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利用TCGA公共数据库挖掘乳腺癌预后相关长链非编码RNA生物标志物

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华中科技大学学报（医学版） 2020年第3期49卷 260-265页

作者：熊萱李一喻冬柯张远四川省医学科学院·四川省人民医院个体化药物治疗四川省重点实验室药学部成都610072 四川省医学科学院·四川省人民医院乳腺外科成都610072

目的通过数据挖掘的方式分析美籍非裔乳腺导管癌/小叶癌女性患者的乳腺癌及癌旁组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),筛选出与乳腺癌生存期相关的lncRNA,并探讨其潜在的生物学意义。方法利用TCGA数据库获取美籍非裔女性150例乳腺导管... 详细信息

目的通过数据挖掘的方式分析美籍非裔乳腺导管癌/小叶癌女性患者的乳腺癌及癌旁组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),筛选出与乳腺癌生存期相关的lncRNA,并探讨其潜在的生物学意义。方法利用TCGA数据库获取美籍非裔女性150例乳腺导管癌/小叶癌的癌组织和5例正常组织的转录组数据,采用Perl和R软件对数据进行提取、整理和分析,通过对差异表达的lncRNA进行单因素Cox回归分析,再将筛选得到的有显著性差异的基因进行多因素Cox比例风险回归模型分析,得到可将乳腺癌患者区分为高、低风险组的基因组合。采用lnCAR在线生存分析的方式验证筛选得到的基因。利用Pearson相关系数法筛选这些lncRNA的共表达基因,并将筛选得到的基因映射到metascape网站进行功能富集分析,探寻其潜在的调控网络。结果通过生物信息学分析筛选出在乳腺癌组织和正常组织中的表达差异具有显著性意义的差异表达lncRNA:lnc00640、PCAT6、HAGLROS和lnc00506。根据这4个lncRNA的表达模式将患者分为高、低风险组,其生存时间存在显著性差异(P<0.01)。这4个因素构建的模型,其一致性指数(C-index)为0.77(95%置信区间:0.67~0.87);其受试者工作特征曲线下面积为0.82,模型具有较好的准确性。结论lnc00640、PCAT6、HAGLROS、lnc00506这4个lncRNA的表达可能对乳腺癌患者预后起重要作用,值得在大量临床样本中进行验证和后续的机制探讨。利用数据挖掘的方式筛选乳腺癌相关lncRNA是一种高效而经济的研究方式。

关键词：乳腺癌长链非编码RNA TCGA数据库生物信息学

亚甲基四氢叶酸还原酶677C>T基因多态性与不良妊娠结局和血同型半胱氨酸水平的相关性

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中国新药与临床杂志 2017年第8期36卷 477-483页

作者：张远何霞钟磊串俊兰喻冬柯四川省医学科学院&四川省人民医院药学部四川成都610072

目的系统评价亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)677C>T基因多态性对不良妊娠结局和血同型半胱氨酸水平的关联性。方法检索Pub Med、万方医学网、中国知网中母亲MTHFR基因677C>T位点多态性与不良妊娠结局的病例对照研究。提取相关数据并应用Re... 详细信息

目的系统评价亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)677C>T基因多态性对不良妊娠结局和血同型半胱氨酸水平的关联性。方法检索Pub Med、万方医学网、中国知网中母亲MTHFR基因677C>T位点多态性与不良妊娠结局的病例对照研究。提取相关数据并应用Rev Man5.0软件进行Meta分析。结果共纳入19篇文献,病例组共2 973例,对照组共5 787例。采用共显性遗传模式(CC ***和CT ***)计算合并OR(95%CI):CC ***为1.29(1.09~1.54),CT ***为1.20(0.99~1.45),提示T等位基因与不良妊娠结局有相关性(P<0.05)。CT ***亚组分析显示CT型是唐氏综合征和早产的危险因素:OR(95%CI)为2.16(1.49~3.13),但因为分亚组后文献数量较少结论可靠性待确定。对于血同型半胱氨酸(Hcy)水平与不良妊娠结局的关系,共纳入7篇文献,病例组417例,对照组445例,与对照组相比,Hcy的水平无差别,OR(95%CI)为0.14(-0.14~0.42)。结论 MTHFR TT型是发生不良妊娠结局的一个危险因素,CT型在不同的不良妊娠结局中结论不一致,而Hcy水平与不良妊娠结局无关。

