乳腺癌新的潜在靶点LncRNA SNHG16

作     者：徐云凤 

作者单位：安徽医科大学 

学位级别：硕士

导师姓名：任敏

授予年度：2021年

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主      题：LncRNA SNHG16 乳腺癌 治疗靶点 预后 

摘      要：目的:越来越多的研究已经表明,长非编码RNA（Long non-coding RNAs/LncRNAs）参与人类恶性肿瘤的发生、发展机制并起到了不可小觑的作用。小核仁RNA宿主基因16（LncRNA SNHG16）在不同类型的癌症及其所属细胞系中均异常表达,同时提示可能与临床预后不良相关。本研究旨在探讨LncRNA SHNG16在乳腺癌中的预后生存及临床病理特点的临床意义,并通过生物学信息预测LncRNA SHNG16参与调控肿瘤的分子机制及信号通路。方法:1)GEO数据库下载乳腺癌（BRCA）数据集（GSE42568、GSE20685、GSE88770、GSE103091、）、从TCGA数据库下载乳腺癌（BRCA）相关数据。2)通过R（3.6.1）软件处理分析乳腺恶性肿瘤与乳腺非肿瘤组织中的LncRNA SHNG16的表达差异,利用UALAN数据库进行验证。3)通过R软件（Survminer package）包预测LncRNA SHNG16在乳腺癌中的生存及预后价值,并在UALAN数据库进行验证。4)通过R软件预测LncRNA SHNG16介导EMT促进乳腺癌转移的蛋白。5)通过R软件分析LncRNA SHNG16与乳腺癌临床病理参数特点之间相关性;GO富集分析预测LncRNA SHNG16在乳腺恶性肿瘤潜在发病机制及细胞信号传导途径;并将LncRNA SNHG16相关基因上传到在线工具STRING分析蛋白质之间的相互作用关系;再利用Cytoscape插件绘制基因共表达网。6)运用荧光定量PCR、蛋白印迹实验WB检测目标基因的蛋白或目标RNA的表达水平。采用The R language version 3.6.1软件、Cytoscape插件、Graph Pad Prism 8.0软件绘图。所有的数据分析均由R语言完成。结果:1)LncRNA SNHG16在乳腺恶性肿瘤中的表达量存在明显差异（p0.05）。2)Kaplan-Meier生存分析显示,高风险组总体生存率（OS）低于低风险组（UALAN在线数据（P=0.035）;GSE42568数据集（P0.001）;GSE20685数据集（P=0.014）;GSE88770数据集（P=0.016）;GSE103091数据集;（P=0.003））。3)预测高表达的LncRNA SHNG16可能与Snail1蛋白介导的EMT促进乳腺癌的转移。4)临床病理分析显示,雌激素（ER）阴性（P0.001）、孕激素（PR）阴性（P0.005）、基底细胞样（Basal）（P0.001）、浸润性导管癌（Infiltrating Ductal Carcinoma）（P0.001）与LncRNA SHNG16的表达显著相关,年龄（P0.005）与LncRNA SHNG16的表达明显相关。单因素和多因素分析回归模型显示,年龄（P=0.009）、Her-2（P=0.002）可以作为乳腺癌患者的独立预后因素。5)KEGG途径富集表明:LncRNA SHNG16的大部分相关基因主要是参与细胞周期（Cell cycle）通路。GO-MF途径富集表明:LncRNA SHNG16的大部分相关基因主要功能是参与催化RNA活性（catalytic activity,acting on RNA）。GO-BP途径富集表明,LncRNA SHNG16的大部分相关基因主要参与ncRNA代谢过程（ncRNA metabolic process）。GO-CC途径富集表明:LncRNA SHNG16的大部分相关基因主要位于染色体区域（chromosomal region）。6)前10的核心枢纽基因为:CEP55、BUB1、KPNA2、NCAPG、AURKA、CCNB2、TRIP3、CCNA2、MAD2L1。结论:我们研究发现LncRNA SHNG16参与乳腺癌中多种信号通路的调节,并与乳腺癌的中的总体生存率（OS）有关。LncRNA SHNG16可以作为乳腺癌的一个潜在靶点,为乳腺癌的治疗提供一种新思路新方法。