检索结果-南通市图书馆

基于16S rRNA基因序列分析的物种辅助分类研究与实现

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数据与计算发展前沿 2015年第5期 48-57页

作者：任清福孙清岚马俊才中国科学院计算机网络信息中心中国科学院大学中国科学院微生物研究所

在当前的微生物领域,基于16S rR NA基因序列的分析仍然是一个重要方法,其不仅用于研究微生物多样性,而且也用于探索原核生物分类与鉴定。在本研究中,我们构建了一个参考数据集,该参考数据集包含所有原核微生物中属于被有效发表的种名的... 详细信息

在当前的微生物领域,基于16S rR NA基因序列的分析仍然是一个重要方法,其不仅用于研究微生物多样性,而且也用于探索原核生物分类与鉴定。在本研究中,我们构建了一个参考数据集,该参考数据集包含所有原核微生物中属于被有效发表的种名的标准菌株的16S rR NA基因序列和对这些种名的系统分类。基于此参考数据集,我们开发了一个微生物快速分类工具,该工具通过把未知原核微生物的16S rR NA基因序列和数据集中的16S rR NA基因序列做序列比对及参考分类单元等级间的距离阈值来快速的定位该未知微生物所属的最有可能的分类单元,最后通过做多序列比对及系统演化树来供科研人员辅助参考。

关键词： 16S rRNA基因序列分类单元序列对比

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微生物分类单元整合与检索

数据与计算发展前沿 2015年第6期 65-73页

作者：侯晓婧孙清岚马俊才中国科学院计算机网络信息中心中国科学院大学中国科学院微生物研究所

微生物分类学是微生物从业者认识微生物,进而利用和改造微生物的一种手段;其主要的任务有分类、命名和鉴定。目前有4家机构对微生物的分类单元数据库进行着维护,同时对外提供检索。4家机构由于只维护各自的数据库,给微生物从业者在检索... 详细信息

微生物分类学是微生物从业者认识微生物,进而利用和改造微生物的一种手段;其主要的任务有分类、命名和鉴定。目前有4家机构对微生物的分类单元数据库进行着维护,同时对外提供检索。4家机构由于只维护各自的数据库,给微生物从业者在检索和对比4家机构分类单元上带来了不便。基于此,本文开发了一个微生物分类单元整合和检索平台,该平台将整合4家的分类单元数据库,同时在整合过程中提取出分类单元的变更历史信息,最后通过Web方式将整合后的数据和信息供微生物从业者使用和参考。

关键词：微生物分类单元整合检索

利用表面增强拉曼光谱技术分析温度及pH值对H1N1亚型流感病毒增殖的影响

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生物工程学报 2016年第4期32卷 447-456页

作者：贾潇潇李芸范文辉孙清岚周铁忠刘文军李晶中国科学院微生物研究所病原微生物与免疫学重点实验室北京100101 中国科学院大学北京100049 中国科学院微生物研究所网络信息中心北京100101 辽宁医学院辽宁锦州121001

表面增强拉曼光谱(SERS)是一种基于纳米颗粒的拉曼光谱,可以高灵敏度地检测流感病毒等重要病原微生物,鉴定不同毒株间的差异。为了建立一种快速检测流感病毒SERS的方法,本实验利用SERS技术对流感病毒H1N1亚型不同毒株在不同温度和pH值... 详细信息

表面增强拉曼光谱(SERS)是一种基于纳米颗粒的拉曼光谱,可以高灵敏度地检测流感病毒等重要病原微生物,鉴定不同毒株间的差异。为了建立一种快速检测流感病毒SERS的方法,本实验利用SERS技术对流感病毒H1N1亚型不同毒株在不同温度和pH值的条件下进行了病毒毒价强弱的检测,将流感病毒样品与金纳米颗粒混合静置后用拉曼共聚焦显微镜进行激光扫描。结果显示在pH为7.2、温度为37℃的条件下3个H1N1亚型的毒株SERS检测结果显示均出现至少1个大于(或等于)3 000的峰值,该状态下病毒毒价最强,最适合病毒生长。另外,细胞生物学方法与SERS技术结果一致,检测中均表现出较好的稳定性和准确性。

关键词：表面增强拉曼光谱流感病毒温度 pH值

国家微生物科学数据中心——国家微生物资源大数据体系建设

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生命科学 2023年第12期35卷 1599-1607页

作者：范国梅孙清岚张荐辕吴林寰马俊才中国科学院微生物研究所北京100101

国家微生物科学数据中心成立于2019年,以中国科学院微生物研究所作为依托单位。中心数据资源总量超过6 PB,数据记录数超过52亿条,数据内容完整覆盖微生物资源、微生物及交叉技术方法、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术以及微生... 详细信息

国家微生物科学数据中心成立于2019年,以中国科学院微生物研究所作为依托单位。中心数据资源总量超过6 PB,数据记录数超过52亿条,数据内容完整覆盖微生物资源、微生物及交叉技术方法、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术以及微生物文献、专利、专家、成果等微生物研究的全生命周期。国家微生物科学数据中心通过建设一系列重点数据库构建系统全面的国家微生物大数据体系,涉及全球微生物菌种分类及研究领域、病原微生物研究领域、微生物组研究方面及真菌研究领域,为全球微生物学相关的工作者提供信息服务和交流平台。在新冠疫情期间,中心开发新型冠状病毒国家科技资源服务系统,第一时间建立了全球科学数据发布及共享平台。研发的新型冠状病毒变异评估和预警系统(New Coronavirus Variation Evaluation and Early Warning System,VarEPS),是全球首个对SARS-CoV-2基因组已知变异及虚拟变异进行多维度风险评估和预警的系统。中心以世界微生物数据中心(World Data Center for Microorganisms,WDCM)为平台,倡导全球微生物菌种保藏目录(Global Catalogue of Microorganisms,GCM),发起全球微生物模式菌株基因组和微生物组测序合作计划(Global Microbial Type Strain Genome and Microbiome Sequencing Project,GCM 2.0),有效促进了全球微生物资源的共享利用。