关键词：亚甲基四氢叶酸还原酶高半胱氨酸妊娠结局

表没食子儿茶素没食子酸酯对胆汁淤积性大鼠全基因表达谱的影响

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中国新药杂志 2015年第2期24卷 143-147页

作者：喻冬柯张胜华邵荣光何红伟四川省医学科学院四川省人民医院成都610072 中国医学科学院医药生物技术研究所北京100050

目的:利用大鼠全基因组芯片检测表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)对胆管结扎肝纤维化大鼠基因表达的影响并进行评价和研究。方法:使用胆管结扎的方法造胆汁淤积型的肝纤维化大鼠模型,并提取假手术组、模型组和给药组大鼠肝脏的总RNA,用... 详细信息

目的:利用大鼠全基因组芯片检测表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)对胆管结扎肝纤维化大鼠基因表达的影响并进行评价和研究。方法:使用胆管结扎的方法造胆汁淤积型的肝纤维化大鼠模型,并提取假手术组、模型组和给药组大鼠肝脏的总RNA,用大鼠全基因组芯片法分析其基因组表达谱的变化。结果:基因芯片结果显示,有626个基因同时在EGCG给药组与模型组发生变化,其中327个基因下调,299个基因上调。EGCG逆转了很多基因的表达变化,其中包括胆汁代谢通路、脂代谢、糖代谢等多种代谢相关通路、免疫相关通路等。此外,EGCG还影响多条肝纤维化相关的信号通路中相关基因的变化。结论:EGCG对胆汁淤积型肝纤维化大鼠模型的肝纤维化有抑制作用,该作用可能是通过调节多个肝纤维化相关的信号通路来发挥的。

关键词：表没食子儿茶素没食子酸酯胆管结扎肝纤维化信号通路基因表达谱基因芯片

多重耐药基因多态性对肾移植患者他克莫司血药浓度／校正剂量比值的影响

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中国临床药理学杂志 2015年第9期31卷 718-721页

作者：何霞李翔杨勇张远喻冬柯王轶童荣生四川省医学科学院、四川省人民医院药学部成都610072 电子科技大学医学院生物医学工程专业成都611731

目的研究汉族人群多重耐药基因(MDR1)C1236T、G2677T/A和C3435T基因多态性对肾移植患者他克莫司血药浓度/校正剂量比值的影响。方法用基因芯片法对101名健康志愿者和56例肾移植患者的MDR1C1236T、G2677T/A和C3435T这3个位点进行基因多... 详细信息

目的研究汉族人群多重耐药基因(MDR1)C1236T、G2677T/A和C3435T基因多态性对肾移植患者他克莫司血药浓度/校正剂量比值的影响。方法用基因芯片法对101名健康志愿者和56例肾移植患者的MDR1C1236T、G2677T/A和C3435T这3个位点进行基因多态性分型检测,随机选取50个位点进行DNA测序来验证基因芯片法。测定56例患者在术后7,14 d、1,3,6个月空腹服用他克莫司的血药浓度,比较不同基因型在该时段内的他克莫司血药浓度/校正剂量(C/D)比值之间的差异。结果在健康志愿者样本人群中MDR1C1236T、G2677T/A、C3435T的突变频率分别为43.05%,14.90%,40.10%,与本研究中的56例肾移植患者的突变频率基本一致,符合HardyWeinberg平衡。MDR1C1236T、G2677T/A和C3435T的基因多态性在肾移植术后6个月内不同时间点他克莫司血药浓度/校正剂量比值比较差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 MDR1C1236T、G2677T/A和C3435T的基因多态性与肾移植患者服用他克莫司C/D比值无显著相关性。

关键词： MDR1 基因多态性他克莫司血药浓度

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虎杖提取物对α-葡萄糖苷酶的抑制作用

中草药 2007年第5期38卷 735-738页

作者：郑晓媛杜俊蓉杨芳彭海燕陈雏喻冬柯四川大学华西药学院药理教研室四川成都610041

目的研究虎杖水溶性提取物对α-葡萄糖苷酶的作用。方法采用大孔吸附树脂柱色谱法进行虎杖水溶性总提取物初步分离,研究其总提取物和不同组分对α-葡萄糖苷酶活性的影响及其抑制反应的类型。结果虎杖总提取物(RRPC)与30%醇洗脱物(RRPCⅡ... 详细信息

