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基于混合深度模型和混合特征的细菌分泌蛋白的识别研究

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基于混合深度模型和混合特征的细菌分泌蛋白的识别研究

作者：丁振东景德镇陶瓷大学

学位级别：硕士

革兰氏阴性菌为了在宿主体内生存、繁衍和扩散,会通过分泌系统这一通道将分泌蛋白注入宿主细胞质中,这会引起多种疾病。正确识别和分类分泌蛋白对研究细菌致病、细菌运作机理以及开发新型抗菌药物非常重要,然而分泌蛋白的氨基酸序列具... 详细信息

革兰氏阴性菌为了在宿主体内生存、繁衍和扩散,会通过分泌系统这一通道将分泌蛋白注入宿主细胞质中,这会引起多种疾病。正确识别和分类分泌蛋白对研究细菌致病、细菌运作机理以及开发新型抗菌药物非常重要,然而分泌蛋白的氨基酸序列具有高度的突变性和多样性,尽管已经开发了许多蛋白质组学的方法来识别分泌蛋白,但这些方法需要花费较多的时间成本和设备成本。因此,开发能快速识别分泌蛋白的计算模型就显得非常重要。虽然目前已有一些这样的模型被开发出来,但很少有方法能够同时对两种及以上的分泌蛋白进行分类预测。尤其是对于T3SE和T4SE来说,因为它们具有相似的同源序列和进化信息,并且两者都不含N端信号肽,这使得区分这两种分泌蛋白更加困难。为了解决这一问题,本研究提出了两种模型:一种是基于卷积神经网络(CNN)、双向门控循环单元(BiGRU)以及全连接神经网络(FCNN)的混合深度学习算法,以实现对T3SEs和T4SEs的识别;另一种是基于注意力机制的混合深度学习算法,该方法可以除了可以预测T3SEs和T4SEs外,还可以识别T3SEs与非T3SEs、T4SEs与非T4SEs。值得注意的是,两种模型都使用了混合特征,正是基于此,大大提高了模型的泛化能力。其中第一种模型在独立测试集上的性能优于现有方法,其中ACC超过了0.85,Pre,F1和Recall都在0.83以上,MCC超过了0.71。第二种模型虽然同时对T3SEs和T4SEs进行识别的能力稍差,但对单一的T3SEs或T4SEs的分泌蛋白识别能力表现优异,经过训练后,还能高效识别疟原虫分泌蛋白。总之,我们所开发的模型,不但在识别T3SEs和T4SEs时性能突出,当推广到识别其它类型分泌蛋白时也取得优异表现。本文的研究也将对进一步探索细菌不同类型的分泌蛋白提供参考。

关键词：革兰氏阴性菌深度学习分泌蛋白 BiGRU 注意力机制

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神话单元整体教学的构架与设计

小学语文教学 2024年第20期 26-27页

作者：丁振东江苏南通市北城小学

教材中编排了多篇神话类课文,神话的魅力既在于神话本身,神奇的故事、神奇的想象、神奇的人物,也在于不断勾连文化、科学,产生新的魅力,这些魅力需要在与神话的丰富对话中体悟,需要在真实的任务情境中创意表达。一、分解与组合:基于要素... 详细信息

教材中编排了多篇神话类课文,神话的魅力既在于神话本身,神奇的故事、神奇的想象、神奇的人物,也在于不断勾连文化、科学,产生新的魅力,这些魅力需要在与神话的丰富对话中体悟,需要在真实的任务情境中创意表达。一、分解与组合:基于要素,线性推进1.要素为线,整体重构。相对于以单篇课文为载体,落实多个单元要素,教师可以以要素为线,重组整个单元,如四年级上册第四单元教学安排(见表1)。

