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鸭TRPV6和SLC4A4基因SNPs对蛋壳品质的影响

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中国畜牧杂志 2024年第5期60卷 154-161页

作者：廖朝美杨红舒畅叶丽杨远青张依裕肖家洪毕节市畜牧站贵州毕节551700 贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 毕节市牧垦场贵州毕节551700

试验旨在探究三穗鸭TRPV6基因和SLC4A4基因SNPs突变对蛋壳品质的影响,筛选出与蛋壳品质相关的分子标记。利用PCR扩增和直接测序法相结合的方法检测鸭TRPV6基因和SLC4A4基因的SNPs,并与蛋壳品质进行关联分析。结果显示:在TRPV6基因第2内... 详细信息

试验旨在探究三穗鸭TRPV6基因和SLC4A4基因SNPs突变对蛋壳品质的影响,筛选出与蛋壳品质相关的分子标记。利用PCR扩增和直接测序法相结合的方法检测鸭TRPV6基因和SLC4A4基因的SNPs,并与蛋壳品质进行关联分析。结果显示:在TRPV6基因第2内含子发现的g.81465153 C>G和g.81465176A>G突变分别对蛋壳重和蛋重有显著影响,在第3外显子发现同义突变g.81465450 T>C;3个SNPs联合产生5种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有显著影响。在SLC4A4基因第24外显子发现同义突变位点g.15125097 C>T,在内含子25发现g.15132523 G>A突变对蛋形指数有极显著影响,在内含子26发现g.15135079G>A突变;3个SNPs联合产生4种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有极显著影响。2个基因聚合后6个SNPs联合产生8种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重和蛋重均有显著影响。表明TRPV6基因和SLC4A4基因新发现的3个SNPs联合和2个基因的6个SNPs联合均对蛋重和蛋壳重有显著效应,可作为鸭蛋壳品质选择的遗传标记。

关键词：三穗鸭 TRPV6基因 SLC4A4基因 SNPs 蛋壳品质

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COL1A1和COL1A2基因生信分析及其在梅花鹿不同组织中的表达谱

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西南农业学报 2024年第3期37卷 656-663页

作者：杨远青廖朝美杨红王正刚袁超杨洋周明帅赵佳福毕节市畜牧站贵州毕节551700 贵州省畜牧兽医研究所贵阳550004 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵阳550025

【目的】探明COL1A1(Collagen type I alpha 1 chain,I型胶原蛋白α1链)和COL1A2(Collagen type I alpha 2 chain,I型胶原蛋白α2链)基因在梅花鹿不同组织中的表达谱,解析其对梅花鹿组织发育的影响,为影响梅花鹿重要经济性状的候选基因... 详细信息

【目的】探明COL1A1(Collagen type I alpha 1 chain,I型胶原蛋白α1链)和COL1A2(Collagen type I alpha 2 chain,I型胶原蛋白α2链)基因在梅花鹿不同组织中的表达谱,解析其对梅花鹿组织发育的影响,为影响梅花鹿重要经济性状的候选基因筛选提供依据。【方法】采用RT-qPCR方法检测COL1A1和COL1A2基因在雄性梅花鹿心脏、肝脏和脾脏等16个组织器官中的表达水平;结合NetPhos 3.1、Motif Search和ProtParam等系列软件预测分析COL1A1和COL1A2基因的生物信息及其在梅花鹿不同组织中的表达谱,并在此基础上构建COL1A1和COL1A2氨基酸序列的系统发育进化树。【结果】COL1A1和COL1A2基因CDS区分别编码1463和1364个氨基酸,理论PI分别为5.60和9.19,COL1A1和COL1A2均是一种具有信号肽和磷酸化位点的亲水性稳定蛋白质;二者蛋白二级及三级结构均以无规则卷曲构成;与其他动物相比,鹿COL1A1和COL1A2基因均与反刍动物山羊、绵羊和牛的同源性最高,其中,鹿COL1A1基因与山羊、牛、绵羊的同源性分别为99.5%、99.5%和99.2%,鹿COL1A2基因与牛、绵羊、山羊的同源性分别为99.1%、99.0%和98.9%,亲缘关系最近。RT-qPCR结果显示,COL1A1和COL1A2基因在梅花鹿不同组织中均有表达,其中COL1A1基因在心脏、背最长肌和腿肌中的表达较高,显著高于其他组织,COL1A2基因在心脏、肝脏、肾脏和瓣胃中的表达较高,均显著高于其他组织;此外,COL1A1在肌肉组织中的表达较高,COL1A2较低;二者在其余组织中的表达具有一高一低,相互协同的作用趋势。【结论】COL1A1和COL1A2可能通过相互协同共同维持组织结构及组织发育,相关结果为后续深入研究COL1A1和COL1A2影响梅花鹿生长发育奠定基础。

