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基于失巢凋亡相关基因的乳腺癌预后模型构建与验证

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中国医科大学学报 2024年第4期53卷 315-323页

作者：唐明政徐京灏李晓凤荣耀于博蔡辉甘肃中医药大学第一临床医学院兰州730000 甘肃省人民医院普外科临床医学中心兰州730000 甘肃省人民医院甘肃省外科肿瘤分子诊断与精准医学重点实验室兰州730000

目的构建乳腺癌(BC)失巢凋亡相关基因(ARGs)预后模型,为临床实践提供更有效的指导。方法采用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)收集BC患者的转录组和临床数据。将ARGs分为A和B 2个分型,并进行生存分析和通路分析。采用Cox... 详细信息

目的构建乳腺癌(BC)失巢凋亡相关基因(ARGs)预后模型,为临床实践提供更有效的指导。方法采用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)收集BC患者的转录组和临床数据。将ARGs分为A和B 2个分型,并进行生存分析和通路分析。采用Cox回归和LASSO回归分析生存预后、免疫微环境和肿瘤微环境的差异。构建ARGs相关的预后模型,并通过实时PCR验证预后相关ARGs在BC细胞中的表达。结果共得到10个与BC不良预后相关的ARGs,且这10个ARGs的风险评分均可作为BC患者的独立预后因素。随后将风险评分与BC临床病理特征相结合,构建列线图。决策曲线分析结果表明,该模型患者可以从临床治疗策略中受益。实时PCR分析结果显示,在BC细胞中YAP1、PIK3R1、BAK1、PHLDA2、EDA2R、CD24、SLC2A1和CDC25C表达水平上调,而SLC39A6和LAMB3表达水平下调。结论ARGs可作为生物标志物用于BC患者风险分层和生存预测,为BC患者个体化和精确治疗提供依据。

关键词：乳腺癌失巢凋亡免疫预后肿瘤微环境

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肺缺血-再灌注核心基因介导的竞争性内源性RNA网络的构建

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器官移植 2024年第1期15卷 70-81页

作者：李晓凤唐明政刘禧禧宋子晴张国欣杨开银张凌云甘肃中医药大学第一临床医学院兰州730000 甘肃中医药大学基础医学院甘肃省中医院麻醉科

目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京... 详细信息

目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平。构建并验证ceRNA网络。分析基于ceRNA网络的靶向药物。结果共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因。GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关。KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路。PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因。ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p和miR-593-3p与CD3G的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p和miR-491-5p与IL2RG表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p和miR-590-3p与SYK表达相关;miR-590-3p和miR-875-3p与CD8A表达相关;miR-143-5p、miR-1231、miR-590-3p、miR-875-3p与STAT1表达相关。CD3G有13种靶向药物,IL2RG有4种靶向药物,SYK有28种靶向药物,lncRNA MUC2有3种靶向药物,未发现CD8A、STAT1和其他ceRNA网络基因的靶向药物。结论CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因,对核心基因进行研究分析可能有助于肺缺血-再灌注损伤的诊断,并提供新的研究思路和治疗靶点。

关键词：肺移植缺血-再灌注损伤核心基因竞争性内源性RNA(ceRNA) 微小RNA 长链非编码RNA 环状RNA 信号通路

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CAV1在消化道肿瘤中的研究进展

中国比较医学杂志 2024年第7期34卷 110-120页

作者：吴志航唐明政李晓凤荣耀崔岩潘海邦甘肃中医药大学第一临床医学院甘肃省中药新产品创制工程实验室甘肃省中医方药挖掘与创新转化重点实验室兰州730000

消化道肿瘤是目前全球最常见的癌症之一,包括食管癌、胃癌、肝癌、胰腺癌和结直肠癌等,其预后不佳,治疗方法仍需进一步改进。小窝蛋白-1(caveolin⁃1,CAV1)在消化道肿瘤中具有双重调节作用,既是肿瘤抑制因子又是致癌因子。CAV1对消化道... 详细信息