目的研究虎杖水溶性提取物对α-葡萄糖苷酶的作用。方法采用大孔吸附树脂柱色谱法进行虎杖水溶性总提取物初步分离,研究其总提取物和不同组分对α-葡萄糖苷酶活性的影响及其抑制反应的类型。结果虎杖总提取物(RRPC)与30%醇洗脱物(RRPCⅡ)对α-葡萄糖苷酶的IC50分别为74、15μg/mL,而蒸馏水(RRPCⅠ)、50%乙醇(RRPCⅢ)、70%乙醇(RRPCⅣ)、95%乙醇(RRPCⅤ)洗脱物的IC50均大于200μg/mL。结论RRPC及RRPCⅡ能显著抑制α-葡萄糖苷酶活性,RRPCⅡ的抑制机制为可逆性的非竞争性抑制。

关键词：虎杖提取物 α-葡萄糖苷酶非竞争性抑制

精神类药物的药物基因组学研究进展与临床应用

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实用药物与临床 2015年第6期18卷 729-733页

作者：张远何霞喻冬柯四川省人民医院药学部

目的总结归纳精神类药物的药物基因组学的研究进展,为临床个体化用药提供参考。方法以精神类药物、药物基因组学、个体化用药为关键词,通过搜索Pharm GKB、SNPedia、dbS NP等数据库,检索有关药物基因检测在精神障碍治疗中的应用的文献,... 详细信息

目的总结归纳精神类药物的药物基因组学的研究进展,为临床个体化用药提供参考。方法以精神类药物、药物基因组学、个体化用药为关键词,通过搜索Pharm GKB、SNPedia、dbS NP等数据库,检索有关药物基因检测在精神障碍治疗中的应用的文献,并进行归纳总结。结果目前只有少数药物基因检测在治疗精神障碍中应用的证据较为充分,具有一定的临床意义,大多数基因检测还缺乏大规模的临床证据,需要进一步验证。结论药物基因组学是一门新兴学科,尚处于发展初级阶段,基因类型与药物疗效之间的关联性需要大规模的数据验证。在用于调整用药方案上,应结合其他临床指标。

关键词：精神类药物药物基因组学个体化用药

瑞替普酶对比阿替普酶治疗中国急性心肌梗死患者疗效的Meta分析

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中国药房 2019年第9期30卷 1279-1284页

作者：熊萱喻冬柯张远边原尹琪楠陈瑶童荣生四川省医学科学院/四川省人民医院药学部成都610072 电子科技大学医学院个体化药物治疗四川省重点实验室成都610072

目的:系统评价瑞替普酶对比阿替普酶治疗中国急性心肌梗死患者的疗效,为临床提供循证参考。方法:计算机检索Cochrane图书馆、PubMed、Embase、Medline、中国期刊全文数据库、中文科技期刊数据库、万方数据等,并手工检索相关文献,检索时... 详细信息

目的:系统评价瑞替普酶对比阿替普酶治疗中国急性心肌梗死患者的疗效,为临床提供循证参考。方法:计算机检索Cochrane图书馆、PubMed、Embase、Medline、中国期刊全文数据库、中文科技期刊数据库、万方数据等,并手工检索相关文献,检索时限为1995年1月-2018年9月,收集瑞替普酶(试验组)对比阿替普酶(对照组)治疗中国急性心肌梗死患者疗效(溶栓再通率)的随机对照试验(RCT),对符合纳入标准的研究进行资料提取,并采用Cochrane系统评价员手册5.1.0进行质量评价后,采用Rev Man 5.3软件对溶栓再通率进行Meta分析。结果:共纳入23项RCT,合计1 742例患者。Meta分析结果显示,试验组患者溶栓再通率显著高于对照组,差异有统计学意义[OR=0.61,95%CI(0.50,0.73),P<0.001],根据溶栓再通成功时间进行亚组Meta分析,结果显示,试验组患者溶栓后1 h[OR=0.38,95%CI(0.25,0.58),P<0.001]、1.5 h[OR=0.44,95%CI(0.25,0.79),P=0.006]、2 h[OR=0.62,95%CI(0.42,0.92),P=0.02]的溶栓再通率均显著高于对照组,差异均有统计学意义。结论:中国急性心肌梗死患者使用瑞替普酶的溶栓再通率优于阿替普酶。

