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藤黄节杆菌ATCC21606的全基因组测序及序列分析

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基因组学与应用生物学 2020年第5期39卷 2071-2078页

作者：谷璐婷李凌彦孔道春易发平重庆医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室重庆400016 北京大学生命科学学院蛋白质与植物基因研究国家重点实验室北京100871

藤黄节杆菌(Arthrobacter luteus,***)ATCC 21606是一种革兰氏阳性短杆状的放线菌。该菌分泌的溶菌酶(Lyticase)能够有效裂解酵母细胞壁,同时能分泌限制性核酸内切酶AluⅠ和热稳定的黄嘌呤氧化酶,但目前还没有该菌株的全基因组序列相关... 详细信息

藤黄节杆菌(Arthrobacter luteus,***)ATCC 21606是一种革兰氏阳性短杆状的放线菌。该菌分泌的溶菌酶(Lyticase)能够有效裂解酵母细胞壁,同时能分泌限制性核酸内切酶AluⅠ和热稳定的黄嘌呤氧化酶,但目前还没有该菌株的全基因组序列相关的报道。本研究首先通过对*** ATCC 21606菌株的基因组进行高通量测序;再利用SOAPdenovo、GeneMarks等软件对基因组进行组装和组分分析;接着与COG、GO、KEGG、NR、Swiss-Prot和CAZy数据库比对进行基因功能注释;并利用antiSMASH软件进行次级代谢产物合成基因簇预测;最终得到大小为4209480 bp的全基因组序列,GC含量为74.68%,共预测到编码基因3741个。基因序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号为RQIK000-00000。本研究首次报道了*** ATCC 21606的全基因组序列,为后续该菌株的功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等相关研究提供基础。

关键词：藤黄节杆菌(Arthrobacter luteus) 溶菌酶全基因组测序基因注释基因簇

泛素连接酶Brl2在DNA双链断裂修复中的作用分析

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遗传 2022年第7期44卷 609-617页

作者：刘晓琴常斐然刘思杰伍斐孔道春山西大同大学脑科学研究所大同037009 北京大学生命科学学院北京100871

组蛋白H2B单泛素化在基因转录、DNA复制及损伤修复中发挥着重要的调控作用。在裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中,Brl2作为一个泛素化连接酶,调节H2B的119位赖氨酸的单泛素化。目前,有关Brl2在DNA损伤修复中的作用研究较少,本研究... 详细信息

组蛋白H2B单泛素化在基因转录、DNA复制及损伤修复中发挥着重要的调控作用。在裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中,Brl2作为一个泛素化连接酶,调节H2B的119位赖氨酸的单泛素化。目前,有关Brl2在DNA损伤修复中的作用研究较少,本研究利用药物喜树碱(camptothecin,CPT)处理裂殖酵母产生高毒性的DNA双链断裂(DNA double-strand breaks,DSBs),探索Brl2在DSB修复过程中的作用。研究发现,brl2基因缺失的菌株对CPT高度敏感,并导致细胞内DNA自发重组频率下降。荧光分析表明Brl2和重组修复蛋白Rad52共定位到DSB处,且Brl2促进Rad52在DSB处的募集。在CPT产生的DSB条件下,Brl2会发生磷酸化。以上研究发现揭示了Brl2在DSB修复过程中起重要作用,为具体阐明Brl2在DNA同源重组及双链断裂修复的分子机制奠定了进一步研究的基础。

关键词：组蛋白H2B Brl2 DNA双链断裂修复喜树碱裂殖酵母

融合蛋白ABD-Fc-IL-2的真核表达及其生物学活性鉴定

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中国生物制品学杂志 2023年第4期36卷 406-410,418页

作者：柴欣秀张波王静娜孔道春郭睿山西医科大学生物化学与分子生物学教研室山西太原030001 北京大学生命科学学院蛋白质与植物基因研究国家重点实验室北京100871

目的真核表达融合蛋白ABD-Fc-IL-2,并检测其生物学活性。方法通过直接PCR及重叠延伸PCR法扩增目的基因SP-ABD-Fc-IL-2,连接至载体pcDNA3.1(+),获得重组质粒pcDNA3.1/SP-ABD-Fc-IL-2。将重组质粒转染CHO-S细胞表达融合蛋白ABD-Fc-IL-2... 详细信息

