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GPU加速的蚁群算法在HP模型中的应用

GPU加速的蚁群算法在HP模型中的应用

作     者:林旭生 田绪红 冯志炜 陈茂资 

作者单位:华南农业大学信息学院计算机科学与工程系 华南农业大学信息学院计算机科学与工程系 华南农业大学信息学院计算机科学与工程系 华南农业大学信息学院计算机科学与工程系 

会议名称:《第十四届全国图象图形学学术会议》

会议日期:2008年

学科分类:08[工学] 081202[工学-计算机软件与理论] 0812[工学-计算机科学与技术(可授工学、理学学位)] 

基  金:广东省科技计划项目(2007B020706006 2007B020715001) 

关 键 词:HP 折叠问题 图形处理器 蚁群算法 

摘      要:针对蛋白质二维格模型(2D HP)折叠问题提出了一种基于图形处理器(GPU)加速的蚁群算法(ACO)。通过将蚂蚁群每一步产生的构象、启发式信息、信息素等用纹理组织起来,利用 GPU 中像素着色器高度优化的并行计算能力对算法进行求解,极大地提高算法的运行效率。

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