关键词： COL1A1 COL1A2 梅花鹿组织表达生物信息学分析

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TRPV6通道调控鸭蛋壳品质的遗传效应研究

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TRPV6通道调控鸭蛋壳品质的遗传效应研究

作者：廖朝美贵州大学

学位级别：硕士

TRPV6通道对Ca具有高度选择性,主要负责Ca由胞外向胞内的主动跨膜运输,能维持机体的钙稳定,而钙是家禽蛋壳生物矿化过程中最为关键的矿物元素,能直接影响蛋壳品质。但至今关于TRPV6通道在家禽上的报道不多,在家禽上的报道也仅限于鸡。因... 详细信息

TRPV6通道对Ca具有高度选择性,主要负责Ca由胞外向胞内的主动跨膜运输,能维持机体的钙稳定,而钙是家禽蛋壳生物矿化过程中最为关键的矿物元素,能直接影响蛋壳品质。但至今关于TRPV6通道在家禽上的报道不多,在家禽上的报道也仅限于鸡。因此,本研究利用RT-qPCR、PCR扩增直接测序法、子宫组织Ca浓度测定等方法研究了TRPV6基因的组织表达谱以及该基因SNPs对蛋壳品质的影响,研究了鸭产蛋循环中TRPV6基因组织表达水平及其对鸭子宫Ca浓度的影响、TRPV6与钙转运相关基因m RNA表达水平的调控影响等研究工作。本文主要结果如下:1、RT-qPCR检测结果显示TRPV6和SLC4A4 m RNA在43周龄三穗鸭不同组织中均存在不同程度的表达,TRPV6基因的表达丰度依次为肺脏>子宫>大肠>心脏>胰脏>肝脏>胸肌>腺胃>肾脏>十二指肠>小肠>肌胃>脾脏;SLC4A4基因的表达丰度依次为肺脏>胰脏>子宫>大肠>心脏>肾脏>肝脏>脾脏>十二指肠>腺胃>小肠>肌胃。2、PCR扩增直接测序法在TRPV6基因第2内含子发现g.81465153 C>G和g.81465176A>G突变分别对蛋壳重和蛋重有显著有影响(PC;3个SNP位点联合产生5种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有显著影响(PT,在内含子25发现g.15132523 G>A突变对蛋形指数有极显著影响(PA突变;3个SNP位点联合产生4种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有极显著的影响(P<0.01);两基因聚合后6个SNP位点联合产生8种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重和蛋重均有显著影响(P<0.05);表明TRPV6和SLC4A4基因新发现的3个SNP位点联合和两基因聚合6个SNP位点联合均对蛋重和蛋壳重有显著效应,可作为鸭蛋壳品质选择的遗传标记。3、RT-qPCR检测TRPV6基因在鸭产蛋循环不同时期各组织中的表达水平,并测定不同时期子宫的Ca浓度,两者进行相关性分析。结果表明:大肠和子宫中TRPV6基因的表达量在蛋壳钙化过程中(16 h)达到极显著的最大值(P<0.01);小肠和十二指肠TRPV6基因的表达量在0 h极显著的高于2～16 h(P<0.01),肾脏中TRPV6基因的表达量在0 h和5 h显著高于2 h和16 h(P<0.05);而子宫的Ca浓度在0～16 h呈上升趋势,在蛋壳钙化过程(16h)达到极显著最大值(P<0.01);相关性结果表明,2 h子宫TRPV6基因的表达量与子宫Ca浓度呈显著负相关(P<0.05),5 h心脏和肺脏中TRPV6基因的表达量与子宫Ca浓度呈显著正相关(P<0.05);16 h子宫Ca浓度与心脏、肾脏和小肠中TRPV6基因的表达量呈显著负相关(P<0.05),试验表明了鸭蛋壳形成过程中TRPV6基因对子宫、肾脏和肠道的钙离子转运均具有一定的作用,为进一步研究TRPV6基因在蛋壳形成过程中影响钙离子转运的调控机理提供参考和理论依据。4、RT-qPCR检测钙转运相关基因在鸭产蛋循环不同时期各组织中均有表达;基因表达变化规律分析发现,相关基因在肾脏、大肠和子宫中从0 h至16 h内表达量持续上升;在小肠和十二指肠中0 h至16 h表达量持续下降。相关性结果表明,在0 h,子宫Ca浓度与IP3R2和KCNJ15基因的表达量呈显著负相关(P<0.05),IP3R2与KCNJ15基因的表达量呈显著正相关(P<0.05);在2 h,TRPV6与KCNJ15基因的表达量和子宫Ca浓度均呈显著负相关(P<0.05),IP3R3与SCNN1G基因的表达量呈显著负相关(P<0.05);在5 h,KCNJ15与SCNN1G基因的表达量呈显著正相关(P<0.05);在16 h,子宫Ca浓度与SCNN1G基因的表达量呈显著负相关(P<0.05),与SLC4A9基因的表达量显著正相关(P<0.05),IP3R1和IP3R3基因的表达量呈显著负相关(P<0.05),PRKCA和SCNN1G基因的表达量呈显著正相关(P<0.05),与SLC4A9基因的表达量呈显著负相关(P<0.05),SCNN1G和SLC4A9基因的表达量呈显著负相关(P<0.05);表明TRPV6基因在鸭子宫中表达会对子宫的Ca浓度产生一定的影响从而改变胞内IP3R1、IP3R2、IP3R3、KCNJ15、SCNN1G、SLC4A9和PRKCA基因m RNA的表达,进一步揭示了TRPV6基因表达调控鸭子宫内Ca释放的机制存在差异。

