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医学科研数据管理与分析案例库建设与评价

大数据时代 2024年第6期 66-71页

作者：曾转萍刘旭东刘丽周俊立广东药科大学广东广州510310

由于传染病、不明原因疾病的流行,公共卫生领域面临着很大的挑战,医学科研数据管理与分析在公共卫生领域中担负着重要的任务。面对海量数据,如何从数据中找到疾病线索,解决公共卫生的实际问题,是当代公共卫生人才亟须解决的重要科学问... 详细信息

由于传染病、不明原因疾病的流行,公共卫生领域面临着很大的挑战,医学科研数据管理与分析在公共卫生领域中担负着重要的任务。面对海量数据,如何从数据中找到疾病线索,解决公共卫生的实际问题,是当代公共卫生人才亟须解决的重要科学问题。文章以医学科研数据管理与分析案例库建设和课堂教学为实例,以现况研究、病例对照、队列研究和实验流行病学研究为线索,提炼案例库,并结合课程思政融入点,应用案例法探索应用型人才培养模式,探讨案例库课程思政建设的具体实践。

关键词：医学科研数据管理与分析案例库教学评价流行病学

全基因组测序技术筛选儿童肺炎链球菌致病因子

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中华医院感染学杂志 2024年第5期34卷 764-769页

作者：黄嘉寅王旭麟李文宇陈敏琪周俊立姚振江傅锦坚叶小华广东药科大学公共卫生学院广东广州510310 柳州市妇幼保健院预防保健科广西柳州545001

目的全基因组测序技术筛选不同类型肺炎链球菌(感染与定植菌株)的分子特征,揭示其致病相关标志物。方法2015年12月-2021年1月在柳州市妇幼保健院收集儿童的临床常见标本(血液、脑脊液、胸膜液、痰液、鼻窦吸入和耳分泌物等)为感染组。收... 详细信息

目的全基因组测序技术筛选不同类型肺炎链球菌(感染与定植菌株)的分子特征,揭示其致病相关标志物。方法2015年12月-2021年1月在柳州市妇幼保健院收集儿童的临床常见标本(血液、脑脊液、胸膜液、痰液、鼻窦吸入和耳分泌物等)为感染组。收集2020年10月-12月在佛山市采用整群抽样方法抽取7所幼儿园,开展健康幼儿园儿童的鼻咽拭子采样为定植组。感染菌株为医院感染儿童的临床感染肺炎链球菌,定植菌株为社区健康儿童的鼻咽定植肺炎链球菌。采用全基因测序技术全面检测肺炎链球菌的耐药基因和毒力基因。采用单因素分析(χ^(2)检验)和机器学习方法(随机森林)筛选出儿童肺炎链球菌的致病相关标志物。结果感染菌株pce、pitA、pitB、sipA、rrgA、rrgB、rrgC、srtG1、srtG2、srtC1、srtC2、srtC3、nanA、nanB、cps4A、cps4B、cps4D和zmpC毒力基因携带率高于定植菌株(P<0.05);cbipG、pfbA、lytA和lytB基因携带率低于定植菌株(P<0.05)。感染菌株ermC、mefA和msrD耐药基因携带率高于定植菌株(P<0.05);cat(pC194)基因的携带率低于定植菌株(P<0.05)。随机森林模型筛选出6个致病分子特征(毒力基因pce、rrgA、lytA、lytB和zmpC,耐药基因msrD),交叉验证准确率为70.11%,曲线下面积(AUC)为0.73。结论运用随机森林有效筛选肺炎链球菌致病相关标志物,为追溯高致病性传染源和开展精准的靶向干预提供遗传学证据。

关键词：肺炎链球菌医院儿童幼儿园儿童分子特征感染定植

铜绿假单胞菌LasR基因反义核酸原核表达载体的构建及对该菌毒力的影响

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生物化学与生物物理进展 2007年第10期34卷 1049-1054页

