RAS通路基因单核苷酸多态性与HBV相关肝细胞癌术后生存期的关联研究

作     者：林秋伶 

作者单位：广西医科大学 

学位级别：硕士

导师姓名：余红平

授予年度：2021年

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主      题：肝细胞癌 RAS信号通路 单核苷酸多态性 总生存期 

摘      要：背景和目的:RAS信号通路过度激活可促进HCC细胞增殖,抑制细胞凋亡,并诱导细胞恶性转化、促进细胞侵袭生长和转移,在HCC的发生发展过程中发挥重要作用。多项研究表明,RAS信号通路关键基因的异常表达与肿瘤患者的预后相关。但是RAS信号通路相关基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与HBV相关肝细胞癌(HCC)患者预后的关系目前尚不清楚。因此,本研究拟通过探讨RAS信号通路关键基因潜在功能性SNPs与HBV相关HCC患者术后总生存期(overall survival,OS)的关系,为今后HCC患者的精准个体化治疗和预后判断提供新的思路和理论依据。方法:本研究基于中国广西地区人群的HBV相关HCC全基因组关联研究(Genome-wide Association Study,GWAS)数据库,以接受肝癌切除术治疗的866例HBV相关HCC患者为研究对象,提取了RAS信号通路中位于常染色体上62个基因的SNPs位点。采用Illumina GSA基因分型芯片(Infinium Global Screening Array-24 v1.0)进行SNP检测。首先使用随机数分组的方式按1:1比例将866例总人群分为发现集和验证集,各433例;接着,在发现集中应用多因素Cox比例风险回归分析和贝叶斯错误发现概率(Bayesian false-discovery probability,BFDP)多重检验校正筛选出与HBV相关HCC患者术后OS显著相关的SNP位点;然后,利用验证集验证,再利用生物信息学工具和公共数据库进行功能预测筛选出潜在功能性位点。此外,为了验证潜在功能性SNPs位点关联结果的可靠性,本研究应用Bootstrap自助法进行1000次重复抽样并进行多因素Cox比例风险回归分析。最后,对筛选出的潜在功能性位点进行不同遗传模型分析、联合分析以及表达数量性状基因座(expression quantitative trait locus,e QTL)分析。结果:1.从中国广西地区人群的HBV相关HCC GWAS数据库中,我们共提取了位于62个RAS信号通路基因上的11658个SNPs。在发现集人群中,发现了616个SNPs与HBV相关HCC患者术后OS相关。经过验证集验证后结果发现位于鸟嘌呤核苷酸交换因子2(SOS Ras/Rho guanine nucleotide exchange factor 2,SOS2)、RAS蛋白特异性鸟嘌呤核苷酸释放因子2(Ras protein specific guanine nucleotide releasing factor 2,RASGRF2)和丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAP2K1)这3个基因上的30个SNPs仍具有显著统计学意义(PG、RASGRF2 rs26418 AG和MAP2K1 rs57120695 CT)与HBV相关HCC患者术后OS独立相关,其突变等位基因均可增加患者术后的死亡风险(rs26418:GA+AA vs.GG:HR=1.43,95%CI=1.14-1.81,P=0.002;rs4632055:AG+GG vs.AA:HR=1.40,95%CI=1.15-1.71,PT)等位基因和MAP2K1 m RNA表达水平相关。结论:本研究发现了3个与HBV相关HCC患者术后OS相关的SNPs(SOS2 rs4632055 AG、RASGRF2 rs26418 AG和MAP2K1 rs57120695CT),而且这3个SNPs风险基因型的联合作用可协同增加患者术后的死亡风险。