检索结果-南通市图书馆

毛竹ICE基因家族的全基因组鉴定及低温胁迫下的表达模式分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

浙江农林大学学报 2024年第3期41卷 568-576页

作者：王书伟周明兵浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室/竹子研究院浙江杭州311300

【目的】对毛竹Phyllostachys edulis ICE基因家族进行鉴定及分析,找出响应毛竹抗寒关键家族成员,研究毛竹ICE基因的生物学功能、响应低温胁迫的分子机制及遗传转化,为提高毛竹抗寒性奠定理论基础。【方法】利用生物信息学方法分析毛竹... 详细信息

【目的】对毛竹Phyllostachys edulis ICE基因家族进行鉴定及分析,找出响应毛竹抗寒关键家族成员,研究毛竹ICE基因的生物学功能、响应低温胁迫的分子机制及遗传转化,为提高毛竹抗寒性奠定理论基础。【方法】利用生物信息学方法分析毛竹ICE基因家族成员,并对4、0、−2℃低温处理0(对照)、0.5、1.0、24.0、48.0 h的毛竹生理指标和ICE基因的表达模式进行分析。【结果】共鉴定了4个毛竹ICE基因。保守结构域和多重序列比对分析表明:PeICE基因结构高度相似。系统发育关系及启动子顺式作用元件分析显示:PeICE基因与水稻Oryza sativa亲缘关系更近,同时存在大量与非生物胁迫相关的顺式作用元件。活性氧自由基(ROS)染色发现随着处理时间增长,ROS染色逐渐加深,但是其0℃处理24.0 h、−2℃处理1.0 h后染色逐渐减弱。脯氨酸(Pro)质量摩尔浓度、超氧化物歧化酶(SOD)活性显示:4和0℃条件下,Pro质量摩尔浓度和SOD活性整体增加,但−2℃时低于对照。过氧化物酶(POD)活性显示:在3个低温处理下均增加。ICE基因表达模式分析发现:4、0℃处理时PeICE表达量整体增加,且都以PeICE3增量最明显;而−2℃处理下PeICE整体表达量水平低于对照。【结论】随着温度降低和处理时间增强,毛竹受到的损伤不断增强,其内酶活系统以及ICE基因积极响应低温胁迫,其中,PeICE3对低温胁迫最为敏感,但在−2℃时,ICE基因表达量并未增加,推测该基因家族响应了寒冷胁迫而非冷冻胁迫。

关键词：毛竹低温胁迫 ICE基因家族基因鉴定表达分析

维普期刊数据库博看期刊

非生物胁迫对毛竹转座子衍生TUCP转录活性的影响

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

浙江农林大学学报 2024年

作者：朱佰良丁一倩周明兵浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室/竹子研究院

【目的】转座子(TE)是真核细胞基因组的重要组成部分，其在毛竹Phyllostachys edulis基因组超过63%时，易受胁迫诱导激活。分析非生物胁迫下，来源于转座子的不确定编码潜力转录本(TUCP)的表达模式，为转座子参与毛竹抗逆分子机制提供... 详细信息

【目的】转座子(TE)是真核细胞基因组的重要组成部分，其在毛竹Phyllostachys edulis基因组超过63%时，易受胁迫诱导激活。分析非生物胁迫下，来源于转座子的不确定编码潜力转录本(TUCP)的表达模式，为转座子参与毛竹抗逆分子机制提供参考。【方法】采用生物信息学技术和手段，在低温、高温、高盐、紫外照射等4种胁迫处理下，研究毛竹TE-TUCPs及转座子邻近基因的转录特性和转录模式。通过实时荧光定量PCR (RT-qPCR)验证转录组来源的TETUCPs差异表达数据的可靠性。【结果】在毛竹4个胁迫处理转录本中，共鉴定出57 627个TE-TUCPs。TE-TUCPs应对不同非生物胁迫表现出特异性表达模式。高温、高盐、紫外照射处理可以促进具有转录活性的TE-TUCPs附近基因差异表达，但是低温会抑制具有转录活性的TE-TUCPs附近基因差异表达。【结论】TE-TUCPs主要来源于Ty1/Copia和Ty3/Gypsy超家族。基因的表达潜能与近距离的TE-TUCPs表达潜能互相抑制。TE-TUCPs转录情况会受到非生物胁迫作用来调控附近基因的表达以适应胁迫影响。图7表2参44

