青海省共和县牦牛常见腹泻病原的分子检测与鉴定

作     者：马丁允 

作者单位：塔里木大学 

学位级别：硕士

导师姓名：齐萌;菅复春

授予年度：2024年

学科分类：090603[农学-临床兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

主      题：腹泻 病原 病毒 细菌 寄生虫 牦牛 

摘      要：牦牛养殖业作为青海省的支柱性产业,是高原牧民养殖的主要经济来源。腹泻是牦牛养殖过程中常见的胃肠道疾病,可引起牦牛体重减轻、脱水呕吐、生产性能下降等,给牦牛养殖业带来巨大的经济损失。因此,本研究采用分子生物学方法检测青海省共和县牦牛常见腹泻病原的感染情况,以期为我国牦牛腹泻病原分布情况和遗传进化提供参考。 1、于青海省共和县赞拉家庭牧场经直肠采集牦牛粪便样本100份,置于液氮罐中保存,全部提取RNA后,反转录为cDNA。基于特异基因位点,使用PCR法检测病毒性腹泻病毒、轮状病毒和冠状病毒的感染情况。结果显示,未检测到3种病毒感染,提示该牧场牦牛粪便中不存在病毒性腹泻病原感染。 2、分别于青海省共和县赞拉家庭牧场(n=374)、看着项毛牧场(n=12)和桑德牧场(n=89)共采集新鲜牦牛粪便样本475份,全部提取粪便DNA后,基于大肠杆菌Ycct基因位点与沙门菌Pagc基因位点,对DNA样本进行PCR检测,结果显示,共和县牦牛大肠杆菌的检出率为74.32%(353/475),其中3个牧场均呈大肠杆菌阳性,以赞拉家庭牧场牦牛样本中检出率最高,为76.74%(287/374),桑德牧场和看着项毛牧场牦牛大肠杆菌的检出率分别为66.29%(59/89)和58.33%(7/12),仅在赞拉家庭牧场牦牛粪便样本中检出8份沙门菌阳性样本,检出率为1.68%(8/475),3个牧场之间牦牛大肠杆菌和沙门菌的感染情况统计学差异显著(P0.01)。对所获序列进行比对分析,共鉴定出4种大肠杆菌序列,8条沙门菌序列经鉴定均为肠炎性沙门菌。结果表明,青海省共和县牦牛大肠杆菌感染较普遍,沙门菌感染率较低,推测与牧场之间不同饲养管理方式具有一定相关性。 3、分别基于隐孢子虫SSUrRNA基因位点、贾第虫bg基因位点和芽囊虫SSUrRNA基因位点,对475份牦牛粪便样本进行PCR检测,结果显示牦牛隐孢子虫、贾第虫和芽囊原虫的感染率分别为0.42%(2/475)、0.42%(2/475)和76%(361/475)。3个牧场中,仅在赞拉家庭牧场检测到2份隐孢子虫阳性;在赞拉家庭牧场与桑德牧场分别检测到1份贾第虫阳性;桑德牧场、看着项毛牧场和赞拉家庭牧场牦牛芽囊原虫的感染率分别为96.63%(86/89)、91.67%(11/12)和70.59%(264/374),不同牧场牦牛肠道寄生虫的感染率统计学差异极显著(P0.01)。经序列比对分析,鉴定出2份隐孢子虫均为安氏隐孢子虫;2份贾第虫均为集聚体E;随机选择3个牧场的126份芽囊原虫阳性样本进行测序和序列比对,鉴定出5种芽囊原虫的基因型,以ST10感染率最高,为80.95%(102/126),依次为 ST26(9.52%,12/126)、ST25(6.35%,8/126)、ST21(2.38%,3/126)和 ST5(0.79%,1/126)。结果表明,共和县牦牛隐孢子虫和贾第虫感染率较低,芽囊原虫感染较常见,感染的多为反刍动物特异性种类和基因型,具有人兽共患风险。 综上所述,青海省共和县牦牛大肠杆菌和芽囊原虫感染较普遍,沙门菌、隐孢子虫和贾第虫感染率较低,未检测到病毒性腹泻病原感染,其感染种类、基因型与集聚体表现为宿主特异性的遗传分布特征。研究结果为我国牦牛腹泻病原分布情况和遗传进化提供了参考资料。