关键词：任务情境单元整体教学创意表达教学安排分解与组合四年级上册神话整体重构

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基于脊间隙波导的低副瓣多波束阵列天线设计

南京理工大学学报 2024年第1期48卷 88-95页

作者：权钰李想王昊陶诗飞曹建银丁振东南京理工大学电子工程与光电技术学院江苏南京210094 电磁空间认知与智能控制技术实验室北京100191

为了克服毫米波频段传统多波束阵列天线损耗高、效率低以及等幅激励情况下副瓣电平较高的问题,该文提出了一种基于间隙波导技术的低副瓣多波束阵列天线设计方法。首先,设计了基于巴特勒矩阵的双层多波束馈电网络拓扑结构,将传统巴特勒... 详细信息

为了克服毫米波频段传统多波束阵列天线损耗高、效率低以及等幅激励情况下副瓣电平较高的问题,该文提出了一种基于间隙波导技术的低副瓣多波束阵列天线设计方法。首先,设计了基于巴特勒矩阵的双层多波束馈电网络拓扑结构,将传统巴特勒矩阵的4个输出端口与不等功分器相连,拓展为8个输出端口,实现输出功率的重新分配,以达到低副瓣设计的目的。接着,设计了基于脊间隙波导的双层和单层定向耦合器、交叉结和不等功分器,完成了低副瓣多波束阵列天线的整体设计。最后,进行了天线实物加工和测试,测试与仿真结果较为吻合,副瓣电平得到了有效降低,验证了所提出的低副瓣多波束阵列天线的性能。

关键词：毫米波多波束低副瓣脊间隙波导阵列天线

肿瘤坏死因子α拮抗剂和维得利珠单抗治疗炎症性肠病的持久性及影响因素

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中国临床药学杂志 2024年第8期 598-604页

作者：陈春燕丁振东吴巧艳朱素燕宁波大学附属第一医院药学部宁波大学附属第一医院消化科

目的评估炎症性肠病（IBD）患者接受肿瘤坏死因子α（TNF-α）拮抗剂或维得利珠单抗治疗的持久性及治疗失败的危险因素。方法采用回顾性队列研究方法，收集过去8年内在研究中心接受TNF-α拮抗剂或维得利珠单抗治疗的患者资料。采用Kapl... 详细信息

目的评估炎症性肠病（IBD）患者接受肿瘤坏死因子α（TNF-α）拮抗剂或维得利珠单抗治疗的持久性及治疗失败的危险因素。方法采用回顾性队列研究方法，收集过去8年内在研究中心接受TNF-α拮抗剂或维得利珠单抗治疗的患者资料。采用Kaplan-Meier法计算治疗持续时间，并使用log-rank检验法进行比较。采用多因素Cox回归分析，探讨治疗失败的危险因素。结果本研究共纳入210例患者（168例使用TNF-α拮抗剂，42例使用维得利珠单抗），中位治疗时间为3.2年[35（29,50）个月]，近一半患者在5年内退出治疗。40岁以上患者的治疗持续时间显著低于年轻患者[<40岁：39（31,62）个月；≥40岁：25（20,50）个月；P=0.013]。生物制剂起始治疗时，基线红细胞沉降率（ESR）<25 mm·h-1的患者的治疗持续时间要长于基线ESR≥25mm·h-1的患者（P=0.06）。100例终止治疗的患者中，治疗失败患者占56%，疾病缓解患者占18%，因药物不良反应而终止治疗患者占17%。生物制剂起始治疗时的C-反应蛋白水平被确定为TNF-α拮抗剂治疗失败的独立预测因素（HR:1.03,95%CI:1.01～1.04,P=0.009）。结论IBD患者接受生物制剂治疗的长期持久性有限，终止治疗的主要原因是治疗失败、疾病缓解和药物不良反应。

关键词：肿瘤坏死因子α拮抗剂维得利珠单抗炎症性肠病治疗持久性

基于Web of Science数据库术后谵妄研究现状的文献计量学分析

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国际医药卫生导报 2024年第7期30卷 1091-1098页

作者：谭慧玲沈宁杨静张红燕赵媛丁振东湖南省人民医院(湖南师范大学第一附属医院)麻醉科长沙410000 广州市花都区人民医院麻醉科广州510800 中山大学附属第三医院麻醉科广州510630