关键词：毛竹转座子(TE) 不确定编码潜力转录本(TUCP) 非生物胁迫

黄槽毛竹叶绿体基因组及毛竹种下分类群的叶绿体基因组序列比较

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

浙江农林大学学报 2024年第5期41卷 1037-1046页

作者：刘萱邹龙海周明兵浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室/竹子研究院浙江杭州311300

【目的】对黄槽毛竹Phyllostachys edulis ***叶绿体基因组进行组装、注释和分析,并与其他毛竹***种下分类群比较叶绿体遗传信息差异和系统进化关系。【方法】利用高通量二代测序数据组装了黄槽毛竹的叶绿体基因组序列并进行了基因结构... 详细信息

【目的】对黄槽毛竹Phyllostachys edulis ***叶绿体基因组进行组装、注释和分析,并与其他毛竹***种下分类群比较叶绿体遗传信息差异和系统进化关系。【方法】利用高通量二代测序数据组装了黄槽毛竹的叶绿体基因组序列并进行了基因结构注释,通过生物信息学分析软件进行其组成、密码子偏好性、重复序列等分析。通过序列比对和系统进化分析,比较不同毛竹种下分类群的系统进化关系和基因组序列差异。【结果】黄槽毛竹的叶绿体基因组是长度为139678 bp,包含132个基因的双环DNA;包含蛋白质编码基因85个、核糖体RNA(rRNA)8个和转运RNA(tRNA)39个。该基因组的最优密码子偏好使用以A/U碱基结尾,包含49个重复序列、55个简单重复序列(SSR)位点,其中简单重复序列最多的类型为A/T。利用叶绿体基因组序列构建的系统发育分析显示:黄槽毛竹与其他毛竹种下分类群共同组成单系分支,且与毛竹原变种*** ***亲缘关系最近。基于7个毛竹种下分类群的叶绿体基因组序列和编码基因特征分析显示:毛竹种下分类群之间存在着编码基因数量和结构差异,编码区和非编码区存在较低程度序列变异。【结论】首次对毛竹种下分类群的叶绿体基因组进行比较分析,并揭示了这些种下分类群存在着一定程度的序列差异。这些变异资料可以用于毛竹种下分类群的鉴定比较。图5表2参27.

关键词：黄槽毛竹叶绿体基因组系统进化序列变异

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

开花雷竹埋鞭繁育竹种间杂交育种的开花小苗

分子植物育种 2024年

作者：徐克凡彭忠明皮培尧周明兵汤定钦浙江农林大学林业与生物技术学院

植物有性杂交是培育新品种的重要途径，国内尚未见散生竹种间的杂交育种的报道。本研究旨在克服造成散生竹杂交育种的最大障碍，即地理隔离和花期不遇，创制散生竹杂交育种新材料。通过对母竹开花状态、竹鞭长度以及埋鞭方式等影响新竹... 详细信息

植物有性杂交是培育新品种的重要途径，国内尚未见散生竹种间的杂交育种的报道。本研究旨在克服造成散生竹杂交育种的最大障碍，即地理隔离和花期不遇，创制散生竹杂交育种新材料。通过对母竹开花状态、竹鞭长度以及埋鞭方式等影响新竹开花因素的研究，获取开花新竹的最佳母竹埋鞭组合；通过高效液相色谱法测定比较埋鞭再开花新竹与野地自然开花雷竹在花启动发育过程中IAA等内源激素含量和PvSVP等成花关联基因表达量，以及正置荧光显微观察花粉的形态和活力，探求埋鞭新竹开花特性。选取部分开花雷竹的竹鞭，截为40 cm的鞭段进行水平埋植埋鞭，新竹开花率可达50%以上，可获取接近埋鞭数、且便利运输再开花新竹；相对于埋鞭不开花新竹的叶芽，埋鞭开花新竹的花芽中含有更低的IAA、更高的ABA、更低的GA3含量和变化不明显ZT含量，成花关联基因PvSVP1表达量呈先升后降、PvSVP2呈下降到平稳的趋势和PvMADS56呈变化不明显，但埋鞭新竹再开花与野地正常开花雷竹间在激素含量和成花基因表达量上均差异不显著；埋鞭新竹再开花的花粉形态和萌发活力与野地正常开花雷竹间也无差异。开花母竹埋鞭再开花新竹可以替代野地正常开花的雷竹，其中水平埋植部分开花母竹40 cm长鞭段效率最佳，这为异地开花的竹种间杂交创制了父本材料。