关键词：阿替普酶瑞替普酶急性心肌梗死中国 Meta分析

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云南白药含漱剂的药效学研究

中药药理与临床 2008年第4期24卷 12-14页

作者：高鹰陈欲云冀为王竞陈娅姝彭海燕杨芳喻冬柯王雁兰杜俊蓉云南白药集团股份有限公司云南650118 四川大学华西药学院药理学与生物制药学系成都610041

目的:探讨云南白药含漱剂(HSJ)的抗炎、止血、促进牙龈组织微循环和口腔溃疡修复的药理作用。方法:通过角叉菜致大鼠足肿胀实验观察HSJ的抗炎作用;通过剪尾小鼠出血实验观察HSJ的止血作用;通过犬牙龈局部血流量的测定,观察HSJ对牙龈组... 详细信息

目的:探讨云南白药含漱剂(HSJ)的抗炎、止血、促进牙龈组织微循环和口腔溃疡修复的药理作用。方法:通过角叉菜致大鼠足肿胀实验观察HSJ的抗炎作用;通过剪尾小鼠出血实验观察HSJ的止血作用;通过犬牙龈局部血流量的测定,观察HSJ对牙龈组织微循环的影响;通过对家兔口腔溃疡的影响观察HSJ对口腔溃疡愈合的促进作用。结果:HSJ有显著的抗炎、止血作用,可明显改善牙龈组织微循环、促进口腔溃疡修复。结论:云南白药含漱剂有显著的抗炎、止血、促进牙龈组织微循环和溃疡组织修复作用。

关键词：云南白药含漱剂抗炎止血微循环口腔溃疡

羟氯喹亚麻酸酯在大鼠体内的药代动力学和组织分布的研究

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中国临床药理学杂志 2019年第6期35卷 559-561页

作者：肖洪涛喻冬柯韩丽珠尹琪楠石慧童荣生电子科技大学附属医院四川省医学科学院.四川省人民医院药学部个体化药物治疗四川省重点实验室成都610072 电子科技大学医学院成都610054 武汉市中医医院妇科武汉430014

目的研究羟氯喹亚麻酸酯(AHQ)在大鼠体内的药代动力学及组织分布特征。方法色谱柱:ASB C18(50 mm×2. 1 mm,3μm),流动相为乙腈-0. 5%甲酸水溶液=55∶45,流速:0. 4 m L·min^(-1),进样量:50μL。12只SD大鼠单次静脉注射或灌胃给予羟氯... 详细信息

目的研究羟氯喹亚麻酸酯(AHQ)在大鼠体内的药代动力学及组织分布特征。方法色谱柱:ASB C18(50 mm×2. 1 mm,3μm),流动相为乙腈-0. 5%甲酸水溶液=55∶45,流速:0. 4 m L·min^(-1),进样量:50μL。12只SD大鼠单次静脉注射或灌胃给予羟氯喹亚麻酸酯10 mg·kg^(-1),用沉淀蛋白-LC/MS/MS测定羟氯喹亚麻酸酯及主要代谢产物(羟氯喹)在大鼠血浆和组织中的浓度,用Win Nonlin 6. 2软件计算药代动力学参数。结果羟氯喹亚麻酸酯在大鼠体内吸收迅速,在体内的主要药代动力学参数:tmax为(1. 1±0. 2) h,Cmax为(1055. 0±251. 2) ng·m L^(-1);与相同剂量静脉注射后的达峰浓度相比,羟氯喹亚麻酸酯在大鼠体内的绝对生物利用度为30%,在大鼠体内迅速代谢消除,其t1/2为(2. 7±0. 3) h,羟氯喹的转化率为50%。不同组织中羟氯喹亚麻酸酯/羟氯喹的分布由大到小的顺序为肝>肾>小肠>肺>心脏>胃>脾>脑。结论羟氯喹亚麻酸酯经灌胃后,吸收快、消除半衰期短和组织分布广泛,且在不同组织中均能够良好的转化为羟氯喹。

关键词：羟氯喹羟氯喹亚麻酸酯沉淀蛋白-LC/MS/MS 药代动力学组织分布