基于宏基因组学马鹿体表蜱携带病毒的发现分析及风险评估

作     者：王宏图 

作者单位：塔里木大学 

学位级别：硕士

导师姓名：胡建军

授予年度：2023年

学科分类：090603[农学-临床兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

主      题：蜱 宏基因组学 鹿痘病毒 羊口疮病毒 马鹿 定性风险评估 

摘      要：马鹿作为新疆经济动物优势种,其经济价值逐年升高。由于蜱寄生于马鹿而导致马鹿感染疾病,给当地养殖户带来了一定的经济损失。蜱是高度特化的蛛形纲,蜱螨亚纲专性吸血性节肢动物,全球有800多种蜱,其中有6个不同病毒科的三十多种病毒通过蜱传播,通过蜱为媒介,并且对脊椎动物具有高度特异性的传播,其中有部分蜱种类可以作为虫媒病毒的载体。本研究旨在基于宏基因组学研究对马鹿体表寄生蜱携带病毒发现及分析,丰富我国新疆马鹿体表寄生蜱携带病毒传播疫病的病原库,提高鹿场对疫病的防控能力。1.2022年4～6月,在新疆南疆某马鹿养殖基地(规模超过400头),割鹿茸期间进行蜱样本的采集,共采集116只,通过形态学观察初步鉴定,结合分子生物学鉴定的方法,确定了该鹿场鹿体表寄生蜱为亚洲璃眼蜱。2.通过宏基因组学方法,对采集样本进行二代测序获得病毒和细菌的部分序列,通过四份样本的同一种病毒丰度的分析,发现各份样本中同一病毒的丰度有所差异,对其检测的物种进行物种相关性的分析及物种差异性的分析。3.通过高通量测序获得的结果,进行鹿痘病毒传入新疆南疆M04场的定性风险评估以及四个鹿场羊口疮病毒的血清流行病学调查。结果显示:本次鹿痘病毒传入新疆南疆M04场的定性风险评估结果得出,鹿痘病毒由车辆、人员、与混养动物的流通和围栏器具途径传入鹿群的风险等级均为高,为此提出防控建议;而通过羊口疮病毒的血清流行病学调查结果在M01、M02、M03、M04四个规模化鹿场采集的195份马鹿血清样本中,通过病毒抗体的ELISA检测结果显示有7份样本呈阳性,阳性率为3.59%(7/195),其中M02场阳性率5.26%(4/76)、M04场阳性率6.12%(3/49),M01和M03场未检测出阳性。结论:通过形态学鉴定及分子生物学鉴定得到采集的鹿体表蜱均为亚洲璃眼蜱,依托马鹿体表蜱样本宏基因组学检测分析,检测出多种病原微生物,其中病毒有一百余种,丰度较高的病毒有鹿痘病毒、羊口疮病毒等,通过非冗余基因比对到序列的物种信息、样品的物种组成、相对丰度信息以及物种相关性等信息。按照检测结果进行鹿痘病毒传入新疆南疆M04场的定性风险评估和四个鹿场羊口疮病毒的血清流行病学调查,结果显示鹿痘病毒由车辆和人员流通、其他动物混合饲养和围栏器具的损坏等途径传入鹿群的风险等级均为高,羊口疮病毒抗体ELISA检测结果表明,显示有7份样本呈阳性,阳性率为3.59%(7/195),其中M02场阳性率5.26%(4/76)、M04场阳性率6.12%(3/49),M01和M03场未检测出阳性。本研究极大地丰富我国新疆马鹿体表寄生蜱携带病毒的数据库,为养鹿场对疾病的防控提供一定的理论依据。