消化道肿瘤是目前全球最常见的癌症之一,包括食管癌、胃癌、肝癌、胰腺癌和结直肠癌等,其预后不佳,治疗方法仍需进一步改进。小窝蛋白-1(caveolin⁃1,CAV1)在消化道肿瘤中具有双重调节作用,既是肿瘤抑制因子又是致癌因子。CAV1对消化道肿瘤的细胞增殖、侵袭、转移、血管生成和药物耐受性等方面具有重要作用,调节CAV1蛋白及其相关信号通路可能成为治疗消化道肿瘤的策略之一。因此,本综述就CAV1的结构、功能、表达调控以及调节消化道肿瘤上皮-间充质转换(epithelial⁃mesenchymal transition,EMT)及其耐药性等方面分析CAV1与消化道肿瘤的关系,以期为临床消化道肿瘤的诊疗提供新的思路。

关键词： CAV1 消化道肿瘤 EMT 耐药

双硫死亡相关lncRNA建立胰腺癌新的预后特征并预测免疫治疗反应

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中国医科大学学报 2024年第1期53卷 20-26页

作者：唐明政李晓凤荣耀吴志航马国榕刘松华蔡辉甘肃中医药大学第一临床医学院兰州730000 甘肃省人民医院普外科临床医学中心兰州730000 甘肃省人民医院甘肃省外科肿瘤分子诊断与精准医学重点实验室兰州730000

目的筛选与双硫死亡相关的长链非编码RNA(lncRNA),研究其在胰腺癌中的免疫景观,为临床实践提供更有效的指导。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取胰腺癌组织和癌旁正常组织样本,基于Cox回归和LASSO回归分析鉴定双硫死亡相关lncRNA... 详细信息

目的筛选与双硫死亡相关的长链非编码RNA(lncRNA),研究其在胰腺癌中的免疫景观,为临床实践提供更有效的指导。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取胰腺癌组织和癌旁正常组织样本,基于Cox回归和LASSO回归分析鉴定双硫死亡相关lncRNA。构建风险评分模型,通过综合方法验证其预测性能。构建精确的列线图,预测胰腺癌患者的预后。通过基因本体(GO)、基因集富集分析(GSEA)和免疫分析研究生物学差异。通过肿瘤突变负荷(TMB)估计免疫治疗反应。结果成功鉴定出251个双硫死亡相关lncRNA,筛选出3组lncRNA作为风险评分模型的参考。通路分析结果表明,免疫相关通路与双硫死亡相关lncRNA风险评分模型相关。风险评分与免疫细胞浸润以及ESTIMATE评分显著相关。风险评分较高的患者TMB升高,表明高风险患者表现出更好的免疫检查点阻断反应。结论本研究的发现有助于深入理解双硫死亡相关lncRNA在胰腺癌中的作用,为胰腺癌提供潜在的治疗策略。

关键词：胰腺癌长链非编码RNA 双硫死亡肿瘤突变负荷

泛癌中分析PVR基因对免疫细胞浸润及患者预后的影响

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现代免疫学 2024年第4期44卷 281-294页

作者：荣耀张癸乾唐明政赵夏爽蔡辉安池冰甘肃中医药大学·第一临床医学院兰州730000 甘肃省外科肿瘤分子诊断与精准治疗重点实验室兰州730000 咸宁市中心医院/湖北科技学院附属第一医院急诊科咸宁437100

脊髓灰质炎病毒受体(poliovirus receptor,PVR)基因与肿瘤的发生发展密切相关,然而PVR在肿瘤免疫中的调控作用及机制尚未阐明。研究从泛癌角度分析PVR在不同类型癌症组织中的表达及与患者预后和免疫水平的关联。通过癌症基因组图谱(The ... 详细信息