作者：张玲周俊立李静铭廖芳武汉市疾病预防控制中心武汉430015 华中科技大学同济医学院病原生物学系微生物教研室武汉430030 武汉市第十一医院武汉430000

PCR扩增LasR基因,用反向克隆法构建LasR基因反义核酸原核表达载体pUCP18/lasRantisense并转化铜绿假单胞菌,经酶切、PCR及测序鉴定重组载体.RT-PCR检测LasB基因和LasI基因mRNA的表达,NAD法测定外毒素A的活性,紫外分光光度计测定绿脓菌... 详细信息

PCR扩增LasR基因,用反向克隆法构建LasR基因反义核酸原核表达载体pUCP18/lasRantisense并转化铜绿假单胞菌,经酶切、PCR及测序鉴定重组载体.RT-PCR检测LasB基因和LasI基因mRNA的表达,NAD法测定外毒素A的活性,紫外分光光度计测定绿脓菌素的产生水平.用转化pUCP18/lasRantisense质粒菌株感染大鼠呼吸道并进行病理组织切片检查.PCR扩增出约720bp片段,与GenBank(No:NC_002516)报道的基因片段大小一致,构建了LasR基因反义核酸原核表达载体pUCP18/lasRantisense,并成功转化铜绿假单胞菌,且有效表达,使转化菌的毒力因子弹性蛋白酶、外毒素A和绿脓菌素表达水平均降低.与标准株感染的大鼠比较,转化pUCP18/lasRantisense质粒菌株感染的大鼠支气管炎症明显减轻.上述结果表明,LasR基因反义核酸原核表达载体pUCP18/lasRantisense可以降低铜绿假单胞菌的毒力.

关键词： LasR基因反义核酸细菌转化毒力因子

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内黄县大枣自然地理条件研究

内黄县大枣自然地理条件研究

作者：周俊立广西师范学院

学位级别：硕士

本论文以暖温带的河南内黄县枣区的枣树为研究对象，采用实地考察、定点观察、采样、检测、资料分析相结合的方法，从气候、地貌、水文、土壤、生物和病虫害等因子入手，分析该区自然地理条件对枣树生长的影响，以揭示影响该区枣树产量... 详细信息

本论文以暖温带的河南内黄县枣区的枣树为研究对象，采用实地考察、定点观察、采样、检测、资料分析相结合的方法，从气候、地貌、水文、土壤、生物和病虫害等因子入手，分析该区自然地理条件对枣树生长的影响，以揭示影响该区枣树产量和品质的自然因素，为本区大枣生产服务。通过对气候条件的研究发现，本区气候资源特点是：光照充足、热量丰富，无霜期较长，光合作用强，有机物质积累多，昼夜温差较大，利于大枣糖分的积累。春季干旱少雨，晴天多，光热较好，大枣发芽、开花多;夏季高温多雨，有利于大枣膨大期的迅速生长。夏季平均温度在24～27℃，有利于维生素C的合成和积累。秋季风弱，有利于枣果稳定成熟，9～10月平均气温17.9℃，有利于各种氨基酸的合成。内黄平原地貌主要为第四纪河流冲积和风力沉积作用下形成的，土层深厚;土壤为潮土类和风沙土类，主要是黄潮土亚类的沙土、粘土、沙壤土等。而枣树具有耐旱耐寒耐瘠薄耐盐碱的生物特性，根据内黄地貌条件，内黄人民选择栽植枣树，经实践证明，内黄栽植枣树基本能实现经济效益和生态效益有机结合。因此栽植枣树在内黄得到了大力推广。由于春季干旱，枣园灌溉用水约80%来源于地下水。但由于大水漫灌，水资源利用率不高;这造成了一些生态问题，如土壤次生盐渍化。内黄为黄河古道，地下水丰富，经检测水源符合枣园灌溉标准。枣区土壤有机质含量较低、pH值适中;全N较缺乏、全P丰富、全K偏低。土壤中部分微量元素（如锌﹑锰﹑铜﹑铁﹑硼）均有不同程度的缺乏。因此在大枣生产时应补充生物肥，同时补充氮肥和钾肥，控制磷肥;同时也要适量补充含有硫、铁、锰、锌、硼等微量元素的肥料。因此，通过提高土壤肥力，进一步提高大枣的品质和产量。总体本区大枣产量相对较高，品质较好，富含丰富的氨基酸、糖类和维生素，鲜枣酸甜，干枣味香甜。