关键词：三穗鸭 TRPV6基因 SNPs 蛋壳品质子宫Ca2+浓度钙转运相关基因

OC-116基因表达载体构建及其对鸡子宫上皮细胞Ca^(2+)浓度和脂质指标的影响

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中国畜牧杂志 2021年第8期57卷 160-164页

作者：廖朝美吴磊游敏芳谭光辉李杰章张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 安顺市立华牧业有限公司贵州安顺561000

本研究旨在探究OC-116基因过表达对长顺绿壳蛋鸡子宫上皮细胞Ca^(2+)浓度和脂质指标的影响。构建pcDNA3.1(+)+OC-116+Flag表达载体并转染至分离培养的鸡子宫上皮细胞中,通过Flag标签检测试剂盒检测OC-116基因的过表达量,用Fluo-3/AM钙... 详细信息

本研究旨在探究OC-116基因过表达对长顺绿壳蛋鸡子宫上皮细胞Ca^(2+)浓度和脂质指标的影响。构建pcDNA3.1(+)+OC-116+Flag表达载体并转染至分离培养的鸡子宫上皮细胞中,通过Flag标签检测试剂盒检测OC-116基因的过表达量,用Fluo-3/AM钙离子荧光标记法检测Ca^(2+)浓度,用脂质指标试剂盒检测细胞内的脂质含量。结果显示:OC-116基因过表达量与Ca^(2+)呈显著正相关,与高密度脂蛋白胆固醇(HDL)呈极显著正相关,与总胆固醇(TCHO)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL)呈显著负相关;Ca^(2+)与HDL呈极显著正相关,LDL与HDL呈极显著负相关。本研究结果揭示了OC-116基因能调控鸡子宫上皮细胞的Ca^(2+)浓度和脂质的代谢,为深入阐释鸡子宫上皮细胞中钙和脂质的分泌路径提供理论基础。

关键词： OC-116基因载体构建长顺绿壳蛋鸡子宫上皮细胞 Ca^(2+) 脂质指标

三穗鸭SCNN1B基因组织表达及其SNPs与蛋壳品质的相关性分析

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农业生物技术学报 2021年第4期29卷 723-731页

作者：廖朝美游敏芳谭光辉李杰章张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

钠离子无电位门控通道1β(sodium channel nonvoltage-gated 1β, SCNN1B)在阳离子转运中具有重要作用,可转运Na~+并促进Ca分泌,从而影响蛋壳品质。本研究以蛋鸭品种三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)为研究对象,利用qRT-PCR检测SCN... 详细信息