关键词：雷竹杂交育种技术埋鞭再开花生理特性

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

毛竹BBM基因家族的鉴定及表达模式分析

中国细胞生物学学报 2024年第7期46卷 1377-1386页

作者：许若彤周明兵浙江农林大学竹子研究院杭州311300

BBM(BABY BOOM)转录因子在诱导植物体胚发生、促进细胞增殖与再生、提高遗传转化效率方面具有重要作用,常被应用于提高植物遗传转化效率。该研究利用生物信息学方法,系统鉴定了毛竹(Phyllostachys edulis)BBM家族成员,分析了系统进化关... 详细信息

BBM(BABY BOOM)转录因子在诱导植物体胚发生、促进细胞增殖与再生、提高遗传转化效率方面具有重要作用,常被应用于提高植物遗传转化效率。该研究利用生物信息学方法,系统鉴定了毛竹(Phyllostachys edulis)BBM家族成员,分析了系统进化关系、启动子调控元件、编码蛋白的理化性质、基因结构、蛋白质氨基酸保守序列,它们在染色体上的位置以及其蛋白二、三级结构;通过荧光定量PCR分析PeBBMs基因在不同组织器官中的表达模式。在毛竹中共鉴定出6个BBM家族基因,分布在6条不同染色体上。毛竹BBM蛋白编码486~699个氨基酸,等电点范围为6.31(PeBBM2)~8.92(PeBBM3)。毛竹BBM蛋白的二级结构预测表明:无规则卷曲和α-螺旋占比最高约80%。系统进化树表明,PeBBMs都聚类在AP2家族,亚细胞定位预测结果表明,毛竹BBM蛋白大部分位于细胞核,小部分位于细胞质。顺式作用元件分析表明,毛竹BBM的转录表达可能与非生物胁迫、光反应和转录调控相关。实时定量RT-PCR结果表明,PeBBM基因表达存在组织差异性,说明该基因家族不同成员在毛竹生长发育过程中发挥着不同的作用,其中PeBBMs在愈伤组织再生植株中相对表达量最高。推测PeBBMs可能参与毛竹愈伤组织再生过程的调控,该研究为深入研究毛竹BBM家族基因的功能奠定了基础。

关键词： BBM家族表达分析毛竹再生

毛竹Mariner-like element自主转座子的鉴定与生物信息学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

林业科学 2022年第1期58卷 175-184页

作者：谢佳敏周明兵浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室杭州311300

【目的】Mariner-like element(MLE)转座子是一类在真核生物基因组内广泛分布的DNA类转座子,以“剪切-黏贴”模式在基因组中复制扩张,可以作为一类高效稳定的工具应用于转基因、基因功能研究等领域。为了探究MLE转座子在毛竹基因组中的... 详细信息

【目的】Mariner-like element(MLE)转座子是一类在真核生物基因组内广泛分布的DNA类转座子,以“剪切-黏贴”模式在基因组中复制扩张,可以作为一类高效稳定的工具应用于转基因、基因功能研究等领域。为了探究MLE转座子在毛竹基因组中的分布规律,揭示MLE转座子在毛竹进化过程中的演化模式,本研究对毛竹MLE转座子进行了全基因组挖掘和分析。【方法】基于水稻、大豆和毛竹目前发表的MLE转座子序列,利用IRF、Blast和Fasta等工具,根据MLE转座子序列的特异性结构末端倒置重复序列(TIR)及其所编码转座酶的保守性,对毛竹基因组中的MLE转座子进行挖掘,从毛竹基因组中筛选具有完整结构的MLE转座子。分析所获得的MLE转座子的结构特征,根据完整MLE转座子的转座调控元件,从毛竹基因组中筛选出所对应非自主转座子,通过序列提取和比对,对自主与非自主转座子的分布特点以及非自主转座子结构缺失特点进行分析。【结果】共鉴定了2个完整结构的自主MLE转座子,PhV2MLE1A和PhV2MLE2A。PhV2MLE1A全长3950 bp,编码414个氨基酸,TIR长度30 bp;PhV2MLE2A全长12990 bp,编码373个氨基酸,TIR长度49 bp。根据TIR结构的相似性,鉴定出2个自主MLE转座子所对应的非自主转座子,本试验共获得2个结构完整的自主MLE转座子,以及各自对应的非自主转座子,同时发现不同的非自主转座子的结构缺失情况并无规律。所鉴定到的MLE转座子在毛竹基因组中的分布存在随机性,在毛竹基因组中偏好插入保守序列TA之间。【结论】毛竹基因组中分布着大量的MLE转座子,其中绝大多数在进化过程中由于转座酶结构缺失,失去了转座活性。

