利用RHL精细定位显性早熟位点qDeh3
作者单位：中国农业科学院作物科学研究所
会议名称：《第二十届中国作物学会学术年会》
会议日期：2023年
关 键 词：水稻(Oryza sativa L.) 抽穗期 剩余杂合系(RHL) 精细定位
摘 要：【研究背景】水稻（Oryza sativa L.）抽穗期（Heading date, HD）是决定品种地域适应性及产量的重要农艺性状之一。DEH229具有显性早熟不减产的特性;课题组前期在第3染色体定位到显性早熟主效位点qDeh3,区间大小为2.99 Mb,有必要通过进一步缩小定位区间来确定候选基因,从而解析DEH229显性早熟遗传机理。【材料与方法】在此基础上,开展以下三个方面工作:1)在双亲二代测序数据基础上,依据8bp变异+两侧各100 bp无变异（8 bp/200 bp）的标准,筛选目标区间内的In Del位点,设计In Del标记;同时利用SNP差异设计KASP标记;2)通过目标区间的剩余杂合系（RHL）衍生F2群体,进行标记连锁分析;3)结合RHL-F2:3及RHL-F4家系表型,进一步通过连锁分析缩小区间同时验证定位结果;4)连锁分析采用QTLIci Mapping软件,利用完备区间作图法,参数设置为默认。【结果与分析】1)通过本地建库BLAST,分段调取MH63和DEH229的qDeh3序列并进行拼接。序列比对结果显示,q Deh3区间内的In Del变异共有1182个,其中,双亲纯合的InDel位点有875个,其中符合8 bp/200 bp标准的InDel有179个。筛选24个位点设计引物。通过双亲检验扩增效果,获得9对可用标记。2)利用9对标记鉴定RHL衍生F群体,结果发现6对标记与抽穗期表型呈连锁关系。3)在ZDH2-ZDH4区间内继续根据InDel和SNP变异设计6个标记,结合RHL-F及RHL-F4家系抽穗期表型进行的连锁分析,最后将定位区间缩小到ZDH2-ZDH6区间内。【结论】通过构建RHL群体进行精细定位,将q Deh3的定位区间从2.99 Mb缩小到42kb,其中包含3个候选基因。本研究为下一步的基因功能验证打下较好基础。