钠离子无电位门控通道1β(sodium channel nonvoltage-gated 1β, SCNN1B)在阳离子转运中具有重要作用,可转运Na~+并促进Ca分泌,从而影响蛋壳品质。本研究以蛋鸭品种三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)为研究对象,利用qRT-PCR检测SCNN1B基因的组织表达,以直接测序法检测SCNN1B基因遗传变异,利用SPSS 18.0的单因素方差分析方法评价其变异对蛋壳品质的影响。结果显示,SCNN1B基因在三穗鸭12个组织均有不同程度表达,表达量丰度依次为子宫>肾>腿肌>十二指肠>腺胃>胸肌>肝>肺>脑>心>脾>肌胃,在子宫中的表达丰度显著高于其他组织(PT和g.794635 G>T位于第8内含子,g.794564 G>A是位于第8外显子的同义突变位点,该外显子突变导致mRNA二级结构发生改变;g.794635 G>T和g.794564 G>A基因型分布极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(PT位点TC基因型个体在蛋壳重上显著高于TT基因型(PT位点的TC基因型有利于提高蛋壳重,双倍型H1H3是提高蛋壳重的有利双倍型。本研究为蛋鸭蛋壳品质的改善及遗传标记的选择提供参考依据。

关键词：三穗鸭钠离子无电位门控通道1β基因(SCNN1B) 蛋壳质量组织表达关联性分析

樱桃谷鸭IP3R3基因多态性与蛋壳品质的关联分析

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河南农业科学 2021年第6期50卷 142-148页

作者：廖朝美李杰章游敏芳谭光辉张依裕贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

为了探究三磷酸肌醇受体3型(IP3R3)基因多态位点对蛋鸭蛋壳品质的影响,试验以樱桃谷鸭为材料,收集45周龄鸭蛋测定蛋质量、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳质量5个指标,并与突变位点进行关联性分析。结果显示,在IP3R3基因中检测到2个... 详细信息

为了探究三磷酸肌醇受体3型(IP3R3)基因多态位点对蛋鸭蛋壳品质的影响,试验以樱桃谷鸭为材料,收集45周龄鸭蛋测定蛋质量、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳质量5个指标,并与突变位点进行关联性分析。结果显示,在IP3R3基因中检测到2个SNP位点,分别为第6外显子的g.5539186 T>C突变和第8外显子的g.5540404 G>A突变,2个SNP位点均为同义突变,均存在3种基因型;2个SNP位点均为中度多态,均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),2个SNP位点之间不存在强的连锁不平衡,共存在3种单倍型和5种双倍型。关联性分析结果显示,g.5539186 T>C位点对蛋壳品质的影响未达到显著水平(P>0.05);g.5540404 G>A位点GG和GA基因型个体的蛋壳强度显著高于AA基因型个体(P0.05)。以上结果表明,g.5540404 G>A位点对蛋壳强度有显著影响,2个SNP位点组合基因型对蛋壳厚度和蛋壳强度也产生显著影响,g.5539186 T>C和g.5540404 G>A位点可作为鸭蛋蛋壳品质选择的遗传标记位点。

关键词：三磷酸肌醇受体3型基因樱桃谷鸭 SNP位点蛋壳品质关联性分析

三穗鸭SLC4A9基因表达量及其多态性对蛋壳品质的遗传效应分析

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中国畜牧兽医 2021年第6期48卷 2082-2090页

作者：杨酸张依裕谭元成王盈童游敏芳廖朝美贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵阳550025 贵州大学贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵阳550025

为探究溶质载体家族4成员9(solute carrier family 4 member 9,SLC4A9)基因的表达量及其多态性对鸭蛋壳品质的遗传效应,试验采用实时荧光定量PCR法检测SLC4A9基因在三穗鸭不同组织中的表达水平,采用PCR产物直接测序法筛查三穗鸭SLC4A9... 详细信息

为探究溶质载体家族4成员9(solute carrier family 4 member 9,SLC4A9)基因的表达量及其多态性对鸭蛋壳品质的遗传效应,试验采用实时荧光定量PCR法检测SLC4A9基因在三穗鸭不同组织中的表达水平,采用PCR产物直接测序法筛查三穗鸭SLC4A9基因的SNP位点,并分析SNP位点对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应。结果显示,SLC4A9基因mRNA在三穗鸭10个组织中均有不同程度表达,其中在心脏和胰腺中为高度特异性表达,肾脏中为中度表达,其他为低度表达。试验共检测到10个SNPs位点,其中3个位于外显子上(g.6803 C>T、g.7065 C>T和g.7089 C>G),且均为错义突变,7个位于内含子上(g.7162 C>G、g.11044 G>A、g.11090 T>C、g.11234 C>T、g.11261 C>T、g.11349 C>T和g.11403 G>A),其中g.6803 C>T位点突变导致丙氨酸(GCG)变为缬氨酸(GTG);g.7065 C>T位点突变导致丙氨酸(GCC)变为缬氨酸(GTC);g.7089 C>G位点突变导致丙氨酸(GCA)变为甘氨酸(GGA)。χ2检验结果显示,g.6803 C>T、g.11090 T>C和g.11349 C>T突变位点的基因型分布均偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,g.11349 C>T位点的CC和CT基因型蛋壳强度显著高于TT基因型(PT位点达到了显著水平,可为蛋鸭蛋壳品质的改善及遗传标记提供参考依据。