关键词：微生物数据中心大数据

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微生物分类单元整合与检索

科研信息化技术与应用 2015年第6期6卷 65-73页

作者：侯晓婧孙清岚马俊才中国科学院计算机网络信息中心北京100080 中国科学院大学北京100049 中国科学院微生物研究所北京100101

关键词：微生物分类单元整合检索

基于16S rRNA基因序列分析的物种辅助分类研究与实现

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科研信息化技术与应用 2015年第5期6卷 48-57页

作者：任清福孙清岚马俊才中国科学院计算机网络信息中心北京100080 中国科学院大学北京100049 中国科学院微生物研究所北京100101

关键词： 16S rRNA基因序列分类单元序列对比

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基于本体可视化的关联数据集表达

数据与计算发展前沿 2016年第4期 9-17页

作者：王利鹏孙清岚吴林寰马俊才中国科学院计算机网络信息中心中国科学院大学中国科学院微生物研究所

近年来不同学科领域的语义数据井喷式增长,关联数据集关联关系的发布形式直接决定了这些数据集能否被快速、准确地理解和使用。目前,数据集关联关系的发布均采用文本,而本论文提出一种基于本体可视化的方法来表达关联数据集,使数据集更... 详细信息

近年来不同学科领域的语义数据井喷式增长,关联数据集关联关系的发布形式直接决定了这些数据集能否被快速、准确地理解和使用。目前,数据集关联关系的发布均采用文本,而本论文提出一种基于本体可视化的方法来表达关联数据集,使数据集更容易被理解和使用。设计关联数据集发布方案,基于OWL2VOWL项目实现将关联关系转化为WebVOWL规定格式的JSON元素,并将其结合WebVOWL嵌入到发布模型中,完成关联数据集关联关系的发布。依据以微生物为核心的关联数据集的关系可视化表示,完成在数据集上的查询,验证方案带来的便利。通过设计的本体可视化模型来完成关联数据集的表达,丰富了关联数据集的发布形式,并使得关联数据集更容易被专家甚至不懂本体的使用者理解和使用。

关键词：本体可视化关联数据集 VOWL WebVOWL

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利用科研信息化手段推动微生物研究与应用

中国科学院院刊 2013年第4期28卷 519-524页

作者：马俊才刘斌吴林寰杜晓萌孙清岚王楠中国科学院微生物研究所北京100101 中国科学院科技促进发展局北京100864

信息技术对科学研究活动产生了巨大的影响。中科院微生物所开展了一系列科研信息化的有益尝试。承担了世界微生物数据中心(WDCM)的建设工作,开发了微生物菌种信息挖掘与服务平台,并实施了包括工业生物技术知识环境建设、应用微生物研究... 详细信息

信息技术对科学研究活动产生了巨大的影响。中科院微生物所开展了一系列科研信息化的有益尝试。承担了世界微生物数据中心(WDCM)的建设工作,开发了微生物菌种信息挖掘与服务平台,并实施了包括工业生物技术知识环境建设、应用微生物研究网络信息中心建设等在内的一系列科研信息化项目,力求将微生物学研究与学科应用紧密结合起来,以学术研究服务产业应用。文章通过具体案例的实践探索,针对如何利用科研信息化手段推动微生物学研究和的应用,提出了若干意见。

关键词：科研信息化世界微生物数据中心微生物菌种信息挖掘与服务平台工业生物技术知识环境建设应用微生物研究网络

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语义网在生物安全监测领域的应用研究

数据与计算发展前沿 2018年第4期 74-83页

作者：李博戚晓鹏李言飞陈强马俊才孙清岚王松旺中国科学院计算机网络信息中心中国科学院微生物研究所中国科学院大学中国疾病预防控制中心公共卫生监测与信息服务中心

近年来,随着各个学科领域数据信息的不断增长,语义网的研究及应用逐渐变成了热点及难点,一个重要的原因就是对知识共享、知识集成及知识使用的强大需求。生物安全是当今社会关注的重要问题之一,新发突发传染病、蚊虫等重要传播媒介与疾... 详细信息

近年来,随着各个学科领域数据信息的不断增长,语义网的研究及应用逐渐变成了热点及难点,一个重要的原因就是对知识共享、知识集成及知识使用的强大需求。生物安全是当今社会关注的重要问题之一,新发突发传染病、蚊虫等重要传播媒介与疾病传播等一系列安全问题影响着人类的日常生活、国家经济等。本文首先对语义网的相关技术进行介绍和总结,如RDF、本体等,并着重将语义网相关技术应用在生物安全监测领域上,利用现有的标准体系框架,建立适合生物安全监测的统一数据标准体系及数据整合与转换技术,便于进一步数据集成、数据挖掘。

关键词：语义网知识共享 RDF 本体生物安全监测