关键词：毛竹 MLE转座子进化删除模式

毛竹细胞分裂素相关基因鉴定及在笋中表达特征分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

林业科学 2019年第12期55卷 61-73页

作者：杨雅倩傅鹰周明兵浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室杭州311300 浙江省竹资源与高效利用协同创新中心杭州311300

【目的】已有研究表明快速拔节的毛竹笋不同节间组织细胞分裂素分布有差异,这可能是影响毛竹快速生长的主要因素之一。本研究探索不同节间细胞分裂素相关基因的表达特征对毛竹快速生长的影响,为进一步阐明毛竹快速生长机理提供理论基础... 详细信息

【目的】已有研究表明快速拔节的毛竹笋不同节间组织细胞分裂素分布有差异,这可能是影响毛竹快速生长的主要因素之一。本研究探索不同节间细胞分裂素相关基因的表达特征对毛竹快速生长的影响,为进一步阐明毛竹快速生长机理提供理论基础。【方法】利用拟南芥和水稻基因组数据库及KEGG代谢通路等,初步获得与细胞分裂素代谢通路和信号通路相关的基因。通过NCBI、Pfam和SMART软件在线鉴定,最终得到与细胞分裂素相关基因。将毛竹基因组数据库与所得细胞分裂素相关基因家族Blast比对,获得毛竹细胞分裂素关键基因。通过同源蛋白进化发育系统和基序分布,研究它们间的亲缘关系与进化特点。以快速生长毛竹笋不同节间组织为材料,通过qRT-PCR探究了细胞分裂素相关基因表达特征及其对毛竹快速生长的影响。【结果】植物体内与细胞分裂素相关的基因主要有5大家族:合成基因家族、降解基因家族、受体基因家族、转运基因家族及信号转导因子家族。同源蛋白基序分析发现,拟南芥、水稻、毛竹细胞分裂素相关基因同源蛋白的结构域保守性高度一致,毛竹细胞分裂素相关基因同源蛋白在进化上与水稻关系更近;但有部分同源蛋白结构有种内与种间差异,进化上呈现片段丢失与重复现象,引起同源蛋白功能分化。由qRT-PCR具体分析毛竹不同节间组织细胞分裂素相关基因表达模式,结果显示,合成基因PhIPT1表达量在接近顶端的幼嫩节间略有下降趋势,而PhIPT2在幼嫩节间表达量更高;降解基因PhCKX在顶端幼嫩节间表达量降低;受体基因PhHK表达量在毛竹笋不同节间变化不规律,而转运基因PhHP在顶端幼嫩节间表达量略微增加,信号转导因子PhRR表达量在不同节间有增有减。【结论】对毛竹中的细胞分裂素5大类相关基因同源蛋白研究,发现大部分细胞分裂素相关同源蛋白在结构和生物学功能上都具有较高的保守性,但部分同源蛋白在结构与进化上具有物种特异性。通过对毛竹不同节间细胞分裂素相关基因表达模式研究发现,毛竹形态学上端细胞分裂素含量高于形态学下端,推测其在毛竹快速生长阶段发挥重要生物学功能,调节秆茎伸长生长和变粗。

关键词：毛竹细胞分裂素快速生长进化系统表达模式

毛竹SQUAMOSA启动子结合蛋白SBP家族基因的鉴定及表达模式分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

林业科学 2017年第12期53卷 50-61页

作者：王凯利傅鹰周明兵浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室杭州311300 浙江省竹资源与高效利用协同创新中心杭州311300

【目的】SBP家族基因编码的一类转录因子可识别并结合MADS-box基因SQUAMOSA(SQUA)的启动子,参与植物营养生长和生殖生长的调控。系统地鉴定和分析毛竹SBP家族基因,有助于理解SBP家族基因在毛竹营养生长和生殖生长过程中的调控作用,为毛... 详细信息

