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AlphaFold结构预测的重大突破及其对蛋白质研究的影响与挑战

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生物化学与生物物理进展 2024年

作者：宫维斌中国科学院生物物理研究所，生物大分子重点实验室

近年来，基于深度学习的方法研究在蛋白质结构预测领域实现了重大突破。AlphaFold 2（AF2）于2021年开源发布，实现了蛋白质暨蛋白质复合物三维结构的高精度预测，使得研究人员能够快速获取可靠的三维结构信息，显著加速了蛋白质结构与... 详细信息

近年来，基于深度学习的方法研究在蛋白质结构预测领域实现了重大突破。AlphaFold 2（AF2）于2021年开源发布，实现了蛋白质暨蛋白质复合物三维结构的高精度预测，使得研究人员能够快速获取可靠的三维结构信息，显著加速了蛋白质结构与功能研究的进展。2024年发布的AlphaFold 3（AF3）更进一步，能对蛋白质-核酸、蛋白质-小分子等生物复合物的三维结构进行精准预测。AF3采用改进的算法与更高效的模型，大幅提升了预测准确度，特别是在抗原-抗体复合物、蛋白质-小分子复合物等方面展现出卓越的性能。AlphaFold的成功不仅为结构生物学带来了革命性进展，还在药物研发、蛋白质设计、分子功能机制研究等领域展示了巨大的应用潜力，推动了生物医学研究的革新。本文将回顾AlphaFold及相关蛋白质结构预测方法的研发历史，概述其关键技术和当下应用，并结合其局限性，展望未来的研究方向和应用。

关键词： AlphaFold 深度学习大数据蛋白质结构预测生物分子复合物结构预测蛋白质设计

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分析师报告相似度对股价联动的影响研究

系统工程理论与实践 2024年第7期44卷 2095-2119页

作者：任飞王鹏程李呈昊熊熊华东理工大学商学院上海200237 上海交通大学安泰经济与管理学院上海200030 天津大学管理与经济学部天津300072

股价联动是金融市场风险传染的主要表现,研究股价联动的影响因素对于防范和化解金融风险具有重要意义.鲜有文献关注分析师报告包含的相似信息与股价联动的关系,但证券分析师在股票市场上扮演着重要的信息中介角色,其生产的相似信息将通... 详细信息

股价联动是金融市场风险传染的主要表现,研究股价联动的影响因素对于防范和化解金融风险具有重要意义.鲜有文献关注分析师报告包含的相似信息与股价联动的关系,但证券分析师在股票市场上扮演着重要的信息中介角色,其生产的相似信息将通过引起投资者的同向交易对股价联动造成影响.文章利用2015年1月–2023年5月A股上市公司的分析师报告,引入TF-IDF文本分析方法测算共同分析师报告和个体分析师报告的文本相似度,探讨分析师报告中相似信息对股价联动的影响.研究发现:1)分析师报告中的相似信息能够显著促进股价联动.2)个体和机构投资者交易行为在文本相似度对股价联动的影响中起到了中介作用.3)共同分析师生产更多的相似信息,会加剧股价联动异象,进一步研究表明,若股票对属于同一行业这一结论则更加显著.研究成果有助于深入理解分析师生产的信息对股价联动的影响机制,为投资者理性投资及监管者加强市场管理提供理论依据.

关键词：分析师报告文本相似度股价联动共同覆盖信息机器学习

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航空网络结构鲁棒性分析

华中科技大学学报（自然科学版） 2024年第1期52卷 106-111页

作者：赖强马鑫张宏昊池明华东交通大学电气与自动化工程学院江西南昌330013 华中科技大学人工智能与自动化学院湖北武汉430074

针对航空网络中大量的三元组结构,提出三元组相对量测度用以衡量航空网络结构鲁棒性.基于相对熵理论,提出更一般的网络结构变化测度指标,即度分布相对熵和集聚系数分布相对熵,来评价航空网络特征分布的变化.运用复杂网络理论构建国内航... 详细信息

针对航空网络中大量的三元组结构,提出三元组相对量测度用以衡量航空网络结构鲁棒性.基于相对熵理论,提出更一般的网络结构变化测度指标,即度分布相对熵和集聚系数分布相对熵,来评价航空网络特征分布的变化.运用复杂网络理论构建国内航空网络模型,采用多种攻击策略对国内航空网络的结构鲁棒性进行仿真实验.结果表明:国内航空网络在各测度与攻击方式中表现出不同的结构鲁棒性,三元组相对量不仅反映了网络结构,而且呈现了网络功能变化;最小三元组边在维持网络运输功能上也表现出重要意义.

