应显著。通过蛋白互作预测分析发现，基因MCEE和PCCA所表达的蛋白在猪中共表达。本研究发现位于乙醛酸和二羧酸通路中的MCEE和PCCA基因多态性对硒都黑猪IMF性状有显著影响，可以作为IMF性状选育的重要候选基因，研究结果可为猪IMF沉积提供遗传素材。

关键词：猪肌内脂肪含量乙醛酸和二羧酸通路 SNP 关联分析

Dkk2基因对雌性小鼠卵泡发育过程的功能探究

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中国畜牧杂志 2024年

作者：谈峰陈高贵陈亚茹陈大可彭先文苗义良梅书棋周佳伟李凤娥华中农业大学农业农村部猪遗传育种重点实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北洪山实验室

卵巢颗粒细胞的生长对哺乳动物卵泡发育至关重要，本研究旨在探究Dkk2对雌性小鼠卵泡发育的影响，并对其潜在的调控机制进行分析。运用Crispr-cas9的方法构建Dkk2基因敲除C57BL/6小鼠，通过免疫荧光、免疫组化和蛋白免疫印迹等实验探究... 详细信息

卵巢颗粒细胞的生长对哺乳动物卵泡发育至关重要，本研究旨在探究Dkk2对雌性小鼠卵泡发育的影响，并对其潜在的调控机制进行分析。运用Crispr-cas9的方法构建Dkk2基因敲除C57BL/6小鼠，通过免疫荧光、免疫组化和蛋白免疫印迹等实验探究了Dkk2基因敲除对小鼠卵泡发育的影响及其作用机制。结果显示：相比野生型小鼠，Dkk2基因敲除小鼠的产仔数和原始卵泡显著减少、卵泡闭锁显著升高；抑制Dkk2的表达会显著促进小鼠卵巢颗粒细胞凋亡，抑制细胞增殖；对8周龄Dkk2基因敲除小鼠的卵巢组织进行转录组测序发现，Dkk2可能通过Wnt信号通路调控卵巢颗粒细胞的增殖和凋亡。本研究揭示了Dkk2在小鼠卵泡发育过程中的作用，可为哺乳动物繁殖性状的遗传改良提供新的靶基因。

关键词： Dkk2 Wnt 卵巢颗粒细胞凋亡卵泡发育产仔数小鼠

猪FAM71A基因在各组织和不同发育阶段睾丸中的表达研究

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中国畜牧杂志 2024年第10期60卷 106-110页

作者：雷润雨孙华刘贵生赵海忠李良华宋忠旭彭先文梅书棋冯越湖北省农业科学院畜牧兽医研究所动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北武汉430064 华中农业大学动物科学技术学院湖北武汉430070 湖北洪山实验室湖北武汉430070

本实验旨在探究FAM71A基因在猪不同组织及不同发育阶段睾丸中的表达,从而为深入研究FAM71A基因在猪睾丸发育过程中的作用机制提供参考依据。采集健康猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、腰肌及3个不同发育阶段(60日龄、120日龄、180日龄... 详细信息

本实验旨在探究FAM71A基因在猪不同组织及不同发育阶段睾丸中的表达,从而为深入研究FAM71A基因在猪睾丸发育过程中的作用机制提供参考依据。采集健康猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、腰肌及3个不同发育阶段(60日龄、120日龄、180日龄)的睾丸组织,Trizol法提取各组织总RNA,通过PCR技术扩增FAM71A基因并利用相关生物信息学软件进行分析,采用RT-qPCR检测猪各组织及3个不同发育阶段睾丸中FAM71A基因mRNA的表达水平。系统进化树分析发现,猪FAM71A基因与牛和绵羊亲缘关系最近;猪FAM71A蛋白包含20种氨基酸,其中出现频率较高的为丙氨酸Ala(A)12.6%、丝氨酸Ser(S)10.6%和精氨酸Arg(R)8.9%;蛋白质二级结构预测显示,无规则卷曲为FAM71A蛋白二级结构的主要组成元件;此外,RT-qPCR检测结果显示,FAM71A基因在猪睾丸组织中特异性高表达。随着年龄增长,FAM71A基因的表达量在猪睾丸组织中呈现逐步上升的趋势,在180日龄猪睾丸组织中的表达量显著高于120日龄与60日龄。本研究结果为深入探究FAM71A基因在猪睾丸发育过程中的调控提供了一定的基础数据。

关键词：猪 FAM71A基因睾丸组织表达谱

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EFNA3和ITGA9基因多态性与公猪精液品质性状的关联分析

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 233-239页

作者：雷润雨张宇冯越周佳伟徐忠吴俊静乔木彭先文梅书棋李凤娥华中农业大学动物科学技术学院湖北武汉430070 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北武汉430064

