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金针菇菌柄发育的转录组与蛋白组分析

菌物学报 2021年第12期40卷 3231-3245页

作者：吕晓萌刘澳王庆佶王祥锋丑天胜王威山东省农业微生物重点实验室山东农业大学植物保护学院山东泰安271018 中国科学院大学生命科学学院北京100049

菌柄是金针菇等食用菌的主要商品部位,但其生长机制仍不明确。本研究对金针菇伸长期和成熟期菌柄进行了转录组联合蛋白组分析,结果显示,两样本显著性差异表达基因和蛋白分别为721个和61个,均以上调表达为主。GO(gene ontology)功能聚类... 详细信息

菌柄是金针菇等食用菌的主要商品部位,但其生长机制仍不明确。本研究对金针菇伸长期和成熟期菌柄进行了转录组联合蛋白组分析,结果显示,两样本显著性差异表达基因和蛋白分别为721个和61个,均以上调表达为主。GO(gene ontology)功能聚类分析表明:有72.41%的差异表达基因富集在催化活性(catalytic activity)条目下。细胞组分(cell part)和绑定结合(binding)条目同时富集了较多的差异表达基因和蛋白。KEGG通路富集分析显示:碳水化合物代谢通路(carbohydrate metabolism)和氨基酸代谢通路(amino acid metabolism)富集的差异表达基因较多。差异表达蛋白富集较多的通路是单环菌素生物合成(monobactam biosynthesis,ko00261)、链霉素生物合成(streptomycin biosynthesis,ko00521)和有机含硒化合物代谢(selenocompound metabolism,ko00450)等。内质网蛋白质加工(protein processing in endoplasmic reticulum,ko04141)和MAPK信号通路(MAPK signaling pathway-yeast,ko04011)在转录组和蛋白组的KEGG富集分析中均为差异通路。本研究联合转录组和蛋白组数据筛选了40个金针菇菌柄发育中差异表达基因,为深入研究揭示食用菌菌柄发育过程提供候选基因。

关键词：金针菇菌柄发育转录组蛋白组

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金针菇戊糖磷酸途径的关键基因表达分析

基因组学与应用生物学 2019年第12期38卷 5542-5549页

作者：张文静丑天胜刘芳吴安齐谢宝贵王威山东农业大学植物保护学院山东省农业微生物重点实验室泰安271018 福建农林大学生命科学学院福建农林大学菌物研究中心福州350002

生物细胞主要依靠戊糖磷酸途径(pentose phosphate pathway,PPP)产生还原力,该途径也是细胞内各种单糖分子相互转变和不同结构糖分子合成的重要方式。PPP途径能够在生物的不同生长发育或代谢活动中发挥重要的作用。本研究基于金针菇单... 详细信息

生物细胞主要依靠戊糖磷酸途径(pentose phosphate pathway,PPP)产生还原力,该途径也是细胞内各种单糖分子相互转变和不同结构糖分子合成的重要方式。PPP途径能够在生物的不同生长发育或代谢活动中发挥重要的作用。本研究基于金针菇单核体菌株W23基因组数据,使用KEGG数据库注释了与金针菇PPP途径相关的22个基因。进一步结合生物信息学分析手段,研究了两个限速酶:葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase,G6PDH)与6-磷酸葡糖酸脱氢酶(6-phosphogluconate dehydrogenase,6PGDH)基因结构,并利用金针菇不同发育时期的不同组织转录组数据,分析了这两个限速酶编码基因的表达模式。结果表明,两个基因编码蛋白均具有行使其功能的保守结构域,定位在细胞质中,包含多个磷酸化位点。G6PDH系统发育分析表明该基因较为保守,进化与物种分类地位相一致。基因g6pdh与6pgdh的表达量呈高度正相关(相关系数为0.99),两个基因在菌丝阶段的表达量均高于子实体阶段,并且在菌盖中表达量高于菌柄,显示了PPP途径在金针菇不同发育阶段的活跃程度。本研究能够为金针菇生长和发育过程研究提供理论参考。