目的真核表达融合蛋白ABD-Fc-IL-2,并检测其生物学活性。方法通过直接PCR及重叠延伸PCR法扩增目的基因SP-ABD-Fc-IL-2,连接至载体pcDNA3.1(+),获得重组质粒pcDNA3.1/SP-ABD-Fc-IL-2。将重组质粒转染CHO-S细胞表达融合蛋白ABD-Fc-IL-2,并进行Protein A beads亲和层析纯化。Western blot法检测纯化融合蛋白的特异性,CTLL-2/MTT细胞增殖比色法测定其生物学活性,pull down/Western blot法检测融合蛋白中链球菌蛋白G的白蛋白结合结构域(albumin-binding domain,ABD)与人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)的相互作用。结果重组质粒pcDNA3.1/SP-ABD-Fc-IL-2经双酶切及测序鉴定,证明构建正确。纯化融合蛋白ABD-Fc-IL-2纯度达90%,可与鼠抗IL-2单克隆抗体发生特异性结合,生物学活性为3.29×108IU/mL,融合蛋白中ABD与HSA可相互结合。结论真核表达的融合蛋白ABD-Fc-IL-2具有较高的生物学活性,可促进CTLL-2细胞增殖,且保持了ABD片段与HSA结合的能力。

关键词：融合蛋白ABD-Fc-IL-2 基因重组真核表达生物学活性

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痢疾T32与伤寒Ty21a两价菌株的组建

微生物学报 1987年第4期27卷 362-368页

作者：陈琦媛江丽君孔道春王秉瑞卫生部兰州生物制品研究所

用体内重组的方法,将经过多次现场考核,证明安全有效的痢疾T32无毒株和伤寒Ty21a无毒株,用前者作给体后者作受体,以两步法组建成一株既具痢疾福氏2a抗原特性又保持伤寒Ty21a株特性的两价菌株。经猴体免疫力试验,在对照组全部发病的情况... 详细信息

用体内重组的方法,将经过多次现场考核,证明安全有效的痢疾T32无毒株和伤寒Ty21a无毒株,用前者作给体后者作受体,以两步法组建成一株既具痢疾福氏2a抗原特性又保持伤寒Ty21a株特性的两价菌株。经猴体免疫力试验,在对照组全部发病的情况下,能保护80%的免疫猴免于感染菌痢;以C3H系小鼠做免疫力试验,能保护伤寒毒菌的感染。该菌株经实验室传30代仍保持稳定,豚鼠角膜毒力试验无炎症反应,以400亿活菌口饲猴体,对101人,每人口服157-200亿活菌,均未发现不良反应,是一株有希望的菌苗候选株。

关键词：伤寒-痢疾两价菌株

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基因组不稳定性与恶性肿瘤

科技纵览 2017年第9期 72-73页

作者：孔道春许兴智赵永良郭军北京大学生命科学院首都师范大学中国科学院北京基因组研究所北京大学肿瘤医院

恶性肿瘤是目前直接危及人类生命最常见也是最严重的疾病之一。据不完全统计，全世界每年有近2000万人新患癌症，又有1000万左右的人因癌症去世，占死亡人口总数的1／4左右，这个数字还处于飞速的增长中。中国每年新增癌症患者占世界的1... 详细信息

恶性肿瘤是目前直接危及人类生命最常见也是最严重的疾病之一。据不完全统计，全世界每年有近2000万人新患癌症，又有1000万左右的人因癌症去世，占死亡人口总数的1／4左右，这个数字还处于飞速的增长中。中国每年新增癌症患者占世界的1／5左右．但是癌症死亡人口却超过了世界癌症死亡人口的1／4。

关键词：恶性肿瘤基因组不稳定性癌症患者死亡人口不完全世界生命

真核细胞DNA复制叉稳定性维持机制的研究进展

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生命科学 2014年第11期26卷 1108-1119页

作者：刘阳孙静亚孔道春北京大学生命科学学院蛋白质与植物基因研究国家重点实验室北京100871 浙江海洋学院海洋科学与技术学院环境科学系舟山316004

DNA复制是细胞最基本的生命活动之一,是生物体生存和繁殖的基础。从原核生物到真核生物,DNA复制过程基本保守,分为复制起始和延伸两个阶段。复制叉是DNA复制的基本结构,它容易遭受多种内源或外源的DNA复制压力影响而停顿,导致基因组不稳... 详细信息

DNA复制是细胞最基本的生命活动之一,是生物体生存和繁殖的基础。从原核生物到真核生物,DNA复制过程基本保守,分为复制起始和延伸两个阶段。复制叉是DNA复制的基本结构,它容易遭受多种内源或外源的DNA复制压力影响而停顿,导致基因组不稳定,引起细胞凋亡、癌变或细胞死亡等严重后果。为了维持复制叉的稳定,细胞进化出了一系列机制,其中最重要机制之一便是S期细胞周期检验点。就影响DNA复制叉稳定的内外因素、S期细胞周期检验点与复制叉稳定性的关系以及复制叉稳定性与相关疾病的发生、治疗等问题进行简要综述。