关键词：枣树生长气候土壤水文大枣产量和品质

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淋病奈瑟菌膜蛋白抗原表位的研究

中国皮肤性病学杂志 2007年第8期21卷 458-461页

作者：戴翔廖芳黄进周俊立张玲华中科技大学同济医学院病原生物学系湖北武汉430030

目的利用人工合成多肽制备针对淋球菌外膜蛋白PIB抗原表位的特异性多克隆抗体,以期用于淋球菌的检测,为进一步建立新型淋病快速诊断方法提供研究基础。方法根据PIB抗原表位的氨基酸序列合成一段多肽(LD1),并将其与钥孔血蓝蛋白(KLH)偶... 详细信息

目的利用人工合成多肽制备针对淋球菌外膜蛋白PIB抗原表位的特异性多克隆抗体,以期用于淋球菌的检测,为进一步建立新型淋病快速诊断方法提供研究基础。方法根据PIB抗原表位的氨基酸序列合成一段多肽(LD1),并将其与钥孔血蓝蛋白(KLH)偶联构成完全抗原LD1-KLH,免疫动物,收集抗血清,用ELISA和Western blot检测其特异性。结果ELISA检测表明,LD1-KLH具有免疫原性,免疫动物能刺激机体产生较强的体液免疫反应,兔血清抗体和豚鼠血清抗体效价最高分别达到1:3200和1:25600;抗血清能与淋球菌临床株特异性结合,与葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌和真菌等其他微生物之间没有交叉反应;Westernblot结果显示,抗血清能识别淋球菌裂解物,产生特异性条带,相对分子质量(Mr)为37300。结论人工合成多肽具有免疫原性,能诱导机体产生识别淋球菌抗原表位的特异性抗体。

关键词：淋病奈瑟菌外膜蛋白表位多肽

铜绿假单胞菌LasI基因反义核酸载体的构建及生物学作用研究

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广东医学 2007年第5期28卷 694-696页

作者：周俊立李柏生张玲廖芳贺超华中科技大学同济医学院基础医学院微生物学系武汉430030 广东省疾病预防控制中心微生物检验所广州510300 湖北省疾病预防控制中心微生物检验所武汉430079

目的构建LasI基因反义核酸原核表达载体pUCP18/lasIantisense,转化入铜绿假单胞菌并分析其生物学作用。方法PCR扩增LasI基因序列,反向克隆法构建LasI基因的反义核酸原核表达载体pUCP18/lasIantisense,并转化铜绿假单胞菌。通过检测转化... 详细信息

目的构建LasI基因反义核酸原核表达载体pUCP18/lasIantisense,转化入铜绿假单胞菌并分析其生物学作用。方法PCR扩增LasI基因序列,反向克隆法构建LasI基因的反义核酸原核表达载体pUCP18/lasIantisense,并转化铜绿假单胞菌。通过检测转化菌的LasB和LasR基因表达,测定外毒素的活性和绿脓菌素的表达等指标,分析pUCP18/lasIantisense的生物学作用。结果成功构建pUCP18/lasIantisense并转化铜绿假单胞菌,且有效表达,转化菌的毒力因子弹性蛋白酶、外毒素和绿脓菌素表达水平均降低。结论pUCP18/lasIantisense可以降低铜绿假单胞菌毒力因子表达,提示LasI基因可作为医院内铜绿假单胞菌感染治疗的一个新的靶点。

关键词： LasI基因反义核酸细菌转化毒力因子密度感知信号系统