关键词：金针菇基因组戊糖磷酸途径葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 6-磷酸葡糖酸脱氢酶

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毛木耳白色突变体的遗传规律及分子标记开发

菌物学报 2018年第12期37卷 1643-1649页

作者：黄蓉梅徐伟南丑天胜仝宗军韩星谢宝贵福建农林大学菌物研究中心福建福州350002 福建农林大学园艺学院福建福州350002

2016年秋季,漳州一农户种植的褐色毛木耳Auricularia cornea品种"43012H"发生白色突变,有的菌袋同时长出褐色、白色、褐色与白色交杂的颜色嵌合体耳片,有的菌袋长出白色耳片,而有的菌袋出菇颜色正常。采集白色耳片、褐色耳片和嵌合体耳... 详细信息

2016年秋季,漳州一农户种植的褐色毛木耳Auricularia cornea品种"43012H"发生白色突变,有的菌袋同时长出褐色、白色、褐色与白色交杂的颜色嵌合体耳片,有的菌袋长出白色耳片,而有的菌袋出菇颜色正常。采集白色耳片、褐色耳片和嵌合体耳片进行组织分离,得到的菌种进行栽培试验,从褐色耳片(正常)分离获得的菌种(AC_B),种植得到正常的毛木耳子实体;从白色耳片(突变)分离获得的菌种(AC_W),种植得到纯白色子实体;从颜色嵌合体耳片分离获得的菌种(AC_R),栽培后也只长白色子实体,没有出现嵌合体子实体。AC_B分别与AC_W、AC_R的菌种混合接种栽培,菌袋中同时长出白色、褐色和嵌合体耳片。再次进行组织分离与栽培试验,性状稳定。对AC_B和AC_W进行基因组测序,获得2个与本研究中所用菌株的耳片颜色相关的SNP位点,即SNP1和SNP2。上述组织分离得到的菌株中,褐色菌株的基因型为SNP1 A/G(杂合)、SNP2 A(纯合),白色菌株的基因型为SNP1 G(纯合)、SNP2 A/C(杂合)。

关键词：毛木耳颜色嵌合体耳片 SNP标记

高通量测序检测金针菇RNAi转化子插入位点及拷贝数

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菌物学报 2015年第4期34卷 694-702页

作者：丑天胜王威施乐乐卢园萍邓优锦谢宝贵福建农林大学生命科学学院菌物研究中心福建福州350002

本研究对金针菇Flammulina velutipes的一个RNAi转化子菌株1382R3进行了高通量测序,以本实验室先前获得的野生型W23基因组数据为参考,分析了该转化子的基因插入位点以及拷贝数。转化子菌株1382R3是通过农杆菌介导将fv-hmg1-RNAi载体转... 详细信息

本研究对金针菇Flammulina velutipes的一个RNAi转化子菌株1382R3进行了高通量测序,以本实验室先前获得的野生型W23基因组数据为参考,分析了该转化子的基因插入位点以及拷贝数。转化子菌株1382R3是通过农杆菌介导将fv-hmg1-RNAi载体转化至金针菇菌株并通过PCR检测筛选标记而得到。通过BLAST将转化子测序的reads对外源载体和基因组定位,找到具有基因组序列(GS)和外源载体序列(ES)两种序列的临界reads,并据此使用PERL语言程序成功在转化子1382R3菌株中找到两个插入位点。对两个插入位置的序列分析表明:在插入位点1,T-DNA片段部分插入;在插入位点2,T-DNA全部插入到基因组。两个插入位点都对基因组内源基因的表达造成了一定的干扰。此方法拓宽了高通量测序技术的应用范围,将其运用到遗传转化插入位置和拷贝数的研究中,有利于食用菌的功能基因组及基因工程研究。

关键词：基因组重测序农杆菌介导转化金针菇高通量测序

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金针菇Fv-Afe1基因的功能初探

生物技术通报 2018年第3期34卷 230-234页

作者：姜思源丑天胜李肖黄蓉梅谢宝贵福建农林大学菌物研究中心福州350002 中国科学院微生物研究所北京100080

从金针菇菌株L11基因组数据筛选出一个腺苷酸合成酶超家族基因Fv-Afe1。结合转录组数据分析基因结构,利用生物信息学软件对基因及其氨基酸序列生理生化指标进行预测,与NCBI已公布的其他物种的氨基酸序列进行系统发育分析,运用qRT-PCR技... 详细信息