精液品质性状是评估公猪繁殖性能的重要性状。本研究通过基因组分析,筛选出磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路中影响公猪精液品质性状的候选基因肝配蛋白A3(Ephrin A3,EFNA3)和整合素α9(Integrin Alpha 9,ITGA9)。进一步鉴... 详细信息

精液品质性状是评估公猪繁殖性能的重要性状。本研究通过基因组分析,筛选出磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路中影响公猪精液品质性状的候选基因肝配蛋白A3(Ephrin A3,EFNA3)和整合素α9(Integrin Alpha 9,ITGA9)。进一步鉴定出EFNA3基因的g.94708472 G>A位点与总精子数、精子活力和精子畸形率性状显著相关;ITGA9基因的g.22284275 G>T位点与精子活力和精子畸形率性状显著相关,g.22437684 C>T位点与有效精子密度、精子活力和精子畸形率性状显著相关。ITGA9基因的2个SNPs位点连锁不紧密。EFNA3基因g.94708472G>A位点与ITGA9基因g.22284275G>T和g.22437684C>T位点存在互作关系。EFNA3基因g.94708472G>A位点与ITGA9基因g.22284275G>T和g.22437684C>T位点与公猪精液品质性状显著关联,可作为公猪精液品质选育的潜在分子标记。

关键词：精液品质 PI3K/AKT信号通路 EFNA3基因 ITGA9基因 SNP

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蛋白翻译后修饰在PRRSV感染中的作用机制

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 13-20页

作者：刘后春周傲陈洪波彭先文梅书棋吴俊静动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北武汉430064 动物遗传繁育与精准养殖实验室武汉轻工大学动物科学与营养工程学院湖北武汉430023

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)是一种严重威胁全球养猪业的病原体,其致病机制尚未完全解析。蛋白翻译后修饰对蛋白质功能至关重要,可精细调控蛋白质活性、稳定性和定位,进而影响细胞生长、分化和凋亡等生物学过程。PRRSV在入侵宿主细胞... 详细信息

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)是一种严重威胁全球养猪业的病原体,其致病机制尚未完全解析。蛋白翻译后修饰对蛋白质功能至关重要,可精细调控蛋白质活性、稳定性和定位,进而影响细胞生长、分化和凋亡等生物学过程。PRRSV在入侵宿主细胞时,会触发一系列复杂生物学过程,其中蛋白翻译后修饰在病毒感染宿主中扮演着至关重要的角色,能够影响宿主对病毒的识别,并参与调节病毒复制、增殖及致病等过程。本文综述了磷酸化、泛素化、糖基化、棕榈酰化、乙酰化、乳酸化等蛋白翻译后修饰在PRRSV感染中的作用机制,以期为PRRSV致病机制研究提供新的思路,为PRRSV防治药物的研发提供理论依据。

关键词：蛋白翻译后修饰 PRRSV 病毒感染猪

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基于基因组重测序的公猪精液品质候选基因研究

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 81-86页

作者：雷润雨阳文攀冯越周佳伟徐忠李梓芃吴俊静乔木彭先文梅书棋张宇湖北省农业科学院畜牧兽医研究所动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北武汉430064 华中农业大学动物科学技术学院湖北武汉430070 福建傲芯种业科技有限公司福建漳州363000

本研究基于某企业公猪站172头纯种大白猪10 316条精液品质记录,分别针对精液体积、精液密度、有效精子密度、精子活力、精子畸形率以及直线运动比例进行统计分析,绘制每种性状的分布情况。相关性分析发现,精液体积与精液密度呈负相关,... 详细信息

本研究基于某企业公猪站172头纯种大白猪10 316条精液品质记录,分别针对精液体积、精液密度、有效精子密度、精子活力、精子畸形率以及直线运动比例进行统计分析,绘制每种性状的分布情况。相关性分析发现,精液体积与精液密度呈负相关,精子活力与直线运动比例呈正相关、与畸形率呈负相关。进一步分别选取精液体积性状极端高和极端低的10个样品,提取基因组DNA,进行15×全基因组重测序,共获得高质量SNPs和InDels 11 400 036个。以10 kb为window、5 kb为步长进行遗传分化系数(Fixation Index,Fst)分析,以0.1%的window为阈值,筛选精液体积高低组的极端分化区域,共获得4.43Mb的区域,包含142个候选基因。利用David工具进行GO富集分析,结果表明候选基因主要参与细胞分裂(GO:0051301)、白细胞运动(GO:1903238)、信号转导(GO:0007165)以及受体聚集(GO:0043113)等生物学过程。其中CDK6、CDK13、CDK14、STAG1和TNKS等基因主要参与细胞分裂过程,且均有与精子质量相关的报道,可作为影响公猪精液品质的候选基因,为后续分子标记的发掘提供理论依据。

