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作者

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3 篇 张成
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小鼠遗传学与代谢调控研究(英文)

小鼠遗传学与代谢调控研究(英文)

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：吴晓晖

Systematic screening for mutants with certain phenotypic alterations is one of the most powerful genetic approaches to study unknown biological questions.It allows unbiased identification of important regulatory elements without knowing underlying molecular machinery.With this approach,we have successfully identified mutants with various developmental or disease phenotypes from a collection of thousands of

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Single-molecule approaches to charactering the eukaryotic replisome

Single-molecule approaches to charactering the eukaryotic re...

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：付钰 State Key Laboratory of Microbial Resources Institute of MicrobiologyChinese Academy of Sciences

Replisome is a multi-protein complex responsible for DNA replication.The dynamic nature of replisome makes it challenging to detect the transient behavior of the molecular participants in replisome by ensemble-averaging techniques.Single-molecule methods have emerged as powerful tools to study individual replication proteins and their functions within the replisome.The ability to observe the dynamic process that replisome duplicates DNA in real-time provides insight into the molecular mechanisms underlying DNA replication.Single-molecule fluorescence microcopy has led us to an improved understanding of the unwinding mechanism of DNA replicative heclicase,initiation of replication and possible modes of replication termination.

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Insights from a long-term experimental evolution of a tumor

Insights from a long-term experimental evolution of a tumor

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：贺雄雷

It is increasingly clear that cancer as a continuously evolving disease cannot be understood except in the light of evolution.Although massive genomic data for tumor samples are available,our present understanding of cancer evolution is fragmented because clinical samples covering the whole life history of a human tumor from initiation to metastasis have been unavailable.Using a mouse-based xenograft model we conducted a-year experimental evolution of a human cell-derived tumor,and characterized for the first time the complete life history of a tumor at the genomic and transcriptomic levels.We observed interesting patterns,and proposed a cancer devolution model to explain the striking inter-/intra-tumoral genetic heterogeneity in the clinic.

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Sex-specific epigenetic regulation of mammary gland by the X chromosome in mice

Sex-specific epigenetic regulation of mammary gland by the X...

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：焦保卫

In female mouse embryos,somatic cells undergo a random form of X chromosome inactivation(XCI),whereas extraembryonic trophoblast cells in the placenta undergo imprinted XCI,silencing exclusively the paternal X chromosome.Initiation of imprinted XCI requires a functional maternal allele of the X-linked gene Rnf12,which encodes the ubiquitin ligase Rnf12/RLIM.We find that knockout(KO)of Rnf12 in female mammary glands inhibits alveolar differentiation and milk production upon pregnancy,with alveolar cells that lack RLIM undergoing apoptosis as they begin to differentiate.Genetic analyses demonstrate that these functions are mediated primarily by the paternal Rnf12 allele due to nonrandom maternal XCI in mammary epithelial cells.These results identify paternal Rnfl2/RLIM as a critical survival factor for milk-producing alveolar cells and,together with population models,reveal implications of transgenerational epigenetic inheritance.

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新技术带来新发现:肝细胞癌DNA甲基化组研究

新技术带来新发现:肝细胞癌DNA甲基化组研究

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：高飞

表观遗传学是近十年发展迅速的前沿学科,其中DNA甲基化的重编程在复杂疾病特别是癌症发生中具有重要作用。随着新技术,特别是基于高分辨率高通量测序技术的甲基化检测技术不断被研发出来,新的具有表观遗传异常修饰的基因得以鉴定。我们...

表观遗传学是近十年发展迅速的前沿学科,其中DNA甲基化的重编程在复杂疾病特别是癌症发生中具有重要作用。随着新技术,特别是基于高分辨率高通量测序技术的甲基化检测技术不断被研发出来,新的具有表观遗传异常修饰的基因得以鉴定。我们介绍两类新技术,一类是针对特定区域捕获并进行亚硫酸盐测序的LHC-BS技术,另一类是可同时检测DNA甲基化和羟甲基化的HMST-Scq技术。我们分别利用这两类技术研究了人肝细胞癌的表观基因组异常,并鉴定了与肝细胞发生发展紧密相关具有肿瘤抑制基因特征的重要基因。

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iPS诱导过程的表观遗传调控研究

iPS诱导过程的表观遗传调控研究

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：陈捷凯中国科学院广州生物医药与健康研究院

表观遗传调控是细胞命运决定的根本原因,各种细胞命运的转变都涉及到复杂的表观遗传调控。体细胞可以通过一系列方法重编程到胚胎早期的多能性状态,其重编程机理尚不明确。我们以体细胞诱导为iPS细胞的重编程过程作为模型研究其表观遗...

表观遗传调控是细胞命运决定的根本原因,各种细胞命运的转变都涉及到复杂的表观遗传调控。体细胞可以通过一系列方法重编程到胚胎早期的多能性状态,其重编程机理尚不明确。我们以体细胞诱导为iPS细胞的重编程过程作为模型研究其表观遗传调控过程:我们发现诱导过程中组蛋白H3K9甲基化是重编程的一个主要障碍,胞外信号可以通过调控H3K9甲基化从而影响重编程过程;此外我们还发现DNA胞嘧啶甲基加氧酶Tet1在重编程中的功能受到维生素C调节,从促进作用转变为抑制作用。这些发现不仅加深了对体细胞重编程过程表观遗传调控机理的理解,也揭示了胞外环境如何通过表观遗传调控层面影响细胞命运。

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MB-seq: a cost-effective and single-base resolution DNA methylome profiling method

MB-seq: a cost-effective and single-base resolution DNA meth...

