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对无环分子编码的一个新方法:CMP法

物理化学学报 1998年第8期14卷 676-681页

作者：何险峰周家驹中国科学院化工冶金研究所北京100080

By the use of ordering-tree and connectivity matrix,a new algorithm to code non-circlemolecules, called connectivity matrix polynomal (CMP) algorithm, is developed. The algorithmcan not only differentiate asymmetrical atoms. but also make the two-direction mapping betweencodes and non-circle molecular strnctures. That is, from the molecular structure, a nmque codecan be obtained, and from the nmque code, the specific molecular structure can be

关键词：拓扑指数联接矩阵无环分子树分子 CMP法编码

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基于药效团的三维数据库搜索

物理化学学报 2003年第9期19卷 886-888页

作者：彭涛周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080

用表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的药效团作为提问结构在三维数据库中进行了搜索.从得到的命中结构中挑选了12个化合物用柔性受体模型方法对其活性进行了预测,发现有2个化合物具有一定的预测活性.这2个化合物可能具有酪氨酸激酶抑... 详细信息

用表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的药效团作为提问结构在三维数据库中进行了搜索.从得到的命中结构中挑选了12个化合物用柔性受体模型方法对其活性进行了预测,发现有2个化合物具有一定的预测活性.这2个化合物可能具有酪氨酸激酶抑制剂的活性,可能作为先导化合物进行结构优化.

关键词：药效团三维数据库搜索酪氨酸激酶抑制剂表皮生长因子受体药物设计生物活性

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酪氨酸激酶抑制剂的研究新进展

化学进展 2002年第5期14卷 355-359页

作者：彭涛周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080

蛋白质酪氨酸在一系列细胞活动的信号转导途径中起着重要的作用。在包括癌症和其他许多疾病的治疗研究中 ,酪氨酸激酶都是研究的目标和对象。本文综述了近年来酪氨酸激酶抑制剂的研究进展。

关键词：酪氨酸激酶抑制剂酪氨酸激酶 ATP 药效团模型抗肿瘤药物结构药物化学

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酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究

物理化学学报 2003年第2期19卷 163-166页

作者：彭涛裴剑锋周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080

利用柔性原子受体模型(FLARM)方法对一系列的异黄酮和喹诺酮衍生物表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,得到了合理的构效关系模型.FLARM方法的计算结果还给出了虚拟的受体模型,该模型说明了抑制剂与受体之间... 详细信息

利用柔性原子受体模型(FLARM)方法对一系列的异黄酮和喹诺酮衍生物表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,得到了合理的构效关系模型.FLARM方法的计算结果还给出了虚拟的受体模型,该模型说明了抑制剂与受体之间可能的相互作用.由该虚拟受体模型得到的受体-配体相互作用与Novartis药效团模型比较类似.

关键词：酷氨酸激酶抑制剂三维定量构效关系柔性原子受体模型 FLARM

带有分子轨道能量的3D-QSAR对N-氨基咪唑的研究(英文)

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物理化学学报 2006年第2期22卷 209-214页

作者：乔颖欣周家驹中国科学院过程工程研究所生物化学学国家重点实验室中国科学院研究生院北京100049

N-氨基咪唑(NAIMs)能通过三种不同的作用方式抑制HIV-1的复制.用比较分子场(CoMFA)方法对一系列有共同骨架的NAIM分子建立3D-QSAR模型.与以往模型不同的是,在偏最小二乘(PLS)分析中尝试引入分子轨道能量的信息来研究生物活性与分子轨道... 详细信息

N-氨基咪唑(NAIMs)能通过三种不同的作用方式抑制HIV-1的复制.用比较分子场(CoMFA)方法对一系列有共同骨架的NAIM分子建立3D-QSAR模型.与以往模型不同的是,在偏最小二乘(PLS)分析中尝试引入分子轨道能量的信息来研究生物活性与分子轨道能量的关系.结果得到了几个模型,分子轨道能量对模型的贡献能为21.7%,轨道HOMO5对模型的贡献最大.