从金针菇菌株L11基因组数据筛选出一个腺苷酸合成酶超家族基因Fv-Afe1。结合转录组数据分析基因结构,利用生物信息学软件对基因及其氨基酸序列生理生化指标进行预测,与NCBI已公布的其他物种的氨基酸序列进行系统发育分析,运用qRT-PCR技术和转录组表达谱数据对Fv-Afe1在金针菇各发育时期进行表达分析。结果显示,Fv-Afe1全长为967 bp,具有4个外显子和3个内含子,该基因氨基酸三级结构具有两个结构域,属于胞内酶,无跨膜结构,为真菌腺苷酸合成酶超家族成员;该基因在伸长期菌柄高表达,成熟期菌柄次之。

关键词：金针菇子实体发育腺苷酸合成酶超家族

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金针菇单、双核菌丝差异表达基因分析

菌物学报 2015年第4期34卷 683-693页

作者：王威丑天胜刘芳严俊杰吴塔菊李少杰谢宝贵福建农林大学生命科学学院菌物研究中心福建福州350002 中国科学院微生物研究所北京100101

对金针菇Flammulina velutipes单核菌丝W23的菌丝体以及与L11质配后的双核菌丝H1123菌丝体进行了转录组测序,以本实验室已获得的W23基因组为参考基因组研究两样本间差异基因,并对这些差异基因进行了GO功能和Pathway显著性富集分析。差... 详细信息

对金针菇Flammulina velutipes单核菌丝W23的菌丝体以及与L11质配后的双核菌丝H1123菌丝体进行了转录组测序,以本实验室已获得的W23基因组为参考基因组研究两样本间差异基因,并对这些差异基因进行了GO功能和Pathway显著性富集分析。差异基因分析显示,两个样本中共有显著性差异表达的基因3 504个,其中在双核菌丝中上调、下调的基因数分别为2 151和1 353个。研究发现差异表达基因含有很多的转录因子基因、蛋白激酶以及WD40 repeat-like蛋白。Gene Ontology(GO)功能分析结果表明,extracellular region和membrane-enclosed lumen条目下的差异基因全部为上调表达,而envelope下的差异基因全部为下调表达,以利于双核菌丝分裂时锁状联合的形成而便于核的迁移。Pathway功能富集分析结果表明,脂肪酸、氨基酸以及大部分糖类合成相关基因具有比较活跃的上调表达。说明双核菌丝主要进行营养物质的富集,为下一步在合适条件下分化成原基,进入生殖生长阶段储备物质基础。

关键词：转录组差异表达基因 GO功能 Pathway分析

金针菇交配型信号通路与Fv-hmg1基因的关系

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金针菇交配型信号通路与Fv-hmg1基因的关系

中国菌物学会2016年学术年会

作者：王威丑天胜 Arend Fransvan Peer 谢宝贵福建农林大学生命科学学院菌物研究中心山东农业大学植物保护学院菌物资源系

食用菌的交配型系统控制着菌丝的质配过程,并对其有性生殖发育过程具有重要的调控作用。本研究通过表达谱和转录组测序筛选到草菇菌株H1521和金针菇菌株H1123在质配以及原基形成时期共同上调表达基因143个。经转录因子注释分析,5个转录... 详细信息