脊髓灰质炎病毒受体(poliovirus receptor,PVR)基因与肿瘤的发生发展密切相关,然而PVR在肿瘤免疫中的调控作用及机制尚未阐明。研究从泛癌角度分析PVR在不同类型癌症组织中的表达及与患者预后和免疫水平的关联。通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和TIMER数据库完成了PVR在癌症和正常组织中表达差异的分析,利用生存分析工具评估了PVR与癌症患者预后的关联。通过TIMER数据库和R软件包评估了PVR在泛癌中与免疫细胞浸润、免疫检查点(immune checkpoint,ICP)基因的共表达关系及癌症基质/免疫评分。为进一步了解PVR基因在不同癌症中的潜在生物学作用机制,对PVR进行了单细胞水平测序分析和基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA);通过qRT-PCR对PVR在多种癌症细胞系中的表达进行验证。结果显示,PVR在肿瘤组织与正常组织中表达具有显著差异,如膀胱尿路上皮癌、胆管癌、结肠癌、食管癌和头颈部癌等。PVR的异常表达与多种癌症的不良预后有关,如肾上腺皮质癌、膀胱尿路上皮癌、乳腺癌和宫颈癌等。PVR的表达水平与泛癌中免疫细胞浸润、基质/免疫评分和ICP基因的表达调控显著相关(均P<0.05,具体见正文)。单细胞测序结果显示,PVR与肿瘤细胞的分化、基因沉默和DNA修复等多种细胞生物学功能和表型有关。GSEA结果发现,PVR与多种肿瘤细胞的免疫相关功能和信号通路有关。qRT-PCR结果显示,相较于健康细胞,PVR在胃癌、结肠癌和肝癌细胞系中表达较高。较全面的泛癌分析表明,PVR是一种癌症组织中高表达并导致较差预后的癌基因,PVR可能是新的免疫依赖的预后预测标志物,能为癌症的靶向治疗提供新方向。

关键词：脊髓灰质炎病毒受体泛癌数据库预后免疫细胞浸润

槲皮素激活焦亡途径抑制胃癌细胞增殖和迁移的机制研究

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中国肿瘤临床 2023年第20期50卷 1033-1039页

作者：荣耀刘松华唐明政蔡辉甘肃中医药大学第一临床医学院兰州市730000 甘肃省外科肿瘤分子诊断与精准治疗重点实验室甘肃省人民医院普外临床中心

目的:探讨槲皮素介导焦亡途径来发挥抗胃癌作用的机制。方法:将胃癌细胞分为实验组和经槲皮素干预的对照组。CCK-8实验检测槲皮素对AGS胃癌细胞增殖的影响;细胞划痕实验检测槲皮素对胃癌细胞迁移能力的影响。蛋白印记检测(Western blot... 详细信息

目的:探讨槲皮素介导焦亡途径来发挥抗胃癌作用的机制。方法:将胃癌细胞分为实验组和经槲皮素干预的对照组。CCK-8实验检测槲皮素对AGS胃癌细胞增殖的影响;细胞划痕实验检测槲皮素对胃癌细胞迁移能力的影响。蛋白印记检测(Western blot)检测槲皮素干预后AGS细胞内裂解的半胱天冬酶1(cleaved caspase-1,CASP1)、加斯德明D(gasdermin D,GSDMD)等蛋白表达差异;构建敲减半胱天冬酶3(caspase-3,CASP3)基因的AGS稳转细胞株,并检测转染效率。Western blot检测AGS与AGS(shCASP3)中GSDMD、GSDME等蛋白表达差异。经槲皮素干预后,Western blot再次检测AGS(shCASP3)内GSDMD和加斯德明E(GSDME)等蛋白表达变化。结果:体外实验表明,槲皮素对AGS细胞的增殖和迁移能力有显著抑制作用,并能上调CASP1、GSDMD等蛋白的表达。与正常AGS细胞相比,AGS(shCASP3)细胞内GSDME表达上调,经各浓度槲皮素干预培养后,AGS(shCASP3)细胞内GSDME表达趋势逆转。结论:槲皮素能够抑制胃癌细胞增殖和迁移能力,这可能与槲皮素激活CASP1/GSDMD、CASP3/GSDME信号通路进而触发焦亡途径有关。

关键词：槲皮素胃癌焦亡加斯德明D 半胱天冬酶3

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CD276在泛癌中的免疫表达及预后

中国医科大学学报 2023年第12期52卷 1106-1112,1118页

作者：张癸乾王宁荣耀唐明政蔡辉甘肃中医药大学第一临床医学院兰州730000 甘肃省人民医院临床普外中心兰州730000 国家卫生健康委胃肠肿瘤诊治重点实验室甘肃省人民医院兰州730000 甘肃省外科肿瘤分子诊断与精准治疗重点实验室甘肃省人民医院兰州730000

