云南省祥云县恙虫病分子流行病学调查研究

作     者：陈利 

作者单位：昆明医科大学 

学位级别：硕士

导师姓名：张云智

授予年度：2022年

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

主      题：祥云县 恙虫病 基因型 重组 

摘      要：[目 的]了解云南省祥云县恙虫病临床特征、实验室诊断和恙虫病东方体（Orientia tsutsugamushi,Ot）基因型别、遗传进化,为恙虫病诊断与预防控制提供科学指导。[方法]收集2015年7月～2020年11月祥云县人民医院恙虫病病例资料,使用SPSS 25.0进行统计学分析;采集2020年6～11月祥云县恙虫病病人全血和宿主动物样本,用胶体法检测Ot免疫球蛋白G（Immunoglobulin G,IgG）和免疫球蛋白M（Immunoglobulin M,IgM）抗体,采用巢氏聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）扩增 56-kDa 型特异性抗原基因（56-kDa type specific antigen,56-kDa TSA）、47-kDa 高温蛋白 A（47-kDa high-temperature requirement A,47-kDa htr A）、16S 核糖体 RNA 基因（16S rRNA gene,16S rrs）、GroEL 基因,采用引物行走（Premer-Walking）法扩增Ot 56-kDa TSA基因全长,用生物信息学软件进行遗传进化关系分析。[结果]共筛选了 377例符合恙虫病诊断标准的病例,2015～2020年间,恙虫病发病人数总体呈逐年上升趋势;祥云县恙虫病发病高峰集中于8～10月,占77.19%（291/377）,为典型的秋冬季型恙虫病。米甸镇患病人数最多,占31.83%（120/377）;其次为祥城镇,占30.77%（116/377）;发病人群中,农民占88.33%（333/377）;男女患病比率为1:1.14。患者平均年龄为51.06±18.53岁,1～85岁均有恙虫病病例,高发年龄段在40～69岁,占67.37%（254/377）;377例恙虫病患者均有发热（≥37.30℃）,最高体温为41.50℃,持续发热天数为1～15天;其他常见症状为头痛占81.70%（308/377）、寒战占75.33%（284/377）、恶心占79.84%（301/377）、呕吐占 9.02%（34/377）等。有典型的焦痂者占 72.41%（273/377）,淋巴结肿大者占6.63%（25/377）,皮疹占4.77%（18/377）,结膜充血占12.46%（47/377）。并发症常见于多脏器功能障碍综合征（multiple organ dysfunction syndrome,MODS）、全身炎症反应综合征（systemic inflammatory response syndrome,SIRS）、急性呼吸窘迫综合征（acute respiratory distress syndrome,ARDS）等症状,出现两个及两个以上症状的占6.41%（20/312）。377例恙虫病病例中,汉坦病毒IgG/IgM抗体阳性率3.45%（13/344）。Ot胶体金法筛查了 2020年6～11月的64名入院患者血清样本,Ot抗体（IgG或 IgM）阳性率 54.69%（35/64）,Ot 5 6-kDa TS A 病人阳性率为 28.13%（18/64）,Ot胶体金法阳性率高于巢氏PCR法（χ2=15.769,P0.001）。宿主动物Ot 56-kDa TSA 阳性率为 13.98%（13/93）,其中高山姬鼠（Apodemus chevrieri）、锡金小鼠（Mus pahari）、库氏小鼠（***）、印山支鼠（Ratus andamanensis）、褐家鼠（***）、黄胸鼠（***）和大绒鼠（Eothenomys miletus）阳性率分别为 7.69%（4/52）、66.67%（2/3）、40.00%（2/5）、20.00%（1/5）、11.11%（1/9）、12.50%（1/8）、50.00%（2/4）。采用引物行走法扩增出 9 条Ot56-kDa TSA全序列;BLAST 比对分析,Karp 基因型占 70.97%（22/31）,Gilliam 基因型占 16.13%（5/31）,Kato 基因型占 9.68%（3/31）,TA763基因型占3.23%（1/31）。遗传进化分析显示,祥云县恙虫病病人与宿主动物的Ot基因型别具有明显的多样性,存在Karp、Kato、Gillaim和TA763基因型,Karp菌株为优势株。病人样本 XYP2、XYP3、XYP4、XYP7、XYP25、XYP26、XYP27、XYP32、XYP34、XYP36、XYP55、XYP64 这 12 株与 Karp 基因型相似性为 91.90%～98.13%,3 株序列（XYP15、XYP40、XYP54）与 Kato 型相似性为 85.71%～9