关键词： DNA复制复制叉 S期细胞周期检验点

质粒RP4∷Mu引起霍乱弧菌基因的突变和转移

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微生物学报 1985年第3期25卷 239-244页

作者：苏国富徐永强孔道春杨长告陆德如军事医学科学院兰州生物制品研究所山东医学院中国科学院微生物研究所

质粒pULB 11（RP4∷Mucts）通过接合能从大肠杆菌转移到霍乱弧菌——吴江2（Vibriocholerae——Wu Jiang 2）中去。带有pULB 11的霍乱弧菌经42℃诱导后能以0.5%的突变率产生营养缺陷型,这些营养缺陷型十分稳定,在109细胞中还不能测出它... 详细信息

质粒pULB 11（RP4∷Mucts）通过接合能从大肠杆菌转移到霍乱弧菌——吴江2（Vibriocholerae——Wu Jiang 2）中去。带有pULB 11的霍乱弧菌经42℃诱导后能以0.5%的突变率产生营养缺陷型,这些营养缺陷型十分稳定,在109细胞中还不能测出它们的回复突变体,这与Mu对大肠杆菌的诱变作用十分相似。质粒RP4及其抗药性很容易从霍乱弧菌中失去,这说明营养缺陷型的产生是由于Mu的插入而不是RP4的整入,所以pULB 11可以作为诱变剂来诱变霍乱弧菌的包括毒素基因在内的各种突变体,这在构建霍乱弧菌活菌苗方面有一定的意义。pULB 113（RP4∷Mini-Mu）还能诱动霍乱弧菌染色体基因,这也是研究霍乱弧菌遗传学的有用手段。

关键词：霍乱弧菌质粒RP4::Mucts 基因突变和转移

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序言

生命科学 2014年第11期26卷 1107-1107页

作者：孔道春北京大学生命科学学院北京大学-清华大学生命科学研究中心蛋白质与植物基因国家重点实验室北京100871

基因组不稳定是人体衰老、细胞癌变及其他一些疾病发生的根本原因之一。DNA代谢异常和DNA损伤应答缺陷是导致基因组不稳定的两个主要原因。DNA代谢包括DNA复制、重组和修复,它们是细胞最基本的生命活动。同时,通过亿万年的进化,细胞已... 详细信息

基因组不稳定是人体衰老、细胞癌变及其他一些疾病发生的根本原因之一。DNA代谢异常和DNA损伤应答缺陷是导致基因组不稳定的两个主要原因。DNA代谢包括DNA复制、重组和修复,它们是细胞最基本的生命活动。同时,通过亿万年的进化,细胞已进化出一套严格的DNA复制应急及损伤应答调控系统,以维持DNA序列及基因组信息的完整性。

关键词： DNA损伤基因组信息 DNA复制序言细胞癌变代谢异常 DNA序列人体衰老

预应力混凝土箱梁桥施工过程中底板崩裂破坏机理分析

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中国公路学报 2010年第5期23卷 70-75页

作者：项贻强唐国斌朱汉华晁春峰浙江大学建筑工程学院浙江杭州310058 浙江省公路管理局浙江杭州310009

针对悬臂施工预应力混凝土箱梁合龙过程中底板崩裂问题,对其破坏机理和防治措施进行了研究。以某预应力混凝土连续箱梁桥为例,对其施工过程进行模拟,通过考虑材料非线性对底板开裂的过程进行仿真分析,并对底板崩裂的机理进行分析,在此... 详细信息

针对悬臂施工预应力混凝土箱梁合龙过程中底板崩裂问题,对其破坏机理和防治措施进行了研究。以某预应力混凝土连续箱梁桥为例,对其施工过程进行模拟,通过考虑材料非线性对底板开裂的过程进行仿真分析,并对底板崩裂的机理进行分析,在此基础上根据规范提出防治措施供设计应用。结果表明:由于合龙束孔道的影响,孔肋为受力最不利区域,在径向力作用下,孔肋的斜裂缝和撕裂裂缝是导致箱梁破坏的主要原因;在今后箱梁设计中,底板横向除应满足抗剪承载力外,孔肋尚需满足最小孔道间距的要求。

关键词：桥梁工程预应力混凝土箱梁仿真分析施工过程破坏材料非线性