基于生物信息学筛选胃腺癌双硫死亡相关的LncRNA及预后风险模型的构建

作     者：邢维铭 

作者单位：海南医科大学 

学位级别：硕士

导师姓名：张浩

授予年度：2024年

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主      题：双硫死亡 胃腺癌 lncRNA 预后 免疫疗法 

摘      要：目的:本研究通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的胃腺癌(Stomach Adenocarcinoma,STAD)样本进行深入的生物信息学分析,旨在构建一个基于双硫死亡相关长非编码RNA(lncRNA)的风险预测模型,探索其在胃腺癌预后评估中的应用潜力。 方法:研究首先从TCGA数据库中提取了胃腺癌患者的全基因组表达数据及相应的临床信息。通过差异表达分析,筛选出在胃腺癌组织与对照组组织中显著上调或下调的lncRNAs。接着,运用共表达网络分析确定了与已知双硫死亡驱动基因共表达的lncRNAs。通过单变量和多变量Cox回归分析,筛选出与患者总生存期显著相关的lncRNAs。利用Lasso回归分析进一步优化模型,防止过拟合,确保模型的稳定性和预测精度。构建的风险评分模型基于选定lncRNAs的表达水平和相应的回归系数计算得出。 结果:1.通过单因素Cox分析识别出与双硫死亡过程相关的20个lncRNAs。2.通过Lasso回归分析、多因素Cox回归分析,最终确定了7个lncRNAs构建风险评分模型。3.经验证,该模型的接收者操作特征(ROC)曲线下面积达到0.669,显示出对于预测胃腺癌患者的总生存期具有一定水平的预测能力。根据模型计算的风险评分,将患者分为高风险和低风险两组,生存分析显示高风险组患者的生存期显著短于低风险组。进一步的基因集富集分析(GSEA)显示,高风险组与多个与癌症进展相关的生物学路径显著相关,如PI3K-Akt信号通路、细胞周期调控等。 结论:1、本研究成功构建了一个由7个双硫死亡相关lncRNAs(AC016394.2、AL365181.3、AL590617.2、DEPDC1-AS1、IGFL2-AS1、LINC00511和LINC00571)组成的预后模型。2、有效识别并区分胃腺癌(STAD)患者的高风险与低风险群体,并对他们的预后进行预测。3、基于该模型划分的高低风险人群的免疫治疗反应有差异。