粘液性碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的体内进化及基因组学研究
作者单位：杭州市第一人民医院
会议名称：《2019年浙江省检验医学学术大会》
会议日期：2019年
学科分类：100208[医学-临床检验诊断学] 1002[医学-临床医学] 10[医学]
摘 要：背景:碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)是临床高度关注的超级细菌,而粘液性CRKP(HMCRKP)较非粘液性CRKP(NO-HMCRKP)更难清除,并且往往导致更高的治疗失败率,是临床亟需解决的难题。目的 :研究非粘液性CRKP进化为粘液性CRKP的体内进化过程,比较分析两者菌株的基因组。方法 :连续收集一例急性胰腺炎患者的脓液、胆汁和腹水进行病原学培养,利用MALID-TOF进行菌种鉴定并进行核蛋白峰图分析,利用Vetik II进行药敏实验。对菌落进行拉丝试验。对非粘液性CRKP菌株T1和粘液性CRKP菌株T3利用高通量测序技术进行全基因组测序,对序列进行拼接、注释、耐药基因分析、毒力因子分析和全基因组比较分析。结果 :该胰腺炎患者共分离3株CRKP菌株T1、T2和T3,分别来自胰腺周围脓液(2015.08.18)、胆汁(2015.9.7)和腹水(2015.10.13)。3株菌对厄他培南、亚胺培南和美罗培南均耐药。T1和T2为非粘液性菌落,拉丝试验阴性;T3为粘液性菌落,拉丝试验阳性。核蛋白峰图显示,T3在3074Da和6150Da位点较T1和T2多两个峰图,主成分聚类分析(PCA)提示T1和T2在菌株进化水平上具有相同距离(distance level),与T3的距离(distance level)相差为2。全基因组分析显示,T1和T3多位点序列分型为ST15,血清荚膜分型为K19。T1和T3在全基因组水平仅有20个SNP位点的差异,携带相同的毒力因子mrk操纵子、ybt操纵子、kfu操纵子等,T1和T3均携带耐药基因blaKPC-2、blaSHV-28、blaSHV-106等,而T3较T1携带较少的耐药基因,如blaCTX-M-15、blaTEM-1B、blaOXA-1、aph(3’)-Ia、aac(6’)Ib-cr、tet(A)等。结论 :非粘液性T1菌株演变为粘液性T3菌株的过程中,在全基因组水平仅有20个SNP差异。核蛋白峰图的3074Da和6150Da位点可能是非粘液性菌株进化为粘液性菌株的主要原因,该两位点的差异在粘液性菌落进化中的机制需进一步研究。