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：蔡万世 Fengbiao Mao Honghu Wu Jinyu Wu Zhongsheng Sun Beijing Institutes of Life Science Chinese Academy of Sciences

Detection of DNA methylome in single-base resolution is a significant challenge but promises to shed considerable light on human disease etiology.In this study,we have developed MB-seq,a novel DNA methylome profiling technology combining MeDIP-seq with bisulfite conversion,which can precisely detect the 5C sites and determine the differentially DNA methylation regions(DMRs)between DNA samples.Comparing MB-seq to whole-genome BS-seq,reduced representation bisulfite sequencing(RRBS),and MeDIP-seq using the same batch of DNA from T29 cell lines,we demonstrated that the method are powerful and cost-effective for genome-wide profiling of DNA methylation with high accuracy and sensitivity.In addition,we use MB to discriminate the first single base resolution DNA methylome of rat,and to detect tissue specific DMRs across the cerebral cortex,cerebellum and hypothalamus of rat.Taken together,our novel methods can accelerate the decoding process of DNA methylation mechanism in development and pathogenesis.

关键词： DNA methylome MB-seq cost-effective single-base resolution

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Dissecting the gene regulation network of human early embryos at single cell and single base resolution

Dissecting the gene regulation network of human early embryo...

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：汤富酬 Sunney Xie Jie Qiao Biodynamic Optical Imaging Center College of Life SciencesPeking University Center for Reproductive Medicine Third HospitalPeking University

Measuring gene expression in individual cells is crucial for understanding the gene regulatory network controlling human embryonic development.Here we apply single-cell RNA sequencing(RNA-Seq)analysis to 124 individual cells from human preimplantation embryos and human embryonic stem cells(hESCs)at different passages.The number of maternally expressed genes detected in our data set is 22,687,including 8,701 long noncoding RNA s(IncRNA s),which represents a significant increase from 9,735 maternal genes detected previously by cDNA microarray.We discovered 2,733 novel IncRNA s,many of which are expressed in specific developmental stages.To address the long-standing question whether gene expression signatures of human epiblast(EPI)and in vitro hESCs are the same,we found that EPI cells and primary hESC outgrowth have dramatically different transcriptomes,with 1,498 genes showing differential expression between them.This work provides a comprehensive framework of the transcriptome landscapes of human early embryos and hESCs.

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家养动植物进化中的表观遗传作用

家养动植物进化中的表观遗传作用

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：王文中国科学院昆明动物研究所

家养动植物在人工强烈选择下经历了快速的形态和生理变化。在无诱变的情况下,DNA突变率是基本恒定的。这样就产生了一个问题:与自然物种相比,家养动植物如何在如此短暂的时间内有如此强烈的性状改变,这些改变的遗传和基因组基础是什么?... 详细信息

家养动植物在人工强烈选择下经历了快速的形态和生理变化。在无诱变的情况下,DNA突变率是基本恒定的。这样就产生了一个问题:与自然物种相比,家养动植物如何在如此短暂的时间内有如此强烈的性状改变,这些改变的遗传和基因组基础是什么?同时,人们也早就注意到了一个现象,即同样的种子在不同的环境下表现的性状会有不同。随着表观遗传学的迅猛发展,人们已经知道,环境变化可以快速诱导物种的表观遗传状态改变,并已观测到很多可以隔代遗传的表观遗传案例。我们据此推测,表观遗传可能在家养动植物的快速进化中起到了作用。我们前期比较了野生稻一栽培稻、家蚕一野蚕的DNA甲基化组(methylonle),发现了一批野生种和家养种之间甲基化程度显著差异的基因。同时我们也初步观察到了水稻在云南涛源超高产情况下基因表达格局的变化。目前我们正在把相关研究扩展到更多家养动植物,并计划深入研究那些表观遗传显著改变的基因对性状进化的作用。

关键词：家养动植物进化表观遗传

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MiR-1 are involved in the Japanese flonder(paralichthys olivaceus)development by targeting the mRNA of HDAC4

MiR-1 are involved in the Japanese flonder(paralichthys oliv...

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：张红梅 Shanghai Ocean University

MicroRNAs(miRNAs)refer to a category of small non-coding RNAs that down-regulate gene expression by binding to target mRNA for degradation or translational repression,and play important roles in differentiation,development,homeostasis,cell proliferation,apoptosis and metabolism.Few studies on miR-l’s roles in the Japanese flonder(paralichthys olivaceus)development and its targets have been reported so far.The bioinformatic analysis indicated that one of miR-l’s putative targets is HDAC4,a known gene related to transcriptional repressor of muscle gene expression.Despite some of genes have been predicted to be miRNA targets by bioinformatic analysis during Japanese flonder development,few of them have been verified by experiment.The objective of our study is to identify the miRNAs targeting HDAC4.We initially cloned the 3’UTR of HDAC4 and analysised the putative miRNAs in the 3’UTR.Among the predictive miRNAs,miR-l is the miRNAs predicted by the three used websites.In our study,the results of luciferase reporter assay,realtime-PCR demonstrated that miR-1 directly targeted on the 3’UTR of hdac4 and down-regulate the expression of HDAC4 at mRNA levels.Furthermore,TH stimulating assay showed that miR-1promote the metamorphosis of flounder by targeting HDAC4 in part.In our research,we concluded that by targeting the HDAC4,miR-1 can be involved in the flounder development.

关键词： MiR-1 Japanese flonder development HDAC4

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