【目的】SBP家族基因编码的一类转录因子可识别并结合MADS-box基因SQUAMOSA(SQUA)的启动子,参与植物营养生长和生殖生长的调控。系统地鉴定和分析毛竹SBP家族基因,有助于理解SBP家族基因在毛竹营养生长和生殖生长过程中的调控作用,为毛竹SBP家族基因功能分析奠定基础。【方法】利用已公布的毛竹基因组数据,通过生物信息学方法鉴定毛竹SBP家族基因。利用MEGA 6.0、DNAMAN、psRNATarget等生物信息学软件获得毛竹SBP家族基因基本生物学信息。通过实时荧光定量PCR分析SBP家族基因在毛竹根茎叶、花序发育不同时期和实生苗受到高盐胁迫时的表达模式。【结果】在毛竹基因组中共鉴定到18条SBP家族基因,这些基因都有单一且高度保守的SBP结构域,其中有10条SBP家族基因具有miR156靶位点。毛竹SBP结构域有74个氨基酸残基,包括2个锌指结构域和1个NLS结构域。毛竹SBP转录因子进化关系、基序分布和DNA结构结果表明,进化关系相近的毛竹SBP转录因子的Motif和基因结构均具相似性。对不同物种来源的SBP家族基因进行进化分析发现,毛竹SBP家族基因与水稻SBP家族基因进化关系较近。对SBP基因在毛竹根茎叶中的相对表达量进行研究发现,PeSBP11和PeSBP16表达量分别在茎和根中最高。在花序发育P1-P4期(P1:花序形成初期;P2:小穗的分化;P3:颖花的分化;P4:小穗的生长),有6个基因(PeSBP1,PeSBP2,PeSBP3,PeSBP7,PeSBP15和PeSBP17)表达量较低,且无明显的表达量变化;7个基因(PeSBP5,PeSBP9,PeSBP10,PeSBP12,PeSBP14,PeSBP16和PeSBP18)在P1-P2期表达量上升,其中PeSBP10与PeSBP14的高表达延续到P3期;7个基因(PeSBP6,PeSBP8,PeSBP9,PeSBP10,PeSBP14,PeSBP16和PeSBP18)在P3期表达值较高;5个基因(PeSBP4,PeSBP5,PeSBP9,PeSBP13和PeSBP16)在P4期表达值较高。在高盐胁迫环境下,随着高盐胁迫处理时间的延长,PeSBP2,PeSBP3,PeSBP4,PeSBP8,PeSBP10,PeSBP11,PeSBP12与PeSBP14相对表达量逐渐上升。【结论】毛竹SBP家族基因在进化上非常保守,在进化过程中毛竹基因组可能并未出现特异的SBP基因。实时荧光定量PCR分析显示毛竹SBP家族基因参与了毛竹的营养器官生长,而且在毛竹开花过程中也发挥了重要的作用。在逆境盐胁迫条件下,有4个毛竹SBP基因的表达量发生了明显上调,表明毛竹SBP家族基因可能参与了毛竹对高盐的响应。

关键词：毛竹 SBP家族基因基因表达花序发育盐胁迫

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

植物中活性MITEs转座子研究进展

生物工程学报 2018年第2期34卷 204-215页

作者：胡冰杰周明兵浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室浙江杭州311300 浙江农林大学浙江省竹资源与高效利用协同中心浙江杭州311300

MITEs(Miniature inverted-repeat transposable elements)转座子是一种特殊的转座子,其既有DNA转座子的转座特性——"剪切-粘贴"转座方式,又有RNA转座子的高拷贝特性。目前已被报道的MITEs种类和数量虽然很多,但是关于有转座活性的MITE... 详细信息

MITEs(Miniature inverted-repeat transposable elements)转座子是一种特殊的转座子,其既有DNA转座子的转座特性——"剪切-粘贴"转座方式,又有RNA转座子的高拷贝特性。目前已被报道的MITEs种类和数量虽然很多,但是关于有转座活性的MITEs的报道却甚少。本文总结了近几年来有关活性MITEs的相关报道,发现具有转座活性的MITEs种类大都分布在Tourist家族,分别是m Ping、m Ging、Ph Tourist1、Tmi1和Ph Tst-3,另外还有Stowaway-like家族的d Tstu1和MITE-39以及Mutator家族的Ah MITE1。文中还分析了这些活性MITEs的结构(TIR和TSD)、拷贝数、进化模式以及转座特性等,为鉴定其他活性MITEs以及MITEs转座和扩增机制的研究奠定了基础。

关键词：微型颠倒重复转座元件(MITEs) 转座活性末端重复序列(TIR) 靶位点重复序列(TSD)