关键词：精液品质公猪精液体积候选基因

猪THRSP基因多态性及其与肉质性状的关联分析

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 145-149页

作者：李钰洁周佳伟张宇李梓芃乔木张志红吴俊静彭先文梅书棋徐忠动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北武汉430064 武汉轻工大学动物科学与营养工程学院湖北省家畜种业技术创新中心湖北武汉430023 江夏区农业农村局农业行政执法大队湖北武汉430023

肉品质是猪重要经济性状之一,受到人们的广泛关注,而THRSP基因是已知的与肉质性状相关的基因。本研究在硒都黑猪中利用Sanger测序检测THRSP基因内的SNP位点,并与肉质性状进行关联分析,旨在为猪育种工作提供新的分子标记。结果发现,在TH... 详细信息

肉品质是猪重要经济性状之一,受到人们的广泛关注,而THRSP基因是已知的与肉质性状相关的基因。本研究在硒都黑猪中利用Sanger测序检测THRSP基因内的SNP位点,并与肉质性状进行关联分析,旨在为猪育种工作提供新的分子标记。结果发现,在THRSP基因的第1外显子区域检测到5个SNPs位点,其中rs81214375 G>A与肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)含量和水分性状显著相关,rs3475235261 G>A和rs3474350215 A>T与肉色评分L1h、肉色评分L24h显著关联。本研究可为猪肉质性状的改良提供新的研究思路。

关键词：猪 THRSP基因肉质性状 SNP 肌内脂肪含量

猪肌内脂肪前体细胞成脂分化中miRNA差异分析

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 122-128页

作者：张新雨杨涛吴俊静乔木徐忠张宇冯越李梓芃彭先文梅书棋李凤娥周佳伟动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北武汉430064 华中农业大学农业农村部猪遗传育种重点实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070

miRNA在成脂分化的过程中发挥着重要的调控作用,本研究旨在探究miRNA在猪肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)前体细胞成脂分化过程中的表达模式,并对其潜在的调控功能进行分析。通过SmallRNA-seq、实时荧光定量PCR、miRanda、RNAhybird等... 详细信息

miRNA在成脂分化的过程中发挥着重要的调控作用,本研究旨在探究miRNA在猪肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)前体细胞成脂分化过程中的表达模式,并对其潜在的调控功能进行分析。通过SmallRNA-seq、实时荧光定量PCR、miRanda、RNAhybird等技术和软件,对猪IMF前体细胞成脂诱导分化过程中miRNA的表达模式及靶基因进行了生物信息学分析。结果显示:猪IMF前体细胞诱导4 d后出现脂滴,在诱导0 d和4 d的猪IMF前体细胞中共鉴定到617个miRNAs,其中22个miRNAs诱导4 d表达显著上调,27个miRNAs表达下调;差异miRNAs共预测到13 869个靶基因,GO分析和KEGG分析发现靶基因主要富集到细胞分泌、细胞分解代谢、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。此外,对miR-30家族的ssc-miR-30a-5p和ssc-miR-30c-3p进行定量验证,验证结果与测序结果一致。本研究揭示了miRNAs在猪IMF前体细胞成脂分化过程中的表达模式及潜在调控网络,为研究猪IMF沉积的调控机制奠定了前期基础。

关键词：猪肌内脂肪成脂分化 miRNA

单细胞RNA测序在畜禽遗传育种中的研究进展

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畜牧与兽医 2024年第3期56卷 124-131页

作者：李钰洁陈洪波徐珂何小丽乔木吴俊静彭先文梅书棋徐忠湖北省农业科学院畜牧兽医研究所/动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北武汉430064 武汉轻工大学动物科学与营养工程学院湖北省家畜种业技术创新中心湖北武汉430023 庙岭畜牧兽医站湖北鄂州436031

单细胞RNA测序(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)是在单细胞水平上实现高通量测序的技术,可以用来研究特定细胞亚群基因表达的异质性,帮助我们识别未知或稀有的细胞类型,并为进一步的研究奠定基础。scRNA-seq技术的进步使其在肿... 详细信息

单细胞RNA测序(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)是在单细胞水平上实现高通量测序的技术,可以用来研究特定细胞亚群基因表达的异质性,帮助我们识别未知或稀有的细胞类型,并为进一步的研究奠定基础。scRNA-seq技术的进步使其在肿瘤、临床医学和发育生物学等领域得到了广泛应用,但在畜禽育种中的研究还较少。本文介绍了scRNA-seq一般流程,着重阐述了其在畜禽的生殖分化、毛囊发育和肌肉生成等方面的研究现状以及前景,以期为scRNA-seq在畜禽遗传育种中的研究和应用提供理论依据。

关键词： scRNA-seq 畜禽遗传育种