关键词：三穗鸭 SLC4A9基因组织表达多态性蛋壳品质

ITPR1基因过表达对鸭子宫上皮细胞Ca2+浓度、脂质含量及钙转运相关基因的调控效应

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生物工程学报 2021年第7期37卷 2443-2452页

作者：游敏芳覃媛钰张依裕廖朝美谭光辉李杰章李万贵贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省六盘水市农业农村局贵州六盘水553001

肌醇1,4,5-三磷酸受体Ⅰ型(Inositol1,4,5-trisphosphatereceptor1,ITPR1)是细胞内Ca2+释放的重要通道。为探讨ITPR1基因过表达对鸭子宫上皮细胞Ca2+浓度和脂质含量的调控效应及其对钙转运相关基因的影响,文中构建鸭ITPR1基因结构域的... 详细信息

肌醇1,4,5-三磷酸受体Ⅰ型(Inositol1,4,5-trisphosphatereceptor1,ITPR1)是细胞内Ca2+释放的重要通道。为探讨ITPR1基因过表达对鸭子宫上皮细胞Ca2+浓度和脂质含量的调控效应及其对钙转运相关基因的影响,文中构建鸭ITPR1基因结构域的真核表达载体,转染鸭子宫上皮细胞,检测细胞ITPR1基因的过表达量、Ca2+浓度、细胞的脂质含量以及其他6个钙转运相关基因的表达量。结果显示,转染后子宫上皮细胞内的Ca2+浓度显著降低(P<0.05),甘油三酯含量极显著升高(P<0.01),高密度脂蛋白含量极显著降低(P<0.01);相关性分析结果显示,C端ITPR1基因过表达量与总胆固醇含量呈极显著正相关(P<0.01),与低密度脂蛋白含量呈显著正相关(P<0.05), N端ITPR1基因过表达量与甘油三酯含量呈极显著正相关(P<0.01),与Ca2+浓度呈显著负相关(P<0.05);RT-qPCR结果显示,C端ITPR1基因过表达对IP3R2、VDAC2、CAV1基因的表达有显著抑制作用,N端ITPR1基因过表达对IP3R3、CACNA2D1基因的表达有显著促进作用。总之,ITPR1基因过表达能促进鸭子宫上皮细胞内Ca2+释放,促进甘油三酯、低密度脂蛋白和胆固醇的合成,抑制高密度脂蛋白的生成,且ITPR1基因过表达对6个钙转运相关基因的表达均产生影响。

关键词： ITPR1基因子宫上皮细胞 Ca2+浓度钙转运相关基因脂质含量

三穗鸭PRKCB基因内含子14的变异对蛋壳品质的影响

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浙江农业学报 2020年第9期32卷 1574-1580页

作者：廖朝美游敏芳谭光辉李杰章张依裕覃媛钰刘若余贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025

为探究PRKCB基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用PCR产物直接测序法、DNAStar软件MegaAlign程序结合Chromas软件对120只三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)PRKCB基因的遗传位点变异进行筛查鉴定,用SPSS 18.0软件分析SNP位点与蛋壳品... 详细信息

为探究PRKCB基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用PCR产物直接测序法、DNAStar软件MegaAlign程序结合Chromas软件对120只三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)PRKCB基因的遗传位点变异进行筛查鉴定,用SPSS 18.0软件分析SNP位点与蛋壳品质的相关性。结果显示:在三穗鸭PRKCB基因第14内含子检测到g.1158465 C>T、g.1158519 G>A和g.1158524 G>A这3个SNPs突变位点,每个突变位点均产生3种基因型,且均为中度多态位点。g.1158519 G>A和g.1158524 G>A突变位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,g.1158465 C>T位点的基因型分布则显著(PA和g.1158465 C>T位点之间存在强连锁不平衡。3个SNPs共组成5种单倍型和8种双倍型,优势单倍型H5(TGG)的频率为0.492,优势双倍型H2H5频率为0.200。关联分析显示,g.1158519 G>A位点的AG基因型个体蛋壳厚度显著(PA位点可作为改善三穗鸭蛋壳品质选择的遗传标记。

关键词： PRKCB基因三穗鸭 SNP鉴定蛋壳品质关联分析