关键词：航空网络相对熵三元组测度指标结构鲁棒性

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东周秦汉时期天神祭祀的考古学观察

文物 2024年第6期 89-96页

作者：何一昊郑州大学历史学院

中国古代有着全民信仰的宗教,一般称为国家宗教,这种宗教拥有神学理论、崇拜对象及信仰者,于是能十分容易地渗透进一种或多种世俗制度中,从而成为世俗制度的观念、仪式和结构的一部分。古代的国家宗教政教一体,其组织体系就是国家机器,... 详细信息

中国古代有着全民信仰的宗教,一般称为国家宗教,这种宗教拥有神学理论、崇拜对象及信仰者,于是能十分容易地渗透进一种或多种世俗制度中,从而成为世俗制度的观念、仪式和结构的一部分。古代的国家宗教政教一体,其组织体系就是国家机器,其首脑即天子。古代帝王既是国家元首,又是国教教主。世间行政体系与神体系有交集,由天子及各级官员分级掌管。随着考古工作的深入,有关中国古代国家宗教遗存的发现逐渐丰富,为研究古代国家宗教提供了材料基础。

关键词：中国古代国家全民信仰古代帝王国家机器信仰者国家元首

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变预应力度混合配筋混凝土管桩受弯性能

建筑结构学报 2024年第1期45卷 159-169页

作者：朱俊涛代天昊李可郑州大学土木工程学院河南郑州450001

为提高混合配筋预应力混凝土管桩的延性,采取降低预应力钢棒张拉应力及对高强热扎钢筋施加一定的张拉应力形成变预应力度混合配筋混凝土管桩。通过对4根变预应力度混合配筋混凝土管桩和1根传统混合配筋预应力混凝土管桩进行受弯性能试... 详细信息

为提高混合配筋预应力混凝土管桩的延性,采取降低预应力钢棒张拉应力及对高强热扎钢筋施加一定的张拉应力形成变预应力度混合配筋混凝土管桩。通过对4根变预应力度混合配筋混凝土管桩和1根传统混合配筋预应力混凝土管桩进行受弯性能试验和有限元分析,研究预应力钢棒和高强钢筋不同张拉控制应力对混合配筋混凝土管桩受弯性能的影响。试验和有限元分析结果表明:与传统PRC管桩的破坏形态类似,变预应力度混合配筋混凝土管桩仍属于受弯破坏;随着预应力钢棒预拉应力的降低(0.6f_(ptk)降至0.4f_(ptk),f_(ptk)为钢棒抗拉强度标准值),管桩的位移延性系数逐渐增大(提高约32%),而对应的开裂弯矩逐渐减小,但对受弯承载力影响较小;随着高强钢筋预拉应力的增大(0.4f_(yk)增至0.8f_(yk),f_(yk)为钢筋屈服强度标准值),管桩的位移延性系数随之增大(提高约为60%)。考虑预应力钢棒受拉区合力取值的影响,推导了变预应力度混合配筋混凝土管桩的受弯承载力计算式,计算值与试验结果的比值约为0.85,具有合理的安全储备。

关键词：预应力混凝土管桩混合配筋变预应力度静力试验有限元分析受弯承载力

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光在多层半无限厚生物组织中传输的P3方程

光学学报 2024年第11期44卷 169-178页

作者：王喜昌烟台大学物理与电子信息学院山东烟台264005

为了提取生物组织的光学特性,需要建立光在生物组织中传输的方程。P3方程是对波尔兹曼传输方程的三阶近似,相比一阶近似的扩散方程,P3方程更加准确。本文基于多层扩散方程,建立了在任意多层半无限厚介质中光传输的P3方程的稳态解和时域... 详细信息

为了提取生物组织的光学特性,需要建立光在生物组织中传输的方程。P3方程是对波尔兹曼传输方程的三阶近似,相比一阶近似的扩散方程,P3方程更加准确。本文基于多层扩散方程,建立了在任意多层半无限厚介质中光传输的P3方程的稳态解和时域解,并提供了空间分辨漫反射和时间分辨漫反射的计算方法。与光在多层介质中传播的蒙特卡罗模拟进行比较,结果显示,P3方程的稳态和时域解正确地描述了光在混浊介质中的传输。对比P3稳态方程和扩散稳态方程,在吸收系数较小时,发现在近光源处,P3稳态方程比扩散方程更加准确,远离光源处,P3方程与扩散方程结果一致。在吸收系数较大时,P3方程精度更高。对比P3时域方程和扩散时域方程,多层介质的P3方程在峰值附近比扩散时域方程更接近蒙特卡罗模拟。这表明多层介质的P3方程为研究更加复杂的生物组织的正向和逆向问题奠定了基础。