目的通过文献计量学分析术后谵妄的研究现状、趋势和热点,为国内外研究提供新思路。方法检索Web of Science核心数据库中2002-2022年发表的术后谵妄相关文献(检索日期为2023年7月10日),对年度发表量、引用频率、发文国家、机构、期刊、... 详细信息

目的通过文献计量学分析术后谵妄的研究现状、趋势和热点,为国内外研究提供新思路。方法检索Web of Science核心数据库中2002-2022年发表的术后谵妄相关文献(检索日期为2023年7月10日),对年度发表量、引用频率、发文国家、机构、期刊、作者、关键词、研究方向等方面进行分析,并运用CiteSpace软件对文献的总体特征性进行可视化分析。结果共纳入1208篇文献,2002-2022年术后谵妄相关文献年发表量呈上升趋势;美国是发文最多的国家,其次是中国;发文量前两位作者是Inouye Sharon和Marcantonio Edward R;发文最多的机构是哈佛大学;老年、长期住院、癌症、疼痛、髋关节骨折、心脏手术、腹部大手术和重症监护患者是术后谵妄研究的热点群体。术后谵妄预测模型的建立、预防性系统管理模型、患者远期结局等方面都具有较高的关注度。结论术后谵妄的研究正逐步增加,但是我国和发达国家仍存在一定差距。针对术后谵妄的系统规范性评估、预防、治疗是未来重点关注的研究方向。

关键词：术后谵妄 Web of Science 文献计量学分析

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神话单元整体教学的构架与设计

脑室-腹腔分流术后颅内感染因素分析及治疗体会

小学语文教学（园地） 2024年第7期 26页

作者：丁振东

来源：博看期刊评论

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医药论坛杂志 2024年第9期45卷 915-918页

作者：李来华刘雨春常运光栗向军丁振东李太平河南大学附属郑州颐和医院神经外科郑州450000

目的总结脑室-腹腔分流术(VPS)后感染的因素及治疗方法。方法回顾性分析了2019年01月至2022年01月河南大学附属郑州颐和医院神经外科收治的22例脑室-腹腔分流术后感染病例。结果根据感染发生的时间,将脑室-腹腔分流术后感染分为急性感染... 详细信息

目的总结脑室-腹腔分流术(VPS)后感染的因素及治疗方法。方法回顾性分析了2019年01月至2022年01月河南大学附属郑州颐和医院神经外科收治的22例脑室-腹腔分流术后感染病例。结果根据感染发生的时间,将脑室-腹腔分流术后感染分为急性感染(3~7 d)、亚急性感染(8~14 d)、晚期感染(>14 d)。其中急性感染16例,亚急性感染4例,晚期感染2例。所有病例均进行了脑脊液培养,阴性8例,葡萄球菌12例,肠球菌1例,克雷白杆菌1例。22例患者均给予静脉抗生素、腰大池引流、鞘内注射抗生素等规范治疗,16例治愈(72.8%),5例拔除分流管(22.7%),1例死亡(4.5%)。结论脑室-腹腔分流术后感染早期发现,早期诊断,通过综合治疗,可以避免二次手术的风险和减少患者的经济负担。

关键词：脑室-腹腔分流术颅内感染疗效

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实用优生优育知识1000题上第1版

1990年

作者：丁振东

来源：汇雅图书（南通市图书馆... 评论

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复合材料工程应用分析

热加工工艺 2009年第24期38卷 57-61,64页

作者：丁振东海装驻西安地区军事代表局陕西西安710054

介绍了复合材料的发展及应用概况,针对碳纤维复合材料在航空航天领域的应用进行了分析,概述了复合材料产品的成形工艺技术,提出了目前复合材料制作工艺技术存在的问题及发展方向,为开展复合材料的工程应用研究提供参考。

关键词：复合材料碳纤维增强树脂基