湖北地区猪A群轮状病毒的流行病学调查与VP7基因的遗传分析

作     者：张子微 

作者单位：长江大学 

学位级别：硕士

导师姓名：刘国平

授予年度：2023年

学科分类：090603[农学-临床兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

主      题：猪轮状病毒 SYBR GreenⅡ 流行病学 VP7 

摘      要：猪轮状病毒(Porcine Rotavirus,PoRV)是养猪场仔猪发生病毒性腹泻的主要病原之一,可通过口鼻感染猪只,引发仔猪胃肠道病变,导致仔猪腹泻、呕吐、排水样粪便,A群为主要致病血清型。PoRV在猪场感染率可达45.5%。因此建立一种PoRV的荧光定量RT-PCR方法对该病毒进行流行病学调查,明确流行基因型,对防控猪A群轮状病毒具有重要意义。本研究开展以下三方面的研究内容:1.猪A群轮状病毒荧光定量检测方法的建立:基于A群PoRV的VP7基因片段设计一对特异性引物,建立SYBR GreenⅡ实时荧光定量PCR检测方法,并与GB/T 36871-2018建立的方法进行对比。结果表明建立的SYBR GreenⅡ实时荧光定量PCR法具有良好的特异性;检测下限为10拷贝/μL;标准曲线为Y=-3.5547x+38.87,扩增效率为91%;批间变异系数范围为0.31%～0.47%,批内变异系数范围为0.34%～0.76%,表明该方法扩增效率高,重复性、稳定性好。应用该方法和GB/T36871-2018同时对采集的临床样本进行检测,符合率为100%,该方法为猪场临床样本检测提供了检测手段。2.湖北地区猪A群轮状病毒流行病学调查:采用本研究建立的猪轮状病毒的荧光定量PCR法对2021年8月至2022年12月湖北地区使用轮状病毒灭活苗的规模化猪场的4964份样品进行检测。结果显示,PoRV总体阳性率为18.07%(897/4964);不同类型样本PoRV阳性率:拭子18.80%(639/3399)、血样3.90%(24/616)、初乳17.49%(60/343)、肠内容物47.12%(90/191)、猪舍环境22.65%(77/340)和畜禽运输车辆9.33%(7/75);不同日龄猪群拭子PoRV阳性率:0-28日龄21.57%(313/1451)、29-60日龄27.98%(204/729)、61-100日龄14.31%(93/650)、母猪5.10%(29/569);2021～2022年不同月份PoRV阳性率:2021年8月阳性率最低为6.67%,11月阳性率最高为26.10%;2022年6月阳性率最低为4.81%,1月阳性率最高为39.14%。数据表明PoRV在肠内容物中检出率高,主要感染60及以下日龄猪群;该病毒在湖北地区全年存在,在3月～6月阳性率较低,1月～2月、10月～12月阳性率较高。3.湖北地区PoRV的VP7基因遗传进化分析:本研究设计1对特异性引物用于VP7基因扩增,扩增产物大小为967 bp。将25份阳性样本进行测序并与参考序列构建遗传进化树,同时进行同源性分析。结果显示测序序列G4型9株,G5型7株,G9型7株,G26型2株,25份序列之间核苷酸同源性为74.8%～100%,推导氨基酸同源性71.2%～100%,相同基因型核苷酸同源性为90.3%～100%,推导氨基酸同源性为90.5%～100%,相同基因型之间保守。相同基因型之间序列与参考毒株进行对比发现核苷酸变异位点多,但推导的氨基酸之间相对保守。