食用菌的交配型系统控制着菌丝的质配过程,并对其有性生殖发育过程具有重要的调控作用。本研究通过表达谱和转录组测序筛选到草菇菌株H1521和金针菇菌株H1123在质配以及原基形成时期共同上调表达基因143个。经转录因子注释分析,5个转录因子中有2个属于高速泳动蛋白（high mobility group protein,HMG）家族。HMG转录因子能够与DNA结合并调控特定的生物学过程。本研究通过农杆菌介导的转化方法,构建了Fv-hmg1基因的过表达和RNA干扰转化子。并使用RT-q PCR技术分析了转化子的交配型通路相关基因的表达模式。以及选取不同交配型的菌株构建A因子和B因子不同亲和性的4种配对组合（A-on/B-on;A-on/B-off;A-off/B-on;A-off/B-off）,同样使用RT-q PCR技术分析Fv-Hmg1转录因子在4种组合菌株中的表达模式。结果表明:Fv-Hmg1与交配型通路具有相互作用,它的过量表达会抑制交配型A因子信号通路中的clp1基因的表达。可亲和的A因子基因可以增强Fv-hmg1基因的表达,而可亲和的交配型B因子基因可以抑制Fv-hmg1基因的表达,当A因子和B因子都可亲和时,综合表现为B因子的抑制作用。本研究分析了可能调控食用菌原基形成的Fv-Hmg1转录因子与交配型通路之间的关系,有利于进一步探索金针菇中交配型基因和转录因子共同对子实体形成的调控机制。

关键词：金针菇质配交配型子实体形成

来源： cnki会议评论

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金针菇交配型A因子作用机理初步研究

金针菇交配型A因子作用机理初步研究

中南林业科技大学园林绿化植物调查与植物景观分析

中国菌物学会2018年学术年会

作者：丑天胜王威 Arend F van Peer 谢宝贵福建农林大学生命科学学院菌物研究中心山东农业大学植物保护学院山东省农业微生物重点实验室 Mushroom Research Plant BreedingWageningen Plant ResearchWageningen University and Research

金针菇Flammulina velutipes (Curt. ex Fr.) Sing,是目前食用菌消费市场中常见的食用菌品种,其产量和消费量常年位居我国前列。金针菇属于四极性异宗结合的担子菌,其有性生殖过程由A和B交配型因子共同控制完成。A和B因子由交配型基因组... 详细信息

金针菇Flammulina velutipes (Curt. ex Fr.) Sing,是目前食用菌消费市场中常见的食用菌品种,其产量和消费量常年位居我国前列。金针菇属于四极性异宗结合的担子菌,其有性生殖过程由A和B交配型因子共同控制完成。A和B因子由交配型基因组成,又称为交配型位点(MAT loci)。金针菇A与B交配型位点分别含有两个功能亚位点(HD-a/HD-b;PR-a/PR-b),组成亚位点的基因为交配型基因。本研究将金针菇HD-a位点中的HD1-7基因和HD-b位点中HD1-2基因分别转化至金针菇菌株L11中,构建A-on菌株,并验证是否能够激活A因子信号通路。结果表明:转化子菌株通过与单亲和菌株(A=;B≠)配对镜检,均观察到完整锁状联合结构,证明两个亚位点可以分别激活A因子信号通路。进一步对转化子进行表型和生长速度测定表明,突变体菌株能够形成锁状联合前体结构,且气生菌丝生长稀疏,生长速度与野生型单核菌株相比无显著差异。本研究结果可以为进一步深入研究金针菇交配型A因子作用机理提供理论基础。

关键词：金针菇交配型位点交配型基因交配型A基因通路

来源： cnki会议评论

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现代农业科技 2015年第13期 220-221,224页

作者：吴际洋丑天胜李颖林福建农林大学植物保护学院农林创新实验班福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建农林大学林学院

大学环境建设是创造良好的教学、科研和学习环境的重要条件之一。中南林业科技大学作为我国林业科学教育的高等学府,在绿化校园与美化环境中展现了学校专业的特色风貌。对校区内的植物种类、植物配置、校园景观进行了实地调查分析,并就... 详细信息

大学环境建设是创造良好的教学、科研和学习环境的重要条件之一。中南林业科技大学作为我国林业科学教育的高等学府,在绿化校园与美化环境中展现了学校专业的特色风貌。对校区内的植物种类、植物配置、校园景观进行了实地调查分析,并就如何实现植物景观设计的科学性与艺术性统一及相互关系进行探讨。

关键词：校园绿化园林植物景观调查分析中南林业科技大学