关键词：生物医学光学 P3方程辐射传输方程扩散方程蒙特卡罗模拟

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数字经济赋能东北地区产业升级的逻辑与路径

社会科学辑刊 2024年第3期 39-46页

作者：杜庆昊中共中央党校(国家行政学院)习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心

经济发展与产业发展密不可分,产业发展是经济发展的前提和基础。产业发展的主要方向是产业升级,既包括对传统产业改造升级,也包括发展以技术创新、模式创新为代表的新经济、新业态。东北地区作为老工业基地,既有制造业产业先发优势,又... 详细信息

经济发展与产业发展密不可分,产业发展是经济发展的前提和基础。产业发展的主要方向是产业升级,既包括对传统产业改造升级,也包括发展以技术创新、模式创新为代表的新经济、新业态。东北地区作为老工业基地,既有制造业产业先发优势,又存在要素市场不够发达、技术创新能力不强、制度环境保障不够、产业集群竞争力不足等问题。当前,数字技术和数据要素深度融入生产生活,对产业发展具有决定性影响。实施东北地区产业升级应遵循数据要素价值释放、数字技术创新使用、政策制度“恰适”、经济循环畅通的逻辑,不断推动东北地区传统企业数字化转型、产业集群数字化发展和数字营商环境建设,提升东北地区产业竞争力。

关键词：东北全面振兴产业升级数字产业化传统产业改造

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正庚烷/甲烷混合燃烧特性数值分析

航空动力学报 2024年第2期39卷 24-31页

作者：石云姣孙继昊徐宏昊庞历瑶赵宁波郑洪涛哈尔滨工程大学动力与能源工程学院哈尔滨150001

针对燃气轮机的双燃料混合燃烧问题,采用直接关系图法对NUI(National University of Ireland)机理进行简化(含204组分,902步反应),在此基础上数值研究了甲烷质量分数和体积分数对正庚烷/甲烷混合燃烧特性的影响。结果表明:提高甲烷体积... 详细信息

针对燃气轮机的双燃料混合燃烧问题,采用直接关系图法对NUI(National University of Ireland)机理进行简化(含204组分,902步反应),在此基础上数值研究了甲烷质量分数和体积分数对正庚烷/甲烷混合燃烧特性的影响。结果表明:提高甲烷体积分数会使混合燃料的着火延迟时间非线性增加,层流火焰速度、绝热火焰温度、一氧化碳排放下降;当甲烷体积分数超过70%时,混合燃料的层流火焰速度和着火延迟时间对甲烷体积分数较为敏感。此外,对于采用正庚烷/甲烷的环形燃烧室,在保持混合燃料热值不变的条件下,两种燃料的火焰锋面位置基本相同,且随着甲烷质量分数的升高,火焰长度和托举高度逐渐增加,燃烧效率、总压损失、一氧化碳和氮氧化物排放逐渐下降;当甲烷质量分数低于30%时,火焰呈“V”型,高于30%时火焰呈“M”型。

关键词：燃气轮机正庚烷甲烷机理简化燃烧室

主成分分析及聚类方法在碲镉汞晶片参数判别中的应用研究

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红外与毫米波学报 2024年第4期43卷 490-496页

作者：吴佳昊乔辉李向阳中国科学院上海技术物理研究所上海200083 上海科技大学信息科学与技术学院上海201210

基于主成分分析和聚类方法提出了一种碲镉汞晶片参数筛选方法,建立了对碲镉汞晶片参数进行筛选的数据模型,模型中通过对初始晶片数据进行清洗和分析,利用主成分分析(PCA)降维法和基于密度的聚类算法(DBSCAN),确定了晶片数据中最密集的... 详细信息

基于主成分分析和聚类方法提出了一种碲镉汞晶片参数筛选方法,建立了对碲镉汞晶片参数进行筛选的数据模型,模型中通过对初始晶片数据进行清洗和分析,利用主成分分析(PCA)降维法和基于密度的聚类算法(DBSCAN),确定了晶片数据中最密集的区域。同时利用流片后得到高性能芯片的优质碲镉汞晶片参数拟合边界椭圆曲线,并将其作为优质晶片的判断标准,能够根据输入的晶片电学和光学参数生成晶片评级,得到了大于90%的覆盖率。

关键词：碲镉汞晶片筛选主成分分析聚类