目的探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达,采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响,进一步分析... 详细信息

目的探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达,采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响,进一步分析肿瘤组织中CD276表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性,采用基因集富集分析(GSEA)CD276的生物学功能,最后采用实时PCR对CD276在肿瘤中的表达进行体外验证。结果肿瘤组织与正常组织间CD276表达存在统计学差异(P<0.05)。CD276影响肿瘤预后并与肿瘤微环境、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤免疫细胞浸润密切相关。结论全面的泛癌分析确定CD276是免疫浸润和癌症预后不良的生物标志物,可将其作为新的免疫调节靶点,用于开发新的免疫治疗靶向药物,为肿瘤治疗提供新思路。

关键词： CD276 肿瘤微环境免疫预后泛癌

细胞程序性死亡在金黄色葡萄球菌感染中的研究进展

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中国生物工程杂志 2023年第11期43卷 66-77页

作者：吴志航潘海邦荣耀唐明政崔岩王天明甘肃中医药大学第一临床医学院兰州730000 甘肃省中药新产品创制工程实验室兰州730000 甘肃省中医方药挖掘与创新转化重点实验室兰州730000

细胞程序性死亡(PCD)是细胞受到内在调控死亡的统称,是在生物体生长发育以及对环境和疾病作出应激反应过程中,通过自身程序性调控而引起的不同形式的细胞死亡。PCD包括细胞凋亡、焦亡、坏死性凋亡、自噬、铁死亡等。PCD不仅对生物体的... 详细信息

细胞程序性死亡(PCD)是细胞受到内在调控死亡的统称,是在生物体生长发育以及对环境和疾病作出应激反应过程中,通过自身程序性调控而引起的不同形式的细胞死亡。PCD包括细胞凋亡、焦亡、坏死性凋亡、自噬、铁死亡等。PCD不仅对生物体的生长发育至关重要,而且对于病原体入侵起重要干预作用。金黄色葡萄球菌在宿主体内能够调控细胞凋亡、焦亡、坏死性凋亡及自噬等多种PCD形式,进而影响细菌感染。综述了金黄色葡萄球菌感染与PCD之间的作用串扰,探讨了金黄色葡萄球菌与细胞死亡之间的关系,以期为临床金黄色葡萄球菌感染疾病的诊疗提供新思路。

关键词：细胞程序性死亡金黄色葡萄球菌凋亡焦亡自噬铁死亡

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CD133与肿瘤发生、发展的研究进展

解放军医学院学报 2023年第1期44卷 79-85页

作者：荣耀唐明政张癸乾赵夏爽蔡辉甘肃中医药大学第一临床医学院甘肃兰州730000 甘肃省人民医院甘肃兰州730000

CD133是著名的肿瘤干细胞(cancer stem cell,CSC)标志物之一,还是一种能调控肿瘤发生、发展的功能分子,参与肿瘤的复发、转移、耐药等过程。CD133蛋白通过激活Wnt/β-catenin、PI3K-AKT等多条信号通路,对肿瘤血管生成、低氧状态、上皮-... 详细信息

CD133是著名的肿瘤干细胞(cancer stem cell,CSC)标志物之一,还是一种能调控肿瘤发生、发展的功能分子,参与肿瘤的复发、转移、耐药等过程。CD133蛋白通过激活Wnt/β-catenin、PI3K-AKT等多条信号通路,对肿瘤血管生成、低氧状态、上皮-间充质转换(epithelial-mesenchymal transition,EMT)等产生影响,最终导致肿瘤细胞特性能力和耐药性的增强。本文从CD133影响肿瘤相关血管生成、缺氧调控、介导EMT过程、免疫微环境、调控通路、靶向治疗等方面分析CD133蛋白与肿瘤的关系,探讨CD133作为CSC标志物的争议,总结了其调控肿瘤细胞的机制和作为肿瘤新型潜在靶点的价值。

关键词： CD133 肿瘤标志物肿瘤上皮-间充质转换靶向治疗