关键词： N-氨基咪唑抑制HIV-1复制三维定量构效关系分子轨道能量比较分子场方法 MOPAC6/PM3

比较分子场分析研究哒嗪酮等体系的三维构效关系

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物理化学学报 1995年第3期11卷 206-210页

作者：冯军周家驹李仁利中国科学院化工冶金研究所计算机化学开放实验室北京100080 北京医科大学北京100084

用比较分子场分析（CoMFA）法对两个体系的化合物进行了研究，得到了预报能力较强的模型.初步的研究表明，作为一种三维定量构效（3D-QSAR）方法，它能够揭示分子三维结构对活性的贡献，有较广阔的应用前景．

关键词： CoMFA 三维定量构效哒嗪酮硫马唑

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酪氨酸激酶抑制剂的比较分子场分析

高等学校化学学报 2003年第6期24卷 1076-1079页

作者：彭涛裴剑锋周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080

采用比较分子场分析 (Co MFA)方法研究了一组嘧啶类衍生物酪氨酸激酶抑制剂活性与结构的关系 .所得模型不仅能够很好地预报训练集中的化合物的活性 ,而且还可以准确地预报预报集中的化合物活性 .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,... 详细信息

采用比较分子场分析 (Co MFA)方法研究了一组嘧啶类衍生物酪氨酸激酶抑制剂活性与结构的关系 .所得模型不仅能够很好地预报训练集中的化合物的活性 ,而且还可以准确地预报预报集中的化合物活性 .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,可以观察到叠加分子周围的立体和静电特征对化合物活性的影响 .

关键词：酪氨酸激酶抑制剂比较分子场分析嘧啶类衍生物活性结构三维定量构效关系药物设计

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柔性原子受体模型(FLARM)

化学学报 2002年第6期60卷 973-979页

作者：裴剑锋周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080

柔性原子受体模型 (FlexibleAtomReceptorModel,FLARM)方法使用了改进的遗传算法 (IGA) ,比传统的受体模型方法具有更快的计算速度 ;FLARM受体模型中的原子空间坐标在遗传演化过程中是可变的 ,避免了不合适的起始位点对模型的影响 ;另外... 详细信息

柔性原子受体模型 (FlexibleAtomReceptorModel,FLARM)方法使用了改进的遗传算法 (IGA) ,比传统的受体模型方法具有更快的计算速度 ;FLARM受体模型中的原子空间坐标在遗传演化过程中是可变的 ,避免了不合适的起始位点对模型的影响 ;另外 ,FLARM用增加空原子权重的方法 ,可以生成不完全封闭的、允许有大段空区域的受体模型 ,这样的模型能更好地模拟实际受体的结构 ,并且容易和药效团模型找到对应关系 .我们用FLARM方法分别计算了甾类化合物体系的CBG蛋白亲和性和 1,1,3 三氧 2H ,4H 噻吩并 [3,4 e][1,2 ,4]噻二嗪衍生物 (TTD)体系的抗HIV 1活性 ,计算结果表明FLARM生成的虚拟受体模型对配体分子的活性具有较高的预测能力 ,在此虚拟受体模型的基础上还可以进一步分析虚拟受体分子与配体分子的相互作用机制。

关键词：柔性原子受体模型遗传算法甾类化合物 TTD 药物设计药效团模型抗HIV-1活性

3DFS:用于药物设计的三维结构柔性搜索系统

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化学通报 1998年第4期 57-64页

作者：王亭周家驹中国科学院化工冶金研究所计算机化学开放实验室

在三维结构数据库中搜索含有某种药效团的分子的三维结构搜索法已经成为新药研制的重要手段，近年已有了广泛的发展。３ＤＦＳ是我室研制的用于药物分子设计的三维结构柔性搜索系统，该系统支持由化学功能基团定义的药效团，并详细定义... 详细信息

在三维结构数据库中搜索含有某种药效团的分子的三维结构搜索法已经成为新药研制的重要手段，近年已有了广泛的发展。３ＤＦＳ是我室研制的用于药物分子设计的三维结构柔性搜索系统，该系统支持由化学功能基团定义的药效团，并详细定义了氢键给体、氢键受体、电荷中心、疏水区等重要化学功能基团的结构类型，并且具有三维构象柔性搜索功能。

关键词：药物设计 3DFS 药效团三维结构搜索构象搜索